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- EMDB-15924: S. cerevisiae pol alpha - replisome complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15924
タイトルS. cerevisiae pol alpha - replisome complex
マップデータPol alpha - replisome complex. Locally filtered
試料
  • 複合体: S. cerevisiae replisome - pol alpha primase complex
    • タンパク質・ペプチド: x 18種
    • DNA: x 2種
  • リガンド: x 3種
キーワードReplication / helicase / polymerase / pol alpha / priming / replisome
機能・相同性
機能・相同性情報


Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / H3-H4 histone complex chaperone activity / Unwinding of DNA / maintenance of DNA repeat elements / regulation of nuclear cell cycle DNA replication / DNA replication initiation / replication fork arrest / meiotic chromosome segregation / RNA-templated DNA biosynthetic process / Processive synthesis on the lagging strand ...Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / H3-H4 histone complex chaperone activity / Unwinding of DNA / maintenance of DNA repeat elements / regulation of nuclear cell cycle DNA replication / DNA replication initiation / replication fork arrest / meiotic chromosome segregation / RNA-templated DNA biosynthetic process / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / MCM core complex / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / GINS complex / MCM complex binding / mitotic DNA replication preinitiation complex assembly / nuclear DNA replication / Polymerase switching / premeiotic DNA replication / replication fork protection complex / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / anaphase-promoting complex binding / alpha DNA polymerase:primase complex / mitotic DNA replication / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication checkpoint signaling / CMG complex / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / nuclear pre-replicative complex / Activation of ATR in response to replication stress / DNA replication preinitiation complex / MCM complex / telomere capping / lagging strand elongation / mitotic DNA replication checkpoint signaling / double-strand break repair via break-induced replication / mitotic DNA replication initiation / cellular response to osmotic stress / DNA replication, synthesis of primer / single-stranded DNA helicase activity / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / silent mating-type cassette heterochromatin formation / DNA biosynthetic process / mitotic sister chromatid cohesion / DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA synthesis involved in DNA repair / leading strand elongation / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / nuclear replication fork / replication fork processing / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / Ub-specific processing proteases / subtelomeric heterochromatin formation / telomere maintenance / DNA helicase activity / nuclear periphery / replication fork / meiotic cell cycle / transcription elongation by RNA polymerase II / helicase activity / DNA-templated DNA replication / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / DNA-directed RNA polymerase activity / nuclear envelope / heterochromatin formation / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA helicase / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / chromosome, telomeric region / DNA replication / protein stabilization / DNA repair / nucleotide binding / DNA damage response / chromatin binding / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA replication checkpoint mediator, MRC1 domain / MRC1-like domain / Claspin / Chromosome segregation in meiosis protein 3 / TIPIN/Csm3/Swi3 / Replication Fork Protection Component Swi3 / : / DNA polymerase alpha subunit B, OB domain / Timeless, N-terminal / Timeless ...DNA replication checkpoint mediator, MRC1 domain / MRC1-like domain / Claspin / Chromosome segregation in meiosis protein 3 / TIPIN/Csm3/Swi3 / Replication Fork Protection Component Swi3 / : / DNA polymerase alpha subunit B, OB domain / Timeless, N-terminal / Timeless / Timeless protein / DNA polymerase alpha, subunit B / DNA primase, small subunit, eukaryotic/archaeal / DNA primase, large subunit, eukaryotic / DNA primase, small subunit / DNA primase small subunit / DNA primase large subunit, eukaryotic/archaeal / DNA polymerase alpha catalytic subunit, N-terminal domain / DNA polymerase alpha, zinc finger domain superfamily / Eukaryotic and archaeal DNA primase, large subunit / DNA Polymerase alpha zinc finger / DNA polymerase alpha subunit p180 N terminal / Zinc finger, DNA-directed DNA polymerase, family B, alpha / DNA polymerase alpha catalytic subunit, catalytic domain / : / PSF2 N-terminal domain / : / : / PSF3 N-terminal domain / PSF1 C-terminal domain / CDC45 family / DNA replication complex GINS protein Psf2 / CDC45 / GINS complex, subunit Psf3 / DNA replication complex GINS protein SLD5, C-terminal / GINS complex, subunit Psf3 superfamily / GINS complex protein Sld5, alpha-helical domain / DNA replication complex GINS protein SLD5 C-terminus / GINS complex subunit Sld5 / : / MCM3 winged helix domain / GINS subunit, domain A / GINS complex protein helical bundle domain / GINS complex, subunit Psf1 / GINS, helical bundle-like domain superfamily / DNA polymerase alpha/delta/epsilon, subunit B / DNA polymerase alpha/epsilon subunit B / : / MCM5, C-terminal domain / DNA replication licensing factor MCM7, winged helix / DNA replication licensing factor Mcm5 / MCM4, winged helix domain / DNA replication licensing factor Mcm3 / Mini-chromosome maintenance complex protein 4 / : / MCM3-like, winged helix domain / DNA replication licensing factor Mcm6 / DNA replication licensing factor Mcm7 / Mcm6, C-terminal winged-helix domain / MCM6 C-terminal winged-helix domain / DNA replication licensing factor Mcm2 / Mini-chromosome maintenance protein 2 / Mini-chromosome maintenance, conserved site / MCM family signature. / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B signature. / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA primase small subunit / DNA polymerase alpha catalytic subunit A / DNA primase large subunit / DNA replication licensing factor MCM3 / Mediator of replication checkpoint protein 1 / DNA replication licensing factor MCM2 / Minichromosome maintenance protein 5 / DNA replication licensing factor MCM4 / DNA polymerase alpha subunit B / DNA replication licensing factor MCM7 ...DNA primase small subunit / DNA polymerase alpha catalytic subunit A / DNA primase large subunit / DNA replication licensing factor MCM3 / Mediator of replication checkpoint protein 1 / DNA replication licensing factor MCM2 / Minichromosome maintenance protein 5 / DNA replication licensing factor MCM4 / DNA polymerase alpha subunit B / DNA replication licensing factor MCM7 / DNA replication complex GINS protein PSF2 / DNA replication licensing factor MCM6 / Topoisomerase 1-associated factor 1 / DNA replication complex GINS protein SLD5 / Chromosome segregation in meiosis protein 3 / Cell division control protein 45 / DNA replication complex GINS protein PSF3 / DNA replication complex GINS protein PSF1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Jones ML / Yeeles JTP
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/12 英国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: How Pol α-primase is targeted to replisomes to prime eukaryotic DNA replication.
著者: Morgan L Jones / Valentina Aria / Yasemin Baris / Joseph T P Yeeles /
要旨: During eukaryotic DNA replication, Pol α-primase generates primers at replication origins to start leading-strand synthesis and every few hundred nucleotides during discontinuous lagging-strand ...During eukaryotic DNA replication, Pol α-primase generates primers at replication origins to start leading-strand synthesis and every few hundred nucleotides during discontinuous lagging-strand replication. How Pol α-primase is targeted to replication forks to prime DNA synthesis is not fully understood. Here, by determining cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of budding yeast and human replisomes containing Pol α-primase, we reveal a conserved mechanism for the coordination of priming by the replisome. Pol α-primase binds directly to the leading edge of the CMG (CDC45-MCM-GINS) replicative helicase via a complex interaction network. The non-catalytic PRIM2/Pri2 subunit forms two interfaces with CMG that are critical for in vitro DNA replication and yeast cell growth. These interactions position the primase catalytic subunit PRIM1/Pri1 directly above the exit channel for lagging-strand template single-stranded DNA (ssDNA), revealing why priming occurs efficiently only on the lagging-strand template and elucidating a mechanism for Pol α-primase to overcome competition from RPA to initiate primer synthesis.
履歴
登録2022年10月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月9日-
マップ公開2023年8月9日-
更新2023年8月30日-
現状2023年8月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15924.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15924.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Pol alpha - replisome complex. Locally filtered
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.27 Å/pix.
x 220 pix.
= 498.806 Å		2.27 Å/pix.
x 220 pix.
= 498.806 Å		2.27 Å/pix.
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ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.2673 Å
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ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.68
最小 - 最大-6.1066723 - 11.148357000000001
平均 (標準偏差)0.035365876 (±0.30480275)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 498.80597 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #2

ファイルemd_15924_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

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ヒストグラム

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追加マップ: #1

ファイルemd_15924_additional_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_15924_half_map_1.map
注釈Half map A
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軸ZYX

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_15924_half_map_2.map
注釈Half map B
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軸ZYX

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ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : S. cerevisiae replisome - pol alpha primase complex

全体名称: S. cerevisiae replisome - pol alpha primase complex
要素
  • 複合体: S. cerevisiae replisome - pol alpha primase complex
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM2
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM3
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM4
    • タンパク質・ペプチド: Minichromosome maintenance protein 5
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM6
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM7
    • タンパク質・ペプチド: DNA primase large subunit
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase alpha subunit B
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein PSF1
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein PSF2
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein PSF3
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein SLD5
    • タンパク質・ペプチド: Cell division control protein 45
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of replication checkpoint protein 1
    • DNA: Leading strand
    • DNA: Lagging strand
    • タンパク質・ペプチド: DNA primase small subunit
    • タンパク質・ペプチド: Topoisomerase 1-associated factor 1
    • タンパク質・ペプチド: Chromosome segregation in meiosis protein 3
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase alpha catalytic subunit A
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: S. cerevisiae replisome - pol alpha primase complex

超分子名称: S. cerevisiae replisome - pol alpha primase complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#20
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
分子 #1: DNA replication licensing factor MCM2

分子名称: DNA replication licensing factor MCM2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 98.911539 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSDNRRRRRE EDDSDSENEL PPSSPQQHFR GGMNPVSSPI GSPDMINPEG DDNEVDDVPD IDEVEEQMNE VDLMDDNMYE DYAADHNRD RYDPDQVDDR EQQELSLSER RRIDAQLNER DRLLRNVAYI DDEDEEQEGA AQLDEMGLPV QRRRRRRQYE D LENSDDDL ...文字列:
MSDNRRRRRE EDDSDSENEL PPSSPQQHFR GGMNPVSSPI GSPDMINPEG DDNEVDDVPD IDEVEEQMNE VDLMDDNMYE DYAADHNRD RYDPDQVDDR EQQELSLSER RRIDAQLNER DRLLRNVAYI DDEDEEQEGA AQLDEMGLPV QRRRRRRQYE D LENSDDDL LSDMDIDPLR EELTLESLSN VKANSYSEWI TQPNVSRTIA RELKSFLLEY TDETGRSVYG ARIRTLGEMN SE SLEVNYR HLAESKAILA LFLAKCPEEM LKIFDLVAME ATELHYPDYA RIHSEIHVRI SDFPTIYSLR ELRESNLSSL VRV TGVVTR RTGVFPQLKY VKFNCLKCGS ILGPFFQDSN EEIRISFCTN CKSKGPFRVN GEKTVYRNYQ RVTLQEAPGT VPPG RLPRH REVILLADLV DVSKPGEEVE VTGIYKNNYD GNLNAKNGFP VFATIIEANS IKRREGNTAN EGEEGLDVFS WTEEE EREF RKISRDRGII DKIISSMAPS IYGHRDIKTA VACSLFGGVP KNVNGKHSIR GDINVLLLGD PGTAKSQILK YVEKTA HRA VFATGQGASA VGLTASVRKD PITKEWTLEG GALVLADKGV CLIDEFDKMN DQDRTSIHEA MEQQSISISK AGIVTTL QA RCSIIAAANP NGGRYNSTLP LAQNVSLTEP ILSRFDILCV VRDLVDEEAD ERLATFVVDS HVRSHPENDE DREGEELK N NGESAIEQGE DEINEQLNAR QRRLQRQRKK EEEISPIPQE LLMKYIHYAR TKIYPKLHQM DMDKVSRVYA DLRRESIST GSFPITVRHL ESILRIAESF AKMRLSEFVS SYDLDRAIKV VVDSFVDAQK VSVRRQLRRS FAIYTLGH

UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM2

+
分子 #2: DNA replication licensing factor MCM3

分子名称: DNA replication licensing factor MCM3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 111.987562 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MKRRWKKNFI AVSAANRFKK ISSSGALENL YFQGEAPVME GSTGFDGDAT TFFAPDAVFG DRVRRFQEFL DTFTSYRDSV RSIQVYNSN NAANYNDDQD DADERDLLGD DDGDDLEKEK KAASSTSLNI LPHRIIISLD DLREFDRSFW SGILVEPAYF I PPAEKALT ...文字列:
MKRRWKKNFI AVSAANRFKK ISSSGALENL YFQGEAPVME GSTGFDGDAT TFFAPDAVFG DRVRRFQEFL DTFTSYRDSV RSIQVYNSN NAANYNDDQD DADERDLLGD DDGDDLEKEK KAASSTSLNI LPHRIIISLD DLREFDRSFW SGILVEPAYF I PPAEKALT DLADSMDDVP HPNASAVSSR HPWKLSFKGS FGAHALSPRT LTAQHLNKLV SVEGIVTKTS LVRPKLIRSV HY AAKTGRF HYRDYTDATT TLTTRIPTPA IYPTEDTEGN KLTTEYGYST FIDHQRITVQ EMPEMAPAGQ LPRSIDVILD DDL VDKTKP GDRVNVVGVF KSLGAGGMNQ SNSNTLIGFK TLILGNTVYP LHARSTGVAA RQMLTDFDIR NINKLSKKKD IFDI LSQSL APSIYGHDHI KKAILLMLMG GVEKNLENGS HLRGDINILM VGDPSTAKSQ LLRFVLNTAS LAIATTGRGS SGVGL TAAV TTDRETGERR LEAGAMVLAD RGVVCIDEFD KMTDVDRVAI HEVMEQQTVT IAKAGIHTTL NARCSVIAAA NPVFGQ YDV NRDPHQNIAL PDSLLSRFDL LFVVTDDINE IRDRSISEHV LRTHRYLPPG YLEGEPVRER LNLSLAVGED ADINPEE HS NSGAGVENEG EDDEDHVFEK FNPLLQAGAK LAKNKGNYNG TEIPKLVTIP FLRKYVQYAK ERVIPQLTQE AINVIVKN Y TDLRNDDNTK KSPITARTLE TLIRLATAHA KVRLSKTVNK VDAKVAANLL RFALLGEDIG NDIDEEESEY EEALSKRSP QKSPKKRQRV RQPASNSGSP IKSTPRRSTA SSVNATPSSA RRILRFQDDE QNAGEDDNDI MSPLPADEEA ELQRRLQLGL RVSPRRREH LHAPEEGSSG PLTEVGTPRL PNVSSAGQDD EQQQSVISFD NVEPGTISTG RLSLISGIIA RLMQTEIFEE E SYPVASLF ERINEELPEE EKFSAQEYLA GLKIMSDRNN LMVADDKVWR V

UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM3

+
分子 #3: DNA replication licensing factor MCM4

分子名称: DNA replication licensing factor MCM4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 105.138375 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSQQSSSPTK EDNNSSSPVV PNPDSVPPQL SSPALFYSSS SSQGDIYGRN NSQNLSQGEG NIRAAIGSSP LNFPSSSQRQ NSDVFQSQG RQGRIRSSAS ASGRSRYHSD LRSDRALPTS SSSLGRNGQN RVHMRRNDIH TSDLSSPRRI VDFDTRSGVN T LDTSSSSA ...文字列:
MSQQSSSPTK EDNNSSSPVV PNPDSVPPQL SSPALFYSSS SSQGDIYGRN NSQNLSQGEG NIRAAIGSSP LNFPSSSQRQ NSDVFQSQG RQGRIRSSAS ASGRSRYHSD LRSDRALPTS SSSLGRNGQN RVHMRRNDIH TSDLSSPRRI VDFDTRSGVN T LDTSSSSA PPSEASEPLR IIWGTNVSIQ ECTTNFRNFL MSFKYKFRKI LDEREEFINN TTDEELYYIK QLNEMRELGT SN LNLDARN LLAYKQTEDL YHQLLNYPQE VISIMDQTIK DCMVSLIVDN NLDYDLDEIE TKFYKVRPYN VGSCKGMREL NPN DIDKLI NLKGLVLRST PVIPDMKVAF FKCNVCDHTM AVEIDRGVIQ EPARCERIDC NEPNSMSLIH NRCSFADKQV IKLQ ETPDF VPDGQTPHSI SLCVYDELVD SCRAGDRIEV TGTFRSIPIR ANSRQRVLKS LYKTYVDVVH VKKVSDKRLD VDTST IEQE LMQNKVDHNE VEEVRQITDQ DLAKIREVAA REDLYSLLAR SIAPSIYELE DVKKGILLQL FGGTNKTFTK GGRYRG DIN ILLCGDPSTS KSQILQYVHK ITPRGVYTSG KGSSAVGLTA YITRDVDTKQ LVLESGALVL SDGGVCCIDE FDKMSDS TR SVLHEVMEQQ TISIAKAGII TTLNARSSIL ASANPIGSRY NPNLPVTENI DLPPPLLSRF DLVYLVLDKV DEKNDREL A KHLTNLYLED KPEHISQDDV LPVEFLTMYI SYAKEHIHPI ITEAAKTELV RAYVGMRKMG DDSRSDEKRI TATTRQLES MIRLAEAHAK MKLKNVVELE DVQEAVRLIR SAIKDYATDP KTGKIDMNLV QTGKSVIQRK LQEDLSREIM NVLKDQASDS MSFNELIKQ INEHSQDRVE SSDIQEALSR LQQEDKVIVL GEGVRRSVRL NNRV

UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM4

+
分子 #4: Minichromosome maintenance protein 5

分子名称: Minichromosome maintenance protein 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 86.505734 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSFDRPEIYS APVLQGESPN DDDNTEIIKS FKNFILEFRL DSQFIYRDQL RNNILVKNYS LTVNMEHLIG YNEDIYKKLS DEPSDIIPL FETAITQVAK RISILSRAQS ANNNDKDPEN TSMDTDSLLL NSLPTFQLIL NSNANQIPLR DLDSEHVSKI V RLSGIIIS ...文字列:
MSFDRPEIYS APVLQGESPN DDDNTEIIKS FKNFILEFRL DSQFIYRDQL RNNILVKNYS LTVNMEHLIG YNEDIYKKLS DEPSDIIPL FETAITQVAK RISILSRAQS ANNNDKDPEN TSMDTDSLLL NSLPTFQLIL NSNANQIPLR DLDSEHVSKI V RLSGIIIS TSVLSSRATY LSIMCRNCRH TTSITINNFN SITGNTVSLP RSCLSTIESE SSMANESNIG DESTKKNCGP DP YIIIHES SKFIDQQFLK LQEIPELVPV GEMPRNLTMT CDRYLTNKVI PGTRVTIVGI YSIYNSKNGA GSGRSGGGNG GSG VAIRTP YIKILGIQSD VETSSIWNSV TMFTEEEEEE FLQLSRNPKL YEILTNSIAP SIFGNEDIKK AIVCLLMGGS KKIL PDGMR LRGDINVLLL GDPGTAKSQL LKFVEKVSPI AVYTSGKGSS AAGLTASVQR DPMTREFYLE GGAMVLADGG VVCID EFDK MRDEDRVAIH EAMEQQTISI AKAGITTVLN SRTSVLAAAN PIYGRYDDLK SPGDNIDFQT TILSRFDMIF IVKDDH NEE RDISIANHVI NIHTGNANAM QNQQEENGSE ISIEKMKRYI TYCRLKCAPR LSPQAAEKLS SNFVTIRKQL LINELES TE RSSIPITIRQ LEAIIRITES LAKLELSPIA QERHVDEAIR LFQASTMDAA SQDPIGGLNQ ASGTSLSEIR RFEQELKR R LPIGWSTSYQ TLRREFVDTH RFSQLALDKA LYALEKHETI QLRHQGQNIY RSGV

