[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-4flx: Pyrococcus abyssi B family DNA polymerase bound to a dsDNA, in ed... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4flx | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Pyrococcus abyssi B family DNA polymerase bound to a dsDNA, in edition mode | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | TRANSFERASE/DNA / DNA polymerase / DNA binding / TRANSFERASE-DNA complex | ||||||
Function / homology | ![]() nucleotide-excision repair, DNA gap filling / DNA replication proofreading / 3'-5'-DNA exonuclease activity / SOS response / base-excision repair, gap-filling / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gouge, J. / Delarue, M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Molecular Recognition of Canonical and Deaminated Bases by P. abyssi Family B DNA Polymerase. Authors: Gouge, J. / Ralec, C. / Henneke, G. / Delarue, M. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 358.7 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 282.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 459.2 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 464.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 32.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 48.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4fltC ![]() 4fluC ![]() 4flvC ![]() 4flwSC ![]() 4flyC ![]() 4flzC ![]() 4fm0C ![]() 4fm1C ![]() 4fm2C C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
-DNA chain , 2 types, 2 molecules TP
#1: DNA chain | Mass: 4032.619 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: chemical synthesis / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
---|---|
#2: DNA chain | Mass: 2411.606 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: chemical synthesis / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#3: Protein | Mass: 91809.938 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: D215A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|
-Non-polymers , 4 types, 445 molecules ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-MES / | #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.58 Å3/Da / Density % sol: 52.25 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 7-12% PEG 20000, 100 mM MES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Jan 29, 2011 |
Radiation | Monochromator: ID14-1 Diamond (111), Ge(220) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9334 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.9→44 Å / Num. obs: 22777 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 55.08 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.151 / Net I/σ(I): 8.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.9→3.06 Å / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 3297 / Rsym value: 0.31 / % possible all: 99.5 |
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 4FLW Resolution: 2.9→44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9224 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8788 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Stereochemistry target values: Engh & Huber
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 33.4 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.287 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9→44 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2.9→3.04 Å / Total num. of bins used: 11
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|