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万見
- EMDB-1367: Three-dimensional structure of a voltage-gated potassium channel ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1367
タイトルThree-dimensional structure of a voltage-gated potassium channel at 2.5 nm resolution.
マップデータThis is an image of surface rendered view of Shaker potassium voltage-gated channel
試料
  • 試料: Shaker B channel
  • タンパク質・ペプチド: Kv1.1
機能・相同性
機能・相同性情報


delayed rectifier potassium channel activity / voltage-gated potassium channel activity / voltage-gated potassium channel complex / protein homooligomerization / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, voltage dependent, Kv1 / Potassium channel, voltage dependent, Kv / Potassium channel tetramerisation-type BTB domain / BTB/POZ domain / Potassium channel domain / Ion channel / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / Voltage-dependent channel domain superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily ...Potassium channel, voltage dependent, Kv1 / Potassium channel, voltage dependent, Kv / Potassium channel tetramerisation-type BTB domain / BTB/POZ domain / Potassium channel domain / Ion channel / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / Voltage-dependent channel domain superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
pH-gated potassium channel KcsA / Potassium channel
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Sokolova O / Kolmakova-Partensky L / Grigorieff N
引用ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: Three-dimensional structure of a voltage-gated potassium channel at 2.5 nm resolution.
著者: O Sokolova / L Kolmakova-Partensky / N Grigorieff /
要旨: BACKGROUND: The voltage-gated potassium channel Shaker from Drosophila consists of a tetramer of identical subunits, each containing six transmembrane segments. The atomic structure of a bacterial ...BACKGROUND: The voltage-gated potassium channel Shaker from Drosophila consists of a tetramer of identical subunits, each containing six transmembrane segments. The atomic structure of a bacterial homolog, the potassium channel KcsA, is much smaller than Shaker. It does not have a voltage sensor and other important domains like the N-terminal tetramerization (T1) domain. The structure of these additional elements has to be studied in the more complex voltage-gated channels.
RESULTS: We determined the three-dimensional structure of the entire Shaker channel at 2.5 nm resolution using electron microscopy. The four-fold symmetric structure shows a large and a small domain ...RESULTS: We determined the three-dimensional structure of the entire Shaker channel at 2.5 nm resolution using electron microscopy. The four-fold symmetric structure shows a large and a small domain linked by thin 2 nm long connectors. To interpret the structure, we used the crystal structures of the isolated T1 domain and the KcsA channel. A unique density assignment was made based on the symmetry and dimensions of the crystal structures and domains, identifying the smaller domain as the cytoplasmic mass of Shaker containing T1 and the larger domain as embedded in the membrane.
CONCLUSIONS: The two-domain architecture of the Shaker channel is consistent with the recently proposed "hanging gondola" model for the T1 domain, putting the T1 domain at a distance from the ...CONCLUSIONS: The two-domain architecture of the Shaker channel is consistent with the recently proposed "hanging gondola" model for the T1 domain, putting the T1 domain at a distance from the membrane domain but attached to it by thin connectors. The space between the two domains is sufficient to permit cytoplasmic access of ions and the N-terminal inactivation domain to the pore region. A hanging gondola architecture has also been observed in the nicotinic acetylcholine receptor and the KcsA structure, suggesting that it is a common element of ion channels.
履歴
登録2007年5月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2007年5月30日-
マップ公開2007年5月30日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.531039603
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.531039603
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1367.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1367.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1001 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is an image of surface rendered view of Shaker potassium voltage-gated channel
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.5 Å/pix.
x 64 pix.
= 224. Å		3.5 Å/pix.
x 64 pix.
= 224. Å		3.5 Å/pix.
x 64 pix.
= 224. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.5 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 0.471 / ムービー #1: 0.5310396
最小 - 最大-0.524587 - 1.17639
平均 (標準偏差)-0.0588283 (±0.213118)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-32-32-32
サイズ646464
Spacing646464
セルA=B=C: 224 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.53.53.5
M x/y/z646464
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z224.000224.000224.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-64-64-64
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-32-32-32
NC/NR/NS646464
D min/max/mean-0.5251.176-0.059

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Shaker B channel

全体名称: Shaker B channel
要素
  • 試料: Shaker B channel
  • タンパク質・ペプチド: Kv1.1

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超分子 #1000: Shaker B channel

超分子名称: Shaker B channel / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: This is an inactivation-removed Shaker B channel construct, delta6-46/F425G, with a C-terminal 1D4 immunoaffinity tag. The molecular weight given above includes glycosylation.
集合状態: One homotetramer / Number unique components: 1
分子量実験値: 860 KDa / 理論値: 860 KDa / 手法: SDS PAGE electrophoresis

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分子 #1: Kv1.1

分子名称: Kv1.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Shaker Kv channel / コピー数: 4 / 集合状態: Tetramer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
別称: Drosophila / 組織: Muscule / 細胞: COS-1 / Organelle: Cell membranes / 細胞中の位置: Cell membranes
分子量実験値: 860 KDa / 理論値: 860 KDa
組換発現生物種: Mammalian (両生類) / 組換プラスミド: pmt3

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
詳細: 80 mM KCl, 2 mM NaEDTA, 40 mM HEPES-KOH, 0.7% CHAPS, 1 mM DTT, 50 mM NaCl, 0.2 mM leupeptin/pepstatin,1 mM PMSF
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids floated on drops of sample buffer twice with blotting inbetween, than floated on 1% solution of uranyl acetate twice (blot inbetween) for 10 seconds each
グリッド詳細: Continuous carbon on 400 mesh copper grid
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM120T
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 3.5 µm / 実像数: 40 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.9 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダー: Side-entry room temperature / 試料ホルダーモデル: OTHER

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画像解析

詳細Manual selection of particles
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMAGIC, FREALIGN / 使用した粒子像数: 6000
最終 2次元分類クラス数: 50

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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