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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1752 | |||||||||
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タイトル | 3D reconstruction of the rotavirus VP6 trimer using the Fast Projection Matching (FPM) algorithm. | |||||||||
![]() | Map of rotavirus VP6 trimer (from EMD-1461) after icosahedral averaging and 13-fold non-icosahedral averaging | |||||||||
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![]() | Rotavirus VP6 protein / Methods / Projection Matching | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
![]() | Estrozi LF / Navaza J | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Ab initio high-resolution single-particle 3D reconstructions: the symmetry adapted functions way. 著者: Leandro F Estrozi / Jorge Navaza / ![]() 要旨: A protocol to attain high-resolution single-particle reconstructions is presented. The protocol is the concatenation of two procedures: one to obtain an ab initio low-resolution reconstruction, the ...A protocol to attain high-resolution single-particle reconstructions is presented. The protocol is the concatenation of two procedures: one to obtain an ab initio low-resolution reconstruction, the other to determine a fixed point of the consecutive applications of fast projection matching and 3D reconstruction. It is a reciprocal space formulation where the Fourier coefficients of the 3D scattering density are expressed in terms of symmetry adapted functions and the 2D particle images are represented by their Fourier-Bessel transforms. The new protocol shows advantages in terms of speed and accuracy when compared to other methods currently in use. We illustrate its performance as applied to high-resolution cryo-electron micrographs of rotavirus. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 2.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 11.4 KB 11.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 65 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 236.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 235.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Map of rotavirus VP6 trimer (from EMD-1461) after icosahedral averaging and 13-fold non-icosahedral averaging | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.14 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Rotavirus VP6 protein
全体 | 名称: Rotavirus VP6 protein |
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要素 |
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-超分子 #1000: Rotavirus VP6 protein
超分子 | 名称: Rotavirus VP6 protein / タイプ: sample / ID: 1000 集合状態: 780 molecules of VP6 form a DLP particle with 12 molecules of VP1, 120 molecules of VP2, 12 molecules of VP3 and 11 dsRNA molecules Number unique components: 5 |
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-分子 #1: VP6
分子 | 名称: VP6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: VP6 / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 41 KDa |
-分子 #2: VP1
分子 | 名称: VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: VP1 / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #3: VP2
分子 | 名称: VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: VP2 / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #4: VP3
分子 | 名称: VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / Name.synonym: VP3 / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #5: dsRNA
分子 | 名称: dsRNA / タイプ: rna / ID: 5 / Name.synonym: dsRNA / 分類: OTHER / Structure: OTHER / Synthetic?: No |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
グリッド | 詳細: Lacy carbon and C-flat |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 30 % / 装置: HOMEMADE PLUNGER 詳細: Vitrification instrument: Home-made. Vitrification carried out in air at room temperature 手法: Blot for 3 seconds before plunging |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
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温度 | 平均: 90 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected |
日付 | 2007年6月1日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 386 / 平均電子線量: 15 e/Å2 / Od range: 1 / ビット/ピクセル: 8 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 56540 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.1 µm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric, side-entry / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
CTF補正 | 詳細: Phase flipping for each particle |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RIco / 使用した粒子像数: 7000 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Chain ID: A |
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ソフトウェア | 名称: URO |
詳細 | PDBEntryID_givenInChain. Protocol: Rigid body |
精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient |