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- EMDB-13291: Respiratory complex I from Escherichia coli solubilized in LMNG -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13291
タイトルRespiratory complex I from Escherichia coli solubilized in LMNG
マップデータ
試料
  • 複合体: Respiratory complex I from Escherichia coli solubilized in LMNG
    • タンパク質・ペプチド: x 13種
機能・相同性
機能・相同性情報


トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / NADH dehydrogenase (quinone) (non-electrogenic) activity / NADH dehydrogenase complex / cellular respiration / molybdopterin cofactor binding / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / ubiquinone binding / electron transport coupled proton transport / respiratory chain complex I / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity ...トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / NADH dehydrogenase (quinone) (non-electrogenic) activity / NADH dehydrogenase complex / cellular respiration / molybdopterin cofactor binding / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / ubiquinone binding / electron transport coupled proton transport / respiratory chain complex I / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / endomembrane system / proton transmembrane transport / aerobic respiration / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / NAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / iron ion binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NADH dehydrogenase, subunit CD / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, bacterial/plastid / NAD(P)H-quinone oxidoreductase, subunit N/subunit 2 / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain / Molybdopterin dinucleotide-binding domain / Molydopterin dinucleotide binding domain / : / NADH-quinone oxidoreductase subunit 3, ferredoxin-like domain / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 20 Kd subunit signature. ...NADH dehydrogenase, subunit CD / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, bacterial/plastid / NAD(P)H-quinone oxidoreductase, subunit N/subunit 2 / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain / Molybdopterin dinucleotide-binding domain / Molydopterin dinucleotide binding domain / : / NADH-quinone oxidoreductase subunit 3, ferredoxin-like domain / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 20 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6, subunit NuoJ / NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5 subgroup / NADH-quinone oxidoreductase, chain M/4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/K / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6 / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminal / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminus / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit D/H / NADH-quinone oxidoreductase, chain 5-like / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 49kDa subunit, conserved site / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/Mnh complex subunit C1-like / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 4L / Respiratory chain NADH dehydrogenase 49 Kd subunit signature. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 3. / NADH-quinone oxidoreductase, subunit D / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 49 Kd subunit / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 2. / NADH ubiquinone oxidoreductase, F subunit / NADH dehydrogenase, subunit C / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 30 Kd subunit signature. / NADH:ubiquinone oxidoreductase / : / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 1. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit superfamily / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 30 Kd subunit / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, membrane subunit / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, TM / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 75kDa subunit, conserved site / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 3 superfamily / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 2. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1/F420H2 oxidoreductase subunit H / NADH dehydrogenase / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 1. / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 24 Kd subunit signature. / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / NuoE domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G, iron-sulphur binding / His(Cys)3-ligated-type [4Fe-4S] domain profile. / NADH-quinone oxidoreductase subunit E-like / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 51kDa subunit, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 2. / NADH-quinone oxidoreductase subunit E, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain superfamily / NADH-ubiquinone oxidoreductase-F iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-F iron-sulfur binding region / Thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain superfamily / Nuo51 FMN-binding domain / Molybdopterin oxidoreductase, 4Fe-4S domain / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases 4Fe-4S domain profile. / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / Molybdopterin oxidoreductase / Molybdopterin oxidoreductase / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / 4Fe-4S dicluster domain / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NADH-quinone oxidoreductase subunit L / NADH-quinone oxidoreductase subunit A / NADH-quinone oxidoreductase subunit B / NADH-quinone oxidoreductase subunit E / NADH-quinone oxidoreductase subunit H / NADH-quinone oxidoreductase subunit I / NADH-quinone oxidoreductase subunit J / NADH-quinone oxidoreductase subunit K / NADH-quinone oxidoreductase subunit M / NADH-quinone oxidoreductase subunit N ...NADH-quinone oxidoreductase subunit L / NADH-quinone oxidoreductase subunit A / NADH-quinone oxidoreductase subunit B / NADH-quinone oxidoreductase subunit E / NADH-quinone oxidoreductase subunit H / NADH-quinone oxidoreductase subunit I / NADH-quinone oxidoreductase subunit J / NADH-quinone oxidoreductase subunit K / NADH-quinone oxidoreductase subunit M / NADH-quinone oxidoreductase subunit N / NADH-quinone oxidoreductase subunit F / NADH-quinone oxidoreductase subunit C/D / NADH-quinone oxidoreductase subunit G
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli B (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.7 Å
データ登録者Kolata P / Efremov RG
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)00281ROEFEuropean Union
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: Structure of respiratory complex I reconstituted into lipid nanodiscs reveals an uncoupled conformation.
著者: Piotr Kolata / Rouslan G Efremov /
要旨: Respiratory complex I is a multi-subunit membrane protein complex that reversibly couples NADH oxidation and ubiquinone reduction with proton translocation against transmembrane potential. Complex I ...Respiratory complex I is a multi-subunit membrane protein complex that reversibly couples NADH oxidation and ubiquinone reduction with proton translocation against transmembrane potential. Complex I from is among the best functionally characterized complexes, but its structure remains unknown, hindering further studies to understand the enzyme coupling mechanism. Here, we describe the single particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the entire catalytically active complex I reconstituted into lipid nanodiscs. The structure of this mesophilic bacterial complex I displays highly dynamic connection between the peripheral and membrane domains. The peripheral domain assembly is stabilized by unique terminal extensions and an insertion loop. The membrane domain structure reveals novel dynamic features. Unusual conformation of the conserved interface between the peripheral and membrane domains suggests an uncoupled conformation of the complex. Considering constraints imposed by the structural data, we suggest a new simple hypothetical coupling mechanism for the molecular machine.
履歴
登録2021年8月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年8月25日-
マップ公開2021年8月25日-
更新2021年8月25日-
現状2021年8月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0872
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.0872
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13291.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13291.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.3 Å/pix.
x 160 pix.
= 367.68 Å		2.3 Å/pix.
x 160 pix.
= 367.68 Å		2.3 Å/pix.
x 160 pix.
= 367.68 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.298 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0872 / ムービー #1: 0.0872
最小 - 最大-0.16804877 - 0.6467492
平均 (標準偏差)-7.336295e-05 (±0.013501473)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 367.68002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.2982.2982.298
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z367.680367.680367.680
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ332332332
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-0.1680.647-0.000

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_13291_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_13291_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Respiratory complex I from Escherichia coli solubilized in LMNG

全体名称: Respiratory complex I from Escherichia coli solubilized in LMNG
要素
  • 複合体: Respiratory complex I from Escherichia coli solubilized in LMNG
    • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase subunit B
    • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase subunit C/D
    • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase subunit E
    • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase subunit F
    • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase subunit G
    • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase subunit I
    • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase subunit K
    • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase subunit J
    • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase subunit A
    • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase subunit H
    • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase subunit L
    • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase subunit M
    • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase subunit N

+
超分子 #1: Respiratory complex I from Escherichia coli solubilized in LMNG

超分子名称: Respiratory complex I from Escherichia coli solubilized in LMNG
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli B (大腸菌) / 株: BL21(AI) / 細胞中の位置: cell membrane
分子量理論値: 550 KDa

+
分子 #1: NADH-quinone oxidoreductase subunit B

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase subunit B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Escherichia coli B (大腸菌)
配列文字列: MDYTLTRIDP NGENDRYPLQ KQEIVTDPLE QEVNKNVFMG KLNDMVNWGR KNSIWPYNFG LSCCYVEMVT SFTAVHDVAR FGAEVLRASP RQADLMVVAG TCFTKMAPVI QRLYDQMLEP KWVISMGACA NSGGMYDIYS VVQGVDKFIP VDVYIPGCPP RPEAYMQALM ...文字列:
MDYTLTRIDP NGENDRYPLQ KQEIVTDPLE QEVNKNVFMG KLNDMVNWGR KNSIWPYNFG LSCCYVEMVT SFTAVHDVAR FGAEVLRASP RQADLMVVAG TCFTKMAPVI QRLYDQMLEP KWVISMGACA NSGGMYDIYS VVQGVDKFIP VDVYIPGCPP RPEAYMQALM LLQESIGKER RPLSWVVGDQ GVYRANMQSE RERKRGERIA VTNLRTPDEI

