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- EMDB-16895: 28S mammalian mitochondrial small ribosomal subunit with mtRF1 an... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16895
タイトル28S mammalian mitochondrial small ribosomal subunit with mtRF1 and P-site tRNA
マップデータ28S mammalian mitochondrial small ribosomal subunit with mtRF1 and P-site tRNA
試料
  • 複合体: 28S mammalian mitochondrial small ribosomal subunit with mtRF1, mRNA, and P-site tRNA
    • タンパク質・ペプチド: x 33種
    • RNA: x 3種
  • リガンド: x 9種
キーワードmammalian mitochondrial ribosome / release factor mtRF1 / non-canonical stop codon / RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


Hormone ligand-binding receptors / gonadotropin-releasing hormone receptor binding / gonadotropin hormone-releasing hormone activity / G alpha (q) signalling events / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / : / translation release factor activity / mitochondrial translational termination / mitochondrial ribosome assembly ...Hormone ligand-binding receptors / gonadotropin-releasing hormone receptor binding / gonadotropin hormone-releasing hormone activity / G alpha (q) signalling events / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / : / translation release factor activity / mitochondrial translational termination / mitochondrial ribosome assembly / translation release factor activity, codon specific / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / organelle membrane / positive regulation of proteolysis / ribosomal small subunit binding / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / nuclear membrane / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / mitochondrial matrix / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / apoptotic process / synapse / nucleolus / mitochondrion / RNA binding / extracellular space / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Gonadotropin-releasing hormone / Gonadoliberin / Gonadotropin-releasing hormone / Gonadotropin-releasing hormones signature. / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1 / Peptide chain release factor / PCRF domain / PCRF / Cysteine alpha-hairpin motif superfamily / Peptide chain release factor class I superfamily ...Gonadotropin-releasing hormone / Gonadoliberin / Gonadotropin-releasing hormone / Gonadotropin-releasing hormones signature. / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1 / Peptide chain release factor / PCRF domain / PCRF / Cysteine alpha-hairpin motif superfamily / Peptide chain release factor class I superfamily / 28S ribosomal protein S27, mitochondrial / MRPS27/PTCD2 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S22, mitochondrial / Ribosomal protein S23, mitochondrial / Ribosomal protein S23/S25, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S31 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S22 / Mitochondrial ribosomal protein S23 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S31 / Ribosomal protein S29, mitochondrial / Ribosomal protein S28, mitochondrial / 28S ribosomal protein S10, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein MRP-S35 / 28S ribosomal protein S24, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S34 / Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3 / 28S ribosomal protein S17, mitochondrial / 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial / : / Mitochondrial ribosome subunit S24 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S34 / Small ribosomal subunit protein uS5m, N-terminal / Prokaryotic-type class I peptide chain release factors signature. / 28S ribosomal protein S25, mitochondrial / Ribosomal protein L55, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L55 superfamily / Mitochondrial ribosomal protein L55 / Pentatricopeptide repeat domain / Ribosomal protein S27/S33, mitochondrial / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal subunit S27 / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial, conserved domain / Mitochondrial ribosomal subunit protein / Pentatricopeptide (PPR) repeat profile. / Ribosomal protein S23/S29, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal death-associated protein 3 / Pentatricopeptide repeat / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial domain of unknown function (DUF1713) / Peptide chain release factor class I / RF-1 domain / CHCH / CHCH domain / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein S2 signature 1. / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S2 / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5 / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S14p/S29e / Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal protein S11 signature. / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S10p/S20e
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein uS12m / 28S ribosomal protein S14, mitochondrial / 28S ribosomal protein S18c, mitochondrial isoform 1 / Small ribosomal subunit protein mS25 / 28S ribosomal protein S28, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein uS7m / Mitochondrial ribosomal protein S11 / 28S ribosomal protein S21, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein S23 / Small ribosomal subunit protein uS15m ...Small ribosomal subunit protein uS12m / 28S ribosomal protein S14, mitochondrial / 28S ribosomal protein S18c, mitochondrial isoform 1 / Small ribosomal subunit protein mS25 / 28S ribosomal protein S28, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein uS7m / Mitochondrial ribosomal protein S11 / 28S ribosomal protein S21, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein S23 / Small ribosomal subunit protein uS15m / 28S ribosomal protein S24, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein S22 / Mitochondrial ribosomal protein S34 / Progonadoliberin / Small ribosomal subunit protein mS38 / Small ribosomal subunit protein bS16m / Mitochondrial ribosomal protein S6 / Mitochondrial ribosomal protein S27 / Mitochondrial ribosomal protein S17 / Small ribosomal subunit protein mS31 / Small ribosomal subunit protein uS10m / 28S ribosomal protein S2, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein mS33 / 28S ribosomal protein S35, mitochondrial isoform 1 / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain containing 1 / Small ribosomal subunit protein uS5m / Mitochondrial ribosomal protein L55 / Large ribosomal subunit protein bL19m / Small ribosomal subunit protein mS29 / 28S ribosomal protein S9, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein mS39 / Peptide chain release factor 1, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein mS40
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Saurer M / Leibundgut M / Scaiola A / Schoenhut T / Ban N
資金援助 スイス, European Union, 3件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation179190 スイス
Swiss National Science Foundation182341 スイス
European Molecular Biology Organization (EMBO)1074-2019European Union
引用ジャーナル: Science / 年: 2023
タイトル: Molecular basis of translation termination at noncanonical stop codons in human mitochondria.
著者: Martin Saurer / Marc Leibundgut / Hima Priyanka Nadimpalli / Alain Scaiola / Tanja Schönhut / Richard G Lee / Stefan J Siira / Oliver Rackham / René Dreos / Tea Lenarčič / Eva Kummer / ...著者: Martin Saurer / Marc Leibundgut / Hima Priyanka Nadimpalli / Alain Scaiola / Tanja Schönhut / Richard G Lee / Stefan J Siira / Oliver Rackham / René Dreos / Tea Lenarčič / Eva Kummer / David Gatfield / Aleksandra Filipovska / Nenad Ban /
要旨: The genetic code that specifies the identity of amino acids incorporated into proteins during protein synthesis is almost universally conserved. Mitochondrial genomes feature deviations from the ...The genetic code that specifies the identity of amino acids incorporated into proteins during protein synthesis is almost universally conserved. Mitochondrial genomes feature deviations from the standard genetic code, including the reassignment of two arginine codons to stop codons. The protein required for translation termination at these noncanonical stop codons to release the newly synthesized polypeptides is not currently known. In this study, we used gene editing and ribosomal profiling in combination with cryo-electron microscopy to establish that mitochondrial release factor 1 (mtRF1) detects noncanonical stop codons in human mitochondria by a previously unknown mechanism of codon recognition. We discovered that binding of mtRF1 to the decoding center of the ribosome stabilizes a highly unusual conformation in the messenger RNA in which the ribosomal RNA participates in specific recognition of the noncanonical stop codons.
履歴
登録2023年3月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月24日-
マップ公開2023年5月24日-
更新2024年4月24日-
現状2024年4月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16895.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16895.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈28S mammalian mitochondrial small ribosomal subunit with mtRF1 and P-site tRNA
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.065 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-1.7491511 - 3.184897
平均 (標準偏差)-0.0009569857 (±0.102094635)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 532.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_16895_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_16895_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 28S mammalian mitochondrial small ribosomal subunit with mtRF1, m...

全体名称: 28S mammalian mitochondrial small ribosomal subunit with mtRF1, mRNA, and P-site tRNA
要素
  • 複合体: 28S mammalian mitochondrial small ribosomal subunit with mtRF1, mRNA, and P-site tRNA
    • タンパク質・ペプチド: 39S ribosomal protein L19, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: bL31m
    • RNA: 12S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S35, mitochondrial isoform 1
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ribosomal protein S24
    • タンパク質・ペプチド: Aurora kinase A interacting protein 1
    • タンパク質・ペプチド: bS6m,Mitochondrial ribosomal protein S6
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ribosomal protein S7
    • RNA: P-site Met-tRNA(fMet)
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ribosomal protein S10
    • RNA: mRNA
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ribosomal protein S12
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ribosomal protein S14
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S15, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S16, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: uS17m
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ribosomal protein S18C
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S21, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ribosomal protein S22
    • タンパク質・ペプチド: mS23
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ribosomal protein S25
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ribosomal protein S26
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ribosomal protein S27
    • タンパク質・ペプチド: Mitoribosomal protein ms28, mrps28
    • タンパク質・ペプチド: Death associated protein 3
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S31, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ribosomal protein S33
    • タンパク質・ペプチド: Peptide chain release factor 1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ribosomal protein S2
    • タンパク質・ペプチド: Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain containing 1
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S5, mitochondrial isoform X2
    • タンパク質・ペプチド: mS39
    • タンパク質・ペプチド: uS9m
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ribosomal protein S11
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ribosomal protein S34
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: SPERMINE
  • リガンド: SPERMIDINE
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: FE-S-O HYBRID CLUSTER
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: water

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超分子 #1: 28S mammalian mitochondrial small ribosomal subunit with mtRF1, m...

超分子名称: 28S mammalian mitochondrial small ribosomal subunit with mtRF1, mRNA, and P-site tRNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#36
詳細: Mammalian mitochondrial translation termination complex, in vitro reconstituted from porcine mitoribosomal subunits, human mtRF1-3xFLAG, human methionine-tRNA(formyl-methionine), and a ...詳細: Mammalian mitochondrial translation termination complex, in vitro reconstituted from porcine mitoribosomal subunits, human mtRF1-3xFLAG, human methionine-tRNA(formyl-methionine), and a synthetic mRNA (5'-A AUG AGA CAA-3') containing the non-canonical stop codon AGA.
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 組織: Liver / Organelle: Mitochondria / 細胞中の位置: Mitochondrial matrix
分子量理論値: 1.1 MDa

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分子 #1: 39S ribosomal protein L19, mitochondrial

分子名称: 39S ribosomal protein L19, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver
分子量理論値: 34.528809 KDa
配列文字列: MGVVVSTQRA GMAASITRGS WAAVGLGQSF PPTRALLPAP ASVICRTLAG SGRQQVTGSS EPGAFQPPPK PVIVDKRRPQ RPETRFLSP EFIPPRGRTN PLKFQIERKD MLERRKILHI PEFYVGSILR VTTADPYASA KTSQFLGICI QRSGSGLGAT F ILRNTIEG ...文字列:
MGVVVSTQRA GMAASITRGS WAAVGLGQSF PPTRALLPAP ASVICRTLAG SGRQQVTGSS EPGAFQPPPK PVIVDKRRPQ RPETRFLSP EFIPPRGRTN PLKFQIERKD MLERRKILHI PEFYVGSILR VTTADPYASA KTSQFLGICI QRSGSGLGAT F ILRNTIEG QGVEICFELY NPRIQEIQVV KLEKRLDNSL LYLRDALPEY STFDVNMKPI TQEFNQEVPV NQLKVKMKPK PW SKRWERP KFNIKGIRFD LCLTEEQMRE AQKWSQPWLE FDMMREYDTS KIEAAIWDEI EASKNS

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL19m

+
分子 #2: bL31m

分子名称: bL31m / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver
分子量理論値: 15.156537 KDa
配列文字列:
MAAKGSLLRL LWQRVVTGAA PESCRHLYTS SWRADCNRAL LTRLHRQTYA RLYPVLLVKQ DGSTIHIRYR EPRRMLTMPV DLDSLSPEE RRARFRKREA KFKEKKEEPE LSDDFDVEQY KRFWTKK

UniProtKB: Mitochondrial ribosomal protein L55

+
分子 #4: 28S ribosomal protein S35, mitochondrial isoform 1

分子名称: 28S ribosomal protein S35, mitochondrial isoform 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver
分子量理論値: 41.357789 KDa
配列文字列: MITVSCSRGG RARHVSLRSR ASGPPVDSLR ACPLPLAVCA DMAATSLPAW LILKSRAGTF RAFSTAMSPA TRSPRPALRT TERTSKPER ALRRKALPPR TEKMAVDQDW PSVYPVAAPF KPSAVPLPVR MGYPVKRGVP MAKEGNLELL KIPNFLHLTP V AIKRHCEA ...文字列:
MITVSCSRGG RARHVSLRSR ASGPPVDSLR ACPLPLAVCA DMAATSLPAW LILKSRAGTF RAFSTAMSPA TRSPRPALRT TERTSKPER ALRRKALPPR TEKMAVDQDW PSVYPVAAPF KPSAVPLPVR MGYPVKRGVP MAKEGNLELL KIPNFLHLTP V AIKRHCEA LKDFCTEWPA ALDSDEKCEK HFPIEIDTAD YVSAGPSIRN PKARVVTLRV KLSSLNLDDH AKKKLIKLVG DR YCKSTDV LTIKTDRCPL KRQNYDYAVY LLTVLYHESW KTEEWEKKKT EADMEEYIWE NSTSEKNILE TLLQIKAAEK NLE LSKEEL LGTKEVEDYR KSVVSLKNEG DNENTLSQYK ESVKRLLNLA

UniProtKB: 28S ribosomal protein S35, mitochondrial isoform 1

+
分子 #5: Mitochondrial ribosomal protein S24

分子名称: Mitochondrial ribosomal protein S24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver
分子量理論値: 18.935172 KDa
配列文字列:
MVASVCGGGL RPLVLSWSRE LPCAWRALHI SAVCAKNRAA RVRVSKGDKP VTYEEAHAPH YIAHRKGWLS LHTGNLDGED HAAERTVED VFLRKFMLGT FPGCLADQLV LKRRANQLEI CALVLRQLPP HKFYFLVGYS ETLLSHFYKC PVHLHLQTVP S KVVYKYI

UniProtKB: 28S ribosomal protein S24, mitochondrial

+
分子 #6: Aurora kinase A interacting protein 1

分子名称: Aurora kinase A interacting protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver
分子量理論値: 22.843941 KDa
配列文字列: MFLVRLTSQL LRAVPGAGRS GSPRVSEVLG RHACRPRYST QPPGPSGIAS LPGKHVHPEL EEMLVPRKMS ISPLESWLTI RYLLPRLGA GTPGTVSPAQ LYQCPPSQVG EGVKQGDKEV RDTPQMQCKN ILKIRRRKMN HHKYRKLVKR TRFLRRKVRE G RLRQKQVK ...文字列:
MFLVRLTSQL LRAVPGAGRS GSPRVSEVLG RHACRPRYST QPPGPSGIAS LPGKHVHPEL EEMLVPRKMS ISPLESWLTI RYLLPRLGA GTPGTVSPAQ LYQCPPSQVG EGVKQGDKEV RDTPQMQCKN ILKIRRRKMN HHKYRKLVKR TRFLRRKVRE G RLRQKQVK FERDLKRIWQ KAGLKEAPAG WQTPKIYLKN Q

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS38

+
分子 #7: bS6m,Mitochondrial ribosomal protein S6

分子名称: bS6m,Mitochondrial ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7
詳細: NCBI Reference Sequence: XP_020925505.1,NCBI Reference Sequence: XP_020925505.1
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver
分子量理論値: 41.085398 KDa
配列文字列: MGYDPSPVAH SLRLTPTTLG KGPQEAALAA ALEHRAVGRG GRGSTPRVYP AGAARGRRPK RERSGTRMRG QSRGKGARTD QTAPQRTRT RGRTLARSSP RMRRKAWKVP AGSRTIRSKR GGSGSCRVGG VCSSRWQLAE GTRGAALLQW LPGQGAGPRA G CRPQRAGL ...文字列:
MGYDPSPVAH SLRLTPTTLG KGPQEAALAA ALEHRAVGRG GRGSTPRVYP AGAARGRRPK RERSGTRMRG QSRGKGARTD QTAPQRTRT RGRTLARSSP RMRRKAWKVP AGSRTIRSKR GGSGSCRVGG VCSSRWQLAE GTRGAALLQW LPGQGAGPRA G CRPQRAGL SRGRGAAALR RGRGVARGGA WLGEGAWRPV CAAARAFKPG LARPERAFAA WEPSGPAVRQ VSAVPALFHP GR RFREEPR AVHSGMPRYE LALILKAMQR PETAAALKRT LEALMDRGAV VRNLENLGER MLPYKISAHN QRHSRGGYFL VDF YAPATT VESMMEHLSR DIDVIRPNIV KHPLTQEVKE CEGIVPVPLE EKLYSTKKRK

UniProtKB: Mitochondrial ribosomal protein S6

+
分子 #8: Mitochondrial ribosomal protein S7

分子名称: Mitochondrial ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver
分子量理論値: 28.150918 KDa
配列文字列: MAAPAVKAAR GWSCSALGVR IAVLRFPGLT QVRWSRYGPE YKDPQIDKEY YRKPLAEQTE EEKYERDFKK TQLIKAAPAT KTSSVFEDP VISKFTNMMM KGGNKVLARS LMTQTLEAVK RKQFAKYHAA SAEEQATIER NPYTIFHQAL KNCEPVIGLV P ILKGGHFY ...文字列:
MAAPAVKAAR GWSCSALGVR IAVLRFPGLT QVRWSRYGPE YKDPQIDKEY YRKPLAEQTE EEKYERDFKK TQLIKAAPAT KTSSVFEDP VISKFTNMMM KGGNKVLARS LMTQTLEAVK RKQFAKYHAA SAEEQATIER NPYTIFHQAL KNCEPVIGLV P ILKGGHFY QVPVPLADRR RRFLAMKWMI AECREKKHRR VLMPEKLSQE LLEAFHNQGP VIKRKHDMHK MAEANRALAH YR WW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7m

+
分子 #10: Mitochondrial ribosomal protein S10

分子名称: Mitochondrial ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver
分子量理論値: 23.105678 KDa
配列文字列: MAARTAFGAL ARRLWQGSRN FSVSSSRSST AKNGGFLLTT MKWVQFSNLH VDVPKDMTKP EITISDEPDT LYKRLSVLVK GHDKAVLDS YEYFAVLAAK ELGISIKVHE PPRKIERFTL LKSVHIFKKH RVQYEMRTLY RCLELEHLTG STADVYLEYI Q RNLPEGVA ...文字列:
MAARTAFGAL ARRLWQGSRN FSVSSSRSST AKNGGFLLTT MKWVQFSNLH VDVPKDMTKP EITISDEPDT LYKRLSVLVK GHDKAVLDS YEYFAVLAAK ELGISIKVHE PPRKIERFTL LKSVHIFKKH RVQYEMRTLY RCLELEHLTG STADVYLEYI Q RNLPEGVA MEVTKTKLEQ LPEHIRKPIW ETMPEEKEES KS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10m

+
分子 #12: Mitochondrial ribosomal protein S12

分子名称: Mitochondrial ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver
分子量理論値: 15.257107 KDa
配列文字列:
MSWSGLLRGL GTSLNCGLAL VPRPWATRPM ATLNQMHRLG PPKHPPGKMG PTAGRPQLKG VVLRTFIRKP KKPNSANRKC CRVRLSTGR EAVCFIPGEG HSLQEHHVVL VQGGRTQDLP GVKLTVVRGK YDCGHVQKKK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12m

+
分子 #13: Mitochondrial ribosomal protein S14

分子名称: Mitochondrial ribosomal protein S14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver
分子量理論値: 15.120739 KDa
配列文字列:
MAASMLGFLL RTVRQMVPSS ASGQVRSYYV DWKMLRDVKR RKMAYEYADE RLRINSLRKN TILPKDLQEV ADEEIASLPR DSCPVRIRN RCVMTSRPRG VKRRWRLSRI VFRHLADHGQ LSGVQRAMW

