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- EMDB-11874: Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana Complex-I (membrane tip) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11874
タイトルCryo-EM structure of Arabidopsis thaliana Complex-I (membrane tip)
マップデータ
試料
  • 複合体: Arabidopsis complex I - membrane tip
    • タンパク質・ペプチド: x 13種
  • リガンド: x 3種
キーワードComplex-I / ELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


photorespiration / plant-type vacuole / plastid / acyl carrier activity / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / respiratory chain complex I / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / ATP synthesis coupled electron transport / proton transmembrane transport ...photorespiration / plant-type vacuole / plastid / acyl carrier activity / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / respiratory chain complex I / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / ATP synthesis coupled electron transport / proton transmembrane transport / electron transport chain / mitochondrial membrane / mitochondrial intermembrane space / fatty acid biosynthetic process / carbohydrate metabolic process / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / mitochondrion / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, plant/fungi / NADH-ubiquinone oxidoreductase 11kDa subunit / Putative NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase 11 kDa subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase, subunit 10 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / NADH dehydrogenase subunit 5, C-terminal / NADH dehydrogenase subunit 5 C-terminus / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 ...NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, plant/fungi / NADH-ubiquinone oxidoreductase 11kDa subunit / Putative NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase 11 kDa subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase, subunit 10 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / NADH dehydrogenase subunit 5, C-terminal / NADH dehydrogenase subunit 5 C-terminus / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B12 subunit family / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7, NDUB7 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B18 subunit (NDUFB7) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NDUFB9, LYR domain / NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5 subgroup / NADH-quinone oxidoreductase, chain M/4 / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminal / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminus / NADH-quinone oxidoreductase, chain 5-like / NADH:ubiquinone oxidoreductase / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, membrane subunit / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, TM / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / Acyl carrier protein (ACP) / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
(thale cress) hypothetical protein / (thale cress) hypothetical protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3-A / Acyl carrier protein 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2 / Transmembrane protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10-B ...(thale cress) hypothetical protein / (thale cress) hypothetical protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3-A / Acyl carrier protein 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2 / Transmembrane protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10-B / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I) protein
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å
データ登録者Klusch N / Kuehlbrandt W
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2021
タイトル: A ferredoxin bridge connects the two arms of plant mitochondrial complex I.
著者: Niklas Klusch / Jennifer Senkler / Özkan Yildiz / Werner Kühlbrandt / Hans-Peter Braun /
要旨: Mitochondrial complex I is the main site for electron transfer to the respiratory chain and generates much of the proton gradient across the inner mitochondrial membrane. Complex I is composed of two ...Mitochondrial complex I is the main site for electron transfer to the respiratory chain and generates much of the proton gradient across the inner mitochondrial membrane. Complex I is composed of two arms, which form a conserved L-shape. We report the structures of the intact, 47-subunit mitochondrial complex I from Arabidopsis thaliana and the 51-subunit complex I from the green alga Polytomella sp., both at around 2.9 Å resolution. In both complexes, a heterotrimeric γ-carbonic anhydrase domain is attached to the membrane arm on the matrix side. Two states are resolved in A. thaliana complex I, with different angles between the two arms and different conformations of the ND1 (NADH dehydrogenase subunit 1) loop near the quinol binding site. The angle appears to depend on a bridge domain, which links the peripheral arm to the membrane arm and includes an unusual ferredoxin. We propose that the bridge domain participates in regulating the activity of plant complex I.
履歴
登録2020年10月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年12月8日-
マップ公開2021年12月8日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.013
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  • 原子モデル: PDB-7aqw
  • 表面レベル: 0.013
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11874.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11874.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 600 pix.
= 502.2 Å		0.84 Å/pix.
x 600 pix.
= 502.2 Å		0.84 Å/pix.
x 600 pix.
= 502.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.837 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.013 / ムービー #1: 0.013
最小 - 最大-0.02553981 - 0.053030346
平均 (標準偏差)0.000015151327 (±0.00052796333)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 502.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8370.8370.837
M x/y/z600600600
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z502.200502.200502.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS600600600
D min/max/mean-0.0260.0530.000

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_11874_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_11874_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : Arabidopsis complex I - membrane tip

全体名称: Arabidopsis complex I - membrane tip
要素
  • 複合体: Arabidopsis complex I - membrane tip
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
    • タンパク質・ペプチド: Acyl carrier protein 1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protein
    • タンパク質・ペプチド: ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I) protein
    • タンパク質・ペプチド: P1
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3-A
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: B15 -- 1 beta subcomplex subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10-B
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
  • リガンド: (7S)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE
  • リガンド: S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate

