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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13947 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Botulinum neurotoxin serotype B | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Toxicity of botulinum toxin type B (botB) / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / lipid binding / host cell plasma membrane ...Toxicity of botulinum toxin type B (botB) / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis / zinc ion binding / extracellular region / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Kosenina S / Martinez-Carranza M / Davies JR / Masuyer G / Stenmark P | |||||||||
資金援助 | スウェーデン, 2件
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引用 | ジャーナル: Toxins (Basel) / 年: 2021 タイトル: Structural Analysis of Botulinum Neurotoxins Type B and E by Cryo-EM. 著者: Sara Košenina / Markel Martínez-Carranza / Jonathan R Davies / Geoffrey Masuyer / Pål Stenmark / 要旨: Botulinum neurotoxins (BoNTs) are the causative agents of a potentially lethal paralytic disease targeting cholinergic nerve terminals. Multiple BoNT serotypes exist, with types A, B and E being the ...Botulinum neurotoxins (BoNTs) are the causative agents of a potentially lethal paralytic disease targeting cholinergic nerve terminals. Multiple BoNT serotypes exist, with types A, B and E being the main cause of human botulism. Their extreme toxicity has been exploited for cosmetic and therapeutic uses to treat a wide range of neuromuscular disorders. Although naturally occurring BoNT types share a common end effect, their activity varies significantly based on the neuronal cell-surface receptors and intracellular SNARE substrates they target. These properties are the result of structural variations that have traditionally been studied using biophysical methods such as X-ray crystallography. Here, we determined the first structures of botulinum neurotoxins using single-particle cryogenic electron microscopy. The maps obtained at 3.6 and 3.7 Å for BoNT/B and /E, respectively, highlight the subtle structural dynamism between domains, and of the binding domain in particular. This study demonstrates how the recent advances made in the field of single-particle electron microscopy can be applied to bacterial toxins of clinical relevance and the botulinum neurotoxin family in particular. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13947.map.gz | 97.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13947-v30.xml emd-13947.xml | 19.9 KB 19.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_13947_fsc.xml | 10.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_13947.png | 46.8 KB | ||
マスクデータ | emd_13947_msk_1.map | 103 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_13947_additional_1.map.gz emd_13947_half_map_1.map.gz emd_13947_half_map_2.map.gz | 2 MB 95.6 MB 95.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13947 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13947 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13947_validation.pdf.gz | 487.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_13947_full_validation.pdf.gz | 486.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13947_validation.xml.gz | 18 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13947_validation.cif.gz | 23.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13947 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13947 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13947.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.09 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_13947_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: locally filtered map
ファイル | emd_13947_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | locally filtered map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: halp map A
ファイル | emd_13947_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | halp map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map B
ファイル | emd_13947_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Botulinum neurotoxin serotype B
全体 | 名称: Botulinum neurotoxin serotype B |
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要素 |
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-超分子 #1: Botulinum neurotoxin serotype B
超分子 | 名称: Botulinum neurotoxin serotype B / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 150 KDa |
-分子 #1: Botulinum neurotoxin type B
分子 | 名称: Botulinum neurotoxin type B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: catalytically inactive variant of botulinum neurotoxin serotype B [E231Q/H234Y] コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) |
分子量 | 理論値: 153.021922 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MPVTINNFNY NDPIDNNNII MMEPPFARGT GRYYKAFKIT DRIWIIPERY TFGYKPEDFN KSSGIFNRDV CEYYDPDYLN TNDKKNIFL QTMIKLFNRI KSKPLGEKLL EMIINGIPYL GDRRVPLEEF NTNIASVTVN KLISNPGEVE RKKGIFANLI I FGPGPVLN ...文字列: MPVTINNFNY NDPIDNNNII MMEPPFARGT GRYYKAFKIT DRIWIIPERY TFGYKPEDFN KSSGIFNRDV CEYYDPDYLN TNDKKNIFL QTMIKLFNRI KSKPLGEKLL EMIINGIPYL GDRRVPLEEF NTNIASVTVN KLISNPGEVE RKKGIFANLI I FGPGPVLN ENETIDIGIQ NHFASREGFG GIMQMKFCPE YVSVFNNVQE NKGASIFNRR GYFSDPALIL MHQLIYVLHG LY GIKVDDL PIVPNEKKFF MQSTDAIQAE ELYTFGGQDP SIITPSTDKS IYDKVLQNFR GIVDRLNKVL VCISDPNINI NIY KNKFKD KYKFVEDSEG KYSIDVESFD KLYKSLMFGF TETNIAENYK IKTRASYFSD SLPPVKIKNL LDNEIYTIEE GFNI SDKDM EKEYRGQNKA INKQAYEEIS KEHLAVYKIQ MCKSVKAPGI CIDVDNEDLF FIADKNSFSD DLSKNERIEY NTQSN YIEN DFPINELILD TDLISKIELP SENTESLTDF NVDVPVYEKQ PAIKKIFTDE NTIFQYLYSQ TFPLDIRDIS LTSSFD DAL LFSNKVYSFF SMDYIKTANK VVEAGLFAGW VKQIVNDFVI EANKSNTMDK IADISLIVPY IGLALNVGNE TAKGNFE NA FEIAGASILL EFIPELLIPV VGAFLLESYI DNKNKIIKTI DNALTKRNEK WSDMYGLIVA QWLSTVNTQF YTIKEGMY K ALNYQAQALE EIIKYRYNIY SEKEKSNINI DFNDINSKLN EGINQAIDNI NNFINGCSVS YLMKKMIPLA VEKLLDFDN TLKKNLLNYI DENKLYLIGS AEYEKSKVNK YLKTIMPFDL SIYTNDTILI EMFNKYNSEI LNNIILNLRY KDNNLIDLSG YGAKVEVYD GVELNDKNQF KLTSSANSKI RVTQNQNIIF NSVFLDFSVS FWIRIPKYKN DGIQNYIHNE YTIINCMKNN S GWKISIRG NRIIWTLIDI NGKTKSVFFE YNIREDISEY INRWFFVTIT NNLNNAKIYI NGKLESNTDI KDIREVIANG EI IFKLDGD IDRTQFIWMK YFSIFNTELS QSNIEERYKI QSYSEYLKDF WGNPLMYNKE YYMFNAGNKN SYIKLKKDSP VGE ILTRSK YNQNSKYINY RDLYIGEKFI IRRKSNSQSI NDDIVRKEDY IYLDFFNLNQ EWRVYTYKYF KKEEMKLFLA PIYD SDEFY NTIQIKEYDE QPTYSCQLLF KKDEESTDEI GLIGIHRFYE SGIVFEEYKD YFCISKWYLK EVKRKPYNLK LGCNW QFIP KDEGWTELEV LFQGPLEHHH HHH |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.05 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 20 mM HEPES pH7.5, 50mM NaCl, 0.5mM TCEP |
グリッド | モデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | Pure protein, monodisperse by SEC |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 6317 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | PDB-7qfq: |