UniProtKB: 28S ribosomal protein S14, mitochondrial

+
分子 #14: 28S ribosomal protein S15, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S15, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver
分子量理論値: 29.596867 KDa
配列文字列: MLRAAWRALS SIRTQAVTQA PVLGLPGGGC ARFPSVQRAL PSRPAGLILR AARGYAAQKP GEEQGLTGED RLISHCLCLN IQPNQDDPP PSMLLLDYQN VPGIHKVDDV VKRLLSLEMA NQKEKLKIKK MQLMNKVLEN PEDTSSLEAR IVALTVKIRN Y EEHMQKHR ...文字列:
MLRAAWRALS SIRTQAVTQA PVLGLPGGGC ARFPSVQRAL PSRPAGLILR AARGYAAQKP GEEQGLTGED RLISHCLCLN IQPNQDDPP PSMLLLDYQN VPGIHKVDDV VKRLLSLEMA NQKEKLKIKK MQLMNKVLEN PEDTSSLEAR IVALTVKIRN Y EEHMQKHR KDKAHKRFLL MSIDQRKKML KNLRETNYAV FEKICKELGI EYTFPPPYHR KAHRRWVTKK ALCTQVFREV QK LKKQKRA LRAAAVAAHK QG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15m

+
分子 #15: 28S ribosomal protein S16, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S16, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver
分子量理論値: 15.182668 KDa
配列文字列:
MVQLTTVLCR AYRGGHLTIR LALGGCTNRP FYRIVAAHSK CPRDGRFVEQ LGSYDPLPNS HGEKLVALNF DRIRHWIGCG AHLSKPVEK LLGLSGFYPL HPMMITNAER LRRKRAREVL LASQKTDTEA TETKAS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS16m

+
分子 #16: uS17m

分子名称: uS17m / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver
分子量理論値: 14.452014 KDa
配列文字列:
MSIARSSVHA KWVVGKVIGT AMQKTAKVRV TRLVLDPYLL KYFNKRKTYF AHDALQQCTV GDIVLLKALP VPRTKHVKHE LAEIIFKVG QVIDPVTGKP CAGTTYLESP ISPESTRLTK NLEALQLSST Q

UniProtKB: Mitochondrial ribosomal protein S17

+
分子 #17: 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver
分子量理論値: 29.220465 KDa
配列文字列: MAASILNVLL RRLPGVSPFR GAYGVQVLLQ TLCTKAPPED DSLPQVPISP YKDEPWKYLD SEEYQNRYGS RPVWADYRRN HKGGIPPQR TRKMCIRGNK VAGNPCPICR DQKLHVDFRN VKLLEQFVCA HTGIIFHAPY TGVCMKQHKK LTQAIQKARD H GLLRYHIP ...文字列:
MAASILNVLL RRLPGVSPFR GAYGVQVLLQ TLCTKAPPED DSLPQVPISP YKDEPWKYLD SEEYQNRYGS RPVWADYRRN HKGGIPPQR TRKMCIRGNK VAGNPCPICR DQKLHVDFRN VKLLEQFVCA HTGIIFHAPY TGVCMKQHKK LTQAIQKARD H GLLRYHIP QVEPRDLDFS TTHGAVSSTP PAPTLVSGDP WYPWYSWKQP PERELSRLRR LYQGRLREES GPPPELMPEV PL TAPAEAS STEPGAPQSA L

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS40

+
分子 #18: Mitochondrial ribosomal protein S18C

分子名称: Mitochondrial ribosomal protein S18C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver
分子量理論値: 16.211086 KDa
配列文字列:
MAAVVSLCSR LGRRKSTDFV NAAVCLTDPG THAVLWRSCS QYKQVASNED LPVPMENPYK EPLKKCILCE KHVDYKNVQL LSQFISPFT GCIYGRHITG LCGKKQKEIT KAIKRAQILG FMPVTYKDPA YLKDPKVCNI KYRE

UniProtKB: 28S ribosomal protein S18c, mitochondrial isoform 1

+
分子 #19: 28S ribosomal protein S21, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S21, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver
分子量理論値: 10.724543 KDa
配列文字列:
M(AYA)NHLKFIAR TVMVQEGNVE GAYRTLNRIL TMDGLIEDIK RRRYYEKPCR RRQRESYETC RRIYNMEMAR KINFLM RKN RADPWQGC

UniProtKB: 28S ribosomal protein S21, mitochondrial

+
分子 #20: Mitochondrial ribosomal protein S22

分子名称: Mitochondrial ribosomal protein S22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver
分子量理論値: 43.234645 KDa
配列文字列: MPHEPRETRN LSLPLPALVA RIIMATLKAS ALLRSLQTNS CGTGRVCFPV RARPRPRALL QPLPGASGTG TLCRGLGSES ESGNSEIRK PTFMDEEVQN ILIKMTGLDL QKIFKPALQE LKPPTYKLMT QAQLEEATKQ AVEAAKVRLK MPPVLEERAP I NDVLAEDK ...文字列:
MPHEPRETRN LSLPLPALVA RIIMATLKAS ALLRSLQTNS CGTGRVCFPV RARPRPRALL QPLPGASGTG TLCRGLGSES ESGNSEIRK PTFMDEEVQN ILIKMTGLDL QKIFKPALQE LKPPTYKLMT QAQLEEATKQ AVEAAKVRLK MPPVLEERAP I NDVLAEDK ILEGTETAKY VFTDISYSIP HRERFIVVRE PSGTLRKASW EERDRMIQVY FPREGRRILT PVIFKEENLQ TM YSQDQHV DVLNLCVAQF EPDSAEYIKI HHHTYEDIDK CGKYDLLRST RHFGGMAWYF VNKKKIDGLL IDQIQRDLVS DAT SLVHLY HILHPDGQSA QEAKKQGAEG LHLIKVFAKT EAQKGAYIEL TLQAYQEAFI THSAAS

UniProtKB: Mitochondrial ribosomal protein S22

+
分子 #21: mS23

分子名称: mS23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / 詳細: NCBI Reference Sequence: XP_005669023.1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver
分子量理論値: 21.666674 KDa
配列文字列: MAGSRLETVG SIFSRTRDLI RAGVLKEKPL WLDIYNAFPP LREPVFRRPR LRYGKAKAAV QDIFYHEDRI RAKFYSAYGS GPKAFDLFN PNFKSTCQRF VEKYIELQRL GETDEEKLFV EAGKALLAEG VTLRRVGEAR TQQEGSPISR KSEPTGIKPQ T AVEENQPW ...文字列:
MAGSRLETVG SIFSRTRDLI RAGVLKEKPL WLDIYNAFPP LREPVFRRPR LRYGKAKAAV QDIFYHEDRI RAKFYSAYGS GPKAFDLFN PNFKSTCQRF VEKYIELQRL GETDEEKLFV EAGKALLAEG VTLRRVGEAR TQQEGSPISR KSEPTGIKPQ T AVEENQPW KEVPQDQPLE APEKESKGLP PP

UniProtKB: Mitochondrial ribosomal protein S23

+
分子 #22: Mitochondrial ribosomal protein S25

分子名称: Mitochondrial ribosomal protein S25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver
分子量理論値: 19.954186 KDa
配列文字列:
MPMKGRFPIR RTLQYLGQGD VVFKDSVKVM TVNYNTHGEL GEGARKFVFF NIPQIQYKNP WVQITMFKNM TPSPFLRFYL DSGEQVLVD VESKSNKEIV EHIRKILGKN EETLEKEEQE KKQLSHPAHF GPRKYCLREC MCEVEGQVPC PGLVPLPKEM T GKYKAALK ATAQD

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS25

+
分子 #23: Mitochondrial ribosomal protein S26

分子名称: Mitochondrial ribosomal protein S26 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / 詳細: NCBI Reference Sequence: XP_001924843.2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver
分子量理論値: 23.6379 KDa
配列文字列: MLRVLGGLGA RPAGRLPAPL LLPTRGRKTR HDPPAKSKAG RVATPPAVDP TEFFVLTERY RQYRQTVRAL RLEFMSEVRK KLHEARAGV QAERKAQEDA AEHRELMAWN QAENQRLHEL RLARLRQEAL EQERRQAEEA VLQAREAQAW AQLKEQEVLQ L QEEAKTFI ...文字列:
MLRVLGGLGA RPAGRLPAPL LLPTRGRKTR HDPPAKSKAG RVATPPAVDP TEFFVLTERY RQYRQTVRAL RLEFMSEVRK KLHEARAGV QAERKAQEDA AEHRELMAWN QAENQRLHEL RLARLRQEAL EQERRQAEEA VLQAREAQAW AQLKEQEVLQ L QEEAKTFI TRENLEARVE EALDSPKSYN WAITREGLVV RPQQKGS

UniProtKB: Progonadoliberin

+
分子 #24: Mitochondrial ribosomal protein S27

分子名称: Mitochondrial ribosomal protein S27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver
分子量理論値: 45.761789 KDa
配列文字列: VVKSCRRCLL SAAYVDSHKW EARDKEDCHL ADLASLMDKT YERKLPVSSL TISRFVDNIA SREDIDHAEY YLYKFRHSPN CWYLRDWTI HTWIRQCLKY GAQDKALYTL KNKVQYGIFP DNYTFNLLMD YFIKKENYKD ALSVVFEIMM QEAFEVPSTQ L LSLYVLYH ...文字列:
VVKSCRRCLL SAAYVDSHKW EARDKEDCHL ADLASLMDKT YERKLPVSSL TISRFVDNIA SREDIDHAEY YLYKFRHSPN CWYLRDWTI HTWIRQCLKY GAQDKALYTL KNKVQYGIFP DNYTFNLLMD YFIKKENYKD ALSVVFEIMM QEAFEVPSTQ L LSLYVLYH CLAEKTDLSW EEERNFGASL LLPGLKQKNS VGLSSQLYGY ALLGKVELQQ GLRAVYCNMP LLWQPGYLHR AL QVMEKVA SSPEDGQLCG EALDVLDRVL KAVTAPAQGT SEEQPQEGEE SQRSEELVEQ LDVEETEQSK LPQYLERFEA LRS KLQALG KVESESLLTL STQLAKAQLP TCEAEDIAVY EQRLQQWHGE RVRLIQREQE QRERARQDYE ARRAAKASA

UniProtKB: Mitochondrial ribosomal protein S27

+
分子 #25: Mitoribosomal protein ms28, mrps28

分子名称: Mitoribosomal protein ms28, mrps28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver
分子量理論値: 21.014912 KDa
配列文字列:
MAALCRTRAV TAKSHFLRVF FFSRPCRGTG TESGSGSESS ESTEPKQRPG GFASALERHS ELQQKAEFGR MRGSPKNVES FASMLRHSP LTQMGPAKNK LVIGQIFHIV EDDLYIDFGG KFHCVCKRPE VDGEKYQKGT RVRLRLLDLE LTSRFLGATT D TTILEADA VLLGLQESKD SKSKEERHEK

UniProtKB: 28S ribosomal protein S28, mitochondrial

+
分子 #26: Death associated protein 3

分子名称: Death associated protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver
分子量理論値: 46.966062 KDa
配列文字列: MAQLLANLTS IQVMLKGVTR LISRVHKLDP GHVLYMGTQA PQSLAAHLDN QVPVKSPRAI SRTSEDDPAK HREQHEGQHY NISLQELKT VFPHGLPPRF AMQVKTFNEA CLMVRKPALE LLHYLKNTNF AHPAVRYVLY GEKGTGKTLS LCHILHFCAK Q NWLILHIP ...文字列:
MAQLLANLTS IQVMLKGVTR LISRVHKLDP GHVLYMGTQA PQSLAAHLDN QVPVKSPRAI SRTSEDDPAK HREQHEGQHY NISLQELKT VFPHGLPPRF AMQVKTFNEA CLMVRKPALE LLHYLKNTNF AHPAVRYVLY GEKGTGKTLS LCHILHFCAK Q NWLILHIP DAHIWVKNCR DLLQSNYNKQ RFDQPLEAST WLKNFKTANE HFLSQIKVQE KYVWNKREST EKGRPLGEVV EQ GIMRVRN ATDAVGIVLK ELKRQSSLGI FHLLVAVDGV NALWGRTTLK REDKSPIAPE ELALIHNLRK MVKNDWQGGA IVL TVSQTG SLFKPRNAYL PQELLGKEGF DALDPFIPIL VSNYNPKEFE SCIQYYLENN WLQHEKAHTE EGKKELLFLS NRNP GQLER LCAYL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS29

