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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-15462 | |||||||||
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タイトル | Subtomogram average of floating microtubule inner protein 11 | |||||||||
マップデータ | Subtomogram average of floating microtubule inner protein 11 | |||||||||
試料 |
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キーワード | microtubule-associated protein / STRUCTURAL PROTEIN | |||||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 29.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Chakraborty S / Mahamid J / Martinez-Sanchez A / Baumeister W | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024 タイトル: Cryo-electron tomography suggests tubulin chaperones form a subset of microtubule lumenal particles with a role in maintaining neuronal microtubules 著者: Chakraborty S / Martinez-Sanchez A / Beck F / Toro-Nahuelpan M / Hwang IY / Noh KM / Baumeister W / Mahamid J | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_15462.map.gz | 1.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-15462-v30.xml emd-15462.xml | 14.4 KB 14.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_15462_fsc.xml | 4.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_15462.png | 11.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-15462.cif.gz | 4.1 KB | ||
その他 | emd_15462_half_map_1.map.gz emd_15462_half_map_2.map.gz | 6 MB 6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15462 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15462 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_15462_validation.pdf.gz | 784.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_15462_full_validation.pdf.gz | 784.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_15462_validation.xml.gz | 10.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_15462_validation.cif.gz | 13.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15462 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15462 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 (文献) |
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-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_15462.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Subtomogram average of floating microtubule inner protein 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.24 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Subtomogram average of floating microtubule inner protein 11
ファイル | emd_15462_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Subtomogram average of floating microtubule inner protein 11 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Subtomogram average of floating microtubule inner protein 10
ファイル | emd_15462_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Subtomogram average of floating microtubule inner protein 10 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : fMIP11 obtained from primary neuronal microtubules
全体 | 名称: fMIP11 obtained from primary neuronal microtubules |
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要素 |
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-超分子 #1: fMIP11 obtained from primary neuronal microtubules
超分子 | 名称: fMIP11 obtained from primary neuronal microtubules / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 |
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グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 98 % / チャンバー内温度: 310 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 77.0 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.6 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 6.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 倍率(公称値): 64000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |