+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Mycoplasma pneumoniae 70S ribosome in untreated cells | |||||||||||||||
![]() | ||||||||||||||||
![]() |
| |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit ...large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / response to antibiotic / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||||||||
![]() | Xue L / Lenz S / Rappsilber J / Mahamid J | |||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
| |||||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Visualizing translation dynamics at atomic detail inside a bacterial cell. 著者: Liang Xue / Swantje Lenz / Maria Zimmermann-Kogadeeva / Dimitry Tegunov / Patrick Cramer / Peer Bork / Juri Rappsilber / Julia Mahamid / ![]() ![]() ![]() 要旨: Translation is the fundamental process of protein synthesis and is catalysed by the ribosome in all living cells. Here we use advances in cryo-electron tomography and sub-tomogram analysis to ...Translation is the fundamental process of protein synthesis and is catalysed by the ribosome in all living cells. Here we use advances in cryo-electron tomography and sub-tomogram analysis to visualize the structural dynamics of translation inside the bacterium Mycoplasma pneumoniae. To interpret the functional states in detail, we first obtain a high-resolution in-cell average map of all translating ribosomes and build an atomic model for the M. pneumoniae ribosome that reveals distinct extensions of ribosomal proteins. Classification then resolves 13 ribosome states that differ in their conformation and composition. These recapitulate major states that were previously resolved in vitro, and reflect intermediates during active translation. On the basis of these states, we animate translation elongation inside native cells and show how antibiotics reshape the cellular translation landscapes. During translation elongation, ribosomes often assemble in defined three-dimensional arrangements to form polysomes. By mapping the intracellular organization of translating ribosomes, we show that their association into polysomes involves a local coordination mechanism that is mediated by the ribosomal protein L9. We propose that an extended conformation of L9 within polysomes mitigates collisions to facilitate translation fidelity. Our work thus demonstrates the feasibility of visualizing molecular processes at atomic detail inside cells. #1: ![]() タイトル: Visualizing translation dynamics at atomic detail inside a bacterial cell 著者: Xue L / Lenz S / Zimmermann-Kogadeeva M / Tegunov D / Cramer P / Bork P / Rappsilber J / Mahamid J | |||||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
添付画像 |
---|
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 134.7 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 74.4 KB 74.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 11.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 98.4 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 144.7 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() | 74.3 MB 74.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7p6zMC ![]() 7oocC ![]() 7oodC ![]() 7pahC ![]() 7paiC ![]() 7pajC ![]() 7pakC ![]() 7palC ![]() 7pamC ![]() 7panC ![]() 7paoC ![]() 7paqC ![]() 7parC ![]() 7pasC ![]() 7patC ![]() 7pauC ![]() 7ph9C ![]() 7phaC ![]() 7phbC ![]() 7phcC ![]() 7pi8C ![]() 7pi9C ![]() 7piaC ![]() 7pibC ![]() 7picC ![]() 7pioC ![]() 7pipC ![]() 7piqC ![]() 7pirC ![]() 7pisC ![]() 7pitC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.7005 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_13234_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_13234_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
+全体 : cryo-electron tomograms of untreated Mycoplasma pneumoniae cells
+超分子 #1: cryo-electron tomograms of untreated Mycoplasma pneumoniae cells
+分子 #1: 23S ribosomal RNA
+分子 #2: 5S ribosomal RNA
+分子 #49: 16S ribosomal RNA
+分子 #51: tRNA-Phe
+分子 #52: mRNA
+分子 #3: 50S ribosomal protein L29
+分子 #4: 50S ribosomal protein L2
+分子 #5: 50S ribosomal protein L4
+分子 #6: 50S ribosomal protein L6
+分子 #7: 50S ribosomal protein L15
+分子 #8: 50S ribosomal protein L13
+分子 #9: 50S ribosomal protein L17
+分子 #10: 50S ribosomal protein L21
+分子 #11: 50S ribosomal protein L27
+分子 #12: 50S ribosomal protein L32
+分子 #13: 50S ribosomal protein L34
+分子 #14: 50S ribosomal protein L36
+分子 #15: 50S ribosomal protein L35
+分子 #16: 50S ribosomal protein L19
+分子 #17: 50S ribosomal protein L23
+分子 #18: 50S ribosomal protein L28
+分子 #19: 50S ribosomal protein L31
+分子 #20: 50S ribosomal protein L33 1
+分子 #21: 50S ribosomal protein L5
+分子 #22: 50S ribosomal protein L3
+分子 #23: 50S ribosomal protein L16
+分子 #24: 50S ribosomal protein L20
+分子 #25: 50S ribosomal protein L14
+分子 #26: 50S ribosomal protein L18
+分子 #27: 50S ribosomal protein L24
+分子 #28: 50S ribosomal protein L22
+分子 #29: 30S ribosomal protein S3
+分子 #30: 30S ribosomal protein S5
+分子 #31: 30S ribosomal protein S7
+分子 #32: 30S ribosomal protein S2
+分子 #33: 30S ribosomal protein S9
+分子 #34: 30S ribosomal protein S11
+分子 #35: 30S ribosomal protein S4
+分子 #36: 30S ribosomal protein S20
+分子 #37: 30S ribosomal protein S16
+分子 #38: 30S ribosomal protein S12
+分子 #39: 30S ribosomal protein S14 type Z
+分子 #40: 30S ribosomal protein S10
+分子 #41: 30S ribosomal protein S13
+分子 #42: 30S ribosomal protein S15
+分子 #43: 30S ribosomal protein S19
+分子 #44: 30S ribosomal protein S21
+分子 #45: 30S ribosomal protein S8
+分子 #46: 30S ribosomal protein S18
+分子 #47: 30S ribosomal protein S6
+分子 #48: 30S ribosomal protein S17
+分子 #50: nascent peptide
+分子 #53: 50S ribosomal protein L9
+分子 #54: 50S ribosomal protein L11
+分子 #55: 50S ribosomal protein L10
+分子 #56: MAGNESIUM ION
+分子 #57: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER 詳細: back-side blotting for 2-3 second before plunging using a manual plunger without an environmental chamber. |
詳細 | Mycoplasma pneumoniae M129 cells grown on gold Quantifoil grids at 37 degrees Celsius before plunge freezing. |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 3.2 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.75 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-
画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 77539 |
---|---|
抽出 | トモグラム数: 356 / 使用した粒子像数: 77539 |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER |
FSC曲線 (解像度の算出) | ![]() |