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- EMDB-12750: (h-alpha2M)4 semiactivated I state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12750
タイトル(h-alpha2M)4 semiactivated I state
マップデータ(h-alpha2M)4 semiactivated I state
試料
  • 複合体: Human alpha-2-macroglobulin semiactivated I state
    • タンパク質・ペプチド: Alpha-2-macroglobulin
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of complement activation, lectin pathway / interleukin-1 binding / brain-derived neurotrophic factor binding / interleukin-8 binding / response to prostaglandin E / embryonic liver development / acute inflammatory response to antigenic stimulus / luteinization / tumor necrosis factor binding / HDL assembly ...negative regulation of complement activation, lectin pathway / interleukin-1 binding / brain-derived neurotrophic factor binding / interleukin-8 binding / response to prostaglandin E / embryonic liver development / acute inflammatory response to antigenic stimulus / luteinization / tumor necrosis factor binding / HDL assembly / response to carbon dioxide / nerve growth factor binding / endopeptidase inhibitor activity / growth factor binding / response to glucocorticoid / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Degradation of the extracellular matrix / response to nutrient / platelet alpha granule lumen / acute-phase response / stem cell differentiation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / calcium-dependent protein binding / Platelet degranulation / protease binding / collagen-containing extracellular matrix / blood microparticle / signaling receptor binding / enzyme binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-2-macroglobulin, TED domain / TonB box, conserved site / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / : / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / : / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG4 ...Alpha-2-macroglobulin, TED domain / TonB box, conserved site / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / : / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / : / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Alpha-2-macroglobulin / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Alpha-2-Macroglobulin / Alpha-2-macroglobulin family / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-2-macroglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Human (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.3 Å
データ登録者Luque D / Goulas T / Mata CP / Mendes SR / Gomis-Ruth FX / Caston JR
資金援助 スペイン, 4件
OrganizationGrant number国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2017-88736-R スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2019-107725-RB-I00 スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessJCI-2012-13573 スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesBES2016-076877 スペイン
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structures show the mechanistic basis of pan-peptidase inhibition by human α-macroglobulin.
著者: Daniel Luque / Theodoros Goulas / Carlos P Mata / Soraia R Mendes / F Xavier Gomis-Rüth / José R Castón /
要旨: Human α2-macroglobulin (hα2M) is a multidomain protein with a plethora of essential functions, including transport of signaling molecules and endopeptidase inhibition in innate immunity. Here, we ...Human α2-macroglobulin (hα2M) is a multidomain protein with a plethora of essential functions, including transport of signaling molecules and endopeptidase inhibition in innate immunity. Here, we dissected the molecular mechanism of the inhibitory function of the ∼720-kDa hα2M tetramer through eight cryo–electron microscopy (cryo-EM) structures of complexes from human plasma. In the native complex, the hα2M subunits are organized in two flexible modules in expanded conformation, which enclose a highly porous cavity in which the proteolytic activity of circulating plasma proteins is tested. Cleavage of bait regions exposed inside the cavity triggers rearrangement to a compact conformation, which closes openings and entraps the prey proteinase. After the expanded-to-compact transition, which occurs independently in the four subunits, the reactive thioester bond triggers covalent linking of the proteinase, and the receptor-binding domain is exposed on the tetramer surface for receptor-mediated clearance from circulation. These results depict the molecular mechanism of a unique suicidal inhibitory trap.
履歴
登録2021年4月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月13日-
マップ公開2022年4月13日-
更新2022年5月11日-
現状2022年5月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_12750.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12750.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈(h-alpha2M)4 semiactivated I state
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 320 pix.
= 335.04 Å		1.05 Å/pix.
x 320 pix.
= 335.04 Å		1.05 Å/pix.
x 320 pix.
= 335.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.047 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0135
最小 - 最大-0.0020159488 - 0.05561507
平均 (標準偏差)0.0001040424 (±0.002251763)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-160-160-160
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 335.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human alpha-2-macroglobulin semiactivated I state

全体名称: Human alpha-2-macroglobulin semiactivated I state
要素
  • 複合体: Human alpha-2-macroglobulin semiactivated I state
    • タンパク質・ペプチド: Alpha-2-macroglobulin
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Human alpha-2-macroglobulin semiactivated I state

超分子名称: Human alpha-2-macroglobulin semiactivated I state / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Blood plasma
分子量理論値: 700 KDa

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分子 #1: Alpha-2-macroglobulin

分子名称: Alpha-2-macroglobulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 163.465062 KDa
配列文字列: MGKNKLLHPS LVLLLLVLLP TDASVSGKPQ YMVLVPSLLH TETTEKGCVL LSYLNETVTV SASLESVRGN RSLFTDLEAE NDVLHCVAF AVPKSSSNEE VMFLTVQVKG PTQEFKKRTT VMVKNEDSLV FVQTDKSIYK PGQTVKFRVV SMDENFHPLN E LIPLVYIQ ...文字列:
MGKNKLLHPS LVLLLLVLLP TDASVSGKPQ YMVLVPSLLH TETTEKGCVL LSYLNETVTV SASLESVRGN RSLFTDLEAE NDVLHCVAF AVPKSSSNEE VMFLTVQVKG PTQEFKKRTT VMVKNEDSLV FVQTDKSIYK PGQTVKFRVV SMDENFHPLN E LIPLVYIQ DPKGNRIAQW QSFQLEGGLK QFSFPLSSEP FQGSYKVVVQ KKSGGRTEHP FTVEEFVLPK FEVQVTVPKI IT ILEEEMN VSVCGLYTYG KPVPGHVTVS ICRKYSDASD CHGEDSQAFC EKFSGQLNSH GCFYQQVKTK VFQLKRKEYE MKL HTEAQI QEEGTVVELT GRQSSEITRT ITKLSFVKVD SHFRQGIPFF GQVRLVDGKG VPIPNKVIFI RGNEANYYSN ATTD EHGLV QFSINTTNVM GTSLTVRVNY KDRSPCYGYQ WVSEEHEEAH HTAYLVFSPS KSFVHLEPMS HELPCGHTQT VQAHY ILNG GTLLGLKKLS FYYLIMAKGG IVRTGTHGLL VKQEDMKGHF SISIPVKSDI APVARLLIYA VLPTGDVIGD SAKYDV ENC LANKVDLSFS PSQSLPASHA HLRVTAAPQS VCALRAVDQS VLLMKPDAEL SASSVYNLLP EKDLTGFPGP LNDQDNE DC INRHNVYING ITYTPVSSTN EKDMYSFLED MGLKAFTNSK IRKPKMCPQL QQYEMHGPEG LRVGFYESDV MGRGHARL V HVEEPHTETV RKYFPETWIW DLVVVNSAGV AEVGVTVPDT ITEWKAGAFC LSEDAGLGIS STASLRAFQP FFVELTMPY SVIRGEAFTL KATVLNYLPK CIRVSVQLEA SPAFLAVPVE KEQAPHCICA NGRQTVSWAV TPKSLGNVNF TVSAEALESQ ELCGTEVPS VPEHGRKDTV IKPLLVEPEG LEKETTFNSL LCPSGGEVSE ELSLKLPPNV VEESARASVS VLGDILGSAM Q NTQNLLQM PYGCGEQNMV LFAPNIYVLD YLNETQQLTP EIKSKAIGYL NTGYQRQLNY KHYDGSYSTF GERYGRNQGN TW LTAFVLK TFAQARAYIF IDEAHITQAL IWLSQRQKDN GCFRSSGSLL NNAIKGGVED EVTLSAYITI ALLEIPLTVT HPV VRNALF CLESAWKTAQ EGDHGSHVYT KALLAYAFAL AGNQDKRKEV LKSLNEEAVK KDNSVHWERP QKPKAPVGHF YEPQ APSAE VEMTSYVLLA YLTAQPAPTS EDLTSATNIV KWITKQQNAQ GGFSSTQDTV VALHALSKYG AATFTRTGKA AQVTI QSSG TFSSKFQVDN NNRLLLQQVS LPELPGEYSM KVTGEGCVYL QTSLKYNILP EKEEFPFALG VQTLPQTCDE PKAHTS FQI SLSVSYTGSR SASNMAIVDV KMVSGFIPLK PTVKMLERSN HVSRTEVSSN HVLIYLDKVS NQTLSLFFTV LQDVPVR DL KPAIVKVYDY YETDEFAIAE YNAPCSKDLG NA

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 26 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM CPC

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 12143 / 平均電子線量: 39.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.25 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 47775
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1625000
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 35993
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-7o7n:
(h-alpha2M)4 semiactivated I state

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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