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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12514 | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of an intact ESX-5 inner membrane complex, C1 symmetry | |||||||||||||||
マップデータ | -50 Bfactor sharpened map. | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | T7SS / mycobacteria / protein transport / secretion / type VII secretion system / membrane / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / peptidoglycan-based cell wall / protein processing / hydrolase activity / serine-type endopeptidase activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) / Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.03 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Bunduc CM / Fahrenkamp D / Wald J / Ummels R / Bitter W / Houben ENG / Marlovits TC | |||||||||||||||
資金援助 | ドイツ, オランダ, European Union, 4件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2021 タイトル: Structure and dynamics of a mycobacterial type VII secretion system. 著者: Catalin M Bunduc / Dirk Fahrenkamp / Jiri Wald / Roy Ummels / Wilbert Bitter / Edith N G Houben / Thomas C Marlovits / 要旨: Mycobacterium tuberculosis is the cause of one of the most important infectious diseases in humans, which leads to 1.4 million deaths every year. Specialized protein transport systems-known as ...Mycobacterium tuberculosis is the cause of one of the most important infectious diseases in humans, which leads to 1.4 million deaths every year. Specialized protein transport systems-known as type VII secretion systems (T7SSs)-are central to the virulence of this pathogen, and are also crucial for nutrient and metabolite transport across the mycobacterial cell envelope. Here we present the structure of an intact T7SS inner-membrane complex of M. tuberculosis. We show how the 2.32-MDa ESX-5 assembly, which contains 165 transmembrane helices, is restructured and stabilized as a trimer of dimers by the MycP protease. A trimer of MycP caps a central periplasmic dome-like chamber that is formed by three EccB dimers, with the proteolytic sites of MycP facing towards the cavity. This chamber suggests a central secretion and processing conduit. Complexes without MycP show disruption of the EccB periplasmic assembly and increased flexibility, which highlights the importance of MycP for complex integrity. Beneath the EccB-MycP chamber, dimers of the EccC ATPase assemble into three bundles of four transmembrane helices each, which together seal the potential central secretion channel. Individual cytoplasmic EccC domains adopt two distinctive conformations that probably reflect different secretion states. Our work suggests a previously undescribed mechanism of protein transport and provides a structural scaffold to aid in the development of drugs against this major human pathogen. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12514.map.gz | 23.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12514-v30.xml emd-12514.xml | 25 KB 25 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_12514_fsc.xml | 14.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_12514.png | 94.5 KB | ||
マスクデータ | emd_12514_msk_1.map | 244.1 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-12514.cif.gz | 7.6 KB | ||
その他 | emd_12514_additional_1.map.gz emd_12514_additional_2.map.gz emd_12514_half_map_1.map.gz emd_12514_half_map_2.map.gz | 193.1 MB 51.8 MB 193.7 MB 193.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12514 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12514 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12514_validation.pdf.gz | 941.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_12514_full_validation.pdf.gz | 941 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12514_validation.xml.gz | 21 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_12514_validation.cif.gz | 27.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12514 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12514 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12514.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | -50 Bfactor sharpened map. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_12514_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened map of the full complex in C1.
ファイル | emd_12514_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map of the full complex in C1. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_12514_additional_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half2 of 3D refinement map in C1.
ファイル | emd_12514_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half2 of 3D refinement map in C1. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half2 of 3D refinement map in C1.