+
分子 #27: 28S ribosomal protein S31, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S31, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver
分子量理論値: 43.516496 KDa
配列文字列: MLPRVSAVIP LRPLSRLPLC SGGPEASAAA ILLLDSLRGT VRTENNIQRY FGTNNLVYSK KDEQSGPTCE ISKETESKGS VKENSKKDL LNIIKGMKVE LSTVNVQTTK PSNKRQLKNL ETAIGRIKKA PEDTPQKRSE SLSSELVAAV SAVADSLPFD R RMTKSELL ...文字列:
MLPRVSAVIP LRPLSRLPLC SGGPEASAAA ILLLDSLRGT VRTENNIQRY FGTNNLVYSK KDEQSGPTCE ISKETESKGS VKENSKKDL LNIIKGMKVE LSTVNVQTTK PSNKRQLKNL ETAIGRIKKA PEDTPQKRSE SLSSELVAAV SAVADSLPFD R RMTKSELL RQLQKHEEDS RDKKKKLIFS NIISDMKVAR SATARVSTRP VHQIQFDEGT DDFADQEKTL NLKKRKNIFK GR RLNIFEP QAVTEEAPET EAVPSLWDIE FAKQLAAVTE RPFQNGFEEM IQWTKEGKLW EFPINNEAGF DDDGSEFHEH IFL DKYLQD FPKQGPIRHF MELVTCGLSK NPYLSVKQKV EHIEWFRNYF NEKRVILKES GIQLN

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS31

+
分子 #28: Mitochondrial ribosomal protein S33

分子名称: Mitochondrial ribosomal protein S33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver
分子量理論値: 16.971662 KDa
配列文字列:
MRDGFRAPAE VSSLVESPRI GRINFINQLG GLTGTLAPAA QEMSSLSEYA VRMSRLSARL FGEVARPTDS KSMKVVKLFS EQPLAKRKE TYDWYPNHNT YFALMGTLRF LGLYRDEHQD FRDEQLRLKK LRGKGKPRKG EGKRAMKKK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS33

+
分子 #29: Peptide chain release factor 1, mitochondrial

分子名称: Peptide chain release factor 1, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29
詳細: Human mitochondrial release factor 1 (mtRF1), with a C-terminal linker (GGSGGSG) and a 3xFLAG-tag (DYKDHDGDYKDHDIDYKDDDDK), expressed from a pcDNA3.1(+) plasmid in HEK293 EBNA cells.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 55.569742 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MNRHLCVWLF RHPSLNGYLQ CHIQLHSHQF RQIHLDTRLQ VFRQNRNCIL HLLSKNWSRR YCHQDTKMLW KHKALQKYME NLSKEYQTL EQCLQHIPVN EENRRSLNRR HAELAPLAAI YQEIQETEQA IEELESMCKS LNKQDEKQLQ ELALEERQTI D QKINMLYN ...文字列:
MNRHLCVWLF RHPSLNGYLQ CHIQLHSHQF RQIHLDTRLQ VFRQNRNCIL HLLSKNWSRR YCHQDTKMLW KHKALQKYME NLSKEYQTL EQCLQHIPVN EENRRSLNRR HAELAPLAAI YQEIQETEQA IEELESMCKS LNKQDEKQLQ ELALEERQTI D QKINMLYN ELFQSLVPKE KYDKNDVILE VTAGRTTGGD ICQQFTREIF DMYQNYSCYK HWQFELLNYT PADYGGLHHA AA RISGDGV YKHLKYEGGI HRVQRIPEVG LSSRMQRIHT GTMSVIVLPQ PDEVDVKLDP KDLRIDTFRA KGAGGQHVNK TDS AVRLVH IPTGLVVECQ QERSQIKNKE IAFRVLRARL YQQIIEKDKR QQQSARKLQV GTRAQSERIR TYNFTQDRVS DHRI AYEVR DIKEFLCGGK GLDQLIQRLL QSADEEAIAE LLDEHLKSAK GGSGGSGDYK DHDGDYKDHD IDYKDDDDK

UniProtKB: Peptide chain release factor 1, mitochondrial

+
分子 #30: Mitochondrial ribosomal protein S2

分子名称: Mitochondrial ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver
分子量理論値: 31.731604 KDa
配列文字列: MASGPLLPRL LGAGAPRRPL RLHLVPTATP GPAGPTGRTL GSNAAPAARE PELGNDLRDR ILSEPLKHAD FFNLKELFSV RSLFDARVH LGHKAGCRHR FMEPYLFGSR LGQDIIDLEQ TAAHLQLALN FTAHVAYREG IILFVSRHRQ FAHLIETTAR D CGEYAHTR ...文字列:
MASGPLLPRL LGAGAPRRPL RLHLVPTATP GPAGPTGRTL GSNAAPAARE PELGNDLRDR ILSEPLKHAD FFNLKELFSV RSLFDARVH LGHKAGCRHR FMEPYLFGSR LGQDIIDLEQ TAAHLQLALN FTAHVAYREG IILFVSRHRQ FAHLIETTAR D CGEYAHTR YFKGGLLTNA PLLLGPGVRL PDLIIFLHTL NNVFEPHVAV RDAAKMNIPT VGIVDTNCNP ALITYPVPGN DD SPPAVRL FCRLFQVAIS RAKEKRRQVE ALYRLQGPAG AERGPAAPPP PE

UniProtKB: 28S ribosomal protein S2, mitochondrial

+
分子 #31: Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain containing 1

分子名称: Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain containing 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver
分子量理論値: 13.603939 KDa
配列文字列:
M(AYA)TPSLRGRL ARLGNPRRPI LKPNKPLILA NHVGERRREK GEATCITEMS VMMACWKQNE FRDEACRKEI QDFFDC ASR AEAARKMRSI QENLGELGSL PPKKLNKLLH RFPNKPHVS

UniProtKB: Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain containing 1

+
分子 #32: 28S ribosomal protein S5, mitochondrial isoform X2

分子名称: 28S ribosomal protein S5, mitochondrial isoform X2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver
分子量理論値: 48.213074 KDa
配列文字列: MAAAVRAAGF FPGLFGASAG NLWSRQLYLN TFPAASILTS KTFPSNGPLS PPGTRDNHHF TSLACALQTQ CSISSPSNWM GQQYRSYSF FTKLTADELW KGALAESGAG ARKGRGKRTK KKRRKDLNRG QIIGEGRHGF LWPGLNIPLM RNGAVQTIAQ R SKEDQEKV ...文字列:
MAAAVRAAGF FPGLFGASAG NLWSRQLYLN TFPAASILTS KTFPSNGPLS PPGTRDNHHF TSLACALQTQ CSISSPSNWM GQQYRSYSF FTKLTADELW KGALAESGAG ARKGRGKRTK KKRRKDLNRG QIIGEGRHGF LWPGLNIPLM RNGAVQTIAQ R SKEDQEKV EADMVQQREE WDRRRKMKVK RERGWSGNTW GGVSLGPPDP GPNGETYDDF DTRILEVRNV FNMTAKEGRK RS VRVLVAV GNGKGAAGFA IGKATERADA FRKAKNRAVH YLHYIERYED HTIYHDISLK FKRTHIKMKK QPRGYGLHCH RAI MTICRL IGIKDLYAKV SGSVNMLNLT RGLFLGLSRQ ETHQQLADKK SLHVVEFREE CGPLPIVVAS PQGALRKDPE PEDE VPDIT LDWEDVKAAQ GMKRSVWSGL KRAAT

