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- EMDB-12138: Cryo-EM structure of fatty acid synthase (FAS) from Pichia pastoris -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12138
タイトルCryo-EM structure of fatty acid synthase (FAS) from Pichia pastoris
マップデータMap filtered according to local resolution.
試料
  • 複合体: Fatty acid synthase
    • タンパク質・ペプチド: Fatty acid synthase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Fatty acid synthase subunit beta
  • リガンド: FLAVIN MONONUCLEOTIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


mitotic nuclear membrane biogenesis / palmitic acid biosynthetic process / fatty-acyl-CoA synthase system / fatty acid synthase complex / fatty-acyl-CoA synthase activity / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase activity / : / oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase / fatty acyl-[ACP] hydrolase activity ...mitotic nuclear membrane biogenesis / palmitic acid biosynthetic process / fatty-acyl-CoA synthase system / fatty acid synthase complex / fatty-acyl-CoA synthase activity / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase activity / : / oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase / fatty acyl-[ACP] hydrolase activity / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase activity / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / fatty acid synthase activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Fatty acid synthase beta subunit AflB /Fas1-like, fungi / Fatty acid synthase subunit beta, insertion domain / Fatty acid synthase, meander beta sheet domain / Fatty acid synthase subunit beta, N-terminal domain / N-terminal domain in fatty acid synthase subunit beta / Fatty acid synthase meander beta sheet domain / Fatty acid synthase beta subunit AflB /Fas1-like, central domain / Fatty acid synthase alpha subunit, yeast / Fatty acid synthase subunit beta/Fas1-like, helical / Fatty acid synthase subunit alpha, acyl carrier domain ...Fatty acid synthase beta subunit AflB /Fas1-like, fungi / Fatty acid synthase subunit beta, insertion domain / Fatty acid synthase, meander beta sheet domain / Fatty acid synthase subunit beta, N-terminal domain / N-terminal domain in fatty acid synthase subunit beta / Fatty acid synthase meander beta sheet domain / Fatty acid synthase beta subunit AflB /Fas1-like, central domain / Fatty acid synthase alpha subunit, yeast / Fatty acid synthase subunit beta/Fas1-like, helical / Fatty acid synthase subunit alpha, acyl carrier domain / Fatty acid synthase subunit alpha Acyl carrier domain / : / Fatty acid synthase type I, helical / : / Fatty acid synthase type I helical domain / Fatty acid synthase / N-terminal of MaoC-like dehydratase / N-terminal half of MaoC dehydratase / Starter unit:ACP transacylase / Starter unit:ACP transacylase in aflatoxin biosynthesis / Holo-[acyl carrier protein] synthase / Phosphopantetheine-protein transferase domain / MaoC-like dehydratase domain / MaoC like domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain superfamily / 4'-phosphopantetheinyl transferase superfamily / HotDog domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Aldolase-type TIM barrel / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Fatty acid synthase subunit beta / Fatty acid synthase subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Komagataella phaffii GS115 (菌類) / Yeast (酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Snowden JS / Alzahrani J / Sherry L / Stacey M / Rowlands DJ / Ranson NA / Stonehouse NJ
資金援助 英国, サウジアラビア, 3件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust102174/B/13/Z 英国
World Health Organization (WHO)2019/883397-O 英国
Saudi Ministry of Education サウジアラビア
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Structural insight into Pichia pastoris fatty acid synthase.
著者: Joseph S Snowden / Jehad Alzahrani / Lee Sherry / Martin Stacey / David J Rowlands / Neil A Ranson / Nicola J Stonehouse /
要旨: Type I fatty acid synthases (FASs) are critical metabolic enzymes which are common targets for bioengineering in the production of biofuels and other products. Serendipitously, we identified FAS as a ...Type I fatty acid synthases (FASs) are critical metabolic enzymes which are common targets for bioengineering in the production of biofuels and other products. Serendipitously, we identified FAS as a contaminant in a cryoEM dataset of virus-like particles (VLPs) purified from P. pastoris, an important model organism and common expression system used in protein production. From these data, we determined the structure of P. pastoris FAS to 3.1 Å resolution. While the overall organisation of the complex was typical of type I FASs, we identified several differences in both structural and enzymatic domains through comparison with the prototypical yeast FAS from S. cerevisiae. Using focussed classification, we were also able to resolve and model the mobile acyl-carrier protein (ACP) domain, which is key for function. Ultimately, the structure reported here will be a useful resource for further efforts to engineer yeast FAS for synthesis of alternate products.
履歴
登録2020年12月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年5月19日-
マップ公開2021年5月19日-
更新2021年5月19日-
現状2021年5月19日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.072
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.072
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7bc4
  • 表面レベル: 0.072
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7bc4
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12138.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12138.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 371.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map filtered according to local resolution.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 460 pix.
= 489.9 Å		1.07 Å/pix.
x 460 pix.
= 489.9 Å		1.07 Å/pix.
x 460 pix.
= 489.9 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.065 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.072 / ムービー #1: 0.072
最小 - 最大-0.30636075 - 0.53115934
平均 (標準偏差)8.148815e-05 (±0.014277468)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ460460460
Spacing460460460
セルA=B=C: 489.90002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0651.0651.065
M x/y/z460460460
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z489.900489.900489.900
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS460460460
D min/max/mean-0.3060.5310.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_12138_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened map.

