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- EMDB-1248: The cryo-EM structure of a translation initiation complex from Es... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1248
タイトルThe cryo-EM structure of a translation initiation complex from Escherichia coli.
マップデータThis is a 3D volume map of an E. coli 70S translation initiation complex
試料
  • 試料: E. coli 70S, IF1, IF3, mRNA, fMet-tRNA, and IF2-GDPNP
  • 複合体: 30S
  • 複合体: 50s
  • RNA: fmet-tRNA
  • RNA: mRNA
  • タンパク質・ペプチド: beta IF2-GDPNP
  • タンパク質・ペプチド: IF1
  • タンパク質・ペプチド: IF3
機能・相同性
機能・相同性情報


guanosine tetraphosphate binding / ribosomal small subunit binding / : / translation initiation factor activity / response to cold / translational initiation / ribosome binding / rRNA binding / GTPase activity / GTP binding ...guanosine tetraphosphate binding / ribosomal small subunit binding / : / translation initiation factor activity / response to cold / translational initiation / ribosome binding / rRNA binding / GTPase activity / GTP binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Initiation factor 2 associated domain, bacterial / Bacterial translation initiation factor IF-2 associated region / Translation initiation factor IF-1 / Translation initiation factor IF-2, N-terminal / Translation initiation factor IF-2, N-terminal region / Translation initiation factor IF-2, domain II / Initiation factor 2 signature. / Translation initiation factor IF-2, bacterial-like / Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Translation-initiation factor 2 ...Initiation factor 2 associated domain, bacterial / Bacterial translation initiation factor IF-2 associated region / Translation initiation factor IF-1 / Translation initiation factor IF-2, N-terminal / Translation initiation factor IF-2, N-terminal region / Translation initiation factor IF-2, domain II / Initiation factor 2 signature. / Translation initiation factor IF-2, bacterial-like / Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Translation-initiation factor 2 / : / Elongation factor G domain 2 / Translation initiation factor IF- 2 / Translation initiation factor IF-2, domain 3 superfamily / RNA-binding domain, S1, IF1 type / Translation initiation factor 1A / IF-1 / S1 domain IF1 type profile. / Putative DNA-binding domain superfamily / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 domain / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Small GTP-binding protein domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Translation initiation factor IF-2 / Translation initiation factor IF-1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.8 Å
データ登録者Allen GS / Zavialov A / Gursky R / Ehrenberg M / Frank J
引用ジャーナル: Cell / 年: 2005
タイトル: The cryo-EM structure of a translation initiation complex from Escherichia coli.
著者: Gregory S Allen / Andrey Zavialov / Richard Gursky / Måns Ehrenberg / Joachim Frank /
要旨: The 70S ribosome and its complement of factors required for initiation of translation in E. coli were purified separately and reassembled in vitro with GDPNP, producing a stable initiation complex ...The 70S ribosome and its complement of factors required for initiation of translation in E. coli were purified separately and reassembled in vitro with GDPNP, producing a stable initiation complex (IC) stalled after 70S assembly. We have obtained a cryo-EM reconstruction of the IC showing IF2*GDPNP at the intersubunit cleft of the 70S ribosome. IF2*GDPNP contacts the 30S and 50S subunits as well as fMet-tRNA(fMet). IF2 here adopts a conformation radically different from that seen in the recent crystal structure of IF2. The C-terminal domain of IF2 binds to the single-stranded portion of fMet-tRNA(fMet), thereby forcing the tRNA into a novel orientation at the P site. The GTP binding domain of IF2 binds to the GTPase-associated center of the 50S subunit in a manner similar to EF-G and EF-Tu. Additionally, we present evidence for the localization of IF1, IF3, one C-terminal domain of L7/L12, and the N-terminal domain of IF2 in the initiation complex.
履歴
登録2006年6月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2006年7月26日-
マップ公開2006年7月26日-
更新2014年3月19日-
現状2014年3月19日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 30
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 30
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-1zo1
  • 表面レベル: 30
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-1zo1
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-1zo3
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1248.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1248.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a 3D volume map of an E. coli 70S translation initiation complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.82 Å/pix.
x 130 pix.
= 366.6 Å		2.82 Å/pix.
x 130 pix.
= 366.6 Å		2.82 Å/pix.
x 130 pix.
= 366.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 63.5 / ムービー #1: 30
最小 - 最大-66.6267 - 212.468999999999994
平均 (標準偏差)4.02043 (±25.465199999999999)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-65-65-65
サイズ130130130
Spacing130130130
セルA=B=C: 366.6 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.822.822.82
M x/y/z130130130
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z366.600366.600366.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-64-64-64
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-65-65-65
NC/NR/NS130130130
D min/max/mean-66.627212.4694.020

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : E. coli 70S, IF1, IF3, mRNA, fMet-tRNA, and IF2-GDPNP

全体名称: E. coli 70S, IF1, IF3, mRNA, fMet-tRNA, and IF2-GDPNP
要素
  • 試料: E. coli 70S, IF1, IF3, mRNA, fMet-tRNA, and IF2-GDPNP
  • 複合体: 30S
  • 複合体: 50s
  • RNA: fmet-tRNA
  • RNA: mRNA
  • タンパク質・ペプチド: beta IF2-GDPNP
  • タンパク質・ペプチド: IF1
  • タンパク質・ペプチド: IF3

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超分子 #1000: E. coli 70S, IF1, IF3, mRNA, fMet-tRNA, and IF2-GDPNP

超分子名称: E. coli 70S, IF1, IF3, mRNA, fMet-tRNA, and IF2-GDPNP
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: One of each component binds to the 70S / Number unique components: 7

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超分子 #1: 30S

超分子名称: 30S / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: SSU 30S
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #2: 50s

超分子名称: 50s / タイプ: complex / ID: 2 / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: LSU 50S
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: fmet-tRNA

分子名称: fmet-tRNA / タイプ: rna / ID: 1 / 分類: TRANSFER / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #5: mRNA

分子名称: mRNA / タイプ: rna / ID: 5 / 分類: OTHER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #2: beta IF2-GDPNP

分子名称: beta IF2-GDPNP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #3: IF1

分子名称: IF1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 集合状態: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #4: IF3

分子名称: IF3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 集合状態: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6 / 詳細: polymix buffer
グリッド詳細: Quantifoil
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 100 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot / 手法: 2 second blot

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
温度平均: 80 K
日付2003年7月4日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 116 / Od range: 1.2 / ビット/ピクセル: 12
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 39000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.93 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.93 µm / 倍率（公称値）: 39000
試料ステージ試料ホルダー: cryo stage / 試料ホルダーモデル: GATAN HELIUM
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細automated particle picking followed by manual verification
CTF補正詳細: defocus groups
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER
詳細: The falloff of Fourier amplitudes toward higher spatial frequencies was corrected using the x-ray solution scattering intensity distribution of 70S ribosomes from E. coli during each round of refinement.
使用した粒子像数: 20283

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原子モデル構築 1

ソフトウェア名称: RSRef
詳細Protocol: real-space refinement of rigid bodies. IF2 and IF1 were initially fit by hand in O then refined by RSRef
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient
得られたモデル

PDB-1zo1:
IF2, IF1, and tRNA fitted to cryo-EM data OF E. COLI 70S initiation complex

PDB-1zo3:
The P-site and P/E-site tRNA structures fitted to P/I site codon.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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