+
超分子 #1: Arabidopsis complex I - membrane tip

超分子名称: Arabidopsis complex I - membrane tip / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#13
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

+
分子 #1: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 74.497977 KDa
配列文字列: MYLLIVFLPL LGSSVAGFFG RFLGSEGSAI MTTTCVSFSS ILSLIAFYEV ALGASACYLR IAPWISSEMF DASWGFLFDS LTVVMLIVV TFISSLVHLY SISYMSEDPH SPRFMCYLSI FTFFMLMLVT GDNFLQLFLG WEGVGLASYL LIHFWFTRLQ A DKAAIKAM ...文字列:
MYLLIVFLPL LGSSVAGFFG RFLGSEGSAI MTTTCVSFSS ILSLIAFYEV ALGASACYLR IAPWISSEMF DASWGFLFDS LTVVMLIVV TFISSLVHLY SISYMSEDPH SPRFMCYLSI FTFFMLMLVT GDNFLQLFLG WEGVGLASYL LIHFWFTRLQ A DKAAIKAM LVNRVGDFGL ALGILGCFTL FQTVDFSTIF ACASVPRNSW IFCNMRLNAI SLICILLFIG AVGKSAQIGL HT WLPDAME GPTPVSALIH AATMVTAGVF MIARCSPLFE YSPTALIVIT FAGAMTSFLA ATTGILQNDL KRVIAYSTCS QLG YMIFAC GISNYSVSVF HLMNHAFFKA LLFLSAGSVI HAMSDEQDMR KMGGLASSFP LTYAMMLIGS LSLIGFPFLT GFYS KDVIL ELAYTKYTIS GNFAFWLGSV SVLFTSYYSF RLLFLTFLVP TNSFGRDISR CHDAPIPMAI PLILLALGSL FVGYL AKDM MIGLGTNFWA NSLLVLPKNE ILAESEFAAP TIIKLIPILF STLGAFVAYN VNLVADQFQR AFQTSTFCNR LYSFFN KRW FFDQVLNDFL VRSFLRFGYE VSFEALDKGA IEILGPYGIS YTFRRLAERI SQLQSGFVYH YAFAMLLGLT LFVTFFC MW DSLSSWVDNR LSFILIVSSF YTKSSQE

UniProtKB: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5

+
分子 #2: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 55.995664 KDa
配列文字列: MLEHFCECYF NLSGLILCPV LGSIILLFIP NSRIRLIRLI GLCASLITFL YSLVLWIQFD SSTAKFQFVE SLRWLPYENI NFYLGIDGI SLFFVILTTF LIPICILVGW SGMRSYGKEY IIAFLICEFL MIAVFCMLDL LLFYVFFESV LIPMFIIIGV W GSRQRKIK ...文字列:
MLEHFCECYF NLSGLILCPV LGSIILLFIP NSRIRLIRLI GLCASLITFL YSLVLWIQFD SSTAKFQFVE SLRWLPYENI NFYLGIDGI SLFFVILTTF LIPICILVGW SGMRSYGKEY IIAFLICEFL MIAVFCMLDL LLFYVFFESV LIPMFIIIGV W GSRQRKIK AAYQFFLYTL LGSLFMLLAI LLILFQTGTT DLQILLTTEF SERRQIFLWI AFFASFAVKV PMVPVHIWLP EA HVEAPTA GSVILAGILL KFGTYGFLRF SIPMFPEATL CFTPFIYTLS AIAIIYTSLT TLRQIDLKKI IAYSSVAHMN LVT IGMFSL NIQGIGGSIL LMLSHGLVSS ALFLCVGVLY DRHKTRLVRY YGGLVSTMPN FSTIFFFFTL ANMSLPGTSS FIGE FLILV GAFQRNSLVA TLAALGMILG AAYSLWLYNR VVSGNLKPDF LHKFSDLNGR EVFIFIPFLV GLVWMGVYPK VFLDC MHTS VSNLVQHGKF H

UniProtKB: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4

+
分子 #3: Acyl carrier protein 1, mitochondrial

分子名称: Acyl carrier protein 1, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 13.735628 KDa
配列文字列:
MALRNAILRH LRVPVQTLGL NQSKIGFLGT IRSFSSHDDH LSREAVVDRV LDVVKSFPKV DPSKVTPEVH FQNDLGLDSL DTVEIVMAI EEEFKLEIPD KEADKIDSCS LAIEYVYNHP MSS

UniProtKB: Acyl carrier protein 1, mitochondrial

+
分子 #4: Transmembrane protein

分子名称: Transmembrane protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 9.876422 KDa
配列文字列:
MGGGDHGHGA EGGDFRAKVW SMTGGPNCRP KHWRRNTAIA MFGVFLVCIP IAKLSAKLEQ RPHMPVRPIP SQIWCKNFGT KDDYEKEH

UniProtKB: Transmembrane protein

+
分子 #5: ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I) protein

分子名称: ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I) protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 12.648286 KDa
配列文字列:
MPSTQSLTVA AKTLRNRIFS RSGSTSAGPS RWATPGHEER PKGYFMNRTP PAPGQSRKWE DWELPCYITS FLTIVILGVG LNAKPDLSI ETWAHQKALE RLEMEKLATA GDSSD

UniProtKB: ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I) protein

+
分子 #6: P1

分子名称: P1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 11.808244 KDa
配列文字列:
MGFIMEFAEN LVLRLMENPE ERDRKAREHI YEMHERCKKI KEMWALPIRP YGFWTFERHN AQLRWDPQIS QVAGRRDPYD DLLEDNYTP PSSSSSSSD

UniProtKB: (thale cress) hypothetical protein

+
分子 #7: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 7.58259 KDa
配列文字列:
MGGGGHGGGI TYKGVTVHTP KTWHTVTGKG LCAVMWFWIL YRAKQDGPVV MGWRHPWDGH GDHGHGDHH

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2

+
分子 #8: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3-A

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3-A
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 8.064313 KDa
配列文字列:
MAKPLGTTGE FFRRRDEWRK HPMLSNQMRH ALPGIGIGVG AFCVYLVGEQ IYSKLMAPSS QSSHQKQPAP SH

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3-A

+
分子 #9: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mito...

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 13.225222 KDa
配列文字列:
MAGRLSGVAS RIMGGNGVVA RSVGSSLRQR AGMGLPVGKH IVPDKPLSVN DELMWDNGTA FPEPCIDRIA DTVGKYEALA WLSGGLGFF VGLGLLAVLN DKASKVPFTP RVYPYDNLRV ELGGEP

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial

+
分子 #10: B15 -- 1 beta subcomplex subunit 4

分子名称: B15 -- 1 beta subcomplex subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 8.305539 KDa
配列文字列:
MGGGMETNKN KFIEDWGSAR ENLEHNFRWT RRNFALIGIF GIALPIIVYK GIVKDFHMQD EDAGRPHRKF L

UniProtKB: (thale cress) hypothetical protein

+
分子 #11: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9
タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 13.638335 KDa
配列文字列:
MSGVSTAAYF ARRAAQKERV RILYRRALKD TLNWAVHRHI FYRDASDLRE KFNVNQDVED VDRIDKLIAH GEAEYNKWRH PDPYIVPWA PGGSKFCRNP TPPAGIEIVY NYGLEDNP

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9

+
分子 #12: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7
タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 11.757832 KDa
配列文字列:
MEVPGSSKKM IATQEEMSAA KIALGSRDMC AHLLIPLNKC RQAEFYLPWK CEDERHVYEK CEYELVMERM LAMKKIREEE ALAKQNKLQ GNAAVPLIPK TANA

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7

+
分子 #13: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10-B

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10-B
タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 12.462276 KDa
配列文字列:
MGRKKGLPEF EESAPDGFDP ENPYKDPVAM VEMREHIVRE KWIQIEKAKI LREKVKWCYR VEGVNHYQKC RHLVQQYLDS TRGVGWGKD HRPISLHGPK PEAVEAE

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10-B

+
分子 #14: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

分子名称: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 1 / 式: PTY
分子量理論値: 734.039 Da
Chemical component information

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM

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分子 #15: (7S)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5...

分子名称: (7S)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE
タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 1 / 式: PC7
分子量理論値: 763.1 Da
Chemical component information

ChemComp-PC7:
(7S)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE / リン脂質*YM

+
分子 #16: S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-b...

分子名称: S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate
タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 1 / 式: 8Q1
分子量理論値: 540.651 Da
Chemical component information

ChemComp-8Q1:
S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 43.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 459177
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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