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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qic
タイトルStructure of magnesium-bound EleNRMT in complex with two nanobodies at 4.1A
要素
  • Divalent metal cation transporter
  • Nanobody 1
  • Nanobody 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / SLC11 / Magnesium / LeuT fold
機能・相同性NRAMP family / Natural resistance-associated macrophage protein-like / cadmium ion transmembrane transporter activity / manganese ion transmembrane transporter activity / iron ion transmembrane transport / plasma membrane / Divalent metal cation transporter
機能・相同性情報
生物種Eggerthella lenta (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Ramanadane, K. / Straub, M.S. / Dutzler, R. / Manatschal, C.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Structural and functional properties of a magnesium transporter of the SLC11/NRAMP family.
著者: Karthik Ramanadane / Monique S Straub / Raimund Dutzler / Cristina Manatschal /
要旨: Members of the ubiquitous SLC11/NRAMP family catalyze the uptake of divalent transition metal ions into cells. They have evolved to efficiently select these trace elements from a large pool of Ca and ...Members of the ubiquitous SLC11/NRAMP family catalyze the uptake of divalent transition metal ions into cells. They have evolved to efficiently select these trace elements from a large pool of Ca and Mg, which are both orders of magnitude more abundant, and to concentrate them in the cytoplasm aided by the cotransport of H serving as energy source. In the present study, we have characterized a member of a distant clade of the family found in prokaryotes, termed NRMTs, that were proposed to function as transporters of Mg. The protein transports Mg and Mn but not Ca by a mechanism that is not coupled to H. Structures determined by cryo-EM and X-ray crystallography revealed a generally similar protein architecture compared to classical NRAMPs, with a restructured ion binding site whose increased volume provides suitable interactions with ions that likely have retained much of their hydration shell.
履歴
登録2021年12月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-13987
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Divalent metal cation transporter
C: Nanobody 1
B: Nanobody 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,7674
ポリマ－73,7433
非ポリマー241
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Divalent metal cation transporter


分子量: 46848.828 Da / 分子数: 1
変異: E88Q, A151S, E193Q, R207H, S244T, I256V, S275A, V366I, V385I, V418L, V429A
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Eggerthella lenta (バクテリア) / 遺伝子: C1853_09580, C1871_08405 / 発現宿主: Escherichia coli MC1061 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A369N1S1
#2: 抗体 Nanobody 1


分子量: 13126.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli MC1061 (大腸菌)
#3: 抗体 Nanobody 2


分子量: 13767.339 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli MC1061 (大腸菌)
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来詳細
1Magnesium-bound EleNRMT in complex with two nanobodiesCOMPLEX#1-#30RECOMBINANT
2Magnesium-bound EleNRMTORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#11RECOMBINANTthermostabilized version
3Nanobody 1ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#21RECOMBINANT
4Nanobody 2ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#31RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.073 kDa/nmNO
210.047 kDa/nmNO
310.013 kDa/nmNO
410.013 kDa/nmNO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
32Eggerthella lenta (バクテリア)84112
43synthetic construct (人工物)32630
54synthetic construct (人工物)32630
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
32Escherichia coli MC1061 (大腸菌)1211845
43Escherichia coli MC1061 (大腸菌)1211845
54Escherichia coli MC1061 (大腸菌)1211845
緩衝液pH: 7
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1200 mMsodium chlorideNaCl1
220 mMHEPESHEPES1
30.25 %DecylmaltopyranosideDM1
試料濃度: 3.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.01 sec. / 電子線照射量: 69.554 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 12427

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU2.9画像取得
4cryoSPARC3.2CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10cryoSPARC3.2初期オイラー角割当
11cryoSPARC3.2最終オイラー角割当
12cryoSPARC3.2分類
13cryoSPARC3.2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2582066
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 100176 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 46.51 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00284942
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.61876721
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0435795
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0049837
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.2957686

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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