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- EMDB-12639: In situ subtomogram average of 13 protofilament microtubule from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12639
タイトルIn situ subtomogram average of 13 protofilament microtubule from Mus musculus DRG axons
マップデータmicrotubule structure from mouse DRG axons
試料
  • 細胞器官・細胞要素: In situ subtomogram average of 13 protofilament microtubule from Mus musculus DRG axons
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.0 Å
データ登録者Foster HE / Ventura Santos C / Carter AP
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MRC_UP_A025_1011 英国
Wellcome TrustWT210711 英国
引用
ジャーナル: J Cell Biol / 年: 2022
タイトル: A cryo-ET survey of microtubules and intracellular compartments in mammalian axons.
著者: Helen E Foster / Camilla Ventura Santos / Andrew P Carter /
要旨: The neuronal axon is packed with cytoskeletal filaments, membranes, and organelles, many of which move between the cell body and axon tip. Here, we used cryo-electron tomography to survey the ...The neuronal axon is packed with cytoskeletal filaments, membranes, and organelles, many of which move between the cell body and axon tip. Here, we used cryo-electron tomography to survey the internal components of mammalian sensory axons. We determined the polarity of the axonal microtubules (MTs) by combining subtomogram classification and visual inspection, finding MT plus and minus ends are structurally similar. Subtomogram averaging of globular densities in the MT lumen suggests they have a defined structure, which is surprising given they likely contain the disordered protein MAP6. We found the endoplasmic reticulum in axons is tethered to MTs through multiple short linkers. We surveyed membrane-bound cargos and describe unexpected internal features such as granules and broken membranes. In addition, we detected proteinaceous compartments, including numerous virus-like capsid particles. Our observations outline novel features of axonal cargos and MTs, providing a platform for identification of their constituents.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: A cryo-ET survey of intracellular compartments within mammalian axons
著者: Foster HE / Carter AP
履歴
登録2021年3月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年12月8日-
マップ公開2021年12月8日-
更新2021年12月15日-
現状2021年12月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0719
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0719
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12639.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12639.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈microtubule structure from mouse DRG axons
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.75 Å/pix.
x 192 pix.
= 528. Å		2.75 Å/pix.
x 192 pix.
= 528. Å		2.75 Å/pix.
x 192 pix.
= 528. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.75 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0719 / ムービー #1: 0.0719
最小 - 最大-0.24335557 - 0.33154163
平均 (標準偏差)-0.00021993526 (±0.063600354)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 528.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.752.752.75
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z528.000528.000528.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-0.2430.332-0.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_12639_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_12639_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_12639_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : In situ subtomogram average of 13 protofilament microtubule from ...

全体名称: In situ subtomogram average of 13 protofilament microtubule from Mus musculus DRG axons
要素
  • 細胞器官・細胞要素: In situ subtomogram average of 13 protofilament microtubule from Mus musculus DRG axons

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超分子 #1: In situ subtomogram average of 13 protofilament microtubule from ...

超分子名称: In situ subtomogram average of 13 protofilament microtubule from Mus musculus DRG axons
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Neurons / 組織: Dorsal root ganglion / Organelle: microtubule cytoskeleton / 細胞中の位置: axoplasm

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER
詳細: Grids were additionally coated in 0.1mg/mL poly-L-lysine then 0.01mg/mL laminin before cell plating
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 310 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Manual blot for 3 s before plunging.
詳細Microtubules in axons of adult DRG neurons grown for 7 days in vitro

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-10 / 平均露光時間: 1.7 sec. / 平均電子線量: 1.85 e/Å2
詳細: 61 images per tilt series with 112.85 e/A2 total dose.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 倍率（公称値）: 53000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / ソフトウェア - 詳細: postprocess
詳細: Particles were aligned together at bin4. Half maps were generated at bin4 and independently aligned at bin2 and bin1.
使用したサブトモグラム数: 64528
抽出トモグラム数: 39 / 使用した粒子像数: 476268 / 参照モデル: average of all particles (tube-shape) / 手法: Dynamo filament extraction
ソフトウェア:
名称詳細
IMOD (ver. 4.10.32)model
Dynamo (ver. 1.1.333)particle position determination

詳細: Paths of microtubules were modelled in IMOD (version 4.10.32). After importing into Dynamo, initial particle positions were determined using the 'filamentWithTorsion' model workflow. Helical ...詳細: Paths of microtubules were modelled in IMOD (version 4.10.32). After importing into Dynamo, initial particle positions were determined using the 'filamentWithTorsion' model workflow. Helical symmetry was applied at the particle level and subvolumes were extracted using subTOM.
CTF補正ソフトウェア: (名称: NOVACTF (ver. 1.0.0), IMOD (ver. 4.10.32))
詳細: Defoci were estimated with CTFPLOTTER (IMOD version 4.10.32). CTF correction was done with novaCTF.
最終 角度割当タイプ: OTHER
詳細: Alignment, classification and averaging was performed in subTOM (1.1.5)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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