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5m

+
分子 #33: mS39

分子名称: mS39 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / 詳細: NCBI Reference Sequence: XP_005662461.1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver
分子量理論値: 78.518156 KDa
配列文字列: MAAVASARWL GVRSGLCLPL TGRRVGPCGR TPRSRFYSGS AAHPEVEGAN VTGIEEVVIP KKKTWDKVAI LQALASTVHR DSTAAPYVF QDDPYLIPTS SVESHSFLLA KKSGENAAKF IINSYPKYFQ KDIAEPHIPC LMPEYFEPQI EDVSEAALQE R IKLRKVKA ...文字列:
MAAVASARWL GVRSGLCLPL TGRRVGPCGR TPRSRFYSGS AAHPEVEGAN VTGIEEVVIP KKKTWDKVAI LQALASTVHR DSTAAPYVF QDDPYLIPTS SVESHSFLLA KKSGENAAKF IINSYPKYFQ KDIAEPHIPC LMPEYFEPQI EDVSEAALQE R IKLRKVKA SVDMFDQLLQ AGTTVSLETT NSLLDLLCYY GNQEPSANYN FQQREQSEEL EEATEADNEK SKTKAGHHLG VT WRTKNNA ERIFALMPEK NAHSYCTMIR GMVKHQAPTQ ALNLYTVLLN NRLRADVYTF NSLIEATALV VNEKFEEKWN NIL DLLKQM VTQNVKPNLQ TFNTILKCLR RFYAFGKLPA LQTLREMKAI GIEPSLATYH YVIQLFYQHE SPSKGSSLII YDIM NEVMG KRFSPRDPDD DMFFQSAMRV CSSLRDLELA YQVHGLLNTG DNWKLIGSDH RRNFYYSKFF NLLCFMEQID VTLKW YKDL IPSVFFPHSQ TMIDLLQALD VANRLDMVPQ IWKDSKEYGH TFRNELKEEI LMLMARDQHP PELQVAFADC AADIKS TYE SQDARQTAPE WPASSLNYVA VLFLRAGRTQ EAWKMLGLFR KHNKIPRAEL LNEFLDSAKA SSSPAQAIEL VKLASAF SL PVCEGLTRRV MAEFTLTQEQ REALGELTAL TSDSSSDSDS DSDSDISEGK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS39

+
分子 #34: uS9m

分子名称: uS9m / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver
分子量理論値: 45.60457 KDa
配列文字列: MAAPCVFCGA AVSYRLFLGC RVSFARGQVL WKAAAPELQA GARCQILRLR HTAVVTTKKN VAASRRETYT VDFIKKQIEE FNIGKRHLA NMMGEDPETF TQEDIDRAIA YLFPSGLFEK RARPIMKHPE EIFPKQRAIQ WGEDGRPFHF LFYTGKQSYY S LMHDTYGK ...文字列:
MAAPCVFCGA AVSYRLFLGC RVSFARGQVL WKAAAPELQA GARCQILRLR HTAVVTTKKN VAASRRETYT VDFIKKQIEE FNIGKRHLA NMMGEDPETF TQEDIDRAIA YLFPSGLFEK RARPIMKHPE EIFPKQRAIQ WGEDGRPFHF LFYTGKQSYY S LMHDTYGK LLDVEKHHNQ LRAKDLLAEK TKILKDPIGS RWLIKEELEE MLVEKLSDQD YAQFIRLLER LSALPCGATE ED FVNRFRR SIPIQSKKQL IEPLQYDEQG MAFSRGEGKR KTAKAEVVVY GQGSGRIDVN GVDYLLYFPV TQDREQLMFP LHF LDRLGK HDMTCAVSGG GRSAQAGAVR LAMARALCSF VTEDEVEWMR QAGLLTADPR VRERKKPGQE GARRKFTWKK R

UniProtKB: 28S ribosomal protein S9, mitochondrial

+
分子 #35: Mitochondrial ribosomal protein S11

分子名称: Mitochondrial ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver
分子量理論値: 20.856934 KDa
配列文字列: MQVVRNAGSR LLQSWAWPPK TRIVAGLPAS TIHRSAPHLQ DAAAKLDIED KEEARTPSHS SFSIYPPIPG QENSLRWAGK KFEEIPIAH IKASYNNTQI QVVSAAHQPL AHASCGTEGF RNAKKGTGIA AQTAGIAAAA KATGKGVTHV RVVVKGLGPG R LSAIKGLT ...文字列:
MQVVRNAGSR LLQSWAWPPK TRIVAGLPAS TIHRSAPHLQ DAAAKLDIED KEEARTPSHS SFSIYPPIPG QENSLRWAGK KFEEIPIAH IKASYNNTQI QVVSAAHQPL AHASCGTEGF RNAKKGTGIA AQTAGIAAAA KATGKGVTHV RVVVKGLGPG R LSAIKGLT MGGLEVISIT DNTPIPH(5F0)GC RPRKARRL

UniProtKB: Mitochondrial ribosomal protein S11

+
分子 #36: Mitochondrial ribosomal protein S34

分子名称: Mitochondrial ribosomal protein S34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver
分子量理論値: 55.714398 KDa
配列文字列: MRERRLLGRV TQDTHTGRAR IWLHSAPPEA PGRALGLHTV LTAQGVQGLH QDVGSSIFQD GWDGERRVSC HSFFSPRRDT TGVRRADPQ PRQHVDKTLI GSGSQSAGPS VSSSSPTGKP APVPGRLTAF REALPCRSQA DYHLSGLRGT SEESIPPPAA H WARPHLGP ...文字列:
MRERRLLGRV TQDTHTGRAR IWLHSAPPEA PGRALGLHTV LTAQGVQGLH QDVGSSIFQD GWDGERRVSC HSFFSPRRDT TGVRRADPQ PRQHVDKTLI GSGSQSAGPS VSSSSPTGKP APVPGRLTAF REALPCRSQA DYHLSGLRGT SEESIPPPAA H WARPHLGP RAPPGAARPA RVAAAAVPWP PPCAPPPGPG RSRRPRAGGT LGVRVRDLPG RGPPRSPAPA PARAPGPPSS SV GHGPPGL FCASGRARTP LRETPAASGI GRARRRAAAS SGQSTEAPAA MARKKVRPRL IAELARRVRA LREQRERPRD SQR YALDYE TMMRPHSGNR LPMRAWADVR HESRLLQLLN RLPLFGLGRL VTRKSWLWQH DEPCYWRLTR VRPDYAAENL DHGK AWGIL TFKGKTESEA REIEQVMYHD WRLVPKHEEE AFTAFTLVPE DTPLSVPYPP LLRAMILAQR QKYGDTSTEE PMLNL ERAR IDPWDYPAKL EAKTKTKGAA V

