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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16339 | |||||||||
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タイトル | RNA polymerase II core pre-initiation complex focused map | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Mammalian PIC / +1 nucleosome / transcription initiation / TRANSCRIPTION | |||||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Abril-Garrido J / Dienemann C / Grabbe F / Velychko T / Lidschreiber M / Wang H / Cramer P | |||||||||
資金援助 | ドイツ, European Union, 2件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023 タイトル: Structural basis of transcription reduction by a promoter-proximal +1 nucleosome. 著者: Julio Abril-Garrido / Christian Dienemann / Frauke Grabbe / Taras Velychko / Michael Lidschreiber / Haibo Wang / Patrick Cramer / 要旨: At active human genes, the +1 nucleosome is located downstream of the RNA polymerase II (RNA Pol II) pre-initiation complex (PIC). However, at inactive genes, the +1 nucleosome is found further ...At active human genes, the +1 nucleosome is located downstream of the RNA polymerase II (RNA Pol II) pre-initiation complex (PIC). However, at inactive genes, the +1 nucleosome is found further upstream, at a promoter-proximal location. Here, we establish a model system to show that a promoter-proximal +1 nucleosome can reduce RNA synthesis in vivo and in vitro, and we analyze its structural basis. We find that the PIC assembles normally when the edge of the +1 nucleosome is located 18 base pairs (bp) downstream of the transcription start site (TSS). However, when the nucleosome edge is located further upstream, only 10 bp downstream of the TSS, the PIC adopts an inhibited state. The transcription factor IIH (TFIIH) shows a closed conformation and its subunit XPB contacts DNA with only one of its two ATPase lobes, inconsistent with DNA opening. These results provide a mechanism for nucleosome-dependent regulation of transcription initiation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16339.map.gz | 79.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-16339-v30.xml emd-16339.xml | 18.9 KB 18.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_16339_fsc.xml | 10.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_16339.png | 72.8 KB | ||
マスクデータ | emd_16339_msk_1.map | 103 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_16339_additional_1.map.gz emd_16339_half_map_1.map.gz emd_16339_half_map_2.map.gz | 89.3 MB 80.3 MB 80.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16339 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16339 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_16339_validation.pdf.gz | 956.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_16339_full_validation.pdf.gz | 956.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_16339_validation.xml.gz | 17.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_16339_validation.cif.gz | 23.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16339 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16339 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16339.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_16339_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_16339_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_16339_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_16339_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : RNA polymerase II core pre-initiation complex
全体 | 名称: RNA polymerase II core pre-initiation complex |
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要素 |
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-超分子 #1: RNA polymerase II core pre-initiation complex
超分子 | 名称: RNA polymerase II core pre-initiation complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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分子量 | 理論値: 800 KDa |
-超分子 #2: Mammalian RNA polymerase II
超分子 | 名称: Mammalian RNA polymerase II / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Sus scrofa (ブタ) |
-超分子 #3: General transcription factors
超分子 | 名称: General transcription factors / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 3 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 36478 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 50.45 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.3 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |