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万見
- PDB-7p4i: Structure of human ASCT1 transporter -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p4i
タイトルStructure of human ASCT1 transporter
要素Neutral amino acid transporter A
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Solute carrier / membrane protein / amino acid transport
機能・相同性
機能・相同性情報


L-threonine transmembrane transporter activity / L-alanine transport / L-serine transport / threonine transport / hydroxyproline transport / L-hydroxyproline transmembrane transporter activity / L-serine import across plasma membrane / L-proline transmembrane transporter activity / L-cystine transmembrane transporter activity / L-cystine transport ...L-threonine transmembrane transporter activity / L-alanine transport / L-serine transport / threonine transport / hydroxyproline transport / L-hydroxyproline transmembrane transporter activity / L-serine import across plasma membrane / L-proline transmembrane transporter activity / L-cystine transmembrane transporter activity / L-cystine transport / L-glutamine transmembrane transporter activity / glutamine transport / L-serine transmembrane transporter activity / L-alanine transmembrane transporter activity / L-alanine import across plasma membrane / proline transport / L-glutamate transmembrane transport / L-aspartate transmembrane transporter activity / L-aspartate import across plasma membrane / amino acid transmembrane transporter activity / symporter activity / Amino acid transport across the plasma membrane / intermediate filament / amino acid transport / chloride channel activity / transport across blood-brain barrier / synaptic transmission, glutamatergic / cognition / melanosome / neuronal cell body / synapse / dendrite / centrosome / cell surface / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Sodium:dicarboxylate symporter family signature 2. / Sodium:dicarboxylate symporter / Sodium:dicarboxylate symporter, conserved site / Sodium:dicarboxylate symporter superfamily / Sodium:dicarboxylate symporter family / Sodium:dicarboxylate symporter family signature 1.
類似検索 - ドメイン・相同性
Neutral amino acid transporter A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Stetsenko, A. / Stehantsev, P. / Gati, C. / Guskov, A.
引用ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2021
タイトル: A structural view onto disease-linked mutations in the human neutral amino acid exchanger ASCT1.
著者: Pavlo Stehantsev / Artem Stetsenko / Mariia Nemchinova / Nanda Gowtham Aduri / Siewert J Marrink / Cornelius Gati / Albert Guskov /
要旨: The ASCT1 transporter of the SLC1 family is largely involved in equilibration of neutral amino acids' pools across the plasma membrane and plays a prominent role in the transport of both L- and D- ...The ASCT1 transporter of the SLC1 family is largely involved in equilibration of neutral amino acids' pools across the plasma membrane and plays a prominent role in the transport of both L- and D-isomers of serine, essential for the normal functioning of the central nervous system in mammals. A number of mutations in ASCT1 (E256K, G381R, R457W) have been linked to severe neurodevelopmental disorders, however in the absence of ASCT1 structure it is hard to understand their impact on substrate transport. To ameliorate that we have determined a cryo-EM structure of human ASCT1 at 4.2 Å resolution and performed functional transport assays and molecular dynamics simulations, which revealed that given mutations lead to the diminished transport capability of ASCT1 caused by instability of transporter and impeded transport cycle.
履歴
登録2021年7月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年10月6日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年10月6日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年10月6日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年10月6日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年10月6日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update
改定 1.22025年7月2日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-13193
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neutral amino acid transporter A
B: Neutral amino acid transporter A
C: Neutral amino acid transporter A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,3003
ポリマ－167,3003
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area6350 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area69270 Å2

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要素

#1: タンパク質 Neutral amino acid transporter A / Alanine/serine/cysteine/threonine transporter 1 / ASCT-1 / SATT / Solute carrier family 1 member 4


分子量: 55766.660 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC1A4, ASCT1, SATT / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P43007
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: trimeric ASCT1 transporter / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.167 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Komagataella pastoris (菌類)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: OTHER
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 134344 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0029672
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.69113158
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.4081344
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0391659
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041626

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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