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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13637 | ||||||||||||
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タイトル | In-situ structure of hexameric S-layer protein | ||||||||||||
マップデータ | Postprocessed map without B-factor sharpening. | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | S-layer csg / STRUCTURAL PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | Surface glycoprotein signal peptide / Major cell surface glycoprotein / PGF-CTERM archaeal protein-sorting signal / PGF-CTERM motif / S-layer / cell wall organization / extracellular region / plasma membrane / Cell surface glycoprotein 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Haloferax volcanii DS2 (古細菌) | ||||||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.968 Å | ||||||||||||
データ登録者 | von Kuegelgen A / Bharat TAM | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021 タイトル: Complete atomic structure of a native archaeal cell surface. 著者: Andriko von Kügelgen / Vikram Alva / Tanmay A M Bharat / 要旨: Many prokaryotic cells are covered by an ordered, proteinaceous, sheet-like structure called a surface layer (S-layer). S-layer proteins (SLPs) are usually the highest copy number macromolecules in ...Many prokaryotic cells are covered by an ordered, proteinaceous, sheet-like structure called a surface layer (S-layer). S-layer proteins (SLPs) are usually the highest copy number macromolecules in prokaryotes, playing critical roles in cellular physiology such as blocking predators, scaffolding membranes, and facilitating environmental interactions. Using electron cryomicroscopy of two-dimensional sheets, we report the atomic structure of the S-layer from the archaeal model organism Haloferax volcanii. This S-layer consists of a hexagonal array of tightly interacting immunoglobulin-like domains, which are also found in SLPs across several classes of archaea. Cellular tomography reveal that the S-layer is nearly continuous on the cell surface, completed by pentameric defects in the hexagonal lattice. We further report the atomic structure of the SLP pentamer, which shows markedly different relative arrangements of SLP domains needed to complete the S-layer. Our structural data provide a framework for understanding cell surfaces of archaea at the atomic level. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13637.map.gz | 24 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13637-v30.xml emd-13637.xml | 19.2 KB 19.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_13637.png | 159.9 KB | ||
マスクデータ | emd_13637_msk_1.map | 27 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-13637.cif.gz | 6.8 KB | ||
その他 | emd_13637_additional_1.map.gz | 19.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13637 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13637 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13637_validation.pdf.gz | 529.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_13637_full_validation.pdf.gz | 528.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13637_validation.xml.gz | 5.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13637_validation.cif.gz | 6.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13637 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13637 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13637.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Postprocessed map without B-factor sharpening. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.328 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_13637_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Full map without postprocessing or B-factor sharpening
ファイル | emd_13637_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Full map without postprocessing or B-factor sharpening | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : In-situ structure of hexameric S-layer of Haloferax volcanii
全体 | 名称: In-situ structure of hexameric S-layer of Haloferax volcanii |
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要素 |
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-超分子 #1: In-situ structure of hexameric S-layer of Haloferax volcanii
超分子 | 名称: In-situ structure of hexameric S-layer of Haloferax volcanii タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: In-situ structure of hexameric S-layer of Haloferax volcanii |
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由来(天然) | 生物種: Haloferax volcanii DS2 (古細菌) / 細胞中の位置: Cell surface |
-分子 #1: Cell surface glycoprotein
分子 | 名称: Cell surface glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Haloferax volcanii DS2 (古細菌) |
分子量 | 理論値: 81.755602 KDa |
配列 | 文字列: ERGNLDADSE SFNKTIQSGD RVFLGEEIST DAGLGASNPL LTGTAGNSEG VSLDLSSPIP QTTENQPLGT YDVDGSGSAT TPNVTLLAP RITDSEILTS SGGDVTGSAI SSSDAGNLYV NADYNYESAE KVEVTVEDPS GTDITNEVLS GTDTFVDDGS I GSTSSTGG ...文字列: ERGNLDADSE SFNKTIQSGD RVFLGEEIST DAGLGASNPL LTGTAGNSEG VSLDLSSPIP QTTENQPLGT YDVDGSGSAT TPNVTLLAP RITDSEILTS SGGDVTGSAI SSSDAGNLYV NADYNYESAE KVEVTVEDPS GTDITNEVLS GTDTFVDDGS I GSTSSTGG GVGIDMSDQD AGEYTIILEG AEDLDFGDAT ETMTLTISSQ DEIGIELDSE SVTQGTDVQY TVTNGIDGNE HV VAMDLSD LQNDATTEQA KEVFRNIGDT SEVGIANSSA TNTSGSSTGP TVETADIAYA VVEIDGASAV GGIETQYLDD SEV DLEVYD AGVSATAAVG QDATNDITLT IEEGGTTLSS PTGQYVVGSE VDINGTATSS DSVAIYVRDD GDWQLLEIGG DNEI SVDSD DTFEEEDIAL SGLSGDGSSI LSLTGTYRIG VIDASDADVG GDGSVDDSLT TSEFTSGVSS SNSIRVTDQA LTGQF TTIN GQVAPVETGT VDINGTASGA NSVLVIFVDE RGNVNYQEVS VDSDGTYDED DITVGLTQGR VTAHILSVGR DSAIGD GSL PSGPSNGATL NDLTGYLDTL DQNNNNGEQI NELIASETVD ETASDDLIVT ETFRLAESST SIDSIYPDAA EAAGINP VA TGETMVIAGS TNLKPDDNTI SIEVTNEDGT SVALEDTDEW NNDGQWMVEI DTTDFETGTF TVEADDGDNT DTVNVEVV S EREDTTTSSD NATDTTTTTD GPTETTTTAE PTETTEEPTE ETTTSSNTPG FGIAVALVAL VGAALLALRR EN UniProtKB: Cell surface glycoprotein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: 18 % (w/v) artificial sea water | |||||||||||||||||||||
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 20 seconds, 15 mA | |||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: Vitrobot options: Blot time 2.0 seconds, Blot force -15,1, Wait time 0 seconds, Drain time 0.5 seconds. | |||||||||||||||||||||
詳細 | Haloferax volcanii vesicles |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K |
特殊光学系 | 球面収差補正装置: not used / 色収差補正装置: not used / エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
詳細 | SerialEM Hagen Scheme |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 2.9 e/Å2 / 詳細: Dose symmetric tilt scheme (Hagen et al, JSB) |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.0 µm / 倍率(補正後): 105000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 使用したクラス数: 5 / 想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.968 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用したサブトモグラム数: 53063 |
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抽出 | トモグラム数: 127 / 使用した粒子像数: 83713 / 参照モデル: Ab initio / 手法: RELION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 詳細: RELION subtomogram averaging |
最終 3次元分類 | クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 詳細: 3D-Classification using RELION3.1 |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 詳細: Angle assignment was performed within RELION3.1 |
-原子モデル構築 1
詳細 | Rigid body fit inside coot of D1-D6 domains and real space refinement with restraints of the original model obtained by single particle analysis in PHENIX. |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Best Fit |
得られたモデル | PDB-7ptt: |