ファイル | emd_12514_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half2 of 3D refinement map in C1. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Intact ESX-5 inner membrane complex
全体 | 名称: Intact ESX-5 inner membrane complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Intact ESX-5 inner membrane complex
超分子 | 名称: Intact ESX-5 inner membrane complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) |
分子量 | 理論値: 2.32 MDa |
-分子 #1: ESX-5 secretion system ATPase EccB5
分子 | 名称: ESX-5 secretion system ATPase EccB5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用 |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv |
分子量 | 理論値: 53.769988 KDa |
組換発現 | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) |
配列 | 文字列: MAEESRGQRG SGYGLGLSTR TQVTGYQFLA RRTAMALTRW RVRMEIEPGR RQTLAVVASV SAALVICLGA LLWSFISPSG QLNESPIIA DRDSGALYVR VGDRLYPALN LASARLITGR PDNPHLVRSS QIATMPRGPL VGIPGAPSSF SPKSPPASSW L VCDTVATS ...文字列: MAEESRGQRG SGYGLGLSTR TQVTGYQFLA RRTAMALTRW RVRMEIEPGR RQTLAVVASV SAALVICLGA LLWSFISPSG QLNESPIIA DRDSGALYVR VGDRLYPALN LASARLITGR PDNPHLVRSS QIATMPRGPL VGIPGAPSSF SPKSPPASSW L VCDTVATS SSIGSLQGVT VTVIDGTPDL TGHRQILSGS DAVVLRYGGD AWVIREGRRS RIEPTNRAVL LPLGLTPEQV SQ ARPMSRA LFDALPVGPE LLVPEVPNAG GPATFPGAPG PIGTVIVTPQ ISGPQQYSLV LGDGVQTLPP LVAQILQNAG SAG NTKPLT VEPSTLAKMP VVNRLDLSAY PDNPLEVVDI REHPSTCWWW ERTAGENRAR VRVVSGPTIP VAATEMNKVV SLVK ADTSG RQADQVYFGP DHANFVAVTG NNPGAQTSES LWWVTDAGAR FGVEDSKEAR DALGLTLTPS LAPWVALRLL PQGPT LSRA DALVEHDTLP MDMTPAELVV PK UniProtKB: ESX-5 secretion system ATPase EccB5 |
-分子 #2: ESX-5 secretion system protein EccC5
分子 | 名称: ESX-5 secretion system protein EccC5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv |
分子量 | 理論値: 152.90075 KDa |
組換発現 | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) |
配列 | 文字列: MKRGFARPTP EKPPVIKPEN IVLSTPLSIP PPEGKPWWLI VVGVVVVGLL GGMVAMVFAS GSHVFGGIGS IFPLFMMVGI MMMMFRGMG GGQQQMSRPK LDAMRAQFML MLDMLRETAQ ESADSMDANY RWFHPAPNTL AAAVGSPRMW ERKPDGKDLN F GVVRVGVG ...文字列: MKRGFARPTP EKPPVIKPEN IVLSTPLSIP PPEGKPWWLI VVGVVVVGLL GGMVAMVFAS GSHVFGGIGS IFPLFMMVGI MMMMFRGMG GGQQQMSRPK LDAMRAQFML MLDMLRETAQ ESADSMDANY RWFHPAPNTL AAAVGSPRMW ERKPDGKDLN F GVVRVGVG MTRPEVTWGE PQNMPTDIEL EPVTGKALQE FGRYQSVVYN LPKMVSLLVE PWYALVGERE QVLGLMRAII CQ LAFSHGP DHVQMIVVSS DLDQWDWVKW LPHFGDSRRH DAAGNARMVY TSVREFAAEQ AELFAGRGSF TPRHASSSAQ TPT PHTVII ADVDDPQWEY VISAEGVDGV TFFDLTGSSM WTDIPERKLQ FDKTGVIEAL PRDRDTWMVI DDKAWFFALT DQVS IAEAE EFAQKLAQWR LAEAYEEIGQ RVAHIGARDI LSYYGIDDPG NIDFDSLWAS RTDTMGRSRL RAPFGNRSDN GELLF LDMK SLDEGGDGPH GVMSGTTGSG KSTLVRTVIE SLMLSHPPEE LQFVLADLKG GSAVKPFAGV PHVSRIITDL EEDQAL MER FLDALWGEIA RRKAICDSAG VDDAKEYNSV RARMRARGQD MAPLPMLVVV IDEFYEWFRI MPTAVDVLDS IGRQGRA YW IHLMMASQTI ESRAEKLMEN MGYRLVLKAR TAGAAQAAGV PNAVNLPAQA GLGYFRKSLE DIIRFQAEFL WRDYFQPG V SIDGEEAPAL VHSIDYIRPQ LFTNSFTPLE VSVGGPDIEP VVAQPNGEVL ESDDIEGGED EDEEGVRTPK VGTVIIDQL RKIKFEPYRL WQPPLTQPVA IDDLVNRFLG RPWHKEYGSA CNLVFPIGII DRPYKHDQPP WTVDTSGPGA NVLILGAGGS GKTTALQTL ICSAALTHTP QQVQFYCLAY SSTALTTVSR IPHVGEVAGP TDPYGVRRTV AELLALVRER KRSFLECGIA S MEMFRRRK FGGEAGPVPD DGFGDVYLVI DNYRALAEEN EVLIEQVNVI INQGPSFGVH VVVTADRESE LRPPVRSGFG SR IELRLAA VEDAKLVRSR FAKDVPVKPG RGMVAVNYVR LDSDPQAGLH TLVARPALGS TPDNVFECDS VVAAVSRLTS AQA PPVRRL PARFGVEQVR ELASRDTRQG VGAGGIAWAI SELDLAPVYL NFAENSHLMV TGRRECGRTT TLATIMSEIG RLYA PGASS APPPAPGRPS AQVWLVDPRR QLLTALGSDY VERFAYNLDG VVAMMGELAA ALAGREPPPG LSAEELLSRS WWSGP EIFL IVDDIQQLPP GFDSPLHKAV PFVNRAADVG LHVIVTRTFG GWSSAGSDPM LRALHQANAP LLVMDADPDE GFIRGK MKG GPLPRGRGLL MAEDTGVFVQ VAATEVRR UniProtKB: ESX-5 secretion system protein EccC5 |
-分子 #3: ESX-5 secretion system protein EccD5
分子 | 名称: ESX-5 secretion system protein EccD5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv |
分子量 | 理論値: 53.480906 KDa |
組換発現 | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) |
配列 | 文字列: MTAVADAPQA DIEGVASPQA VVVGVMAGEG VQIGVLLDAN APVSVMTDPL LKVVNSRLRE LGEAPLEATG RGRWALCLVD GAPLRATQS LTEQDVYDGD RLWIRFIADT ERRSQVIEHI STAVASDLSK RFARIDPIVA VQVGASMVAT GVVLATGVLG W WRWHHNTW ...文字列: MTAVADAPQA DIEGVASPQA VVVGVMAGEG VQIGVLLDAN APVSVMTDPL LKVVNSRLRE LGEAPLEATG RGRWALCLVD GAPLRATQS LTEQDVYDGD RLWIRFIADT ERRSQVIEHI STAVASDLSK RFARIDPIVA VQVGASMVAT GVVLATGVLG W WRWHHNTW LTTIYTAVIG VLVLAVAMLL LMRAKTDADR RVADIMLMSA IMPVTVAAAA APPGPVGSPQ AVLGFGVLTV AA ALALRFT GRRLGIYTTI VIIGALTMLA ALARMVAATS AVTLLSSLLL ICVVAYHAAP ALSRRLAGIR LPVFPSATSR WVF EARPDL PTTVVVSGGS APVLEGPSSV RDVLLQAERA RSFLSGLLTG LGVMVVVCMT SLCDPHTGQR WLPLILAGFT SGFL LLRGR SYVDRWQSIT LAGTAVIIAA AVCVRYALEL SSPLAVSIVA AILVLLPAAG MAAAAHVPHT IYSPLFRKFV EWIEY LCLM PIFPLALWLM NVYAAIRYR UniProtKB: ESX-5 secretion system protein EccD5 |
-分子 #4: Mycosin-5
分子 | 名称: Mycosin-5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv |
分子量 | 理論値: 60.074211 KDa |
組換発現 | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) |
配列 | 文字列: MQRFGTGSSR SWCGRAGTAT IAAVLLASGA LTGLPPAYAI SPPTIDPGAL PPDGPPGPLA PMKQNAYCTE VGVLPGTDFQ LQPKYMEML NLNEAWQFGR GDGVKVAVID TGVTPHPRLP RLIPGGDYVM AGGDGLSDCD AHGTLVASMI AAVPANGAVP L PSVPRRPV ...文字列: MQRFGTGSSR SWCGRAGTAT IAAVLLASGA LTGLPPAYAI SPPTIDPGAL PPDGPPGPLA PMKQNAYCTE VGVLPGTDFQ LQPKYMEML NLNEAWQFGR GDGVKVAVID TGVTPHPRLP RLIPGGDYVM AGGDGLSDCD AHGTLVASMI AAVPANGAVP L PSVPRRPV TIPTTETPPP PQTVTLSPVP PQTVTVIPAP PPEEGVPPGA PVPGPEPPPA PGPQPPAVDR GGGTVTVPSY SG GRKIAPI DNPRNPHPSA PSPALGPPPD AFSGIAPGVE IISIRQSSQA FGLKDPYTGD EDPQTAQKID NVETMARAIV HAA NMGASV INISDVMCMS ARNVIDQRAL GAAVHYAAVD KDAVIVAAAG DGSKKDCKQN PIFDPLQPDD PRAWNAVTTV VTPS WFHDY VLTVGAVDAN GQPLSKMSIA GPWVSISAPG TDVVGLSPRD DGLINAIDGP DNSLLVPAGT SFSAAIVSGV AALVR AKFP ELSAYQIINR LIHTARPPAR GVDNQVGYGV VDPVAALTWD VPKGPAEPPK QLSAPLVVPQ PPAPRDMVPI WVAAGG LAG ALLIGGAVFG TATLMRRSRK QQ UniProtKB: Mycosin-5 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 59.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |