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万見
- EMDB-1363: Locking and unlocking of ribosomal motions. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1363
タイトルLocking and unlocking of ribosomal motions.
マップデータCryo-EM map of E.coli 70S ribosome
試料
  • 試料: EF-G bound Release Complex in the presence of Puromycin and GDPNP
  • 複合体: Release Complex
  • リガンド: Puromycin
  • リガンド: EF-G
  • リガンド: GDPNP
機能・相同性
機能・相同性情報


translational elongation / translation elongation factor activity / GDP binding / ribosome binding / small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome ...translational elongation / translation elongation factor activity / GDP binding / ribosome binding / small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / GTPase activity / GTP binding / magnesium ion binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translation elongation factor EFG/EF2 / : / Elongation factor G, domain III / EFG, domain V / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus ...Translation elongation factor EFG/EF2 / : / Elongation factor G, domain III / EFG, domain V / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / EF-G domain III/V-like / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / L28p-like / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Ribosomal protein L5, conserved site / Ribosomal protein L5 signature. / Ribosomal protein L5, N-terminal / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L5, C-terminal / ribosomal L5P family C-terminus / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L5 domain superfamily / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S13 signature. / Ribosomal protein S13 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S13 family profile. / Ribosomal protein S13-like, H2TH / Small GTP-binding protein domain / Ribosomal protein S12 signature. / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S12/S23 / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
30S ribosomal protein S13 / 50S ribosomal protein L5 / 50S ribosomal protein L31 / Elongation factor G / Large ribosomal subunit protein uL11 / Small ribosomal subunit protein uS12
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.9 Å
データ登録者Mikel V / Andrey Z / Sengupta J / Rawat U / Ehrenberg M / Frank J
引用ジャーナル: Cell / 年: 2003
タイトル: Locking and unlocking of ribosomal motions.
著者: Mikel Valle / Andrey Zavialov / Jayati Sengupta / Urmila Rawat / Måns Ehrenberg / Joachim Frank /
要旨: During the ribosomal translocation, the binding of elongation factor G (EF-G) to the pretranslocational ribosome leads to a ratchet-like rotation of the 30S subunit relative to the 50S subunit in the ...During the ribosomal translocation, the binding of elongation factor G (EF-G) to the pretranslocational ribosome leads to a ratchet-like rotation of the 30S subunit relative to the 50S subunit in the direction of the mRNA movement. By means of cryo-electron microscopy we observe that this rotation is accompanied by a 20 A movement of the L1 stalk of the 50S subunit, implying that this region is involved in the translocation of deacylated tRNAs from the P to the E site. These ribosomal motions can occur only when the P-site tRNA is deacylated. Prior to peptidyl-transfer to the A-site tRNA or peptide removal, the presence of the charged P-site tRNA locks the ribosome and prohibits both of these motions.
履歴
登録2007年5月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2007年5月24日-
マップ公開2007年5月24日-
更新2012年11月7日-
現状2012年11月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 50
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 50
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  • 原子モデル: PDB-1pn6, PDB-1pn7, PDB-1pn8
  • 表面レベル: 50
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3iyy
  • 表面レベル: 50
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  • 原子モデルPDB-1pn6
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-1pn7
  • Jmolによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-1pn8
  • Jmolによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-2z9q
  • Jmolによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3iyy
  • Jmolによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3izp
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1363.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1363.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of E.coli 70S ribosome
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.82 Å/pix.
x 130 pix.
= 366.6 Å		2.82 Å/pix.
x 130 pix.
= 366.6 Å		2.82 Å/pix.
x 130 pix.
= 366.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 56.799999999999997 / ムービー #1: 50
最小 - 最大-116.941999999999993 - 253.153999999999996
平均 (標準偏差)2.69052 (±25.7986)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-65-65-65
サイズ130130130
Spacing130130130
セルA=B=C: 366.6 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.822.822.82
M x/y/z130130130
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z366.600366.600366.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-64-64-64
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-65-65-65
NC/NR/NS130130130
D min/max/mean-116.942253.1542.691

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : EF-G bound Release Complex in the presence of Puromycin and GDPNP

全体名称: EF-G bound Release Complex in the presence of Puromycin and GDPNP
要素
  • 試料: EF-G bound Release Complex in the presence of Puromycin and GDPNP
  • 複合体: Release Complex
  • リガンド: Puromycin
  • リガンド: EF-G
  • リガンド: GDPNP

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超分子 #1000: EF-G bound Release Complex in the presence of Puromycin and GDPNP

超分子名称: EF-G bound Release Complex in the presence of Puromycin and GDPNP
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 4

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超分子 #1: Release Complex

超分子名称: Release Complex / タイプ: complex / ID: 1 / 詳細: mRNA and tRNA / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600

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分子 #1: Puromycin

分子名称: Puromycin / タイプ: ligand / ID: 1 / 詳細: Antibiotic / 組換発現: No
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
Chemical component information

ChemComp-PUY:
PUROMYCIN / ピュ-ロマイシン / 抗生剤, 阻害剤*YM

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分子 #2: EF-G

分子名称: EF-G / タイプ: ligand / ID: 2 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600

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分子 #3: GDPNP

分子名称: GDPNP / タイプ: ligand / ID: 3 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER / 詳細: Rapid-freezing in liquid ethane

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
温度平均: 93 K
アライメント法Legacy - Electron beam tilt params: 0
日付2003年7月11日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 49696 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: cryo transfer / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: CTF correctionn of 3D map
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER, package / 使用した粒子像数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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