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- EMDB-12367: Nanodisc reconstituted human ABCB4 in complex with 4B1-Fab (posac... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12367
タイトルNanodisc reconstituted human ABCB4 in complex with 4B1-Fab (posaconazole-bound, inward-open conformation)
マップデータNanodisc reconstituted human ABCB4 in complex with 4B1-Fab (posaconazole-bound, inward-open conformation)
試料
  • 複合体: Nanodisc reconstituted human ABCB4 in complex with 4B1-Fab (posaconazole-bound, inward-open conformation)
    • 複合体: phosphatidylcholine translocator ABCB4
      • タンパク質・ペプチド: Phosphatidylcholine translocator ABCB4
    • 複合体: 4B1 Fab-fragment: light chain
      • タンパク質・ペプチド: 4B1 Fab-fragment light chain
    • 複合体: 4B1 Fab-fragment: heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: 4B1 Fab-fragment heavy chain
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: POSACONAZOLE
  • リガンド: 1,2-DILINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
キーワードABCB4 / MDR3 / nanodisc / lipid transporter / transporter / phosphatidylcholine / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


response to fenofibrate / Defective ABCB4 causes PFIC3, ICP3 and GBD1 / positive regulation of phospholipid transport / positive regulation of phospholipid translocation / bile acid secretion / phospholipid transporter activity / cellular response to bile acid / phosphatidylcholine floppase activity / intercellular canaliculus / P-type phospholipid transporter ...response to fenofibrate / Defective ABCB4 causes PFIC3, ICP3 and GBD1 / positive regulation of phospholipid transport / positive regulation of phospholipid translocation / bile acid secretion / phospholipid transporter activity / cellular response to bile acid / phosphatidylcholine floppase activity / intercellular canaliculus / P-type phospholipid transporter / positive regulation of cholesterol transport / phospholipid translocation / clathrin-coated vesicle / lipid homeostasis / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / ABC-family proteins mediated transport / PPARA activates gene expression / lipid metabolic process / transmembrane transport / membrane raft / apical plasma membrane / focal adhesion / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. ...Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphatidylcholine translocator ABCB4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Nosol K / Locher KP
資金援助 スイス, 米国, 3件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation310030_189111 スイス
Swiss National Science Foundation310030_155563 スイス
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM117372 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021
タイトル: Structures of ABCB4 provide insight into phosphatidylcholine translocation.
著者: Kamil Nosol / Rose Bang-Sørensen / Rossitza N Irobalieva / Satchal K Erramilli / Bruno Stieger / Anthony A Kossiakoff / Kaspar P Locher /
要旨: ABCB4 is expressed in hepatocytes and translocates phosphatidylcholine into bile canaliculi. The mechanism of specific lipid recruitment from the canalicular membrane, which is essential to mitigate ...ABCB4 is expressed in hepatocytes and translocates phosphatidylcholine into bile canaliculi. The mechanism of specific lipid recruitment from the canalicular membrane, which is essential to mitigate the cytotoxicity of bile salts, is poorly understood. We present cryogenic electron microscopy structures of human ABCB4 in three distinct functional conformations. An apo-inward structure reveals how phospholipid can be recruited from the inner leaflet of the membrane without flipping its orientation. An occluded structure reveals a single phospholipid molecule in a central cavity. Its choline moiety is stabilized by cation-π interactions with an essential tryptophan residue, rationalizing the specificity of ABCB4 for phosphatidylcholine. In an inhibitor-bound structure, a posaconazole molecule blocks phospholipids from reaching the central cavity. Using a proteoliposome-based translocation assay with fluorescently labeled phosphatidylcholine analogs, we recapitulated the substrate specificity of ABCB4 in vitro and confirmed the role of the key tryptophan residue. Our results provide a structural basis for understanding an essential translocation step in the generation of bile and its sensitivity to azole drugs.
履歴
登録2021年2月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年8月25日-
マップ公開2021年8月25日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.01
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  • 原子モデル: PDB-7niw
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12367.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12367.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Nanodisc reconstituted human ABCB4 in complex with 4B1-Fab (posaconazole-bound, inward-open conformation)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.66 Å/pix.
x 448 pix.
= 295.68 Å		0.66 Å/pix.
x 448 pix.
= 295.68 Å		0.66 Å/pix.
x 448 pix.
= 295.68 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.66 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01 / ムービー #1: 0.01
最小 - 最大-0.03721011 - 0.05489589
平均 (標準偏差)-0.0000013030514 (±0.001316088)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 295.68002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.660.660.66
M x/y/z448448448
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z295.680295.680295.680
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ383838
NX/NY/NZ225225225
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS448448448
D min/max/mean-0.0370.055-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Nanodisc reconstituted human ABCB4 in complex with 4B1-Fab (posac...

全体名称: Nanodisc reconstituted human ABCB4 in complex with 4B1-Fab (posaconazole-bound, inward-open conformation)
要素
  • 複合体: Nanodisc reconstituted human ABCB4 in complex with 4B1-Fab (posaconazole-bound, inward-open conformation)
    • 複合体: phosphatidylcholine translocator ABCB4
      • タンパク質・ペプチド: Phosphatidylcholine translocator ABCB4
    • 複合体: 4B1 Fab-fragment: light chain
      • タンパク質・ペプチド: 4B1 Fab-fragment light chain
    • 複合体: 4B1 Fab-fragment: heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: 4B1 Fab-fragment heavy chain
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: POSACONAZOLE
  • リガンド: 1,2-DILINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

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超分子 #1: Nanodisc reconstituted human ABCB4 in complex with 4B1-Fab (posac...

