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万見
- EMDB-13774: Subtomogram average of baseplate region of contractile injection ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13774
タイトルSubtomogram average of baseplate region of contractile injection systems in Anabaena PCC 7120 ghost cells in extended state
マップデータSubtomogram average of baseplate region of contractile injection systems in Anabaena PCC 7120 ghost cells in extended state
試料
  • 複合体: Baseplate region of contractile injection system of Anabaena PCC 7120 ghost cells in extended state
キーワードcryoET / cyanobacteria / contractile injection systems / CIS / CONTRACTILE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF5908 / Family of unknown function (DUF5908) / YegP-like superfamily / Contractile injection system tube protein, N-terminal domain / Contractile injection system tube protein / IraD/Gp25-like / Baseplate wedge protein gp25 / Baseplate protein J-like / Baseplate J-like protein / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr protein ...Protein of unknown function DUF5908 / Family of unknown function (DUF5908) / YegP-like superfamily / Contractile injection system tube protein, N-terminal domain / Contractile injection system tube protein / IraD/Gp25-like / Baseplate wedge protein gp25 / Baseplate protein J-like / Baseplate J-like protein / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr protein / Conserved hypothetical protein CHP02241 / Bacteriophage T4, Gp19, tail tube / T4-like virus tail tube protein gp19 / Gp5/Type VI secretion system Vgr protein, OB-fold domain / Type VI secretion system/phage-baseplate injector OB domain / Vgr protein, OB-fold domain superfamily / : / Tail sheath protein, C-terminal domain / Phage tail sheath C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
All3325 protein / All3324 protein / All3323 protein / Asl3322 protein / All3321 protein / All3320 protein / All3318 protein / All3317 protein / All3316 protein / All3315 protein / All3314 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 37.2 Å
データ登録者Weiss GL / Eisenstein F / Pilhofer M
資金援助 日本, 6件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)679209 日本
Swiss National Science Foundation31003A_179255 日本
Boehringer Ingelheim Fonds (BIF) 日本
German Research Foundation (DFG)SFB766 日本
German Research Foundation (DFG)GRK1708 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2022
タイトル: Structure of a thylakoid-anchored contractile injection system in multicellular cyanobacteria.
著者: Gregor L Weiss / Fabian Eisenstein / Ann-Katrin Kieninger / Jingwei Xu / Hannah A Minas / Milena Gerber / Miki Feldmüller / Iris Maldener / Karl Forchhammer / Martin Pilhofer /
要旨: Contractile injection systems (CISs) mediate cell-cell interactions by phage tail-like structures, using two distinct modes of action: extracellular CISs are released into the medium, while type 6 ...Contractile injection systems (CISs) mediate cell-cell interactions by phage tail-like structures, using two distinct modes of action: extracellular CISs are released into the medium, while type 6 secretion systems (T6SSs) are attached to the cytoplasmic membrane and function upon cell-cell contact. Here, we characterized a CIS in the multicellular cyanobacterium Anabaena, with features distinct from extracellular CISs and T6SSs. Cryo-electron tomography of focused ion beam-milled cells revealed that CISs were anchored in thylakoid membrane stacks, facing the cell periphery. Single particle cryo-electron microscopy showed that this unique in situ localization was mediated by extensions of tail fibre and baseplate components. On stress, cyanobacteria induced the formation of ghost cells, presenting thylakoid-anchored CISs to the environment. Functional assays suggest that these CISs may mediate ghost cell formation and/or interactions of ghost cells with other organisms. Collectively, these data provide a framework for understanding the evolutionary re-engineering of CISs and potential roles of these CISs in cyanobacterial programmed cell death.
履歴
登録2021年10月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年2月23日-
マップ公開2022年2月23日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.166
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.166
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13774.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13774.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subtomogram average of baseplate region of contractile injection systems in Anabaena PCC 7120 ghost cells in extended state
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.3 Å/pix.
x 124 pix.
= 533.2 Å		4.3 Å/pix.
x 124 pix.
= 533.2 Å		4.3 Å/pix.
x 124 pix.
= 533.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.3 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.166 / ムービー #1: 0.166
最小 - 最大-2.380134 - 2.2867837
平均 (標準偏差)-0.07905928 (±0.34607208)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ124124124
Spacing124124124
セルA=B=C: 533.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.34.34.3
M x/y/z124124124
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z533.200533.200533.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ360360360
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS124124124
D min/max/mean-2.3802.287-0.079

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添付データ

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ハーフマップ: half map, even

ファイルemd_13774_half_map_1.map
注釈half map, even
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map, odd

ファイルemd_13774_half_map_2.map
注釈half map, odd
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Baseplate region of contractile injection system of Anabaena PCC ...

全体名称: Baseplate region of contractile injection system of Anabaena PCC 7120 ghost cells in extended state
要素
  • 複合体: Baseplate region of contractile injection system of Anabaena PCC 7120 ghost cells in extended state

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超分子 #1: Baseplate region of contractile injection system of Anabaena PCC ...

超分子名称: Baseplate region of contractile injection system of Anabaena PCC 7120 ghost cells in extended state
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 2.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 37.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 64
抽出トモグラム数: 15 / 使用した粒子像数: 78
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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