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万見
- EMDB-1752: 3D reconstruction of the rotavirus VP6 trimer using the Fast Proj... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1752
タイトル3D reconstruction of the rotavirus VP6 trimer using the Fast Projection Matching (FPM) algorithm.
マップデータMap of rotavirus VP6 trimer (from EMD-1461) after icosahedral averaging and 13-fold non-icosahedral averaging
試料
  • 試料: Rotavirus VP6 protein
  • タンパク質・ペプチド: VP6
  • タンパク質・ペプチド: VP1
  • タンパク質・ペプチド: VP2
  • タンパク質・ペプチド: VP3
  • RNA: dsRNA
キーワードRotavirus VP6 protein / Methods / Projection Matching
生物種Bovine rotavirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Estrozi LF / Navaza J
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2010
タイトル: Ab initio high-resolution single-particle 3D reconstructions: the symmetry adapted functions way.
著者: Leandro F Estrozi / Jorge Navaza /
要旨: A protocol to attain high-resolution single-particle reconstructions is presented. The protocol is the concatenation of two procedures: one to obtain an ab initio low-resolution reconstruction, the ...A protocol to attain high-resolution single-particle reconstructions is presented. The protocol is the concatenation of two procedures: one to obtain an ab initio low-resolution reconstruction, the other to determine a fixed point of the consecutive applications of fast projection matching and 3D reconstruction. It is a reciprocal space formulation where the Fourier coefficients of the 3D scattering density are expressed in terms of symmetry adapted functions and the 2D particle images are represented by their Fourier-Bessel transforms. The new protocol shows advantages in terms of speed and accuracy when compared to other methods currently in use. We illustrate its performance as applied to high-resolution cryo-electron micrographs of rotavirus.
履歴
登録2010年6月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年10月13日-
マップ公開2010年10月13日-
更新2012年9月26日-
現状2012年9月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 460
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 460
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-1qhd
  • 表面レベル: 460
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_1752.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1752.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 5.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map of rotavirus VP6 trimer (from EMD-1461) after icosahedral averaging and 13-fold non-icosahedral averaging
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.14 Å/pix.
x 114 pix.
= 129.96 Å		1.14 Å/pix.
x 114 pix.
= 129.96 Å		1.14 Å/pix.
x 114 pix.
= 129.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.14 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 460.0 / ムービー #1: 460
最小 - 最大-1774.839999999999918 - 2060.699999999999818
平均 (標準偏差)0.0000916213 (±158.209000000000003)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-57-57-57
サイズ114114114
Spacing114114114
セルA=B=C: 129.96 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.141.141.14
M x/y/z114114114
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z129.960129.960129.960
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-100-100-100
NX/NY/NZ200200200
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-57-57-57
NC/NR/NS114114114
D min/max/mean-1774.8392060.6960.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Rotavirus VP6 protein

全体名称: Rotavirus VP6 protein
要素
  • 試料: Rotavirus VP6 protein
  • タンパク質・ペプチド: VP6
  • タンパク質・ペプチド: VP1
  • タンパク質・ペプチド: VP2
  • タンパク質・ペプチド: VP3
  • RNA: dsRNA

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超分子 #1000: Rotavirus VP6 protein

超分子名称: Rotavirus VP6 protein / タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: 780 molecules of VP6 form a DLP particle with 12 molecules of VP1, 120 molecules of VP2, 12 molecules of VP3 and 11 dsRNA molecules
Number unique components: 5

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分子 #1: VP6

分子名称: VP6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: VP6 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Bovine rotavirus (ウイルス) / 別称: Rotavirus
分子量理論値: 41 KDa

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分子 #2: VP1

分子名称: VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: VP1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Bovine rotavirus (ウイルス) / 別称: Rotavirus

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分子 #3: VP2

分子名称: VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: VP2 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Bovine rotavirus (ウイルス) / 別称: Rotavirus

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分子 #4: VP3

分子名称: VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / Name.synonym: VP3 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Bovine rotavirus (ウイルス) / 別称: Rotavirus

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分子 #5: dsRNA

分子名称: dsRNA / タイプ: rna / ID: 5 / Name.synonym: dsRNA / 分類: OTHER / Structure: OTHER / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Bovine rotavirus (ウイルス) / 別称: Rotavirus

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッド詳細: Lacy carbon and C-flat
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 30 % / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Vitrification instrument: Home-made. Vitrification carried out in air at room temperature
手法: Blot for 3 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
温度平均: 90 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected
日付2007年6月1日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 386 / 平均電子線量: 15 e/Å2 / Od range: 1 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 56540 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric, side-entry / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Phase flipping for each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RIco / 使用した粒子像数: 7000

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1qhd


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: URO
詳細PDBEntryID_givenInChain. Protocol: Rigid body
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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