+
分子 #2: NADH-quinone oxidoreductase subunit C/D

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase subunit C/D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Escherichia coli B (大腸菌)
配列文字列: MTDLTAQEPA WQTRDHLDDP VIGELRNRFG PDAFTVQATR TGVPVVWIKR EQLLEVGDFL KKLPKPYVML FDLHGMDERL RTHREGLPAA DFSVFYHLIS IDRNRDIMLK VALAENDLHV PTFTKLFPNA NWYERETWDL FGITFDGHPN LRRIMMPQTW KGHPLRKDYP ...文字列:
MTDLTAQEPA WQTRDHLDDP VIGELRNRFG PDAFTVQATR TGVPVVWIKR EQLLEVGDFL KKLPKPYVML FDLHGMDERL RTHREGLPAA DFSVFYHLIS IDRNRDIMLK VALAENDLHV PTFTKLFPNA NWYERETWDL FGITFDGHPN LRRIMMPQTW KGHPLRKDYP ARATEFSPFE LTKAKQDLEM EALTFKPEEW GMKRGTENED FMFLNLGPNH PSAHGAFRIV LQLDGEEIVD CVPDIGYHHR GAEKMGERQS WHSYIPYTDR IEYLGGCVNE MPYVLAVEKL AGITVPDRVN VIRVMLSELF RINSHLLYIS TFIQDVGAMT PVFFAFTDRQ KIYDLVEAIT GFRMHPAWFR IGGVAHDLPR GWDRLLREFL DWMPKRLASY EKAALQNTIL KGRSQGVAAY GAKEALEWGT TGAGLRATGI DFDVRKARPY SGYENFDFEI PVGGGVSDCY TRVMLKVEEL RQSLRILEQC LNNMPEGPFK ADHPLTTPPP KERTLQHIET LITHFLQVSW GPVMPANESF QMIEATKGIN SYYLTSDGST MSYRTRVRTP SFAHLQQIPA AIRGSLVSDL IVYLGSIDFV MSDVDR

+
分子 #3: NADH-quinone oxidoreductase subunit E

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase subunit E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Escherichia coli B (大腸菌)
配列文字列:
MHENQQPQTE AFELSAAERE AIEHEMHHYE DPRAASIEAL KIVQKQRGWV PDGAIHAIAD VLGIPASDVE GVATFYSQIF RQPVGRHVIR YCDSVVCHIN GYQGIQAALE KKLNIKPGQT TFDGRFTLLP TCCLGNCDKG PNMMIDEDTH AHLTPEAIPE LLERYK

+
分子 #4: NADH-quinone oxidoreductase subunit F

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase subunit F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Escherichia coli B (大腸菌)
配列文字列: MKNIIRTPET HPLTWRLRDD KQPVWLDEYR SKNGYEGARK ALTGLSPDEI VNQVKDAGLK GRGGAGFSTG LKWSLMPKDE SMNIRYLLCN ADEMEPGTYK DRLLMEQLPH LLVEGMLISA FALKAYRGYI FLRGEYIEAA VNLRRAIAEA TEAGLLGKNI MGTGFDFELF ...文字列:
MKNIIRTPET HPLTWRLRDD KQPVWLDEYR SKNGYEGARK ALTGLSPDEI VNQVKDAGLK GRGGAGFSTG LKWSLMPKDE SMNIRYLLCN ADEMEPGTYK DRLLMEQLPH LLVEGMLISA FALKAYRGYI FLRGEYIEAA VNLRRAIAEA TEAGLLGKNI MGTGFDFELF VHTGAGRYIC GEETALINSL EGRRANPRSK PPFPATSGAW GKPTCVNNVE TLCNVPAILA NGVEWYQNIS KSKDAGTKLM GFSGRVKNPG LWELPFGTTA REILEDYAGG MRDGLKFKAW QPGGAGTDFL TEAHLDLPME FESIGKAGSR LGTALAMAVD HEINMVSLVR NLEEFFARES CGWCTPCRDG LPWSVKILRA LERGEGQPGD IETLEQLCRF LGPGKTFCAH APGAVEPLQS AIKYFREEFE AGIKQPFSNT HLINGIQPNL LKERW