UniProtKB: Minichromosome maintenance protein 5

+
分子 #5: DNA replication licensing factor MCM6

分子名称: DNA replication licensing factor MCM6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 113.110211 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSSPFPADTP SSNRPSNSSP PPSSIGAGFG SSSGLDSQIG SRLHFPSSSQ PHVSNSQTGP FVNDSTQFSS QRLQTDGSAT NDMEGNEPA RSFKSRALNH VKKVDDVTGE KVREAFEQFL EDFSVQSTDT GEVEKVYRAQ IEFMKIYDLN TIYIDYQHLS M RENGALAM ...文字列:
MSSPFPADTP SSNRPSNSSP PPSSIGAGFG SSSGLDSQIG SRLHFPSSSQ PHVSNSQTGP FVNDSTQFSS QRLQTDGSAT NDMEGNEPA RSFKSRALNH VKKVDDVTGE KVREAFEQFL EDFSVQSTDT GEVEKVYRAQ IEFMKIYDLN TIYIDYQHLS M RENGALAM AISEQYYRFL PFLQKGLRRV VRKYAPELLN TSDSLKRSEG DEGQADEDEQ QDDDMNGSSL PRDSGSSAAP GN GTSAMAT RSITTSTSPE QTERVFQISF FNLPTVHRIR DIRSEKIGSL LSISGTVTRT SEVRPELYKA SFTCDMCRAI VDN VEQSFK YTEPTFCPNP SCENRAFWTL NVTRSRFLDW QKVRIQENAN EIPTGSMPRT LDVILRGDSV ERAKPGDRCK FTGV EIVVP DVTQLGLPGV KPSSTLDTRG ISKTTEGLNS GVTGLRSLGV RDLTYKISFL ACHVISIGSN IGASSPDANS NNRET ELQM AANLQANNVY QDNERDQEVF LNSLSSDEIN ELKEMVKDEH IYDKLVRSIA PAVFGHEAVK KGILLQMLGG VHKSTV EGI KLRGDINICV VGDPSTSKSQ FLKYVVGFAP RSVYTSGKAS SAAGLTAAVV RDEEGGDYTI EAGALMLADN GICCIDE FD KMDISDQVAI HEAMEQQTIS IAKAGIHATL NARTSILAAA NPVGGRYNRK LSLRGNLNMT APIMSRFDLF FVILDDCN E KIDTELASHI VDLHMKRDEA IEPPFSAEQL RRYIKYARTF KPILTKEARS YLVEKYKELR KDDAQGFSRS SYRITVRQL ESMIRLSEAI ARANCVDEIT PSFIAEAYDL LRQSIIRVDV DDVEMDEEFD NIESQSHAAS GNNDDNDDGT GSGVITSEPP ADIEEGQSE ATARPGTSEK KKTTVTYDKY VSMMNMIVRK IAEVDREGAE ELTAVDIVDW YLLQKENDLG SLAEYWEERR L AFKVIKRL VKDRILMEIH GTRHNLRDLE NEENENNKTV YVIHPNCEVL DQLEPQDSS

UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM6

+
分子 #6: DNA replication licensing factor MCM7

分子名称: DNA replication licensing factor MCM7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 95.049875 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSAALPSIQL PVDYNNLFNE ITDFLVTFKQ DTLSSDATRN ENEDENLDAE NIEQHLLEKG PKYMAMLQKV ANRELNSVII DLDDILQYQ NEKFLQGTQA DDLVSAIQQN ANHFTELFCR AIDNNMPLPT KEIDYKDDVL DVILNQRRLR NERMLSDRTN E IRSENLMD ...文字列:
MSAALPSIQL PVDYNNLFNE ITDFLVTFKQ DTLSSDATRN ENEDENLDAE NIEQHLLEKG PKYMAMLQKV ANRELNSVII DLDDILQYQ NEKFLQGTQA DDLVSAIQQN ANHFTELFCR AIDNNMPLPT KEIDYKDDVL DVILNQRRLR NERMLSDRTN E IRSENLMD TTMDPPSSMN DALREVVEDE TELFPPNLTR RYFLYFKPLS QNCARRYRKK AISSKPLSVR QIKGDFLGQL IT VRGIITR VSDVKPAVEV IAYTCDQCGY EVFQEVNSRT FTPLSECTSE ECSQNQTKGQ LFMSTRASKF SAFQECKIQE LSQ QVPVGH IPRSLNIHVN GTLVRSLSPG DIVDVTGIFL PAPYTGFKAL KAGLLTETYL EAQFVRQHKK KFASFSLTSD VEER VMELI TSGDVYNRLA KSIAPEIYGN LDVKKALLLL LVGGVDKRVG DGMKIRGDIN VCLMGDPGVA KSQLLKAICK ISPRG VYTT GKGSSGVGLT AAVMKDPVTD EMILEGGALV LADNGICCID EFDKMDESDR TAIHEVMEQQ TISISKAGIN TTLNAR TSI LAAANPLYGR YNPRLSPLDN INLPAALLSR FDILFLMLDI PSRDDDEKLA EHVTYVHMHN KQPDLDFTPV EPSKMRE YI AYAKTKRPVM SEAVNDYVVQ AYIRLRQDSK REMDSKFSFG QATPRTLLGI IRLSQALAKL RLADMVDIDD VEEALRLV R VSKESLYQET NKSKEDESPT TKIFTIIKKM LQETGKNTLS YENIVKTVRL RGFTMLQLSN CIQEYSYLNV WHLINEGNT LKFVDDGTMD TDQEDSLVST PKLAPQTTAS ANVSAQDSDI DLQDA

UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM7

+
分子 #7: DNA primase large subunit

分子名称: DNA primase large subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 62.348551 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MFRQSKRRIA SRKNFSSYDD IVKSELDVGN TNAANQIILS SSSSEEEKKL YARLYESKLS FYDLPPQGEI TLEQFEIWAI DRLKILLEI ESCLSRNKSI KEIETIIKPQ FQKLLPFNTE SLEDRKKDYY SHFILRLCFC RSKELREKFV RAETFLFKIR F NMLTSTDQ ...文字列:
MFRQSKRRIA SRKNFSSYDD IVKSELDVGN TNAANQIILS SSSSEEEKKL YARLYESKLS FYDLPPQGEI TLEQFEIWAI DRLKILLEI ESCLSRNKSI KEIETIIKPQ FQKLLPFNTE SLEDRKKDYY SHFILRLCFC RSKELREKFV RAETFLFKIR F NMLTSTDQ TKFVQSLDLP LLQFISNEEK AELSHQLYQT VSASLQFQLN LNEEHQRKQY FQQEKFIKLP FENVIELVGN RL VFLKDGY AYLPQFQQLN LLSNEFASKL NQELIKTYQY LPRLNEDDRL LPILNHLSSG YTIADFNQQK ANQFSENVDD EIN AQSVWS EEISSNYPLC IKNLMEGLKK NHHLRYYGRQ QLSLFLKGIG LSADEALKFW SEAFTRNGNM TMEKFNKEYR YSFR HNYGL EGNRINYKPW DCHTILSKPR PGRGDYHGCP FRDWSHERLS AELRSMKLTQ AQIISVLDSC QKGEYTIACT KVFEM THNS ASADLEIGEQ THIAHPNLYF ERSRQLQKKQ QKLEKEKLFN NGNH

UniProtKB: DNA primase large subunit

+
分子 #8: DNA polymerase alpha subunit B

分子名称: DNA polymerase alpha subunit B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 78.865938 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSGSIDVITH FGPDADKPEI ITALENLTKL HALSVEDLYI KWEQFSNQRR QTHTDLTSKN IDEFKQFLQL QMEKRANQIS SSSKVNTST KKPVIKKSLN SSPLFGLSIP KTPTLKKRKL HGPFSLSDSK QTYNVGSEAE TNEKGNSSLK LEFTPGMAED A VGDSAPLS ...文字列:
MSGSIDVITH FGPDADKPEI ITALENLTKL HALSVEDLYI KWEQFSNQRR QTHTDLTSKN IDEFKQFLQL QMEKRANQIS SSSKVNTST KKPVIKKSLN SSPLFGLSIP KTPTLKKRKL HGPFSLSDSK QTYNVGSEAE TNEKGNSSLK LEFTPGMAED A VGDSAPLS HAKSSDAKTP GSSTFQTPTT NTPTTSRQNV PAGEILDSLN PENIEISSGN PNVGLLSTEE PSYNQVKVEP FY DAKKYKF RTMRQNLQEA SDVLDDQIES FTKIIQNHYK LSPNDFADPT IQSQSEIYAV GRIVPDSPTY DKFLNPESLS LET SRMGGV GRRVRLDLSQ VNELSFFLGQ IVAFKGKNAN GDYFTVNSIL PLPYPNSPVS TSQELQEFQA NLEGSSLKVI VTCG PYFAN DNFSLELLQE FIDSINNEVK PHVLIMFGPF IDITHPLIAS GKLPNFPQFK TQPKTLDELF LKLFTPILKT ISPHI QTVL IPSTKDAISN HAAYPQASLI RKALQLPKRN FKCMANPSSF QINEIYFGCS NVDTFKDLKE VIKGGTTSSR YRLDRV SEH ILQQRRYYPI FPGSIRTRIK PKDVSTKKET NDMESKEEKV YEHISGADLD VSYLGLTEFV GGFSPDIMII PSELQHF AR VVQNVVVINP GRFIRATGNR GSYAQITVQC PDLEDGKLTL VEGEEPVYLH NVWKRARVDL IAS

UniProtKB: DNA polymerase alpha subunit B

+
分子 #9: DNA replication complex GINS protein PSF1

分子名称: DNA replication complex GINS protein PSF1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 24.230576 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MYGDLGNKLV LEAKRTKQLY ARSNQDVNLP MYHEDIIRNI LKEVSNLRKN TEYLKEQQQL GMLDDKVAKC QYFVTLLCME RNKRCLLAY QRLRTDILDS MAWNNNGLDL MSSITFSQQD TNNLSHQEQE YLKEYCDLIT DLKSGDLVDI DLSGSLVPPS D VFIDVRVL ...文字列:
MYGDLGNKLV LEAKRTKQLY ARSNQDVNLP MYHEDIIRNI LKEVSNLRKN TEYLKEQQQL GMLDDKVAKC QYFVTLLCME RNKRCLLAY QRLRTDILDS MAWNNNGLDL MSSITFSQQD TNNLSHQEQE YLKEYCDLIT DLKSGDLVDI DLSGSLVPPS D VFIDVRVL KDAGEIQTEY GVFNLIKDSQ FFVRQSDVER LIQQGYLQKI

UniProtKB: DNA replication complex GINS protein PSF1

+
分子 #10: DNA replication complex GINS protein PSF2

分子名称: DNA replication complex GINS protein PSF2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 25.096807 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSLPAHLQQT FSPEEIQFIV ENEPIKIFPR ITTRQKIRGD DRGTGNHTRW QLITTDDKAL NNMVAMRSTE VVLWIALLLK QQSKCSIVA PQWLTTKELD RKIQYEKTHP DRFSELPWNW LVLARILFNK AKDDFHDPIH ELRGKIQDLR EIRQIKVLKG L KYLNESHL ...文字列:
MSLPAHLQQT FSPEEIQFIV ENEPIKIFPR ITTRQKIRGD DRGTGNHTRW QLITTDDKAL NNMVAMRSTE VVLWIALLLK QQSKCSIVA PQWLTTKELD RKIQYEKTHP DRFSELPWNW LVLARILFNK AKDDFHDPIH ELRGKIQDLR EIRQIKVLKG L KYLNESHL QLDNLSLLEI NELRPFITEI MDKLREIHTA SLTAGTENDE EEFNI