ファイルemd_12138_additional_1.map
注釈Unsharpened map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Map of local resolution values, for local resolution...

ファイルemd_12138_additional_2.map
注釈Map of local resolution values, for local resolution colouring of maps.
投影像・断面図
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投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

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ハーフマップ: Half map 1.

ファイルemd_12138_half_map_1.map
注釈Half map 1.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2.

ファイルemd_12138_half_map_2.map
注釈Half map 2.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Fatty acid synthase

全体名称: Fatty acid synthase
要素
  • 複合体: Fatty acid synthase
    • タンパク質・ペプチド: Fatty acid synthase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Fatty acid synthase subunit beta
  • リガンド: FLAVIN MONONUCLEOTIDE

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超分子 #1: Fatty acid synthase

超分子名称: Fatty acid synthase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii GS115 (菌類)
分子量理論値: 2.6 MDa

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分子 #1: Fatty acid synthase subunit alpha

分子名称: Fatty acid synthase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: fatty-acyl-CoA synthase system
由来(天然)生物種: Yeast (酵母) / 株: GS115 / ATCC 20864
分子量理論値: 206.375734 KDa
配列文字列: MRPEVEQELS HVLLTELLAY QFASPVRWIE TQDVFLKDYN TERVVEIGPS PTLAGMASRT IKAKYESYDA ALSLQRQVLC YAKDTKEIY YTPDPADIAP PIKEEAETSA AATSSSAPAA AAPVSAAPAA APSGPVAEIP DEPVKAALVL HVLVAHKLKK S LDAVPLSK ...文字列:
MRPEVEQELS HVLLTELLAY QFASPVRWIE TQDVFLKDYN TERVVEIGPS PTLAGMASRT IKAKYESYDA ALSLQRQVLC YAKDTKEIY YTPDPADIAP PIKEEAETSA AATSSSAPAA AAPVSAAPAA APSGPVAEIP DEPVKAALVL HVLVAHKLKK S LDAVPLSK AIKDLVGGKS TVQNEILGDL GKEFGSTPEK PEDTPLQELA EQFQDTFPGS LGKQTGSLVN RLMSSKMPGG FS LSVARKY LQTRWGLGPG RQDSVLLVAL VNEPGARLSS DGEAKEFLDS CAQKYASGAG ITLAQAAAGG AGSSGAGGAV IDA EAFEEL TKDNRVLARQ QLEVLARYLK YDLTKGEKSL VKEKEASSLL QQELDLWAEE HGEIYAQGIK PVFSHLKART YDSY WNWAR QDALSMYFDI IFGKLTDVDR ETVSQCIQLM NRSNPTLIKF MQYHIDHCPE YKGETYQLAK SLGQQLIDNC IQVAN QDPV YKDISYPTGP HTEVDSKGNI VYKEVNRKSV RKLEQYVFEM SQGGELTKEV QPTIQEDLAK IYEALNKQAS TESQLE FNK LYNSLIEFVE KSKEIEVSKS INAVLASKSS DSDRSAEISS LSEKTSIVDP VSGGIPPETV PFLHLKKKLP SGEWVFD RD TSALFLDGLQ KGAVNGISYK GKNVLITGAG AGSIGAEVLQ GLISGGAKVI VTTSRFSKKV TEYYQDIYAR FGAAGSCL I VVPFNQGSKQ DVEALIDYIY RDVKDEGLGW DLDAVIPFAA IPEAGIEIDE LGSKSELAHR IMLTNLLRLL GEVKKQKFT RAINTRPAQI ILPLSPNHGT FGSDGLYSES KLGLETLFNR WYSESWSEQL TVCGAIIGWT RGTGLMSGNN IIAEGLEKLG VRTFSQKEM AFNILGLMTP ELTEMCQNGP VVADLNGGLQ FIENLREYTA QLRNEIYETS EVRRAVSIET GIETRVVNGE N ADAPYQKA RIEPRANLKF EFPPLKSHKE IQNKAPGLEG LLDLERVIVV TGFGEVSPWG NTRTRWEMEA FGEFSIEGCL EM AWIMGFI KYHNGNLKGK PYTGWIDAKT NEPVEDKDIK KKYEEEILAH AGIRLIEPEL FRGYNPEKKE LIQEVIIEQD MAP FVTDES TAQQYKLQHE DAVDILKSEE SDEYTVTFKK GARLFVPKAL RFDRLVAGQI PTGWDAKRYG ISEDTISQVD PVTL YALVS TIEALLSAGI TDPYEFYKYV HVSEVGNCSG SGMGGVSALR GMFRDRYSDK PVQNDILQES FINTMSAWVN MLLLS SSGP IKTPVGACAT AVESVDIGVE TILSGKAKIC LVGGYDDFQE EGSYEFANMN ATSNSLDEFD HGRTPQEMSR PATTTR NGF MEAQGSGTQV IMNAELAIKM GVPIYAIVAL TATATDKIGR SVPAPGKGIL TTAREHHGSL KTKSPKLDIK YRTRQLN KR KDQIKQWVED ELEYIREEAA ELANSDAKFD AVSFVSERTE EVYREATKQV KMAQQEWGNE FWKNDPRIAP LRGALATF N LTVDDLGVAS FHGTSTKAND KNESITINKM MQHLGRSEGN PVFGVFQKYL TGHPKGAAGA WMLNGAIQIL QTGIVPGNR NADNVDKILE DFEYVLYPSR SIQTDGIKAC SVTSFGFGQK GGQAIVVHPD YLFASLDSET FEEYKTKVEA RYKSTYRYMH NAIIRNTMF VAKSDPPYTD ELEQPVYLDP LARVNNCKKN PSKLVFVNAD VQSKQNFVGK SANDTAKVIS SLTSDVTSGG K GVGVDVEL ISAINNENHT FIERNFTENE ISYCASAPSS KSSLAGTWSA KEAVFKALGV ESKGAGASLK DIEIVRDSKG AP TVVLHGD AKSAASAAGV KNVKVSISHD DVQSVAVAIS EF

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分子 #2: Fatty acid synthase subunit beta

