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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17589 | |||||||||
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タイトル | Single particle cryo-EM of the Nap complex of Mycoplasma genitalium in the expanded conformation at 7.3 Angstrom resolution. | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Adhesion / Mycoplasma genitalium / CELL ADHESION | |||||||||
生物種 | Mycoplasmoides genitalium G37 (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Sprankel L / Scheffer MP / Frangakis AS | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2023 タイトル: Cryo-electron tomography reveals the binding and release states of the major adhesion complex from Mycoplasma genitalium. 著者: Lasse Sprankel / Margot P Scheffer / Sina Manger / Utz H Ermel / Achilleas S Frangakis / 要旨: The nap particle is an immunogenic surface adhesion complex from Mycoplasma genitalium. It is essential for motility and responsible for binding sialylated oligosaccharides on the surface of the host ...The nap particle is an immunogenic surface adhesion complex from Mycoplasma genitalium. It is essential for motility and responsible for binding sialylated oligosaccharides on the surface of the host cell. The nap particle is composed of two P140-P110 heterodimers, the structure of which was recently solved. However, the interpretation of the mechanism by which the mycoplasma cells orchestrate adhesion remained challenging. Here, we provide cryo-electron tomography structures at ~11 Å resolution, which allow for the distinction between the bound and released state of the nap particle, displaying the in vivo conformational states. Fitting of the atomically resolved structures reveals that bound sialylated oligosaccharides are stabilized by both P110 and P140. Movement of the stalk domains allows for the transfer of conformational changes from the interior of the cell to the binding pocket, thus having the capability of an active release process. It is likely that the same mechanism can be transferred to other Mycoplasma species that belong to the pneumoniae cluster. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17589.map.gz | 96.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-17589-v30.xml emd-17589.xml | 15.3 KB 15.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_17589_fsc.xml | 10 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_17589.png | 119.4 KB | ||
マスクデータ | emd_17589_msk_1.map | 103 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-17589.cif.gz | 4.2 KB | ||
その他 | emd_17589_half_map_1.map.gz emd_17589_half_map_2.map.gz | 95.5 MB 95.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17589 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17589 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_17589_validation.pdf.gz | 872.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_17589_full_validation.pdf.gz | 871.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_17589_validation.xml.gz | 18 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_17589_validation.cif.gz | 23.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17589 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17589 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17589.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_17589_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_17589_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_17589_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Nap adhesion complex in the expanded conformation
全体 | 名称: Nap adhesion complex in the expanded conformation |
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要素 |
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-超分子 #1: Nap adhesion complex in the expanded conformation
超分子 | 名称: Nap adhesion complex in the expanded conformation / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Mycoplasmoides genitalium G37 (バクテリア) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.025 mg/mL | ||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum SE / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.0 µm / 倍率(補正後): 130000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |