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万見
- EMDB-11974: Focused refined map of U1 snRNP of the transcribing Pol II-U1 snR... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11974
タイトルFocused refined map of U1 snRNP of the transcribing Pol II-U1 snRNP complex with 145-nt RNA
マップデータSharpened map, re-sampled onto the overall map
試料
  • 複合体: The transcribing RNA polymerase II-U1 snRNP complex with 145-nt RNA
    • 複合体: RNA polymerase II
    • 複合体: Nucleic acids
    • 複合体: U1 snRNP
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein refolding / regulation of ATP-dependent activity / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / U7 snRNP / histone pre-mRNA 3'end processing complex / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / protein methylation ...negative regulation of protein refolding / regulation of ATP-dependent activity / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / U7 snRNP / histone pre-mRNA 3'end processing complex / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / protein methylation / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / U12-type spliceosomal complex / methylosome / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Major Pathway / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / 7-methylguanosine cap hypermethylation / U1 snRNP binding / pICln-Sm protein complex / small nuclear ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / P granule / telomerase holoenzyme complex / negative regulation of chaperone-mediated autophagy / U2-type spliceosomal complex / U2-type precatalytic spliceosome / commitment complex / telomerase RNA binding / U2-type prespliceosome assembly / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U4 snRNP / U2 snRNP / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / RNA Polymerase II Transcription Termination / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / precatalytic spliceosome / : / : / spliceosomal complex assembly / mRNA Splicing - Minor Pathway / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / organelle membrane / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / regulation of RNA splicing / transcription elongation by RNA polymerase I / positive regulation of translational initiation / U5 snRNP / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase III activity / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / spliceosomal snRNP assembly / RNA polymerase I activity / RNA polymerase II activity / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / translation initiation factor binding / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / positive regulation of RNA splicing / promoter-specific chromatin binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / spliceosomal complex / P-body / ribonucleoside binding / fibrillar center / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / mRNA splicing, via spliceosome / DNA-directed RNA polymerase / chromosome / single-stranded DNA binding
類似検索 - 分子機能
snRNP70, RNA recognition motif / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa N-terminal / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa MW N terminal / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 2 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / Small ribonucleoprotein associated, SmB/SmN / Small nuclear ribonucleoprotein D1 / RNA-binding domain, S1 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 ...snRNP70, RNA recognition motif / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa N-terminal / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa MW N terminal / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 2 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / Small ribonucleoprotein associated, SmB/SmN / Small nuclear ribonucleoprotein D1 / RNA-binding domain, S1 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein F / Sm-like protein Lsm7/SmG / Like-Sm (LSM) domain containing protein, LSm4/SmD1/SmD3 / Sm-like protein Lsm6/SmF / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Rpb4/RPC9 superfamily / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Zinc finger TFIIS-type signature. / RNA polymerase subunit Rpb7-like / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA polymerase Rpb6
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNA polymerase II subunit D / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / RNA polymerase II, I and III subunit K / DNA-directed RNA polymerase II subunit E ...DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNA polymerase II subunit D / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / RNA polymerase II, I and III subunit K / DNA-directed RNA polymerase II subunit E / U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa / U1 small nuclear ribonucleoprotein A / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein F / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa domesticus (ブタ) / synthetic construct (人工物) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.9 Å
データ登録者Zhang S / Aibara S / Vos SM / Agafonov DE / Luehrmann R / Cramer P
資金援助4件
OrganizationGrant number国
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 830-2018
European Research Council (ERC)882357
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission894862
German Research Foundation (DFG)EXC 2067/1-390729940
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Structure of a transcribing RNA polymerase II-U1 snRNP complex.
著者: Suyang Zhang / Shintaro Aibara / Seychelle M Vos / Dmitry E Agafonov / Reinhard Lührmann / Patrick Cramer /
要旨: To initiate cotranscriptional splicing, RNA polymerase II (Pol II) recruits the U1 small nuclear ribonucleoprotein particle (U1 snRNP) to nascent precursor messenger RNA (pre-mRNA). Here, we report ...To initiate cotranscriptional splicing, RNA polymerase II (Pol II) recruits the U1 small nuclear ribonucleoprotein particle (U1 snRNP) to nascent precursor messenger RNA (pre-mRNA). Here, we report the cryo-electron microscopy structure of a mammalian transcribing Pol II-U1 snRNP complex. The structure reveals that Pol II and U1 snRNP interact directly. This interaction positions the pre-mRNA 5' splice site near the RNA exit site of Pol II. Extension of pre-mRNA retains the 5' splice site, leading to the formation of a "growing intron loop." Loop formation may facilitate scanning of nascent pre-mRNA for the 3' splice site, functional pairing of distant intron ends, and prespliceosome assembly. Our results provide a starting point for a mechanistic analysis of cotranscriptional spliceosome assembly and the biogenesis of mRNA isoforms by alternative splicing.
履歴
登録2020年11月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年1月27日-
マップ公開2021年1月27日-
更新2021年1月27日-
現状2021年1月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 11
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 11
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11974.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11974.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map, re-sampled onto the overall map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度
表面レベル登録者による: 11.0 / ムービー #1: 11
最小 - 最大-33.526836 - 59.818256
平均 (標準偏差)-2.8496934e-12 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 419.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.051.051.05
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z420.000420.000420.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-33.52759.818-0.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_11974_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_11974_half_map_1.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_11974_half_map_2.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The transcribing RNA polymerase II-U1 snRNP complex with 145-nt RNA

全体名称: The transcribing RNA polymerase II-U1 snRNP complex with 145-nt RNA
要素
  • 複合体: The transcribing RNA polymerase II-U1 snRNP complex with 145-nt RNA
    • 複合体: RNA polymerase II
    • 複合体: Nucleic acids
    • 複合体: U1 snRNP

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超分子 #1: The transcribing RNA polymerase II-U1 snRNP complex with 145-nt RNA

超分子名称: The transcribing RNA polymerase II-U1 snRNP complex with 145-nt RNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#25

-
超分子 #2: RNA polymerase II

超分子名称: RNA polymerase II / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#12
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ)

-
超分子 #3: Nucleic acids

超分子名称: Nucleic acids / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #13-#15
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
組換発現生物種: synthetic construct (人工物)

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超分子 #4: U1 snRNP

超分子名称: U1 snRNP / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #16-#25
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式
20.0 mMHEPES
150.0 mMNaCl
3.0 mMMgCl2
0.5 mMTCEP
グリッドモデル: UltrAuFoil R2/2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.01 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア: (名称: Warp, RELION)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 61596
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル(PDB ID:

6gmh

,

3pgw

,

4pjo

,

4pkd

)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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