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万見
- EMDB-14723: Tomogram of bovine sperm singlet microtubules -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14723
タイトルTomogram of bovine sperm singlet microtubules
マップデータTomographic reconstruction of a bovine sperm flagellum tip. Striations of TAILS are visible along the microtubules. Reconstructed with IMOD package.
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Bovine sperm flagellum tip
キーワードFlagella Cilia Microtubules Sperm / UNKNOWN FUNCTION
生物種Bos taurus (ウシ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Hoog JL / Zabeo D / Croft JT
資金援助 スウェーデン, 2件
OrganizationGrant number国
Swedish Research Council2015-05427 スウェーデン
Swedish Research Council2019-04004 スウェーデン
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: SPACA9 is a lumenal protein of human ciliary singlet and doublet microtubules.
著者: Miao Gui / Jacob T Croft / Davide Zabeo / Vajradhar Acharya / Justin M Kollman / Thomas Burgoyne / Johanna L Höög / Alan Brown /
要旨: The cilium-centrosome complex contains triplet, doublet, and singlet microtubules. The lumenal surfaces of each microtubule within this diverse array are decorated by microtubule inner proteins ...The cilium-centrosome complex contains triplet, doublet, and singlet microtubules. The lumenal surfaces of each microtubule within this diverse array are decorated by microtubule inner proteins (MIPs). Here, we used single-particle cryo-electron microscopy methods to build atomic models of two types of human ciliary microtubule: the doublet microtubules of multiciliated respiratory cells and the distal singlet microtubules of monoflagellated human spermatozoa. We discover that SPACA9 is a polyspecific MIP capable of binding both microtubule types. SPACA9 forms intralumenal striations in the B tubule of respiratory doublet microtubules and noncontinuous spirals in sperm singlet microtubules. By acquiring new and reanalyzing previous cryo-electron tomography data, we show that SPACA9-like intralumenal striations are common features of different microtubule types in animal cilia. Our structures provide detailed references to help rationalize ciliopathy-causing mutations and position cryo-EM as a tool for the analysis of samples obtained directly from ciliopathy patients.
履歴
登録2022年4月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月5日-
マップ公開2022年10月5日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14723.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14723.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.3 GB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈Tomographic reconstruction of a bovine sperm flagellum tip. Striations of TAILS are visible along the microtubules. Reconstructed with IMOD package.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.37 Å
密度
最小 - 最大-128.0 - 127.0
平均 (標準偏差)0.21419631 (±24.428668999999999)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-73-6543
サイズ33723296321
Spacing32963372321
セルA: 14403.52 Å / B: 14735.64 Å / C: 1402.77 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bovine sperm flagellum tip

全体名称: Bovine sperm flagellum tip
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Bovine sperm flagellum tip

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超分子 #1: Bovine sperm flagellum tip

超分子名称: Bovine sperm flagellum tip / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 組織: Sperm / Organelle: Flagellum / 細胞中の位置: Flagellum end piece

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: EMS Lacey Carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K
詳細The sperm cells were washed once in 1x PBS at 300x g for 8 minutes.
切片作成その他: NO SECTIONING

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 3.5 sec. / 平均電子線量: 1.64 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 倍率（公称値）: 33000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 使用した粒子像数: 61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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