分子名称: Fatty acid synthase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: fatty-acyl-CoA synthase system
由来(天然)生物種: Yeast (酵母) / 株: GS115 / ATCC 20864
分子量理論値: 230.000625 KDa
配列文字列: MSATSGVVNR PLVLNHGSIE STILIPTTEY HFYQTLLEGF RKSLPQVTEG FADDDEPSSK AELLMKFLGY IVQSGVSNQQ EQLAAAKLV LNEFESRFLQ GLNLHSYAAI LLKSETFPTT LLKIKENLIK NYYLGRALVY LPGQRGLVYP PSALLNAGKS G SAQIYAIF ...文字列:
MSATSGVVNR PLVLNHGSIE STILIPTTEY HFYQTLLEGF RKSLPQVTEG FADDDEPSSK AELLMKFLGY IVQSGVSNQQ EQLAAAKLV LNEFESRFLQ GLNLHSYAAI LLKSETFPTT LLKIKENLIK NYYLGRALVY LPGQRGLVYP PSALLNAGKS G SAQIYAIF GGQGNTDDYF EELRDIYHIY QGLVSDFVTK AQLKLQELIR TTPETDRIYT QGLDLINWLE NKDKTPDQQQ LL SIPMSCP LICVIQLCHY IVTCRILGIT PGQLRDSLKG TTGHSQGLVT AVVVSSADSW ESFEKLALQA VEFMFYIGVR GLQ TYPNTS LPPSIVQDSE ENAEGTPSPM LSVRDLSYDQ LVKFVNETNQ HLPEAKHIDI SLINGPRNVV LTGPPQSLYG LNLN LRKAK APSGLDQARI PFSERKLRFS NRFLPIMSPF HSHLLSPSTE KIVADLKKAG VEFSQSSMKL PVFDTYDGKD LRSYS GSIA ARLVECITKL RVNWELSTEF NSTHVLDFGP GGASGLGVLT HRNKEGTGSR VIVAGVLDAE SEDSEFGYKQ EIFESN EKA IKYAPNWLKE YKPKLVKTSA GKIFVDTKFS RLLGRAPLMV PGMTPTTVSP DFVAATLNAG FHTEIAGGGY FAPSIMK AA LQRVIDQVTP GTGVGINLIY VNPRMLQWGI PMIKELREQG FPIQSLSIGA GVPSLEVATE YIETLGLAHL GLKPGSID A VNQVITIAKA HPNFPIVLQW TGGRGGGHHS FEDFHQPILQ MYSKIRKCKN IILIAGSGFG SAEDTYPYLT GSWSHQFSY PSMPFDGVLF GSRVMTAKEA KTSPAAKQAI ADCTGVDNSQ WENTYKKPTG GIITVRSEMG EPIHKIATRG VMLWKELDDT IFTLPKNKM LEAIAKKKDY IIKKLNADYQ KPWFAKNEKG TCDLEDMTYK QIAERLVELM YVRKSQRWID VTLRNFTGKF L RRIEERFA TKVGTISLIQ NFSQLEEPEK AIDSVFKAYP EAASQLINEE DCDWFLLEAQ SPTQKPVPFI PVLDERFEFF FK KDSLWQS EDLEAVVGED VQRTCILHGP VAAQFSNKVD EPIKDILENI HKGHIKSLVK EVYNGDESKI PVVEYFSSVD SFS DTAIEG VKIERSRNTE TFTVTSGNVD NQQWFDLLAG KELSWRRAFI TAARLVQGTN FVSNPAHSVL APSKDLVVKI ENGS DAKKT VLTAFQRVRG KYVPAVSLKS IGDLKIKLEL IETRTADKSA VALELFYNYK PTDGFAPILE VMEGRNTSIK NFYWK LWFG SSVPVDLDFD ANKPISGGEA SVSSQAIAEF THAVGNSCED FVPRAGRPQL APMDFAIVLG WKAIMKAIFP KTVDGD ILK LVHLSNGYKM FPGADPLKKG DVVSTVAHIR SVVNGETGKT VEVVGVISRD GKPVLEVNSQ FFYRGKYQDF GNSFKKT TE TPVQVAFKSA KDIAVLKSKE WFHLEKDIDL LNQTLTFRCE SYVKFKSSTV FASVKTTGQA LLELPSKEII QVAEINYE S GSSYGNPVLD YLTRHGSTIE QPIMFENAIP LAQGTELTSK APGTNETYAA VSGDYNPIHV NKVFASYANL PGTITHGMY SSAAVRALVE QWAAQNVATR VRAFKADFVG MVLPNDELVT HLEHVGMING RKIIKVETKK VETEEVVLIG EAEIEQPVST FVFTGQGSQ EQGMGMDLYN SSEVAKSVWD RADVHFINNY GFSILDIVKN NPTELTVHFG GAKGRSIRNN YISMMFETVA A DGQLKSEK IFKEINEDTI SFTFKSPTGL LSATQFTQPA LTLMEKASFE DMKSKGLVPS ESMFAGHSLG EYSALTSLGD VM PIESLVD VVFYRGMTMQ VAVPRDEQGR SNYGMIAVNP SRVSSTFNDS ALRFVVEHIA QQTGWLLEIV NYNVENTQYV AAG DLRGLD TLSNVLNVFK IQKIDIVKLQ ETISLDEVKV HLSEIVDEVS KKSSSKPQPI DLERGFACIP LKGISVPFHS SYLR SGVKP FQTFLCKKIP KSAVKPANLI GKYIPNLTAK PFQLTKEYFE DVYELTKSEK IKHILDHWEE YESS

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分子 #3: FLAVIN MONONUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN MONONUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: FMN
分子量理論値: 456.344 Da
Chemical component information

ChemComp-FMN:
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: PBS
グリッド材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 実像数: 3643 / 平均電子線量: 60.1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Initial model generated using SGD in RELION 3.0.7.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D3 (2回x3回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.7) / 使用した粒子像数: 37054
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.7)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.7)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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