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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11787 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of F-actin stabilized by cis-optoJASP-8 | |||||||||
マップデータ | Sharpened map of the full filament filtered to local resolution. Bfactor optimised for optoJASP. | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / mesenchyme migration / troponin I binding / myosin heavy chain binding / filamentous actin / actin filament bundle / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / actin filament bundle assembly ...cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / mesenchyme migration / troponin I binding / myosin heavy chain binding / filamentous actin / actin filament bundle / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / actin filament bundle assembly / skeletal muscle myofibril / actin monomer binding / skeletal muscle fiber development / stress fiber / titin binding / actin filament polymerization / filopodium / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / calcium-dependent protein binding / lamellipodium / cell body / hydrolase activity / protein domain specific binding / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Rabbit (ウサギ) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Pospich S / Raunser S | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: Angew Chem Int Ed Engl / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM Resolves Molecular Recognition Of An Optojasp Photoswitch Bound To Actin Filaments In Both Switch States. 著者: Sabrina Pospich / Florian Küllmer / Veselin Nasufović / Johanna Funk / Alexander Belyy / Peter Bieling / Hans-Dieter Arndt / Stefan Raunser / 要旨: Actin is essential for key processes in all eukaryotic cells. Cellpermeable optojasps provide spatiotemporal control of the actin cytoskeleton, confining toxicity and potentially rendering F-actin ...Actin is essential for key processes in all eukaryotic cells. Cellpermeable optojasps provide spatiotemporal control of the actin cytoskeleton, confining toxicity and potentially rendering F-actin druggable by photopharmacology. Here, we report cryo electron microscopy (cryo-EM) structures of both isomeric states of one optojasp bound to actin filaments. The high-resolution structures reveal for the first time the pronounced effects of photoswitching a functionalized azobenzene. By characterizing the optojasp binding site and identifying conformational changes within F-actin that depend on the optojasp isomeric state, we refine determinants for the design of functional F-actin photoswitches. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11787.map.gz | 2.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11787-v30.xml emd-11787.xml | 25.9 KB 25.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_11787_fsc.xml | 9.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_11787.png | 114.2 KB | ||
マスクデータ | emd_11787_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_11787_additional_1.map.gz emd_11787_additional_2.map.gz emd_11787_half_map_1.map.gz emd_11787_half_map_2.map.gz | 4.5 MB 4.5 MB 30.8 MB 30.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11787 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11787 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11787.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened map of the full filament filtered to local resolution. Bfactor optimised for optoJASP. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_11787_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Sharpened map of the central 120A of the...
ファイル | emd_11787_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Sharpened map of the central 120A of the filament filtered to nominal resolution. Automatic Bfactor. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Sharpened map of the central 120A of the...
ファイル | emd_11787_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Sharpened map of the central 120A of the filament filtered to nominal resolution. Bfactor optimised for optoJASP. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map of the full filament.
ファイル | emd_11787_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map of the full filament. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map of the full filament.
ファイル | emd_11787_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map of the full filament. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Filamentous alpha actin stabilized by cis-optoJASP-8 in complex w...
全体 | 名称: Filamentous alpha actin stabilized by cis-optoJASP-8 in complex with ADP-Pi |
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要素 |
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-超分子 #1: Filamentous alpha actin stabilized by cis-optoJASP-8 in complex w...
超分子 | 名称: Filamentous alpha actin stabilized by cis-optoJASP-8 in complex with ADP-Pi タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: skeletal muscle |
-分子 #1: Actin, alpha skeletal muscle
分子 | 名称: Actin, alpha skeletal muscle / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Rabbit (ウサギ) |
分子量 | 理論値: 42.109973 KDa |
配列 | 文字列: MCDEDETTAL VCDNGSGLVK AGFAGDDAPR AVFPSIVGRP RHQGVMVGMG QKDSYVGDEA QSKRGILTLK YPIE(HIC)G IIT NWDDMEKIWH HTFYNELRVA PEEHPTLLTE APLNPKANRE KMTQIMFETF NVPAMYVAIQ AVLSLYASGR TTGIVLD SG ...文字列: MCDEDETTAL VCDNGSGLVK AGFAGDDAPR AVFPSIVGRP RHQGVMVGMG QKDSYVGDEA QSKRGILTLK YPIE(HIC)G IIT NWDDMEKIWH HTFYNELRVA PEEHPTLLTE APLNPKANRE KMTQIMFETF NVPAMYVAIQ AVLSLYASGR TTGIVLD SG DGVTHNVPIY EGYALPHAIM RLDLAGRDLT DYLMKILTER GYSFVTTAER EIVRDIKEKL CYVALDFENE MATAASSS S LEKSYELPDG QVITIGNERF RCPETLFQPS FIGMESAGIH ETTYNSIMKC DIDIRKDLYA NNVMSGGTTM YPGIADRMQ KEITALAPST MKIKIIAPPE RKYSVWIGGS ILASLSTFQQ MWITKQEYDE AGPSIVHRKC F |
-分子 #2: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 5 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-分子 #3: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 5 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #4: PHOSPHATE ION
分子 | 名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 5 / 式: PO4 |
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分子量 | 理論値: 94.971 Da |
Chemical component information | ChemComp-PO4: |
-分子 #5: ~{N}-[4-[(4~{R},7~{R},10~{S},13~{S},15~{E},19~{S})-4-(4-hydroxyph...
分子 | 名称: ~{N}-[4-[(4~{R},7~{R},10~{S},13~{S},15~{E},19~{S})-4-(4-hydroxyphenyl)-7-(1~{H}-indol-3-ylmethyl)-8,13,15,19-tetramethyl-2,6,9,12-tetrakis(oxidanylidene)-1-oxa-5,8,11-triazacyclononadec-15-en- ...名称: ~{N}-[4-[(4~{R},7~{R},10~{S},13~{S},15~{E},19~{S})-4-(4-hydroxyphenyl)-7-(1~{H}-indol-3-ylmethyl)-8,13,15,19-tetramethyl-2,6,9,12-tetrakis(oxidanylidene)-1-oxa-5,8,11-triazacyclononadec-15-en-10-yl]butyl]-~{N}'-[5-methoxy-2-[(~{Z})-(3,4,5-trimethoxyphenyl)diazenyl]phenyl]butanediamide タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 5 / 式: RLZ |
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分子量 | 理論値: 1.073239 KDa |
Chemical component information | ChemComp-RLZ: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: 5 mM Tris pH 7.5, 2 mM NaN3, 1 mM DTT, 100 mM KCl and 2 mM MgCl2, 0.4 %(v/v) DMSO, 0.02 %(v/w) Tween 20 | ||||||||||||||||||||||||
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 286 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III 詳細: 1.5 mul sample, automatic blotting for 7-7.5s, blot force -25, drain time 1s.. | ||||||||||||||||||||||||
詳細 | Rise 27.5 A, Twist -166.8 degrees |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4771 / 平均露光時間: 15.0 sec. / 平均電子線量: 86.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |