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万見
- EMDB-11980: SARS-CoV-spike RBD bound to two neutralising nanobodies -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11980
タイトルSARS-CoV-spike RBD bound to two neutralising nanobodies
マップデータResolve Cryo-EM in the PHENIX suite used on the half-maps from localised reconstruction.
試料
  • 複合体: Structure of SARS-CoV-2 spike RBD in complex with SARS-CoV-2 neutralizing biparatopic nanobody VE
    • 複合体: Spike glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Spike protein S1
    • 複合体: biparatopic nanobody VE
      • タンパク質・ペプチド: SARS-CoV-2 neutralizing biparatopic nanobody VE,nanobody E from Lama glama,SARS-CoV-2 neutralizing biparatopic nanobody VE,nanobody E from Lama glama
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードspike glycoprotein / SARS-CoV-2 / nanobody / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / viral translation / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion ...symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / viral translation / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Vicugna pacos (アルパカ) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.01 Å
データ登録者Hallberg BM / Das H
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Structure-guided multivalent nanobodies block SARS-CoV-2 infection and suppress mutational escape.
著者: Paul-Albert Koenig / Hrishikesh Das / Hejun Liu / Beate M Kümmerer / Florian N Gohr / Lea-Marie Jenster / Lisa D J Schiffelers / Yonas M Tesfamariam / Miki Uchima / Jennifer D Wuerth / Karl ...著者: Paul-Albert Koenig / Hrishikesh Das / Hejun Liu / Beate M Kümmerer / Florian N Gohr / Lea-Marie Jenster / Lisa D J Schiffelers / Yonas M Tesfamariam / Miki Uchima / Jennifer D Wuerth / Karl Gatterdam / Natalia Ruetalo / Maria H Christensen / Caroline I Fandrey / Sabine Normann / Jan M P Tödtmann / Steffen Pritzl / Leo Hanke / Jannik Boos / Meng Yuan / Xueyong Zhu / Jonathan L Schmid-Burgk / Hiroki Kato / Michael Schindler / Ian A Wilson / Matthias Geyer / Kerstin U Ludwig / B Martin Hällberg / Nicholas C Wu / Florian I Schmidt /
要旨: The pandemic caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) continues to spread, with devastating consequences. For passive immunization efforts, nanobodies have size and cost ...The pandemic caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) continues to spread, with devastating consequences. For passive immunization efforts, nanobodies have size and cost advantages over conventional antibodies. In this study, we generated four neutralizing nanobodies that target the receptor binding domain of the SARS-CoV-2 spike protein. We used x-ray crystallography and cryo-electron microscopy to define two distinct binding epitopes. On the basis of these structures, we engineered multivalent nanobodies with more than 100 times the neutralizing activity of monovalent nanobodies. Biparatopic nanobody fusions suppressed the emergence of escape mutants. Several nanobody constructs neutralized through receptor binding competition, whereas other monovalent and biparatopic nanobodies triggered aberrant activation of the spike fusion machinery. These premature conformational changes in the spike protein forestalled productive fusion and rendered the virions noninfectious.
履歴
登録2020年11月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年2月10日-
マップ公開2021年2月10日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.472
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.472
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7b17
  • 表面レベル: 0.472
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7b17
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11980.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11980.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Resolve Cryo-EM in the PHENIX suite used on the half-maps from localised reconstruction.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.02 Å/pix.
x 71 pix.
= 72.42 Å		1.02 Å/pix.
x 62 pix.
= 63.24 Å		1.02 Å/pix.
x 90 pix.
= 91.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.02 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.472 / ムービー #1: 0.472
最小 - 最大-3.3222024 - 13.063079
平均 (標準偏差)-0.000000000003959 (±0.30428848)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin275255264
サイズ629071
Spacing716290
セルA: 72.42 Å / B: 63.239998 Å / C: 91.799995 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.021.021.02
M x/y/z716290
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z72.42063.24091.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ264275255
NX/NY/NZ716290
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS255275264
NC/NR/NS906271
D min/max/mean-3.32213.063-0.000

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添付データ

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ハーフマップ: Half map 1 from the localised reconstruction.

ファイルemd_11980_half_map_1.map
注釈Half map 1 from the localised reconstruction.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1 from the localised reconstruction.

ファイルemd_11980_half_map_2.map
注釈Half map 1 from the localised reconstruction.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of SARS-CoV-2 spike RBD in complex with SARS-CoV-2 neut...

全体名称: Structure of SARS-CoV-2 spike RBD in complex with SARS-CoV-2 neutralizing biparatopic nanobody VE
要素
  • 複合体: Structure of SARS-CoV-2 spike RBD in complex with SARS-CoV-2 neutralizing biparatopic nanobody VE
    • 複合体: Spike glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Spike protein S1
    • 複合体: biparatopic nanobody VE
      • タンパク質・ペプチド: SARS-CoV-2 neutralizing biparatopic nanobody VE,nanobody E from Lama glama,SARS-CoV-2 neutralizing biparatopic nanobody VE,nanobody E from Lama glama
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Structure of SARS-CoV-2 spike RBD in complex with SARS-CoV-2 neut...

超分子名称: Structure of SARS-CoV-2 spike RBD in complex with SARS-CoV-2 neutralizing biparatopic nanobody VE
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: Density from localised reconstruction from full spike - VE data.
分子量理論値: 300 KDa

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超分子 #2: Spike glycoprotein

超分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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超分子 #3: biparatopic nanobody VE

超分子名称: biparatopic nanobody VE / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Vicugna pacos (アルパカ)

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分子 #1: Spike protein S1

分子名称: Spike protein S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 21.90157 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: NLCPFGEVFN ATRFASVYAW NRKRISNCVA DYSVLYNSAS FSTFKCYGVS PTKLNDLCFT NVYADSFVIR GDEVRQIAPG QTGKIADYN YKLPDDFTGC VIAWNSNNLD SKVGGNYNYL YRLFRKSNLK PFERDISTEI YQAGSTPCNG VEGFNCYFPL Q SYGFQPTN ...文字列:
NLCPFGEVFN ATRFASVYAW NRKRISNCVA DYSVLYNSAS FSTFKCYGVS PTKLNDLCFT NVYADSFVIR GDEVRQIAPG QTGKIADYN YKLPDDFTGC VIAWNSNNLD SKVGGNYNYL YRLFRKSNLK PFERDISTEI YQAGSTPCNG VEGFNCYFPL Q SYGFQPTN GVGYQPYRVV VLSFELLHAP ATVCGPK

UniProtKB: Spike glycoprotein

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分子 #2: SARS-CoV-2 neutralizing biparatopic nanobody VE,nanobody E from L...

分子名称: SARS-CoV-2 neutralizing biparatopic nanobody VE,nanobody E from Lama glama,SARS-CoV-2 neutralizing biparatopic nanobody VE,nanobody E from Lama glama
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: Nanobody V from Vicugna pacos and nanobody E from Lama glama connected with a 15 residue linker,Nanobody V from Vicugna pacos and nanobody E from Lama glama connected with a 15 residue ...詳細: Nanobody V from Vicugna pacos and nanobody E from Lama glama connected with a 15 residue linker,Nanobody V from Vicugna pacos and nanobody E from Lama glama connected with a 15 residue linker, 1-119 nanobody from Alpacka, 120-136: linker, 137-263: nanobody from Llama, 264-283: cloning and purification tag,Nanobody V from Vicugna pacos and nanobody E from Lama glama connected with a 15 residue linker,Nanobody V from Vicugna pacos and nanobody E from Lama glama connected with a 15 residue linker, 1-119 nanobody from Alpacka, 120-136: linker, 137-263: nanobody from Llama, 264-283: cloning and purification tag
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 30.102807 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: QVQLVETGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS SYAMGWARQV PGKGLEWVSY IYSDGSTEYQ DSVKGRFTIS RDNAKSTVYL QMNSLKPED TAVYYCATEG SLGGWGRDFG SWGQGTQVTV SSGGGGSGGG GSGGGGSQVQ LVETGGGFVQ PGGSLRLSCA A SGVTLDYY ...文字列:
QVQLVETGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS SYAMGWARQV PGKGLEWVSY IYSDGSTEYQ DSVKGRFTIS RDNAKSTVYL QMNSLKPED TAVYYCATEG SLGGWGRDFG SWGQGTQVTV SSGGGGSGGG GSGGGGSQVQ LVETGGGFVQ PGGSLRLSCA A SGVTLDYY AIGWFRQAPG KEREGVSCIG SSDGRTYYSD SVKGRFTISR DNAKNTVYLQ MNSLKPEDTA VYYCALTVGT YY SGNYHYT CSDDMDYWGK GTQVTVSSGG YPYDVPDYAG HHHHHH

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 48.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.01 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) / 使用した粒子像数: 92938
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-7b17:
SARS-CoV-spike RBD bound to two neutralising nanobodies.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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