UniProtKB: Mitochondrial ribosomal protein S34

+
分子 #3: 12S rRNA

分子名称: 12S rRNA / タイプ: rna / ID: 3
詳細: Corresponds to NCBI reference sequence NC_012095.1 (positions 70-1031)
コピー数: 1
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver
分子量理論値: 309.08725 KDa
配列文字列: ACACAGGUUU GGUCCUGGCC UUUCUAUUAA UUCUUAAUAA AAUUACACAU GCAAGUAUCC GCGCCCCGGU GAGAAUGCCC UCCAGAUCU UAAAGAUCAA AAGGAGCAGG UAUCAAGCAC ACCUAUAACG GUAGCUCAUA ACGCCUUGCU CAACCACACC C CCACGGGA ...文字列:
ACACAGGUUU GGUCCUGGCC UUUCUAUUAA UUCUUAAUAA AAUUACACAU GCAAGUAUCC GCGCCCCGGU GAGAAUGCCC UCCAGAUCU UAAAGAUCAA AAGGAGCAGG UAUCAAGCAC ACCUAUAACG GUAGCUCAUA ACGCCUUGCU CAACCACACC C CCACGGGA AACAGCAGUG AUAAAAAUUA AGCCAUGAAC GAAAGUUUGA CUAAGUUAUA UUAAUUAGAG UUGGUAAAUC UC GUGCCAG CCACCGCGGU CAUACGAUUA ACCCAAAUUA AUAGAUCCAC GGCGUAAAGA GUGUUUAAGA AAAAAAAUCA CAA UAGAGU UAAAUUAUAA CUAAGCUGUA AAAAGCCCUA GUUAAAAUAA AAUAACCCAC GAAAGUGACU CUAAUAAUCC UGAC ACACG AUAGCUAGGA CCCAAACUGG GA(5MU)UAGAUAC CCCACUAUGC CUAGCCCUAA ACCCAAAUAG UUACAUAACA A AACUAUUC GCCAGAGUAC UACUCGCAAC UGCCUAAAAC UCAAAGGACU UGGCGGUGCU UCACAUCCAC CUAGAGGAGC CU GUUCUAU AAUCGAUAAA CCCCGAUAGA CCUUACCAAC CCUUGCCAAU UCAGCCUAUA UACCGCCAUC UUCAGCAAAC CCU AAAAAG GAACAAUAGU AAGCACAAUC AUAGCACAUA AAAACGUUAG GUCAAGGUGU AGCUUAUGGG UUGGAAAGAA AUGG GCUAC AUUUUCUACA UAAGAAUAUC CACCACACGA AAGUUUUUAU GAAACUAAAA ACCAAAGGAG GAUUUAGCAG UAAAU CAAG AAUAGAGUGC UUGAUUGAAU AAGGCCAUGA AGCACGCACA CACCG(B8T)C(5MC)GU CACCCUCCUC AAGCAUGU A GUAAUAAAAA UAACCUAUAU UCAAUUACAC AACCAUGCAA GAAGAGACAA GUCGUAACAA GGUAAGCAUA CUGG(MA6) (MA6)AGU GUGCUUGGAU UACC

GENBANK: GENBANK: NC_012095.1

+
分子 #9: P-site Met-tRNA(fMet)

分子名称: P-site Met-tRNA(fMet) / タイプ: rna / ID: 9
詳細: Corresponds to GenBank sequence ID LC530718.1 (positions 1-71). In vitro transcribed human tRNA with formyl-methionine attached to the CCA-end of the tRNA.
コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.823703 KDa
配列文字列:
AGUAAGGUCA GCUAAAUAAG CUAUCGGGCC CAUACCCCGA AAAUGUUGGU UAUACCCUUC CCGUACUACC A(FME)

+
分子 #11: mRNA

分子名称: mRNA / タイプ: rna / ID: 11 / 詳細: Synthetic mRNA / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 2.902831 KDa
配列文字列:
AAUGAGACA

+
分子 #37: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 127 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #38: SPERMINE

分子名称: SPERMINE / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 1 / 式: SPM
分子量理論値: 202.34 Da
Chemical component information

ChemComp-SPM:
SPERMINE / スペルミン

+
分子 #39: SPERMIDINE

分子名称: SPERMIDINE / タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 1 / 式: SPD
分子量理論値: 145.246 Da
Chemical component information

ChemComp-SPD:
SPERMIDINE / スペルミジン

+
分子 #40: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 40 / コピー数: 11 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

+
分子 #41: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 41 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #42: FE-S-O HYBRID CLUSTER

分子名称: FE-S-O HYBRID CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 42 / コピー数: 2 / 式: FS2
分子量理論値: 335.508 Da
Chemical component information

ChemComp-FS2:
FE-S-O HYBRID CLUSTER

+
分子 #43: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 43 / コピー数: 1 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #44: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 44 / コピー数: 1 / 式: GDP
分子量理論値: 443.201 Da
Chemical component information

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #45: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 45 / コピー数: 3 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
100.0 mMKClpotassium chloride
20.0 mMMgCl2magnesium chloride

詳細: 20mM HEPES-KOH pH=7.5, 100mM KCl, 20mM MgCl2, ~1% sucrose (from mtRF1 storage buffer)
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #0 - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #1 - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細In vitro reconstituted complex (55S). Focused refinement on small subunit.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6973 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Micrographs were motion corrected and CTF parameters were estimated using Cryosparc live v4.
粒子像選択選択した数: 1471587
詳細: Particles were picked with blob picker in Cryosparc live v4.
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

2914


詳細: low-pass filtered to 40A
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4) / 使用した粒子像数: 50622
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4)
詳細: Homogeneous refinement (Cryosparc v4) of all particles with EMD-2914 (low-pass filtered to 40A) as initial reference
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain詳細

7nqh

source_name: PDB, initial_model_type: experimental modelSus scrofa mitoribosome

7qi4

source_name: PDB, initial_model_type: experimental modelHigh-res mammalian mitoribosome

0-f1

source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico modelmtRF1 model prediction
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8oip:
28S mammalian mitochondrial small ribosomal subunit with mtRF1 and P-site tRNA

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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