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- EMDB-15455: Subtomogram average of bound microtubule inner protein 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15455
タイトルSubtomogram average of bound microtubule inner protein 3
マップデータSubtomogram average of bound microtubule inner protein 3
試料
  • 細胞: Bound microtubule inner protein 3 from pluripotent P19 cell
キーワードmicrotubule associated protein / STRUCTURAL PROTEIN
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 22.0 Å
データ登録者Chakraborty S / Martinez-Sanchez A / Baumeister W / Mahamid J
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Other government ドイツ
引用
ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: Cryo-ET suggests tubulin chaperones form a subset of microtubule lumenal particles with a role in maintaining neuronal microtubules.
著者: Saikat Chakraborty / Antonio Martinez-Sanchez / Florian Beck / Mauricio Toro-Nahuelpan / In-Young Hwang / Kyung-Min Noh / Wolfgang Baumeister / Julia Mahamid /
要旨: The functional architecture of the long-lived neuronal microtubule (MT) cytoskeleton is maintained by various MT-associated proteins (MAPs), most of which are known to bind to the MT outer surface. ...The functional architecture of the long-lived neuronal microtubule (MT) cytoskeleton is maintained by various MT-associated proteins (MAPs), most of which are known to bind to the MT outer surface. However, electron microscopy (EM) has long ago revealed the presence of particles inside the lumens of neuronal MTs, of yet unknown identity and function. Here, we use cryogenic electron tomography (cryo-ET) to analyze the three-dimensional (3D) organization and structures of MT lumenal particles in primary hippocampal neurons, human induced pluripotent stem cell-derived neurons, and pluripotent and differentiated P19 cells. We obtain in situ density maps of several lumenal particles from the respective cells and detect common structural features underscoring their potential overarching functions. Mass spectrometry-based proteomics combined with structural modeling suggest that a subset of lumenal particles could be tubulin-binding cofactors (TBCs) bound to tubulin monomers. A different subset of smaller particles, which remains unidentified, exhibits densities that bridge across the MT protofilaments. We show that increased lumenal particle concentration within MTs is concomitant with neuronal differentiation and correlates with higher MT curvatures. Enrichment of lumenal particles around MT lattice defects and at freshly polymerized MT open-ends suggests a MT protective role. Together with the identified structural resemblance of a subset of particles to TBCs, these results hint at a role in local tubulin proteostasis for the maintenance of long-lived neuronal MTs.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Cryo-electron tomography suggests tubulin chaperones form a subset of microtubule lumenal particles with a role in maintaining neuronal microtubules
著者: Chakraborty S / Martinez-Sanchez A / Beck F / Toro-Nahuelpan M / Hwang IY / Noh KM / Baumeister W / Mahamid J
履歴
登録2022年7月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月7日-
マップ公開2024年2月7日-
更新2025年2月19日-
現状2025年2月19日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15455.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15455.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subtomogram average of bound microtubule inner protein 3
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.42 Å/pix.
x 128 pix.
= 437.76 Å		3.42 Å/pix.
x 128 pix.
= 437.76 Å		3.42 Å/pix.
x 128 pix.
= 437.76 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.42 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.396
最小 - 最大-6.13675 - 11.350549000000001
平均 (標準偏差)-0.0033421477 (±0.28678545)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 437.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Subtomogram average of bound microtubule inner protein 3

ファイルemd_15455_half_map_1.map
注釈Subtomogram average of bound microtubule inner protein 3
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Subtomogram average of bound microtubule inner protein 3

ファイルemd_15455_half_map_2.map
注釈Subtomogram average of bound microtubule inner protein 3
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Bound microtubule inner protein 3 from pluripotent P19 cell

全体名称: Bound microtubule inner protein 3 from pluripotent P19 cell
要素
  • 細胞: Bound microtubule inner protein 3 from pluripotent P19 cell

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超分子 #1: Bound microtubule inner protein 3 from pluripotent P19 cell

超分子名称: Bound microtubule inner protein 3 from pluripotent P19 cell
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec.
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 310 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Blotting time 10 seconds with blotting force 10, blotted from backside..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 77.0 K
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.2 µm / 倍率（公称値）: 42000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 使用したサブトモグラム数: 3224
抽出トモグラム数: 46 / 使用した粒子像数: 44944 / ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.9.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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