UniProtKB: DNA replication complex GINS protein PSF2

+
分子 #11: DNA replication complex GINS protein PSF3

分子名称: DNA replication complex GINS protein PSF3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 24.437859 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MASMGYYDID DVLADGTEFP CKFQYDIPGL GYLENNPGRP ITKNTKLSLP LWLARILAIV GGDEALVDE EPVPFVELLP PDMFSTKVMN AIKTDPVALD LHSINSHFFS LAIKWIMLFS EKELANVVSE LLLQRAQELN H HASSLSID ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MASMGYYDID DVLADGTEFP CKFQYDIPGL GYLENNPGRP ITKNTKLSLP LWLARILAIV GGDEALVDE EPVPFVELLP PDMFSTKVMN AIKTDPVALD LHSINSHFFS LAIKWIMLFS EKELANVVSE LLLQRAQELN H HASSLSID LNADSTGKNS ANTNIATSTF LLKLEEMEKE IYKKSHESYK DTKRWMFKK

UniProtKB: DNA replication complex GINS protein PSF3

+
分子 #12: DNA replication complex GINS protein SLD5

分子名称: DNA replication complex GINS protein SLD5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 33.983617 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MDINIDDILA ELDKETTAVD STKITQGSSS TTHRDANTIV GSSLDLNDKT QIYVSPQQDF SDLMKSWKNE RCSPELLPYP HQLMKRLLN RISMQSQLIE NISMGFLDMQ NASNANPPMP NESKLPLLCM ETELERLKFV IRSYIRCRLS KIDKFSLYLR Q LNEDENSL ...文字列:
MDINIDDILA ELDKETTAVD STKITQGSSS TTHRDANTIV GSSLDLNDKT QIYVSPQQDF SDLMKSWKNE RCSPELLPYP HQLMKRLLN RISMQSQLIE NISMGFLDMQ NASNANPPMP NESKLPLLCM ETELERLKFV IRSYIRCRLS KIDKFSLYLR Q LNEDENSL ISLTDLLSKD EIKYHDTHSL IWLKLVNDSI LKYMPEELQA INDTEGSVNM IDEPDWNKFV FIHVNGPPDG KW NEDPLLQ ENEFGKPCYT VTIPDLKEEV ELTIGSIYVM RYEVIRDLLR DDKVALI

UniProtKB: DNA replication complex GINS protein SLD5

+
分子 #13: Cell division control protein 45

分子名称: Cell division control protein 45 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 75.154703 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MYYGISQFSE AYNKILRNSS SHSSCQLVIF VSCLNIDALC ATKMLSLLFK KQLVQSQIVP IFGYSELRRH YSQLDDNINS LLLVGFGGV IDLEAFLEID PQEYVIDTDE KSGEQSFRRD IYVLDAHRPW NLDNIFGSQI IQCFDDGTVD DTLGEQKEAY Y KLLELDEE ...文字列:
MYYGISQFSE AYNKILRNSS SHSSCQLVIF VSCLNIDALC ATKMLSLLFK KQLVQSQIVP IFGYSELRRH YSQLDDNINS LLLVGFGGV IDLEAFLEID PQEYVIDTDE KSGEQSFRRD IYVLDAHRPW NLDNIFGSQI IQCFDDGTVD DTLGEQKEAY Y KLLELDEE SGDDELSGDE NDNNGGDDEA TDADEVTDED YKDDDGDYKD DDETISNKRG NSSIGPNDLS KRKQRKKQIH EY EGVLEEY YSQGTTVVNS ISAQIYSLLS AIGETNLSNL WLNILGTTSL DIAYAQVYNR LYPLLQDEVK RLTPSSRNSV KTP DTLTLN IQPDYYLFLL RHSSLYDSFY YSNYVNAKLS LWNENGKKRL HKMFARMGIP LSTAQETWLY MDHSIKRELG IIFD KNLDR YGLQDIIRDG FVRTLGYRGS ISASEFVEAL TALLEVGNST DKDSVKINND NNDDTDGEEE EDNSAQKLTN LRKRW VSNF WLSWDALDDR KVELLNRGIQ LAQDLQRAIF NTGVAILEKK LIKHLRIYRL CVLQDGPDLD LYRNPLTLLR LGNWLI ECC AESEDKQLLP MVLASIDENT DTYLVAGLTP RYPRGLDTIH TKKPILNNFS MAFQQITAET DAKVRIDNFE SSIIEIR RE DLSPFLEKLT LSGLL

UniProtKB: Cell division control protein 45, Cell division control protein 45

+
分子 #14: Mediator of replication checkpoint protein 1

分子名称: Mediator of replication checkpoint protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 126.078859 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MDDALHALSS LTAKKRTTTY KKVAVPILDE NDNTNGNGPN DIDNPPELTG NGFLFANATL NRVKNRLEGK KAPEQNHNNG KDRSENSLP TQLISNLYDG GEELEKSEVK DNSYSEKNVS SSFTQTQRIP VSIQQDKVFN VPIHSVNDGK PTQLIKEDGL V NETSQALK ...文字列:
MDDALHALSS LTAKKRTTTY KKVAVPILDE NDNTNGNGPN DIDNPPELTG NGFLFANATL NRVKNRLEGK KAPEQNHNNG KDRSENSLP TQLISNLYDG GEELEKSEVK DNSYSEKNVS SSFTQTQRIP VSIQQDKVFN VPIHSVNDGK PTQLIKEDGL V NETSQALK TPLTTGRPGA TQRIDSSGAT SQTQPIKSIE PQSQIITTSS NHSNALSPKI PIIPTELIGT SPLFQSIQNR GP DTQMDVP PQTAHDEDKT QAIGIPQATH QEQKTQIDTV AQTLQDEVPH TLKIREIQSE LASEDSKREK ARNVEYKKPQ KPI PTKKFF SKESFLADFD DSSSNEDDDI KLENAHPKPV QNDDELHENK SVELNLTDET RINEKRVPLL SSYANNLKRE IDSS KCITL DLDSDSDEYG DDDMDSIKLS KDESVLPISQ LSKATILNLK ARLSKQNQKL SQRPNKSKDP KVDHNVLLNT LRKAS RKQI LDHQKEVIET KGLKLEDMAK EKEIVENLLE QEILRNKRIR QKEKRREKLE ENDFQLNAHD SGSDSGSESS GFALSG NEI ADYESSGSEN DNRRESDSEK EDDEIILKQK KSHHVKHIIN ESDSDTEVEA KPKEKADESL PKRIAINLGH YGDNIGE DT DKFQETNVLD TQNIEEVMAE RNTIENEVKD DVYVNEEADE AIRRQLIDKE KLQLKQKEKE HEAKIKELKK RGVTNFFE M EAEESEDEWH GIGGADGEGS DDYDSDLEKM IDDYSKNNFN PHEIREMLAA ENKEMDIKMI NKILYDIKNG GFRNKRAKN SLELELSDDD EDDVLQQYRL KRRELMRKRR LEIGDDAKLV KNPKSSAFFE SMVEDIIEYK NPFGAEEEYN LDITSTATDL DTQDNSINV GDNTGNNEQK PVDQKNKKVI ISEDFVQKSL SFLKSNNYED FETDKELSRI QHGNDEAIED LYTLKQNSSI K SFTNSQTD STTSKTVNTI IDLEKRPEDE DEVENGDTSL VGVFKHPSII KSFASRTDIN DKFKEGNKTV KILKSYKTVG SS KASITYM GKTRKLIAPK RKTEGSHRYH HDHHNKKMKM KTKTKSNKLF ESGQDSFDND YKDDDGDYKD DD

UniProtKB: Mediator of replication checkpoint protein 1

+
分子 #17: DNA primase small subunit

分子名称: DNA primase small subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 51.82709 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MKRRWKKNFI AVSAANRFKK ISSSGALENL YFQGEMTNSV KTNGPSSSDM EYYYKSLYPF KHIFNWLNHS PKPSRDMINR EFAMAFRSG AYKRYNSFNS VQDFKAQIEK ANPDRFEIGA IYNKPPRERD TLLKSELKAL EKELVFDIDM DDYDAFRTCC S GAQVCSKC ...文字列:
MKRRWKKNFI AVSAANRFKK ISSSGALENL YFQGEMTNSV KTNGPSSSDM EYYYKSLYPF KHIFNWLNHS PKPSRDMINR EFAMAFRSG AYKRYNSFNS VQDFKAQIEK ANPDRFEIGA IYNKPPRERD TLLKSELKAL EKELVFDIDM DDYDAFRTCC S GAQVCSKC WKFISLAMKI TNTALREDFG YKDFIWVFSG RRGAHCWVSD KRARALTDVQ RRNVLDYVNV IRDRNTDKRL AL KRPYHPH LARSLEQLKP FFVSIMLEEQ NPWEDDQHAI QTLLPALYDK QLIDSLKKYW LDNPRRSSKE KWNDIDQIAT SLF KGPKQD SHIIKLRECK EDLVLMTLYP KLDVEVTKQT IHLLKAPFCI HPATGNVCVP IDESFAPEKA PKLIDLQTEM EKNN DVSLT ALQPFINQFQ AYVSSLLKNE LGSVKRERED DDEPASLDF

UniProtKB: DNA primase small subunit

+
分子 #18: Topoisomerase 1-associated factor 1

分子名称: Topoisomerase 1-associated factor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 141.296875 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSADLQQGTT NAADFSLTVL RARIALLATA IGGPDYTSQI DPPPYKLGDD CLACLKDLKR WFKLVDDQQK RWDVAMAVAE YRILTDDLL PILIDWENKC SLAAKLAKNN PDHEEFRNKA YYDKIALNCL QLLVLMTWPL IVTEQSSSNQ ITLYGELKKH Q LVYKKTIL ...文字列:
MSADLQQGTT NAADFSLTVL RARIALLATA IGGPDYTSQI DPPPYKLGDD CLACLKDLKR WFKLVDDQQK RWDVAMAVAE YRILTDDLL PILIDWENKC SLAAKLAKNN PDHEEFRNKA YYDKIALNCL QLLVLMTWPL IVTEQSSSNQ ITLYGELKKH Q LVYKKTIL SMESGKVLRA AIRLALDVIK IDRLSRTPRD NMVLKLVLNF FRNVIAIEPG EFTINTKKSM PKKGITSIDT LP PNVSMDD ISLNTVISSF HKNKVFGFLL TLTSSLSKEF DQDFINIPLL EIMFYFTKDV NQELLFPRQF ETGTHSKVVN KNE SSSANN IVTSAGFELS KLLQKEHQMR KNVIKHTSAR HSRFGGLLSI QTPDKTRLTV SGSQALVDEK IALQKLDDSK KWNK RIIKK HQSVAAEGLP NSLLNSQTGK AIFFTESNGK HFKEFINNFI DSGFNILLHS VTNYFTTEQD RMVTLEQVEY LLFFA WFVK YQLLRSKIDN SADIKQVSEA LKEVTFILVS SLLRSAYDLK NWTVTHAGMI AFNELLNLVS RTKAAQEEDS TDIEFI VSR LFSDERIQLL SNLPKIGSKY SLQFMKSCIE LTHSVLKVLE QYSDDKTLVI EGKSRRQKKF NISEGDITKL IEEENVD RD EALDILTSSL RSIEVNFQKV QANYMTEPVI ETYINFLERF RELEDDSIKK VFSFFHRVFV QAKEQALLFR FDLIILLR E MLSPDGLDRM SRSRKYVSQF SDYFLARLKK RLKKSPAWFV GLLFPPLHNS EVGFYQRYGE YNVLNNESMY AAPASQFKP IPDEEALPPS ILLDMKYGVL VSTLLDDGKT ELLDQLLKHI THTLDIFKSW LTVNVNAGKE TVNPPNEYFT LTGVLNNDPI FKDKDYRAL LLLIGYSIPR KINEPCFLPG TVEVSDLTVS CELVKKYLST PFETPNGLPS SSYLLRVRSE KDSFSHNEQD G WEGDDDYD YNDPYIVPDD QILSKSDAAY FKDLDNNASD KLKGTKFSKG IARSKKKDKR KRRKGEAKTN LPMFGDQDDE RP QTVRERH GVFSKEFISD SEDDEDLMNP IFFENETYMR WLLDKNNGQL TEDRYIQFAK FAAERMNNGG VVTGDYTSLF GGS IPSIES IRATESSSFA PDKSLISLAS HVASEMSIFD VNNNNNNQLS DDDVNSESRN SLGSSQPSNS QNMFQSEVYS RKES TKRSL EASAADESDE DEEAIRLFGK KSRVVLSQGD SDD

UniProtKB: Topoisomerase 1-associated factor 1

+
分子 #19: Chromosome segregation in meiosis protein 3

分子名称: Chromosome segregation in meiosis protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 36.588758 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: GEMDQDFDSL LLGFNDSDSV QKDPTVPNGL DGSVVDPTIA DPTAITARKR RPQVKLTAEK LLSDKGLPYV LKNAHKRIRI SSKKNSYDN LSNIIQFYQL WAHELFPKAK FKDFMKICQT VGKTDPVLRE YRVSLFRDEM GMSFDVGTRE TGQDLERQSP M VEEHVTSA ...文字列:
GEMDQDFDSL LLGFNDSDSV QKDPTVPNGL DGSVVDPTIA DPTAITARKR RPQVKLTAEK LLSDKGLPYV LKNAHKRIRI SSKKNSYDN LSNIIQFYQL WAHELFPKAK FKDFMKICQT VGKTDPVLRE YRVSLFRDEM GMSFDVGTRE TGQDLERQSP M VEEHVTSA EERPIVADSF AQDKRNVNNV DYDNDEDDDI YHLSYRNRRG RVLDERGNNE TVLNNVVPPK EDLDALLKTF RV QGPVGLE ENEKKLLLGW LDAHRKMEKG SMTEEDVQLI QSLEEWEMND IEGQHTHYDL LPGGDEFGVD QDELDAMKEM GF

UniProtKB: Chromosome segregation in meiosis protein 3

+
分子 #20: DNA polymerase alpha catalytic subunit A

分子名称: DNA polymerase alpha catalytic subunit A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed DNA polymerase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 167.027766 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSSKSEKLEK LRKLQAARNG TSIDDYEGDE SDGDRIYDEI DEKEYRARKR QELLHDDFVV DDDGVGYVDR GVEEDWREVD NSSSDEDTG NLASKDSKRK KNIKREKDHQ ITDMLRTQHS KSTLLAHAKK SQKKSIPIDN FDDILGEFES GEVEKPNILL P SKLRENLN ...文字列:
MSSKSEKLEK LRKLQAARNG TSIDDYEGDE SDGDRIYDEI DEKEYRARKR QELLHDDFVV DDDGVGYVDR GVEEDWREVD NSSSDEDTG NLASKDSKRK KNIKREKDHQ ITDMLRTQHS KSTLLAHAKK SQKKSIPIDN FDDILGEFES GEVEKPNILL P SKLRENLN SSPTSEFKSS IKRVNGNDES SHDAGISKKV KIDPDSSTDK YLEIESSPLK LQSRKLRYAN DVQDLLDDVE NS PVVATKR QNVLQDTLLA NPPSAQSLAD EEDDEDSDED IILKRRTMRS VTTTRRVNID SRSNPSTSPF VTAPGTPIGI KGL TPSKSL QSNTDVATLA VNVKKEDVVD PETDTFQMFW LDYCEVNNTL ILFGKVKLKD DNCVSAMVQI NGLCRELFFL PREG KTPTD IHEEIIPLLM DKYGLDNIRA KPQKMKYSFE LPDIPSESDY LKVLLPYQTP KSSRDTIPSD LSSDTFYHVF GGNSN IFES FVIQNRIMGP CWLDIKGADF NSIRNASHCA VEVSVDKPQN ITPTTTKTMP NLRCLSLSIQ TLMNPKENKQ EIVSIT LSA YRNISLDSPI PENIKPDDLC TLVRPPQSTS FPLGLAALAK QKLPGRVRLF NNEKAMLSCF CAMLKVEDPD VIIGHRL QN VYLDVLAHRM HDLNIPTFSS IGRRLRRTWP EKFGRGNSNM NHFFISDICS GRLICDIANE MGQSLTPKCQ SWDLSEMY Q VTCEKEHKPL DIDYQNPQYQ NDVNSMTMAL QENITNCMIS AEVSYRIQLL TLTKQLTNLA GNAWAQTLGG TRAGRNEYI LLHEFSRNGF IVPDKEGNRS RAQKQRQNEE NADAPVNSKK AKYQGGLVFE PEKGLHKNYV LVMDFNSLYP SIIQEFNICF TTVDRNKED IDELPSVPPS EVDQGVLPRL LANLVDRRRE VKKVMKTETD PHKRVQCDIR QQALKLTANS MYGCLGYVNS R FYAKPLAM LVTNKGREIL MNTRQLAESM NLLVVYGDTD SVMIDTGCDN YADAIKIGLG FKRLVNERYR LLEIDIDNVF KK LLLHAKK KYAALTVNLD KNGNGTTVLE VKGLDMKRRE FCPLSRDVSI HVLNTILSDK DPEEALQEVY DYLEDIRIKV ETN NIRIDK YKINMKLSKD PKAYPGGKNM PAVQVALRMR KAGRVVKAGS VITFVITKQD EIDNAADTPA LSVAERAHAL NEVM IKSNN LIPDPQYYLE KQIFAPVERL LERIDSFNVV RLSEALGLDS KKYFRREGGN NNGEDINNLQ PLETTITDVE RFKDT VTLE LSCPSCDKRF PFGGIVSSNY YRVSYNGLQC KHCEQLFTPL QLTSQIEHSI RAHISLYYAG WLQCDDSTCG IVTRQV SVF GKRCLNDGCT GVMRYKYSDK QLYNQLLYFD SLFDCEKNKK QELKPIYLPD DLDYPKEQLT ESSIKALTEQ NRELMET GR SVVQKYLNDC GRRYVDMTSI FDFMLN

UniProtKB: DNA polymerase alpha catalytic subunit A

+
分子 #15: Leading strand

分子名称: Leading strand / タイプ: dna / ID: 15 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 26.092645 KDa
配列文字列: (DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DG)(DG)(DA) (DA)(DG)(DT)(DG)(DA)(DG)(DG)(DT)(DA)(DA) (DG)(DT)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DG)(DA) (DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA) (DG) (DT)(DG)(DT)(DG)(DT) ...文字列:
(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DG)(DG)(DA) (DA)(DG)(DT)(DG)(DA)(DG)(DG)(DT)(DA)(DA) (DG)(DT)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DG)(DA) (DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA) (DG) (DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)

+
分子 #16: Lagging strand

分子名称: Lagging strand / タイプ: dna / ID: 16 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 32.046451 KDa
配列文字列: (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT) ...文字列:
(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT) (DA)(DC)(DA)(DC)(DA)(DC)(DT) (DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT) (DC)(DT)(DA) (DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DT) (DT)(DA)(DC)(DC)(DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DT) (DT)(DC)(DC)(DT) (DA)(DC)(DT)(DC)(DT) (DA)

+
分子 #21: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 4 / 式: ANP
分子量理論値: 506.196 Da
Chemical component information

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

+
分子 #22: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 4 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #23: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 39.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 53964
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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