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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1372 | |||||||||
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タイトル | Architecture of the Dam1 kinetochore ring complex and implications for microtubule-driven assembly and force-coupling mechanisms. | |||||||||
マップデータ | This is the single particle reconstruction of the wild-type Dam1 complex in its dimeric form. | |||||||||
試料 |
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生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 28.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang H-W / Ramey VH / Westermann S / Leschziner AE / Welburn JPI / Nakajima Y / Drubin DG / Barnes G / Nogales E | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2007 タイトル: Architecture of the Dam1 kinetochore ring complex and implications for microtubule-driven assembly and force-coupling mechanisms. 著者: Hong-Wei Wang / Vincent H Ramey / Stefan Westermann / Andres E Leschziner / Julie P I Welburn / Yuko Nakajima / David G Drubin / Georjana Barnes / Eva Nogales / 要旨: The Dam1 kinetochore complex is essential for chromosome segregation in budding yeast. This ten-protein complex self-assembles around microtubules, forming ring-like structures that move with ...The Dam1 kinetochore complex is essential for chromosome segregation in budding yeast. This ten-protein complex self-assembles around microtubules, forming ring-like structures that move with depolymerizing microtubule ends, a mechanism with implications for cellular function. Here we used EM-based single-particle and helical analyses to define the architecture of the Dam1 complex at 30-A resolution and the self-assembly mechanism. Ring oligomerization seems to be facilitated by a conformational change upon binding to microtubules, suggesting that the Dam1 ring is not preformed, but self-assembles around kinetochore microtubules. The C terminus of the Dam1p protein, where most of the Aurora kinase Ipl1 phosphorylation sites reside, is in a strategic location to affect oligomerization and interactions with the microtubule. One of Ipl1's roles might be to fine-tune the coupling of the microtubule interaction with the conformational change required for oligomerization, with phosphorylation resulting in ring breakdown. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1372.map.gz | 7.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1372-v30.xml emd-1372.xml | 9.7 KB 9.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1372.gif | 36.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1372 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1372 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1372_validation.pdf.gz | 205.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1372_full_validation.pdf.gz | 204.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1372_validation.xml.gz | 5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1372 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1372 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1372.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | This is the single particle reconstruction of the wild-type Dam1 complex in its dimeric form. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Dam1 complex
全体 | 名称: Dam1 complex |
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要素 |
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-超分子 #1000: Dam1 complex
超分子 | 名称: Dam1 complex / タイプ: sample / ID: 1000 詳細: The sample is mainly dimeric with some in monomeric and trimeric forms. 集合状態: dimer of decamer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 200 KDa / 理論値: 200 KDa |
-分子 #1: Dam1 complex
分子 | 名称: Dam1 complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: DASH / コピー数: 2 / 集合状態: dimer of decamer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: yeast / 細胞中の位置: kinetochore |
分子量 | 実験値: 200 KDa / 理論値: 200 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.02 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 6.8 詳細: 500 mM NaCl, 20 mM sodium phosphate pH 6.8, 1 mM EDTA |
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: The complexes were negatively stained with 2% uranyl formate with the sandwich method between two layers of thin carbon film |
グリッド | 詳細: 400 mesh copper grid |
凍結 | 凍結剤: NONE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 12 |
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アライメント法 | Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 120,000 magnification |
詳細 | Low dose mode was used in data collection |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 12.7 µm / 実像数: 200 詳細: The films were digitized on a Nikon Super Coolscan 8000 scanner Od range: 1.4 / ビット/ピクセル: 14 |
Tilt angle min | 0 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 6.6 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.7 µm / 倍率(公称値): 49000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER / Tilt angle max: 65 |
-画像解析
詳細 | The particles were picked by hand in WEB |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 28.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMAGIC, SPIDER / 使用した粒子像数: 4468 |
最終 2次元分類 | クラス数: 50 |