超分子名称: Nanodisc reconstituted human ABCB4 in complex with 4B1-Fab (posaconazole-bound, inward-open conformation)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
分子量理論値: 140 KDa

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超分子 #2: phosphatidylcholine translocator ABCB4

超分子名称: phosphatidylcholine translocator ABCB4 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: 4B1 Fab-fragment: light chain

超分子名称: 4B1 Fab-fragment: light chain / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #4: 4B1 Fab-fragment: heavy chain

超分子名称: 4B1 Fab-fragment: heavy chain / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Phosphatidylcholine translocator ABCB4

分子名称: Phosphatidylcholine translocator ABCB4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: P-type phospholipid transporter
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 140.833406 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDLEAAKNGT AWRPTSAEGD FELGISSKQK RKKTKTVKMI GVLTLFRYSD WQDKLFMSLG TIMAIAHGSG LPLMMIVFGE MTDKFVDTA GNFSFPVNFS LSLLNPGKIL EEEMTRYAYY YSGLGAGVLV AAYIQVSFWT LAAGRQIRKI RQKFFHAILR Q EIGWFDIN ...文字列:
MDLEAAKNGT AWRPTSAEGD FELGISSKQK RKKTKTVKMI GVLTLFRYSD WQDKLFMSLG TIMAIAHGSG LPLMMIVFGE MTDKFVDTA GNFSFPVNFS LSLLNPGKIL EEEMTRYAYY YSGLGAGVLV AAYIQVSFWT LAAGRQIRKI RQKFFHAILR Q EIGWFDIN DTTELNTRLT DDISKISEGI GDKVGMFFQA VATFFAGFIV GFIRGWKLTL VIMAISPILG LSAAVWAKIL SA FSDKELA AYAKAGAVAE EALGAIRTVI AFGGQNKELE RYQKHLENAK EIGIKKAISA NISMGIAFLL IYASYALAFW YGS TLVISK EYTIGNAMTV FFSILIGAFS VGQAAPCIDA FANARGAAYV IFDIIDNNPK IDSFSERGHK PDSIKGNLEF NDVH FSYPS RANVKILKGL NLKVQSGQTV ALVGSSGCGK STTVQLIQRL YDPDEGTINI DGQDIRNFNV NYLREIIGVV SQEPV LFST TIAENICYGR GNVTMDEIKK AVKEANAYEF IMKLPQKFDT LVGERGAQLS GGQKQRIAIA RALVRNPKIL LLDQAT SAL DTESEAEVQA ALDKAREGRT TIVIAHRLST VRNADVIAGF EDGVIVEQGS HSELMKKEGV YFKLVNMQTS GSQIQSE EF ELNDEKAATR MAPNGWKSRL FRHSTQKNLK NSQMCQKSLD VETDGLEANV PPVSFLKVLK LNKTEWPYFV VGTVCAIA N GGLQPAFSVI FSEIIAIFGP GDDAVKQQKC NIFSLIFLFL GIISFFTFFL QGFTFGKAGE ILTRRLRSMA FKAMLRQDM SWFDDHKNST GALSTRLATD AAQVQGATGT RLALIAQNIA NLGTGIIISF IYGWQLTLLL LAVVPIIAVS GIVEMKLLAG NAKRDKKEL EAAGKIATEA IENIRTVVSL TQERKFESMY VEKLYGPYRN SVQKAHIYGI TFSISQAFMY FSYAGCFRFG A YLIVNGHM RFRDVILVFS AIVFGAVALG HASSFAPDYA KAKLSAAHLF MLFERQPLID SYSEEGLKPD KFEGNITFNE VV FNYPTRA NVPVLQGLSL EVKKGQTLAL VGSSGCGKST VVQLLERFYD PLAGTVLLDG QEAKKLNVQW LRAQLGIVSQ EPI LFDCSI AENIAYGDNS RVVSQDEIVS AAKAANIHPF IETLPHKYET RVGDKGTQLS GGQKQRIAIA RALIRQPQIL LLDQ ATSAL DTESEKVVQE ALDKAREGRT CIVIAHRLST IQNADLIVVF QNGRVKEHGT HQQLLAQKGI YFSMVSVQAG TQNL

UniProtKB: Phosphatidylcholine translocator ABCB4

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分子 #2: 4B1 Fab-fragment light chain

分子名称: 4B1 Fab-fragment light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.346957 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQGYSKLITF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDSQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列:
SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQGYSKLITF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDSQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC

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分子 #3: 4B1 Fab-fragment heavy chain

分子名称: 4B1 Fab-fragment heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.754572 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NLYSSYIHWV RQAPGKGLEW VAYISSYYGS TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARSFSINGSY SWWWDQAAYG LDYWGQGTLV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG C LVKDYFPE ...文字列:
EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NLYSSYIHWV RQAPGKGLEW VAYISSYYGS TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARSFSINGSY SWWWDQAAYG LDYWGQGTLV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG C LVKDYFPE PVTVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYICNV NHKPSNTKVD KKVEPKSCDK TH T

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分子 #4: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

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分子 #5: POSACONAZOLE

分子名称: POSACONAZOLE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: X2N
分子量理論値: 700.777 Da
Chemical component information

ChemComp-X2N:
POSACONAZOLE / ポサコナゾ-ル / 薬剤, 抗真菌剤*YM

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分子 #6: 1,2-DILINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DILINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: DLP
分子量理論値: 782.082 Da
Chemical component information

ChemComp-DLP:
1,2-DILINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.48 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 80.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 90891
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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