[日本語] English
万見
- EMDB-14368: Cryo-EM structure of USP9X -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14368
タイトルCryo-EM structure of USP9X
マップデータunsharpened map used for model refinement
試料
  • 複合体: trimer of USP9X
    • タンパク質・ペプチド: Probable ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase FAF-X
キーワードUSP9X / Deubiquitinase / ubiquitin / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cytosolic ciliogenesis / K11-linked deubiquitinase activity / positive regulation of TORC2 signaling / protein deubiquitination involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein import into peroxisome matrix, receptor recycling / co-SMAD binding / female gamete generation / monoubiquitinated protein deubiquitination / deubiquitinase activity / molecular sequestering activity ...cytosolic ciliogenesis / K11-linked deubiquitinase activity / positive regulation of TORC2 signaling / protein deubiquitination involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein import into peroxisome matrix, receptor recycling / co-SMAD binding / female gamete generation / monoubiquitinated protein deubiquitination / deubiquitinase activity / molecular sequestering activity / DNA alkylation repair / protein K63-linked deubiquitination / axon extension / K48-linked deubiquitinase activity / K63-linked deubiquitinase activity / RHOV GTPase cycle / protein deubiquitination / RHOU GTPase cycle / cilium assembly / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / BMP signaling pathway / cysteine-type peptidase activity / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / chromosome segregation / Peroxisomal protein import / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / neuron migration / regulation of circadian rhythm / protein localization / cilium / rhythmic process / cell migration / positive regulation of protein binding / growth cone / ubiquitinyl hydrolase 1 / amyloid fibril formation / cysteine-type deubiquitinase activity / protein stabilization / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / Amyloid fiber formation / cell division / cysteine-type endopeptidase activity / centrosome / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF3517 / Domain of unknown function (DUF3517) / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 1. / Ubiquitin specific protease, conserved site / Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin specific protease domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain profile. / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 9X
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Deme JC / Halabelian L
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of USP9X
著者: Halabelian L / Deme JC / Lea SM / Arrowsmith CH / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2022年2月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月2日-
マップ公開2022年3月2日-
更新2024年7月17日-
現状2024年7月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.221
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.221
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7yxx
  • 表面レベル: 0.221
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_14368.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14368.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈unsharpened map used for model refinement
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 448 pix.
= 372.736 Å		0.83 Å/pix.
x 448 pix.
= 372.736 Å		0.83 Å/pix.
x 448 pix.
= 372.736 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.221 / ムービー #1: 0.221
最小 - 最大-0.60761166 - 1.3304726
平均 (標準偏差)0.0009928349 (±0.03407091)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 372.73602 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8320.8320.832
M x/y/z448448448
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z372.736372.736372.736
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ450450450
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS448448448
D min/max/mean-0.6081.3300.001

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_14368_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: #1

ファイルemd_14368_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_14368_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_14368_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : trimer of USP9X

全体名称: trimer of USP9X
要素
  • 複合体: trimer of USP9X
    • タンパク質・ペプチド: Probable ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase FAF-X

-
超分子 #1: trimer of USP9X

超分子名称: trimer of USP9X / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: Probable ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase FAF-X

分子名称: Probable ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase FAF-X
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ubiquitinyl hydrolase 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 293.878844 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MHHHHHHSSG RENLYFQGMT ATTRGSPVGG NDNQGQAPDG QSQPPLQQNQ TSSPDSSNEN SPATPPDEQG QGDAPPQLED EEPAFPHTD LAKLDDMINR PRWVVPVLPK GELEVLLEAA IDLSKKGLDV KSEACQRFFR DGLTISFTKI LTDEAVSGWK F EIHRCIIN ...文字列:
MHHHHHHSSG RENLYFQGMT ATTRGSPVGG NDNQGQAPDG QSQPPLQQNQ TSSPDSSNEN SPATPPDEQG QGDAPPQLED EEPAFPHTD LAKLDDMINR PRWVVPVLPK GELEVLLEAA IDLSKKGLDV KSEACQRFFR DGLTISFTKI LTDEAVSGWK F EIHRCIIN NTHRLVELCV AKLSQDWFPL LELLAMALNP HCKFHIYNGT RPCESVSSSV QLPEDELFAR SPDPRSPKGW LV DLLNKFG TLNGFQILHD RFINGSALNV QIIAALIKPF GQCYEFLTLH TVKKYFLPII EMVPQFLENL TDEELKKEAK NEA KNDALS MIIKSLKNLA SRVPGQEETV KNLEIFRLKM ILRLLQISSF NGKMNALNEV NKVISSVSYY THRHGNPEEE EWLT AERMA EWIQQNNILS IVLRDSLHQP QYVEKLEKIL RFVIKEKALT LQDLDNIWAA QAGKHEAIVK NVHDLLAKLA WDFSP EQLD HLFDCFKASW TNASKKQREK LLELIRRLAE DDKDGVMAHK VLNLLWNLAH SDDVPVDIMD LALSAHIKIL DYSCSQ DRD TQKIQWIDRF IEELRTNDKW VIPALKQIRE ICSLFGEAPQ NLSQTQRSPH VFYRHDLINQ LQHNHALVTL VAENLAT YM ESMRLYARDH EDYDPQTVRL GSRYSHVQEV QERLNFLRFL LKDGQLWLCA PQAKQIWKCL AENAVYLCDR EACFKWYS K LMGDEPDLDP DINKDFFESN VLQLDPSLLT ENGMKCFERF FKAVNCREGK LVAKRRAYMM DDLELIGLDY LWRVVIQSN DDIASRAIDL LKEIYTNLGP RLQVNQVVIH EDFIQSCFDR LKASYDTLCV LDGDKDSVNC ARQEAVRMVR VLTVLREYIN ECDSDYHEE RTILPMSRAF RGKHLSFVVR FPNQGRQVDD LEVWSHTNDT IGSVRRCILN RIKANVAHTK IELFVGGELI D PADDRKLI GQLNLKDKSL ITAKLTQISS NMPSSPDSSS DSSTGSPGNH GNHYSDGPNP EVESCLPGVI MSLHPRYISF LW QVADLGS SLNMPPLRDG ARVLMKLMPP DSTTIEKLRA ICLDHAKLGE SSLSPSLDSL FFGPSASQVL YLTEVVYALL MPA GAPLAD DSSDFQFHFL KSGGLPLVLS MLTRNNFLPN ADMETRRGAY LNALKIAKLL LTAIGYGHVR AVAEACQPGV EGVN PMTQI NQVTHDQAVV LQSALQSIPN PSSECMLRNV SVRLAQQISD EASRYMPDIC VIRAIQKIIW ASGCGSLQLV FSPNE EITK IYEKTNAGNE PDLEDEQVCC EALEVMTLCF ALIPTALDAL SKEKAWQTFI IDLLLHCHSK TVRQVAQEQF FLMCTR CCM GHRPLLFFIT LLFTVLGSTA RERAKHSGDY FTLLRHLLNY AYNSNINVPN AEVLLNNEID WLKRIRDDVK RTGETGI EE TILEGHLGVT KELLAFQTSE KKFHIGCEKG GANLIKELID DFIFPASNVY LQYMRNGELP AEQAIPVCGS PPTINAGF E LLVALAVGCV RNLKQIVDSL TEMYYIGTAI TTCEALTEWE YLPPVGPRPP KGFVGLKNAG ATCYMNSVIQ QLYMIPSIR NGILAIEGTG SDVDDDMSGD EKQDNESNVD PRDDVFGYPQ QFEDKPALSK TEDRKEYNIG VLRHLQVIFG HLAASRLQYY VPRGFWKQF RLWGEPVNLR EQHDALEFFN SLVDSLDEAL KALGHPAMLS KVLGGSFADQ KICQGCPHRY ECEESFTTLN V DIRNHQNL LDSLEQYVKG DLLEGANAYH CEKCNKKVDT VKRLLIKKLP PVLAIQLKRF DYDWERECAI KFNDYFEFPR EL DMEPYTV AGVAKLEGDN VNPESQLIQQ SEQSESETAG STKYRLVGVL VHSGQASGGH YYSYIIQRNG GDGERNRWYK FDD GDVTEC KMDDDEEMKN QCFGGEYMGE VFDHMMKRMS YRRQKRWWNA YILFYERMDT IDQDDELIRY ISELAITTRP HQII MPSAI ERSVRKQNVQ FMHNRMQYSM EYFQFMKKLL TCNGVYLNPP PGQDHLLPEA EEITMISIQL AARFLFTTGF HTKKV VRGS ASDWYDALCI LLRHSKNVRF WFAHNVLFNV SNRFSEYLLE CPSAEVRGAF AKLIVFIAHF SLQDGPCPSP FASPGP SSQ AYDNLSLSDH LLRAVLNLLR REVSEHGRHL QQYFNLFVMY ANLGVAEKTQ LLKLSVPATF MLVSLDEGPG PPIKYQY AE LGKLYSVVSQ LIRCCNVSSR MQSSINGNPP LPNPFGDPNL SQPIMPIQQN VADILFVRTS YVKKIIEDCS NSEETVKL L RFCCWENPQF SSTVLSELLW QVAYSYTYEL RPYLDLLLQI LLIEDSWQTH RIHNALKGIP DDRDGLFDTI QRSKNHYQK RAYQCIKCMV ALFSNCPVAY QILQGNGDLK RKWTWAVEWL GDELERRPYT GNPQYTYNNW SPPVQSNETS NGYFLERSHS ARMTLAKAC ELCPEEEPDD QDAPDEHESP PPEDAPLYPH SPGSQYQQNN HVHGQPYTGP AAHHMNNPQR TGQRAQENYE G SEEVSPPQ TKDQDYKDDD K

UniProtKB: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 9X

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 56.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 330000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る