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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13193 | |||||||||
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タイトル | Structure of human ASCT1 transporter | |||||||||
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![]() | Solute carrier / membrane protein / amino acid transport / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() L-threonine transmembrane transporter activity / L-alanine transport / L-serine transport / threonine transport / hydroxyproline transport / L-hydroxyproline transmembrane transporter activity / L-serine import across plasma membrane / L-proline transmembrane transporter activity / L-cystine transmembrane transporter activity / L-cystine transport ...L-threonine transmembrane transporter activity / L-alanine transport / L-serine transport / threonine transport / hydroxyproline transport / L-hydroxyproline transmembrane transporter activity / L-serine import across plasma membrane / L-proline transmembrane transporter activity / L-cystine transmembrane transporter activity / L-cystine transport / glutamine transport / L-glutamine transmembrane transporter activity / L-serine transmembrane transporter activity / L-alanine transmembrane transporter activity / L-alanine import across plasma membrane / proline transport / L-glutamate transmembrane transport / amino acid transmembrane transporter activity / L-aspartate transmembrane transporter activity / Amino acid transport across the plasma membrane / L-aspartate import across plasma membrane / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / symporter activity / intermediate filament / amino acid transport / chloride channel activity / plasma membrane => GO:0005886 / transport across blood-brain barrier / synaptic transmission, glutamatergic / cognition / melanosome / membrane => GO:0016020 / centrosome / neuronal cell body / synapse / dendrite / cell surface / extracellular exosome / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | |||||||||
![]() | Stetsenko A / Stehantsev P | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: A structural view onto disease-linked mutations in the human neutral amino acid exchanger ASCT1. 著者: Pavlo Stehantsev / Artem Stetsenko / Mariia Nemchinova / Nanda Gowtham Aduri / Siewert J Marrink / Cornelius Gati / Albert Guskov / ![]() ![]() ![]() 要旨: The ASCT1 transporter of the SLC1 family is largely involved in equilibration of neutral amino acids' pools across the plasma membrane and plays a prominent role in the transport of both L- and D- ...The ASCT1 transporter of the SLC1 family is largely involved in equilibration of neutral amino acids' pools across the plasma membrane and plays a prominent role in the transport of both L- and D-isomers of serine, essential for the normal functioning of the central nervous system in mammals. A number of mutations in ASCT1 (E256K, G381R, R457W) have been linked to severe neurodevelopmental disorders, however in the absence of ASCT1 structure it is hard to understand their impact on substrate transport. To ameliorate that we have determined a cryo-EM structure of human ASCT1 at 4.2 Å resolution and performed functional transport assays and molecular dynamics simulations, which revealed that given mutations lead to the diminished transport capability of ASCT1 caused by instability of transporter and impeded transport cycle. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 59.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 8.9 KB 8.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 84.4 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 4.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 410.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 410.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8521 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : trimeric ASCT1 transporter
全体 | 名称: trimeric ASCT1 transporter |
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要素 |
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-超分子 #1: trimeric ASCT1 transporter
超分子 | 名称: trimeric ASCT1 transporter / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 167 KDa |
-分子 #1: Neutral amino acid transporter A
分子 | 名称: Neutral amino acid transporter A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 55.76666 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MEKSNETNGY LDSAQAGPAA GPGAPGTAAG RARRCAGFLR RQALVLLTVS GVLAGAGLGA ALRGLSLSRT QVTYLAFPGE MLLRMLRMI ILPLVVCSLV SGAASLDASC LGRLGGIAVA YFGLTTLSAS ALAVALAFII KPGSGAQTLQ SSDLGLEDSG P PPVPKETV ...文字列: MEKSNETNGY LDSAQAGPAA GPGAPGTAAG RARRCAGFLR RQALVLLTVS GVLAGAGLGA ALRGLSLSRT QVTYLAFPGE MLLRMLRMI ILPLVVCSLV SGAASLDASC LGRLGGIAVA YFGLTTLSAS ALAVALAFII KPGSGAQTLQ SSDLGLEDSG P PPVPKETV DSFLDLARNL FPSNLVVAAF RTYATDYKVV TQNSSSGNVT HEKIPIGTEI EGMNILGLVL FALVLGVALK KL GSEGEDL IRFFNSLNEA TMVLVSWIMW YVPVGIMFLV GSKIVEMKDI IVLVTSLGKY IFASILGHVI HGGIVLPLIY FVF TRKNPF RFLLGLLAPF ATAFATCSSS ATLPSMMKCI EENNGVDKRI SRFILPIGAT VNMDGAAIFQ CVAAVFIAQL NNVE LNAGQ IFTILVTATA SSVGAAGVPA GGVLTIAIIL EAIGLPTHDL PLILAVDWIV DRTTTVVNVE GDALGAGILH HLNQK ATKK GEQELAEVKV EAIPNCKSEE ETSPLVTHQN PAGPVASAPE LESKESVL UniProtKB: Neutral amino acid transporter A |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 134344 |
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |