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万見
- EMDB-2914: Cryo-EM reconstruction of the mammalian 55S mitoribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2914
タイトルCryo-EM reconstruction of the mammalian 55S mitoribosome
マップデータReconstruction of the 55S mammalian mitoribosome
試料
  • 試料: 55S mammalian mitochondrial ribosome
  • 複合体: 28S small subunit of the mitochondrial ribosome
  • 複合体: 39S large subunit of the mitochondrial ribosome
キーワードmammalian mitochondrial ribosome / 55S mitoribosome / translation / ribosomal proteins / rRNA / tRNA / mRNA / decoding / exit tunnel
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / rRNA import into mitochondrion / mitochondrial translational termination / mitochondrial ribosome assembly / mitochondrial translational elongation / ribonuclease III activity / translation release factor activity, codon nonspecific / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial large ribosomal subunit ...Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / rRNA import into mitochondrion / mitochondrial translational termination / mitochondrial ribosome assembly / mitochondrial translational elongation / ribonuclease III activity / translation release factor activity, codon nonspecific / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial large ribosomal subunit / peptidyl-tRNA hydrolase / mitochondrial ribosome / mitochondrial small ribosomal subunit / peptidyl-tRNA hydrolase activity / mitochondrial translation / organelle membrane / ribosomal small subunit binding / RNA processing / cell junction / regulation of translation / large ribosomal subunit / double-stranded RNA binding / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / rRNA binding / nuclear body / ribosome / structural constituent of ribosome / protein domain specific binding / translation / ribonucleoprotein complex / intracellular membrane-bounded organelle / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Coiled-coil domain-containing protein 142 / : / Coiled-coil protein 142 / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1 / Cysteine alpha-hairpin motif superfamily / 28S ribosomal protein S26 / Mitochondrial ribosome subunit S26 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S31 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S31 / 28S ribosomal protein S24, mitochondrial ...Coiled-coil domain-containing protein 142 / : / Coiled-coil protein 142 / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1 / Cysteine alpha-hairpin motif superfamily / 28S ribosomal protein S26 / Mitochondrial ribosome subunit S26 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S31 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S31 / 28S ribosomal protein S24, mitochondrial / Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3 / 28S ribosomal protein S17, mitochondrial / 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial / : / : / Mitochondrial ribosome subunit S24 / Small ribosomal subunit protein uS5m, N-terminal / Small ribosomal subunit protein mS39, PPR / Pentatricopeptide repeat domain / Ribosomal protein S27/S33, mitochondrial / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal subunit S27 / Ribosomal protein L35, mitochondrial / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial, conserved domain / Mitochondrial ribosomal subunit protein / 39S ribosomal protein L52, mitochondrial / Mitoribosomal protein mL52 / : / MRPL44, double-stranded RNA binding domain / : / MRPL44 dsRNA-binding domain / Large ribosomal subunit protein mL44, endonuclease domain / : / Large ribosomal subunit protein bL9m C-terminal domain / Mitochondrial ribosomal protein L46 NUDIX / Ribosomal protein L46, N-terminal / 39S mitochondrial ribosomal protein L46 / Ribosomal protein L50, mitochondria / Ribosomal subunit 39S / Pentatricopeptide repeat / : / 39S ribosomal protein L46, mitochondrial / 39S ribosomal protein L43/54S ribosomal protein L51 / Phosphatidylethanolamine-binding protein, eukaryotic / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein / PEBP-like superfamily / Peptide chain release factor class I / RF-1 domain / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / CHCH / CHCH domain / : / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein L15, bacterial-type
類似検索 - ドメイン・相同性
39S ribosomal protein L18, mitochondrial isoform 1 / 39S ribosomal protein L18, mitochondrial isoform 1 / Large ribosomal subunit protein uL24m / Large ribosomal subunit protein uL16m / Uncharacterized protein / : / : / Small ribosomal subunit protein mS31 / Large ribosomal subunit protein bL17m / Large ribosomal subunit protein uL14m ...39S ribosomal protein L18, mitochondrial isoform 1 / 39S ribosomal protein L18, mitochondrial isoform 1 / Large ribosomal subunit protein uL24m / Large ribosomal subunit protein uL16m / Uncharacterized protein / : / : / Small ribosomal subunit protein mS31 / Large ribosomal subunit protein bL17m / Large ribosomal subunit protein uL14m / Mitochondrial ribosomal protein S18A / Mitochondrial ribosomal protein L2 / 39S ribosomal protein L15, mitochondrial / 39S ribosomal protein L27, mitochondrial / Large ribosomal subunit protein uL11m / : / Large ribosomal subunit protein mL38 / Large ribosomal subunit protein uL10m / Large ribosomal subunit protein bL21m / 28S ribosomal protein S2, mitochondrial / : / Mitochondrial ribosomal protein L4 / Small ribosomal subunit protein mS26 / Small ribosomal subunit protein mS33 / Large ribosomal subunit protein mL43 / Large ribosomal subunit protein mL52 / 39S ribosomal protein L18, mitochondrial isoform 1 / 28S ribosomal protein S35, mitochondrial isoform 1 / Coiled-coil domain containing 142 / Large ribosomal subunit protein mL44 / Large ribosomal subunit protein mL46 / : / Mitochondrial ribosomal protein S24 / Large ribosomal subunit protein uL30m / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain containing 1 / Small ribosomal subunit protein uS5m / : / Large ribosomal subunit protein bL35m / : / Large ribosomal subunit protein mL50 / : / Large ribosomal subunit protein bL19m / : / Large ribosomal subunit protein bL9m / Large ribosomal subunit protein bL32m / Small ribosomal subunit protein mS39 / Small ribosomal subunit protein mS40 / Large ribosomal subunit protein mL62 / Large ribosomal subunit protein bL34m
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Greber BJ / Bieri P / Leibundgut M / Leitner A / Aebersold R / Boehringer D / Ban N
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Ribosome. The complete structure of the 55S mammalian mitochondrial ribosome.
著者: Basil J Greber / Philipp Bieri / Marc Leibundgut / Alexander Leitner / Ruedi Aebersold / Daniel Boehringer / Nenad Ban /
要旨: Mammalian mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) synthesize mitochondrially encoded membrane proteins that are critical for mitochondrial function. Here we present the complete atomic structure of ...Mammalian mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) synthesize mitochondrially encoded membrane proteins that are critical for mitochondrial function. Here we present the complete atomic structure of the porcine 55S mitoribosome at 3.8 angstrom resolution by cryo-electron microscopy and chemical cross-linking/mass spectrometry. The structure of the 28S subunit in the complex was resolved at 3.6 angstrom resolution by focused alignment, which allowed building of a detailed atomic structure including all of its 15 mitoribosomal-specific proteins. The structure reveals the intersubunit contacts in the 55S mitoribosome, the molecular architecture of the mitoribosomal messenger RNA (mRNA) binding channel and its interaction with transfer RNAs, and provides insight into the highly specialized mechanism of mRNA recruitment to the 28S subunit. Furthermore, the structure contributes to a mechanistic understanding of aminoglycoside ototoxicity.
履歴
登録2015年2月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年3月11日-
マップ公開2015年4月15日-
更新2015年6月24日-
現状2015年6月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5aj4
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMDB_2914_55...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2914.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of the 55S mammalian mitoribosome
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.39 Å/pix.
x 256 pix.
= 355.84 Å		1.39 Å/pix.
x 256 pix.
= 355.84 Å		1.39 Å/pix.
x 256 pix.
= 355.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.39 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.18619975 - 0.39100313
平均 (標準偏差)0.00375944 (±0.0204599)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin323232
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 355.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.391.391.39
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z355.840355.840355.840
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-24-24-24
NX/NY/NZ494949
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS323232
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.1860.3910.004

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 55S mammalian mitochondrial ribosome

全体名称: 55S mammalian mitochondrial ribosome
要素
  • 試料: 55S mammalian mitochondrial ribosome
  • 複合体: 28S small subunit of the mitochondrial ribosome
  • 複合体: 39S large subunit of the mitochondrial ribosome

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超分子 #1000: 55S mammalian mitochondrial ribosome

超分子名称: 55S mammalian mitochondrial ribosome / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: monomer / Number unique components: 2
分子量理論値: 2.7 MDa

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超分子 #1: 28S small subunit of the mitochondrial ribosome

超分子名称: 28S small subunit of the mitochondrial ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No
Ribosome-details: ribosome-eukaryote: SSU mitochondrial 28S, SSU mitochondrial RNA 12S
Ref GO0: GO:0005761
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 別称: Domestic pig / 組織: Liver / Organelle: Mitochondrion
分子量理論値: 1.1 MDa

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超分子 #2: 39S large subunit of the mitochondrial ribosome

超分子名称: 39S large subunit of the mitochondrial ribosome / タイプ: complex / ID: 2 / 組換発現: No
Ribosome-details: ribosome-eukaryote: LSU mitochondrial 39S, LSU mitochondrial RNA 16S
Ref GO0: GO:0005761
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 別称: Domestic pig / 組織: Liver / Organelle: mitochondrion
分子量理論値: 1.6 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20 mM HEPES-KOH, 50 mM KCl, 1 mM DTT, 40 mM MgCl2
グリッド詳細: 200 mesh Quantifoil R 2/2 holey carbon grids with a thin continuous carbon support film applied
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE MIXTURE / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法 #1

Microscopy ID1
顕微鏡FEI TITAN KRIOS
詳細movie mode readout in FEI EPU: 7 frames per exposure
日付2014年5月3日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 平均電子線量: 20 e/Å2
詳細: movie mode readout in FEI EPU: 7 frames per exposure
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 100720 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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電子顕微鏡法 #2

Microscopy ID2
顕微鏡FEI TITAN KRIOS
詳細movie mode readout in FEI EPU: 7 frames per exposure
日付2014年5月30日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 平均電子線量: 20 e/Å2
詳細: movie mode readout in FEI EPU: 7 frames per exposure
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 100720 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particles were selected in batchboxer (EMAN 1.9) and extracted using RELION 1.2.
CTF補正詳細: per detector frame
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: CTFFIND3, RELION, 1.2, 1.3 / 使用した粒子像数: 60872

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4v1a

ソフトウェア名称: Chimera
詳細The coordinate model of the 39S subunit was fitted into the cryo-EM density using Chimera. The model was then adjusted using COOT (RNA) and O (proteins).
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-5aj4:
Structure of the 55S mammalian mitoribosome.

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

4v19

ソフトウェア名称: Chimera
詳細The coordinate model of the 39S subunit was fitted into the cryo-EM density using Chimera. The model was then adjusted using COOT (RNA) and O (proteins).
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-5aj4:
Structure of the 55S mammalian mitoribosome.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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