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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12191 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the Phosphatidylinositol 3-kinase type 2a (PI3KC2a) of the class II PI3K family | |||||||||
マップデータ | cryosparc refined map | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of zinc ion transmembrane transport / Synthesis of PIPs at the early endosome membrane / Synthesis of PIPs at the late endosome membrane / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / autophagosome organization / phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase / Clathrin-mediated endocytosis / phosphatidylinositol 3-kinase complex ...negative regulation of zinc ion transmembrane transport / Synthesis of PIPs at the early endosome membrane / Synthesis of PIPs at the late endosome membrane / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / autophagosome organization / phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase / Clathrin-mediated endocytosis / phosphatidylinositol 3-kinase complex / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / clathrin-coated vesicle / phosphatidylinositol 3-kinase / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / clathrin binding / exocytosis / phosphatidylinositol-mediated signaling / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cellular response to starvation / phosphatidylinositol binding / macroautophagy / trans-Golgi network / endocytosis / vesicle / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Lo WT / Zhang Y / Vadas O / Belabed H / Roeske Y / Gulluni F / De Santis MC / Vujicic Zagar A / Stephanowitz H / Hirsch E ...Lo WT / Zhang Y / Vadas O / Belabed H / Roeske Y / Gulluni F / De Santis MC / Vujicic Zagar A / Stephanowitz H / Hirsch E / Liu F / Daumke O / Nazare M / Kudryashev M / Haucke V | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022 タイトル: Structural basis of phosphatidylinositol 3-kinase C2α function. 著者: Wen-Ting Lo / Yingyi Zhang / Oscar Vadas / Yvette Roske / Federico Gulluni / Maria Chiara De Santis / Andreja Vujicic Zagar / Heike Stephanowitz / Emilio Hirsch / Fan Liu / Oliver Daumke / ...著者: Wen-Ting Lo / Yingyi Zhang / Oscar Vadas / Yvette Roske / Federico Gulluni / Maria Chiara De Santis / Andreja Vujicic Zagar / Heike Stephanowitz / Emilio Hirsch / Fan Liu / Oliver Daumke / Misha Kudryashev / Volker Haucke / 要旨: Phosphatidylinositol 3-kinase type 2α (PI3KC2α) is an essential member of the structurally unresolved class II PI3K family with crucial functions in lipid signaling, endocytosis, angiogenesis, ...Phosphatidylinositol 3-kinase type 2α (PI3KC2α) is an essential member of the structurally unresolved class II PI3K family with crucial functions in lipid signaling, endocytosis, angiogenesis, viral replication, platelet formation and a role in mitosis. The molecular basis of these activities of PI3KC2α is poorly understood. Here, we report high-resolution crystal structures as well as a 4.4-Å cryogenic-electron microscopic (cryo-EM) structure of PI3KC2α in active and inactive conformations. We unravel a coincident mechanism of lipid-induced activation of PI3KC2α at membranes that involves large-scale repositioning of its Ras-binding and lipid-binding distal Phox-homology and C-C2 domains, and can serve as a model for the entire class II PI3K family. Moreover, we describe a PI3KC2α-specific helical bundle domain that underlies its scaffolding function at the mitotic spindle. Our results advance our understanding of PI3K biology and pave the way for the development of specific inhibitors of class II PI3K function with wide applications in biomedicine. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12191.map.gz | 33.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12191-v30.xml emd-12191.xml | 21.3 KB 21.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_12191_fsc.xml | 9.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_12191.png | 74.2 KB | ||
マスクデータ | emd_12191_msk_1.map | 67 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_12191_additional_1.map.gz emd_12191_half_map_1.map.gz emd_12191_half_map_2.map.gz | 62.3 MB 62.3 MB 62.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12191 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12191 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12191_validation.pdf.gz | 601.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_12191_full_validation.pdf.gz | 600.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12191_validation.xml.gz | 16.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_12191_validation.cif.gz | 21.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12191 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12191 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7bi2C 7bi4C 7bi6C 7bi9C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10665 (タイトル: Single particle Cryo-EM data set for study the structural basis of Phosphatidylinositol 3-kinase type 2α (PI3KC2α) Data size: 9.5 TB Data #1: -30 degree tilted PI3KC2a data set raw movies [micrographs - multiframe] Data #2: untilted PI3KC2a data set raw movies [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12191.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 67 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | cryosparc refined map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.837 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_12191_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: RELION postprocess map
ファイル | emd_12191_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | RELION postprocess map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 1
ファイル | emd_12191_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_12191_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Class II PI3KA
全体 | 名称: Class II PI3KA |
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要素 |
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-超分子 #1: Class II PI3KA
超分子 | 名称: Class II PI3KA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
分子量 | 実験値: 150 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.8 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: The buffer containing 20 mM Tris-HCl, 100 mM NaCl at pH 7.4. | |||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER 詳細: QUANTIFOIL Holey Au-carbon-R2/2 specimen grids were used. | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: The sample was vitrified by plunge-freezing into liquid ethane using a Mark IV Vitrobot device (Thermo Fisher Scientific), blotting force 20, blotting time 4.5-5.5s.. | |||||||||
詳細 | The purified sample was diluted to 0.8 mg/ml into buffer containing 20 mM Tris-HCl, 100 mM NaCl at pH 7.4. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 79.8 K / 最高: 89.9 K |
特殊光学系 | 球面収差補正装置: no / 色収差補正装置: no / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
詳細 | Grids were screened first to check ice thickness and particle distribution. |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 10433 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 詳細: Images were collected with 50 frames over 60 electrons per squared angstrom. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm 最大 デフォーカス(補正後): 3.3000000000000003 µm 最小 デフォーカス(補正後): 1.2 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm 最大 デフォーカス(公称値): 2.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |