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- EMDB-1246: Distribution and three-dimensional structure of AIDS virus envelo... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1246
タイトルDistribution and three-dimensional structure of AIDS virus envelope spikes.
マップデータ3D map of SIVmac239 envelope spike. It is the 3D averaged volume of all spikes including both "top/bottom view" and "side view" subsets (supplementary method of the reference). Author's threshold 2.65. It should be loaded together with the associated viral membrane map (SIVmac239_Vir_memb.map, EMD-1247, author's threshold 2.25 ).
試料
  • 試料: Envelope Spike on the surface of SIVmac239 virus with truncated cytoplasmic tail
  • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein
生物種Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 32.0 Å
データ登録者Zhu P / Liu J / Bess J / Chertova E / Lifson JD / Grise H / Ofek GA / Taylor KA / Roux KH
引用ジャーナル: Nature / 年: 2006
タイトル: Distribution and three-dimensional structure of AIDS virus envelope spikes.
著者: Ping Zhu / Jun Liu / Julian Bess / Elena Chertova / Jeffrey D Lifson / Henry Grisé / Gilad A Ofek / Kenneth A Taylor / Kenneth H Roux /
要旨: Envelope glycoprotein (Env) spikes on AIDS retroviruses initiate infection of host cells and are therefore targets for vaccine development. Though crystal structures for partial Env subunits are ...Envelope glycoprotein (Env) spikes on AIDS retroviruses initiate infection of host cells and are therefore targets for vaccine development. Though crystal structures for partial Env subunits are known, the structure and distribution of native Env spikes on virions is obscure. We applied cryoelectron microscopy tomography to define ultrastructural details of spikes. Virions of wild-type human immunodeficiency virus 1 (HIV-1) and a mutant simian immunodeficiency virus (SIV) had approximately 14 and approximately 73 spikes per particle, respectively, with some clustering of HIV-1 spikes. Three-dimensional averaging showed that the surface glycoprotein (gp120) 'head' of each subunit of the trimeric SIV spike contains a primary mass, with two secondary lobes. The transmembrane glycoprotein 'stalk' of each trimer is composed of three independent legs that project obliquely from the trimer head, tripod-like. Reconciling available atomic structures with the three-dimensional whole spike density map yields insights into the orientation of Env spike structural elements and possible structural bases of their functions.
履歴
登録2006年7月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2006年7月25日-
マップ公開2006年7月25日-
更新2012年10月31日-
現状2012年10月31日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.65
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.65
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1246.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1246.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D map of SIVmac239 envelope spike. It is the 3D averaged volume of all spikes including both "top/bottom view" and "side view" subsets (supplementary method of the reference). Author's threshold 2.65. It should be loaded together with the associated viral membrane map (SIVmac239_Vir_memb.map, EMD-1247, author's threshold 2.25 ).
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.56 Å/pix.
x 72 pix.
= 400.32 Å		5.56 Å/pix.
x 72 pix.
= 400.32 Å		5.56 Å/pix.
x 72 pix.
= 400.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.56 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 1.34 / ムービー #1: 2.65
最小 - 最大-7.62291 - 12.339600000000001
平均 (標準偏差)-0.0000000284499 (±0.901928)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-36-36-36
サイズ727272
Spacing727272
セルA=B=C: 400.32 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.565.565.56
M x/y/z727272
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z400.320400.320400.320
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-64-64-64
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-36-36-36
NC/NR/NS727272
D min/max/mean-7.62312.340-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Envelope Spike on the surface of SIVmac239 virus with truncated c...

全体名称: Envelope Spike on the surface of SIVmac239 virus with truncated cytoplasmic tail
要素
  • 試料: Envelope Spike on the surface of SIVmac239 virus with truncated cytoplasmic tail
  • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein

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超分子 #1000: Envelope Spike on the surface of SIVmac239 virus with truncated c...

超分子名称: Envelope Spike on the surface of SIVmac239 virus with truncated cytoplasmic tail
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The virus was AT-2 treated to eliminate the infectivity.
集合状態: Trimer / Number unique components: 1
分子量理論値: 450 KDa

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分子 #1: Envelope glycoprotein

分子名称: Envelope glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: gp120, gp41
詳細: The spike consists of 3 copies of gp120 and gp41 ecto domain to form a trimer
集合状態: trimer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
分子量実験値: 450 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法

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試料調製

緩衝液詳細: PBS
グリッド詳細: 200 mesh Quantifoil R2/1 copper grid
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Home made plunger

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM300FEG/ST
詳細Minimum tilt angle was -70
日付2004年8月30日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F224 (2k x 2k)
実像数: 80 / 平均電子線量: 60 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 43200 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm
試料ステージ試料ホルダー: Gatan 626 cryoholder / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: 70 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 70 °

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画像解析

詳細The tomographic tilt angle increment was determined by cosine rule, i.e., ~2-3 degrees increment around low tilt angles and <1 degree increment in the high tilt angles. Average number of tilts used in the 3D reconstructions: 80. Average tomographic tilt angle increment: 2.
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 32.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Protomo
詳細: The resolution of the final averaged map, determined by Fourier shell correlation (based on a cutoff value of 0.5) is 2.5 nm and, after low pass filtering to the estimated first node in the ...詳細: The resolution of the final averaged map, determined by Fourier shell correlation (based on a cutoff value of 0.5) is 2.5 nm and, after low pass filtering to the estimated first node in the contrast transfer function, 3.2 nm.

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

2bf1

chain_id: A

1tji

chain_id: P

1tzg

chain_id: P
ソフトウェア名称: Chimera
詳細PDBEntryID_givenInChain. The gp120 core and 2F5 and 4E10 peptides structure were fittted by manual docking using program chimera and then applied 3-fold symmetry around Z axis.
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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