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分子 #5: NADH-quinone oxidoreductase subunit G

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase subunit G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Escherichia coli B (大腸菌)
配列文字列: MATIHVDGKE YEVNGADNLL EACLSLGLDI PYFCWHPALG SVGACRQCAV KQYQNAEDTR GRLVMSCMTP ASDGTFISID DEEAKQFRES VVEWLMTNHP HDCPVCEEGG NCHLQDMTVM TGHSFRRYRF TKRTHRNQDL GPFISHEMNR CIACYRCVRY YKDYADGTDL ...文字列:
MATIHVDGKE YEVNGADNLL EACLSLGLDI PYFCWHPALG SVGACRQCAV KQYQNAEDTR GRLVMSCMTP ASDGTFISID DEEAKQFRES VVEWLMTNHP HDCPVCEEGG NCHLQDMTVM TGHSFRRYRF TKRTHRNQDL GPFISHEMNR CIACYRCVRY YKDYADGTDL GVYGAHDNVY FGRPEDGTLE SEFSGNLVEI CPTGVFTDKT HSERYNRKWD MQFAPSICQQ CSIGCNISPG ERYGELRRIE NRYNGTVNHY FLCDRGRFGY GYVNLKDRPR QPVQRRGDDF ITLNAEQAMQ GAADILRQSK KVIGIGSPRA SVESNFALRE LVGEENFYTG IAHGEQERLQ LALKVLREGG IYTPALREIE SYDAVLVLGE DVTQTGARVA LAVRQAVKGK AREMAAAQKV ADWQIAAILN IGQRAKHPLF VTNVDDTRLD DIAAWTYRAP VEDQARLGFA IAHALDNSAP AVDGIEPELQ SKIDVIVQAL AGAKKPLIIS GTNAGSLEVI QAAANVAKAL KGRGADVGIT MIARSVNSMG LGIMGGGSLE EALTELETGR ADAVVVLEND LHRHASAIRV NAALAKAPLV MVVDHQRTAI MENAHLVLSA ASFAESDGTV INNEGRAQRF FQVYDPAYYD SKTVMLESWR WLHSLHSTLL SREVDWTQLD HVIDAVVAKI PELAGIKDAA PDATFRIRGQ KLAREPHRYS GRTAMRANIS VHEPRQPQDI DTMFTFSMEG NNQPTAHRSQ VPFAWAPGWN SPQAWNKFQD EVGGKLRFGD PGVRLFETSE NGLDYFTSVP ARFQPQDGKW RIAPYYHLFG SDELSQRAPV FQSRMPQPYI KLNPADAAKL GVNAGTRVSF SYDGNTVTLP VEIAEGLTAG QVGLPMGMSG IAPVLAGAHL EDLKEAQQ

+
分子 #6: NADH-quinone oxidoreductase subunit I

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase subunit I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Escherichia coli B (大腸菌)
配列文字列:
MTLKELLVGF GTQVRSIWMI GLHAFAKRET RMYPEEPVYL PPRYRGRIVL TRDPDGEERC VACNLCAVAC PVGCISLQKA ETKDGRWYPE FFRINFSRCI FCGLCEEACP TTAIQLTPDF EMGEYKRQDL VYEKEDLLIS GPGKYPEYNF YRMAGMAIDG KDKGEAENEA KPIDVKSLLP

+
分子 #7: NADH-quinone oxidoreductase subunit K

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase subunit K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Escherichia coli B (大腸菌)
配列文字列:
MIPLQHGLIL AAILFVLGLT GLVIRRNLLF MLIGLEIMIN ASALAFVVAG SYWGQTDGQV MYILAISLAA AEASIGLALL LQLHRRRQNL NIDSVSEMRG

+
分子 #8: NADH-quinone oxidoreductase subunit J

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase subunit J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Escherichia coli B (大腸菌)
配列文字列:
MEFAFYICGL IAILATLRVI THTNPVHALL YLIISLLAIS GVFFSLGAYF AGALEIIVYA GAIMVLFVFV VMMLNLGGSE IEQERQWLKP QVWIGPAILS AIMLVVIVYA ILGVNDQGID GTPISAKAVG ITLFGPYVLA VELASMLLLA GLVVAFHVGR EERAGEVLSN RKDDSAKRKT EEHA

