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- PDB-6anm: Structure of D-Leu-D-Phe-2-Abz-D-Ala at 0.64 Angstrom -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6anm
タイトルStructure of D-Leu-D-Phe-2-Abz-D-Ala at 0.64 Angstrom
要素DLE-DPN-BE2-DAL
キーワードDE NOVO PROTEIN / unnatural amino acid / peptidomimetic beta-turn / D-amino acid / tetrapeptide
機能・相同性polypeptide(D)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 0.64 Å
データ登録者Cameron, A.J. / Sarojini, V. / Squire, C.J.
引用ジャーナル: Chem Asian J / 年: 2017
タイトル: Crystal and NMR Structures of a Peptidomimetic beta-Turn That Provides Facile Synthesis of 13-Membered Cyclic Tetrapeptides.
著者: Cameron, A.J. / Squire, C.J. / Edwards, P.J.B. / Harjes, E. / Sarojini, V.
履歴
登録2017年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22018年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DLE-DPN-BE2-DAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4691
ポリマ－4691
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)12.242, 15.554, 26.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: Polypeptide(D) DLE-DPN-BE2-DAL


分子量: 468.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 9.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: evaporation from methanol/ethanol mixture

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.71076 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.71076 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.64→13.44 Å / Num. obs: 4820 / % possible obs: 85.2 % / 冗長度: 13.8 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 0.64→0.65 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Mean I/σ(I) obs: 7.7 / Num. unique obs: 54 / CC1/2: 0.971 / Rpim(I) all: 0.068 / % possible all: 15.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 0.64→13.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.987 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.987 / SU B: 0.066 / SU ML: 0.003 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.006 / ESU R Free: 0.006 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.0901 251 5.2 %RANDOM
Rwork0.0862 ---
obs0.08637 4569 85.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 3.219 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å2-0 Å20 Å2
2--0.01 Å2-0 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 0.64→13.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数34 0 0 0 34
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0240
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0236
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.332.87650
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.454376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg13.1251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr2.5780.24
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0370.0233
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0130.0216
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1120.24210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1720.2479
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9090.3799
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.8120.37110
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.6250.29330
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.6220.29530
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.8820.43340
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined1.1513.26555
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other1.1423.26556
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.205375
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.534576
LS精密化 シェル解像度: 0.635→0.652 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 7 -
Rwork0.137 65 -
obs--17.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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