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- EMDB-1409: The EM structure of human DNA polymerase gamma reveals a localize... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1409
タイトルThe EM structure of human DNA polymerase gamma reveals a localized contact between the catalytic and accessory subunits.
マップデータThis is an image of negatively stained catalytic (A) subunit of human mitochondrial DNA polymerase gamma.
試料
  • 試料: Catalytic subunit of the human mitochondrial polymerase gamma
  • タンパク質・ペプチド: human mitochondrial DNA polymerase gamma, catalytic subunit
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 17.0 Å
データ登録者Yakubovskaya E / Lukin M / Chen Z / Berriman J / Wall JS / Kobayashi R / Kisker C / Bogenhagen DF
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2007
タイトル: The EM structure of human DNA polymerase gamma reveals a localized contact between the catalytic and accessory subunits.
著者: Elena Yakubovskaya / Mark Lukin / Zhixin Chen / John Berriman / Joseph S Wall / Ryuji Kobayashi / Caroline Kisker / Daniel F Bogenhagen /
要旨: We used electron microscopy to examine the structure of human DNA pol gamma, the heterotrimeric mtDNA replicase implicated in certain mitochondrial diseases and aging models. Separate analysis of ...We used electron microscopy to examine the structure of human DNA pol gamma, the heterotrimeric mtDNA replicase implicated in certain mitochondrial diseases and aging models. Separate analysis of negatively stained preparations of the catalytic subunit, pol gammaA, and of the holoenzyme including a dimeric accessory factor, pol gammaB(2), permitted unambiguous identification of the position of the accessory factor within the holoenzyme. The model explains protection of a partial chymotryptic cleavage site after residue L(549) of pol gammaA upon binding of the accessory subunit. This interaction region is near residue 467 of pol gammaA, where a disease-related mutation has been reported to impair binding of the B subunit. One pol gammaB subunit dominates contacts with the catalytic subunit, while the second B subunit is largely exposed to solvent. A model for pol gamma is discussed that considers the effects of known mutations in the accessory subunit and the interaction of the enzyme with DNA.
履歴
登録2007年8月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2007年8月7日-
マップ公開2008年1月7日-
更新2014年3月26日-
現状2014年3月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.839065776
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.839065776
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1409.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1409.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 422.9 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is an image of negatively stained catalytic (A) subunit of human mitochondrial DNA polymerase gamma.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.49 Å/pix.
x 48 pix.
= 167.424 Å		3.49 Å/pix.
x 48 pix.
= 167.424 Å		3.49 Å/pix.
x 48 pix.
= 167.424 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.488 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 0.626 / ムービー #1: 0.8390658
最小 - 最大-0.519939 - 2.60958
平均 (標準偏差)-0.0000656148 (±0.302771)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-24-24-24
サイズ484848
Spacing484848
セルA=B=C: 167.424 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.4883.4883.488
M x/y/z484848
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z167.424167.424167.424
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-50-50-50
NX/NY/NZ100100100
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-24-24-24
NC/NR/NS484848
D min/max/mean-0.5202.610-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Catalytic subunit of the human mitochondrial polymerase gamma

全体名称: Catalytic subunit of the human mitochondrial polymerase gamma
要素
  • 試料: Catalytic subunit of the human mitochondrial polymerase gamma
  • タンパク質・ペプチド: human mitochondrial DNA polymerase gamma, catalytic subunit

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超分子 #1000: Catalytic subunit of the human mitochondrial polymerase gamma

超分子名称: Catalytic subunit of the human mitochondrial polymerase gamma
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量実験値: 145 KDa / 理論値: 145 KDa

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分子 #1: human mitochondrial DNA polymerase gamma, catalytic subunit

分子名称: human mitochondrial DNA polymerase gamma, catalytic subunit
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞中の位置: mitochondria
分子量実験値: 145 KDa / 理論値: 145 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換細胞: SF9

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.025 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: 20 mM Hepes, 150 mM KCl, 1 mM EDTA, 5 mM DTT buffer.
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids with adsorbed protein were stained with 2% uranyl acetate for 60 seconds.
グリッド詳細: 300-mesh copper grids (Ted Pella) coated with carbon film that were glow-discharged for 10 s.
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200T
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: FEI
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k)
実像数: 24 / 平均電子線量: 10 e/Å2
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 76000 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.6 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.9 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN HELIUM / Tilt angle min: 60

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用した粒子像数: 8764
最終 2次元分類クラス数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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