+
分子 #9: NADH-quinone oxidoreductase subunit A

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase subunit A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Escherichia coli B (大腸菌)
配列文字列:
MSMSTSTEVI AHHWAFAIFL IVAIGLCCLM LVGGWFLGGR ARARSKNVPF ESGIDSVGSA RLRLSAKFYL VAMFFVIFDV EALYLFAWST SIRESGWVGF VEAAIFIFVL LAGLVYLVRI GALDWTPARS RRERMNPETN SIANRQR

+
分子 #10: NADH-quinone oxidoreductase subunit H

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase subunit H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Escherichia coli B (大腸菌)
配列文字列: MSWISPELIE ILLTILKAVV ILLVVVTCGA FMSFGERRLL GLFQNRYGPN RVGWGGSLQL VADMIKMFFK EDWIPKFSDR VIFTLAPMIA FTSLLLAFAI VPVSPGWVVA DLNIGILFFL MMAGLAVYAV LFAGWSSNNK YSLLGAMRAS AQTLSYEVFL GLSLMGVVAQ ...文字列:
MSWISPELIE ILLTILKAVV ILLVVVTCGA FMSFGERRLL GLFQNRYGPN RVGWGGSLQL VADMIKMFFK EDWIPKFSDR VIFTLAPMIA FTSLLLAFAI VPVSPGWVVA DLNIGILFFL MMAGLAVYAV LFAGWSSNNK YSLLGAMRAS AQTLSYEVFL GLSLMGVVAQ AGSFNMTDIV NSQAHVWNVI PQFFGFITFA IAGVAVCHRH PFDQPEAEQE LADGYHIEYS GMKFGLFFVG EYIGIVTISA LMVTLFFGGW QGPLLPPFIW FALKTAFFMM MFILIRASLP RPRYDQVMSF GWKICLPLTL INLLVTAAVI LWQAQ

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分子 #11: NADH-quinone oxidoreductase subunit L

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase subunit L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Escherichia coli B (大腸菌)
配列文字列: MNMLALTIIL PLIGFVLLAF SRGRWSENVS AIVGVGSVGL AALVTAFIGV DFFANGEQTY SQPLWTWMSV GDFNIGFNLV LDGLSLTMLS VVTGVGFLIH MYASWYMRGE EGYSRFFAYT NLFIASMVVL VLADNLLLMY LGWEGVGLCS YLLIGFYYTD PKNGAAAMKA ...文字列:
MNMLALTIIL PLIGFVLLAF SRGRWSENVS AIVGVGSVGL AALVTAFIGV DFFANGEQTY SQPLWTWMSV GDFNIGFNLV LDGLSLTMLS VVTGVGFLIH MYASWYMRGE EGYSRFFAYT NLFIASMVVL VLADNLLLMY LGWEGVGLCS YLLIGFYYTD PKNGAAAMKA FVVTRVGDVF LAFALFILYN ELGTLNFREM VELAPAHFAD GNNMLMWATL MLLGGAVGKS AQLPLQTWLA DAMAGPTPVS ALIHAATMVT AGVYLIARTH GLFLMTPEVL HLVGIVGAVT LLLAGFAALV QTDIKRVLAY STMSQIGYMF LALGVQAWDA AIFHLMTHAF FKALLFLASG SVILACHHEQ NIFKMGGLRK SIPLVYLCFL VGGAALSALP LVTAGFFSKD EILAGAMANG HINLMVAGLV GAFMTSLYTF RMIFIVFHGK EQIHAHAVKG VTHSLPLIVL LILSTFVGAL IVPPLQGVLP QTTELAHGSM LTLEITSGVV AVVGILLAAW LWLGKRTLVT SIANSAPGRL LGTWWYNAWG FDWLYDKVFV KPFLGIAWLL KRDPLNSMMN IPAVLSRFAG KGLLLSENGY LRWYVASMSI GAVVVLALLM VLR

