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- EMDB-1271: Structural model of full-length human Ku70-Ku80 heterodimer and i... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1271
タイトルStructural model of full-length human Ku70-Ku80 heterodimer and its recognition of DNA and DNA-PKcs.
マップデータFrontal view of the Ku+DNA volume at a thresold of 2.5
試料
  • 試料: Ku70-Ku80 heterodimer purified from HeLa cell nuclear extracts bound to DNA
  • タンパク質・ペプチド: Ku70
  • タンパク質・ペプチド: Ku80
  • DNA: DNA
機能・相同性: / Ku70/Ku80 beta-barrel domain / nucleus
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Rivera-Calzada A / Spagnolo L / Pearl LH / Llorca O
引用ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2007
タイトル: Structural model of full-length human Ku70-Ku80 heterodimer and its recognition of DNA and DNA-PKcs.
著者: Angel Rivera-Calzada / Laura Spagnolo / Laurence H Pearl / Oscar Llorca /
要旨: Recognition of DNA double-strand breaks during non-homologous end joining is carried out by the Ku70-Ku80 protein, a 150 kDa heterodimer that recruits the DNA repair kinase DNA-dependent protein ...Recognition of DNA double-strand breaks during non-homologous end joining is carried out by the Ku70-Ku80 protein, a 150 kDa heterodimer that recruits the DNA repair kinase DNA-dependent protein kinase catalytic subunit (DNA-PKcs) to the lesion. The atomic structure of a truncated Ku70-Ku80 was determined; however, the subunit-specific carboxy-terminal domain of Ku80--essential for binding to DNA-PKcs--was determined only in isolation, and the C-terminal domain of Ku70 was not resolved in its DNA-bound conformation. Both regions are conserved and mediate protein-protein interactions specific to mammals. Here, we reconstruct the three-dimensional structure of the human full-length Ku70-Ku80 dimer at 25 A resolution, alone and in complex with DNA, by using single-particle electron microscopy. We map the C-terminal regions of both subunits, and their conformational changes after DNA and DNA-PKcs binding to define a molecular model of the functions of these domains during DNA repair in the context of full-length Ku70-Ku80 protein.
履歴
登録2006年10月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2006年10月3日-
マップ公開2006年10月3日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.371905906
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.371905906
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1271.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1271.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Frontal view of the Ku+DNA volume at a thresold of 2.5
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.12 Å/pix.
x 96 pix.
= 203.52 Å		2.12 Å/pix.
x 96 pix.
= 203.52 Å		2.12 Å/pix.
x 96 pix.
= 203.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.12 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 1.14 / ムービー #1: 2.3719059
最小 - 最大-2.33323 - 13.3996
平均 (標準偏差)0.206044 (±1.0865)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-48-48-48
サイズ969696
Spacing969696
セルA=B=C: 203.52 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.122.122.12
M x/y/z969696
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z203.520203.520203.520
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-48-48-48
NC/NR/NS969696
D min/max/mean-2.33313.4000.206

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Ku70-Ku80 heterodimer purified from HeLa cell nuclear extracts bo...

全体名称: Ku70-Ku80 heterodimer purified from HeLa cell nuclear extracts bound to DNA
要素
  • 試料: Ku70-Ku80 heterodimer purified from HeLa cell nuclear extracts bound to DNA
  • タンパク質・ペプチド: Ku70
  • タンパク質・ペプチド: Ku80
  • DNA: DNA

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超分子 #1000: Ku70-Ku80 heterodimer purified from HeLa cell nuclear extracts bo...

超分子名称: Ku70-Ku80 heterodimer purified from HeLa cell nuclear extracts bound to DNA
タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: Heterodimer of Ku70 and Ku80 complexed bound to DNA
Number unique components: 3
分子量実験値: 152 KDa

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分子 #1: Ku70

分子名称: Ku70 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞: HeLa / Organelle: Nucleus
分子量実験値: 70 KDa
配列GO: GO: 0005624 / InterPro: Ku70/Ku80 beta-barrel domain

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分子 #2: Ku80

分子名称: Ku80 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞: HeLa / Organelle: Nucleus
分子量実験値: 82 KDa
配列GO: nucleus / InterPro: Ku70/Ku80 beta-barrel domain

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分子 #3: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 3 / 詳細: 54 bp blunt-ended dsDNA 5' biotinilated / 分類: DNA / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: Yes
配列文字列:
GGCCGCACGC GTCCACCATG GGGTACAACT ACGATCTAGC TTCATGCACC GGAC

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.068 mg/mL
緩衝液詳細: 50 mM Tris pH 7.5, 10% glycerol, 1mM DTT, 5 mM EDTA, 0.5mM Mg2Cl, 100mM NaCl, 20mM KCl
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: A few microliters of the DNA-bound Ku complexes were adsorbed to glow discharged carbon coated grids and negatively stained using 1% uranyl acetate.
グリッド詳細: 400 mesh Copper/Palladium grid
凍結凍結剤: NONE

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 1230
アライメント法Legacy - 非点収差: correction with FFT and CCD camera
詳細Microscope used: JEOL1230
日付2005年4月20日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK 4489 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 10 µm / 詳細: Scanner: MINOLTA Dimage Scan Multi Pro scanner / ビット/ピクセル: 16
Tilt angle min0
電子線加速電圧: 100 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.9 mm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER / Tilt angle max: 35

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画像解析

詳細Purified Ku and a ~10- fold molar excess of DNA were incubated at room temperature for 20 minutes.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用した粒子像数: 8285

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1jey

ソフトウェア名称: Situs
詳細Protocol: Rigid Body. Fitting performed using Situs
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: R-factor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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