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- EMDB-13985: Cryo-EM map of apo-EleNRMT in complex with two nanobodies at 3.5A -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13985
タイトルCryo-EM map of apo-EleNRMT in complex with two nanobodies at 3.5A
マップデータ
試料
  • 複合体: EleNRMT in complex with two nanobodies
    • 細胞器官・細胞要素: EleNRMT
      • タンパク質・ペプチド: Divalent metal cation transporter
    • 細胞器官・細胞要素: Nanobody 1
      • タンパク質・ペプチド: Nanobody 1
    • 細胞器官・細胞要素: Nanobody 2
      • タンパク質・ペプチド: Nanobody 2
  • リガンド: water
機能・相同性NRAMP family / Natural resistance-associated macrophage protein-like / manganese ion transmembrane transporter activity / cadmium ion transmembrane transporter activity / intracellular manganese ion homeostasis / cellular response to iron ion / iron ion transport / plasma membrane / Divalent metal cation transporter
機能・相同性情報
生物種Eggerthella lenta (バクテリア) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Ramanadane K / Straub MS / Dutzler R / Manatschal C
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Structural and functional properties of a magnesium transporter of the SLC11/NRAMP family.
著者: Karthik Ramanadane / Monique S Straub / Raimund Dutzler / Cristina Manatschal /
要旨: Members of the ubiquitous SLC11/NRAMP family catalyze the uptake of divalent transition metal ions into cells. They have evolved to efficiently select these trace elements from a large pool of Ca and ...Members of the ubiquitous SLC11/NRAMP family catalyze the uptake of divalent transition metal ions into cells. They have evolved to efficiently select these trace elements from a large pool of Ca and Mg, which are both orders of magnitude more abundant, and to concentrate them in the cytoplasm aided by the cotransport of H serving as energy source. In the present study, we have characterized a member of a distant clade of the family found in prokaryotes, termed NRMTs, that were proposed to function as transporters of Mg. The protein transports Mg and Mn but not Ca by a mechanism that is not coupled to H. Structures determined by cryo-EM and X-ray crystallography revealed a generally similar protein architecture compared to classical NRAMPs, with a restructured ion binding site whose increased volume provides suitable interactions with ions that likely have retained much of their hydration shell.
履歴
登録2021年12月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年12月29日-
マップ公開2021年12月29日-
更新2022年2月2日-
現状2022年2月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.449
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.449
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7qia
  • 表面レベル: 0.449
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13985.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13985.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.3 Å/pix.
x 180 pix.
= 234.36 Å		1.3 Å/pix.
x 180 pix.
= 234.36 Å		1.3 Å/pix.
x 180 pix.
= 234.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.302 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.449 / ムービー #1: 0.449
最小 - 最大-2.4522915 - 3.7035544
平均 (標準偏差)0.0009483821 (±0.0677007)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 234.36002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.3021.3021.302
M x/y/z180180180
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z234.360234.360234.360
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS180180180
D min/max/mean-2.4523.7040.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_13985_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_13985_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_13985_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : EleNRMT in complex with two nanobodies

全体名称: EleNRMT in complex with two nanobodies
要素
  • 複合体: EleNRMT in complex with two nanobodies
    • 細胞器官・細胞要素: EleNRMT
      • タンパク質・ペプチド: Divalent metal cation transporter
    • 細胞器官・細胞要素: Nanobody 1
      • タンパク質・ペプチド: Nanobody 1
    • 細胞器官・細胞要素: Nanobody 2
      • タンパク質・ペプチド: Nanobody 2
  • リガンド: water

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超分子 #1: EleNRMT in complex with two nanobodies

超分子名称: EleNRMT in complex with two nanobodies / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
分子量理論値: 0.013 kDa/nm

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超分子 #2: EleNRMT

超分子名称: EleNRMT / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 / 詳細: thermostabilized version
由来(天然)生物種: Eggerthella lenta (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli MC1061 (大腸菌)

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超分子 #3: Nanobody 1

超分子名称: Nanobody 1 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
組換発現生物種: Escherichia coli MC1061 (大腸菌)

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超分子 #4: Nanobody 2

超分子名称: Nanobody 2 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
組換発現生物種: Escherichia coli MC1061 (大腸菌)

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分子 #1: Divalent metal cation transporter

分子名称: Divalent metal cation transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Eggerthella lenta (バクテリア)
分子量理論値: 46.848828 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli MC1061 (大腸菌)
配列文字列: MMMKKNEKLE LRDVAVDAAE STELVEVPEK KQPKKIWLLL AALGPGIVTA MAGNDAGGIS TYSTVGAKFG FATLWVIPIM CVLLIVVQM TAARMGAVTG KGFAALIRER FGIRLTALAM LALLIGNVAT TFSEFAGIAS GMEMFGVSKY LSVPVAAVAV W LLVVGGSY ...文字列:
MMMKKNEKLE LRDVAVDAAE STELVEVPEK KQPKKIWLLL AALGPGIVTA MAGNDAGGIS TYSTVGAKFG FATLWVIPIM CVLLIVVQM TAARMGAVTG KGFAALIRER FGIRLTALAM LALLIGNVAT TFSEFAGIAS GMEMFGVSKY LSVPVAAVAV W LLVVGGSY KRVEKVFLIL SLVFVTYIVA AFMAQPNWEE ALTSTVVPHI VNDQSFVSLV IAMIGTTIAP WMMFFNQSNV VE KGVTVKD LFSQKVDVVA GTIAACLVAW FIIVTTGAVL FPQGIEIESA ADAARALAPF AGHYAEALFA IGLIAASFLA ACV LPLTTA FVICEAFGWE AGVSFKWKEA PLFKSIFTFV IAFSAVVVLI PNIDLMGVML TAQFVNGLIL PVLLVFMAII AADK RVMGA YRSRIVSRVL IWLTVGIVTV LTAALLVMQV LGI

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分子 #2: Nanobody 1

分子名称: Nanobody 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 13.12676 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli MC1061 (大腸菌)
配列文字列:
QLQLVESGGG LVQPGGSLRL SCEASGKVFM INAMGWYRQA PGKQRELVAF ISRRGNINYA DSVKGRFTIS RDNAKNTVYL QMNSLRPED TAIYYCSADP RSNLDDGRYW GKGTPVTVSS

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分子 #3: Nanobody 2

分子名称: Nanobody 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 13.767339 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli MC1061 (大腸菌)
配列文字列:
QLQLVESGGG LVLAGGSLRL SCAASVRTFS HYALGWFRQA PGKEREFVAA IRWTGSSANY ADSVKGRFTI SRDNAKNTVD LRMNSLKPE DTAVYYCAAR TVYRPGFEDP NEYAYWGQGT RVTVSS

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分子 #4: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.5 mg/mL
緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度式名称
200.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMHEPESHEPES
0.25 %DMDecylmaltopyranoside
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 22117 / 平均露光時間: 1.01 sec. / 平均電子線量: 69.725 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4139894
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2) / 使用した粒子像数: 453950
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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