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分子 #12: NADH-quinone oxidoreductase subunit M

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase subunit M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Escherichia coli B (大腸菌)
配列文字列: MLLPWLILIP FIGGFLCWQT ERFGVKVPRW IALITMGLTL ALSLQLWLQG GYSLTQSAGI PQWQSEFDMP WIPRFGISIH LAIDGLSLLM VVLTGLLGVL AVLCSWKEIE KYQGFFHLNL MWILGGVIGV FLAIDMFLFF FFWEMMLVPM YFLIALWGHK ASDGKTRITA ...文字列:
MLLPWLILIP FIGGFLCWQT ERFGVKVPRW IALITMGLTL ALSLQLWLQG GYSLTQSAGI PQWQSEFDMP WIPRFGISIH LAIDGLSLLM VVLTGLLGVL AVLCSWKEIE KYQGFFHLNL MWILGGVIGV FLAIDMFLFF FFWEMMLVPM YFLIALWGHK ASDGKTRITA ATKFFIYTQA SGLVMLIAIL ALVFVHYNAT GVWTFNYEEL LNTPMSSGVE YLLMLGFFIA FAVKMPVVPL HGWLPDAHSQ APTAGSVDLA GILLKTAAYG LLRFSLPLFP NASAEFAPIA MWLGVIGIFY GAWMAFAQTD IKRLIAYTSV SHMGFVLIAI YTGSQLAYQG AVIQMIAHGL SAAGLFILCG QLYERIHTRD MRMMGGLWSK MKWLPALSLF FAVATLGMPG TGNFVGEFMI LFGSFQVVPV ITVISTFGLV FASVYSLAML HRAYFGKAKS QIASQELPGM SLRELFMILL LVVLLVLLGF YPQPILDTSH SAIGNIQQWF VNSVTTTRP

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分子 #13: NADH-quinone oxidoreductase subunit N

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase subunit N / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Escherichia coli B (大腸菌)
配列文字列: MTITPQNLIA LLPLLIVGLT VVVVMLSIAW RRNHFLNATL SVIGLNAALV SLWFVGQAGA MDVTPLMRVD GFAMLYTGLV LLASLATCTF AYPWLEGYND NKDEFYLLVL IAALGGILLA NANHLASLFL GIELISLPLF GLVGYAFRQK RSLEASIKYT ILSAAASSFL ...文字列:
MTITPQNLIA LLPLLIVGLT VVVVMLSIAW RRNHFLNATL SVIGLNAALV SLWFVGQAGA MDVTPLMRVD GFAMLYTGLV LLASLATCTF AYPWLEGYND NKDEFYLLVL IAALGGILLA NANHLASLFL GIELISLPLF GLVGYAFRQK RSLEASIKYT ILSAAASSFL LFGMALVYAQ SGDLSFVALG KNLGDGMLNE PLLLAGFGLM IVGLGFKLSL VPFHLWTPDV YQGAPAPVST FLATASKIAI FGVVMRLFLY APVGDSEAIR VVLAIIAFAS IIFGNLMALS QTNIKRLLGY SSISHLGYLL VALIALQTGE MSMEAVGVYL AGYLFSSLGA FGVVSLMSSP YRGPDADSLF SYRGLFWHRP ILAAVMTVMM LSLAGIPMTL GFIGKFYVLA VGVQAHLWWL VGAVVVGSAI GLYYYLRVAV SLYLHAPEQP GRDAPSNWQY SAGGIVVLIS ALLVLVLGVW PQPLISIVRL AMPLM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.5 mg/mL
緩衝液pH: 6
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H19NO5Bis-Tris
200.0 mMNaClSodium chloride
2.0 mMCaCl2Calcium chloride
0.003 % (w/v)C47H88O22LMNG

詳細: The buffer was used for gel filtration of protein solubilized in LMNG
グリッドモデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.028 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 97 % / チャンバー内温度: 296 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 13084 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.55 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1469948
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1)
最終 再構成使用したクラス数: 15 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
ソフトウェア: (名称: RELION (ver. 3.1), PHENIX (ver. 1.18.2))
使用した粒子像数: 7962
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 15 / 平均メンバー数/クラス: 7000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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