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万見
- EMDB-11911: Nudaurelia capensis omega virus procapsid: virus-like particles e... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11911
タイトルNudaurelia capensis omega virus procapsid: virus-like particles expressed in Nicotiana benthamiana
マップデータDensity improved map from phenix.resolve_cryo_em at 6.63 Ang resolution
試料
  • ウイルス: Nudaurelia capensis omega virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: p70
  • タンパク質・ペプチド: p70
機能・相同性Peptidase N2 / Peptidase family A21 / Viral coat protein subunit / p70
機能・相同性情報
生物種Nudaurelia capensis omega virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.63 Å
データ登録者Castells-Graells R / Ribeiro JRS / Domitrovic T / Hesketh EL / Scarff CA / Johnson JE / Ranson NA / Lawson DM / Lomonossoff GP
資金援助 英国, 3件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BBS/E/J/000PR9794 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/L014130/1 英国
John Innes FoundationNone 英国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Plant-expressed virus-like particles reveal the intricate maturation process of a eukaryotic virus.
著者: Roger Castells-Graells / Jonas R S Ribeiro / Tatiana Domitrovic / Emma L Hesketh / Charlotte A Scarff / John E Johnson / Neil A Ranson / David M Lawson / George P Lomonossoff /
要旨: Many virus capsids undergo exquisitely choreographed maturation processes in their host cells to produce infectious virions, and these remain poorly understood. As a tool for studying virus ...Many virus capsids undergo exquisitely choreographed maturation processes in their host cells to produce infectious virions, and these remain poorly understood. As a tool for studying virus maturation, we transiently expressed the capsid protein of the insect virus Nudaurelia capensis omega virus (NωV) in Nicotiana benthamiana and were able to purify both immature procapsids and mature capsids from infiltrated leaves by varying the expression time. Cryo-EM analysis of the plant-produced procapsids and mature capsids to 6.6 Å and 2.7 Å resolution, respectively, reveals that in addition to large scale rigid body motions, internal regions of the subunits are extensively remodelled during maturation, creating the active site required for autocatalytic cleavage and infectivity. The mature particles are biologically active in terms of their ability to lyse membranes and have a structure that is essentially identical to authentic virus. The ability to faithfully recapitulate and visualize a complex maturation process in plants, including the autocatalytic cleavage of the capsid protein, has revealed a ~30 Å translation-rotation of the subunits during maturation as well as conformational rearrangements in the N and C-terminal helical regions of each subunit.
履歴
登録2020年10月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年8月25日-
マップ公開2021年8月25日-
更新2021年8月25日-
現状2021年8月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.007
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.007
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7ata
  • 表面レベル: 0.007
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7ata
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11911.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11911.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 43.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Density improved map from phenix.resolve_cryo_em at 6.63 Ang resolution
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
2.13 Å/pix.
x 225 pix.
= 479.25 Å		2.13 Å/pix.
x 225 pix.
= 479.25 Å		2.13 Å/pix.
x 225 pix.
= 479.25 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.13 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.007 / ムービー #1: 0.007
最小 - 最大-0.063345045 - 0.108826414
平均 (標準偏差)-1.0766728e-13 (±0.009031488)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin383838
サイズ225225225
Spacing225225225
セルA=B=C: 479.25003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.132.132.13
M x/y/z225225225
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z479.250479.250479.250
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ383838
NX/NY/NZ225225225
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS383838
NC/NR/NS225225225
D min/max/mean-0.0630.109-0.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_11911_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Postprocessed map from Relion at 7.1 Ang resolution

ファイルemd_11911_additional_1.map
注釈Postprocessed map from Relion at 7.1 Ang resolution
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Refine3D half map 1 from Relion at 7.52 Ang resolution

ファイルemd_11911_half_map_1.map
注釈Refine3D half map 1 from Relion at 7.52 Ang resolution
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Refine3D half map 2 from Relion at 7.52 Ang resolution

ファイルemd_11911_half_map_2.map
注釈Refine3D half map 2 from Relion at 7.52 Ang resolution
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Nudaurelia capensis omega virus

全体名称: Nudaurelia capensis omega virus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Nudaurelia capensis omega virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: p70
  • タンパク質・ペプチド: p70

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超分子 #1: Nudaurelia capensis omega virus

超分子名称: Nudaurelia capensis omega virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: The codon-optimized sequence was transiently expressed in Nicotiana benthamiana
NCBI-ID: 12541 / 生物種: Nudaurelia capensis omega virus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Gonimbrasia cytherea (蝶・蛾)
Host system生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科) / 組換細胞: leaf tissue / 組換プラスミド: pEAQ-HT
分子量理論値: 16.76 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: coat / 直径: 480.0 Å / T番号(三角分割数): 4

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分子 #1: p70

分子名称: p70 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nudaurelia capensis omega virus (ウイルス)
分子量理論値: 62.094828 KDa
組換発現生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科)
配列文字列: MDSNSASGKR RSRNVRIAAN TVNVAPKQRQ ARGRRARSRA NNIDNVTAAA QELGQSLDAN VITFPTNVAT MPEFRSWARG KLDIDQDSI GWYFKYLDPA GATESARAVG EYSKIPDGLV KFSVDAEIRE IYNEECPTVS DASIPLDGAQ WSLSIISYPM F RTAYFAVA ...文字列:
MDSNSASGKR RSRNVRIAAN TVNVAPKQRQ ARGRRARSRA NNIDNVTAAA QELGQSLDAN VITFPTNVAT MPEFRSWARG KLDIDQDSI GWYFKYLDPA GATESARAVG EYSKIPDGLV KFSVDAEIRE IYNEECPTVS DASIPLDGAQ WSLSIISYPM F RTAYFAVA NVDNKEISLD VTNDLIVWLN NLASWRDVVD SGQWFTFSDD PTWFVRIRVL HPTYDLPDPT EGLLRTVSDY RL TYKSITC EANMPTLVDQ GFWIGGHYAL TPIATTQNAV EGSGFVHPFN VTRPGIAAGV TLTWASMPPG GSAPSGDPAW IPD STTQFQ WRHGGFDAPT GVITYTIPRG YTMQYFDTTT NEWNGFANPD DVVTFGQTGG AAGTNATITI TAPTVTLTIL ATTT SAANV INFRNLDAET TAASNRSEVP LPPLTFGQTA PNNPKIEQTL VKDTLGSYLV HSKMRNPVFQ LTPASSFGAI SFTNP GFDR NLDLPGFGGI RDSLDVNMST AVCHFRSLSK SCSIVTKTYQ GWEGVTNVNT PFGQFAHSGL LKNDEILCLA DDLATR LTG VYGATDN

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分子 #2: p70

分子名称: p70 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nudaurelia capensis omega virus (ウイルス)
分子量理論値: 7.815102 KDa
組換発現生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科)
配列文字列:
FAAAVLAFAA NMLTSVLKSE ATTSVIKELG NQATGLANQG LARLPGLLAS IPGKIAARVR ARRDRRRAAR MNNN

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
グリッド材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8554 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 72.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 75000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06)
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6anm

最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.63 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 5426
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7anm

詳細The model was built and refined against a density modified map generated using phenix.resolve_cryo_em. This used the Relion half maps as inputs and improved the resolution to 6.6 Angstrom.
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 105.8 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-7ata:
Nudaurelia capensis omega virus procapsid: virus-like particles expressed in Nicotiana benthamiana

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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