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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1156 | |||||||||
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タイトル | ATPase-dependent cooperative binding of ORC and Cdc6 to origin DNA. | |||||||||
マップデータ | 3D maps of the yeast (Saccharomyces cerevisiae) DNA origin recognition complex (ORC) and the ORC in complex with the replication initiator Cdc6. | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | Origin recognition complex, subunit 2 / nuclear origin of replication recognition complex / AAA+ ATPase domain 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Speck C / Chen Z / Li H / Stillman B | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2005 タイトル: ATPase-dependent cooperative binding of ORC and Cdc6 to origin DNA. 著者: Christian Speck / Zhiqiang Chen / Huilin Li / Bruce Stillman / 要旨: Binding of Cdc6 to the origin recognition complex (ORC) is a key step in the assembly of a pre-replication complex (pre-RC) at origins of DNA replication. ORC recognizes specific origin DNA sequences ...Binding of Cdc6 to the origin recognition complex (ORC) is a key step in the assembly of a pre-replication complex (pre-RC) at origins of DNA replication. ORC recognizes specific origin DNA sequences in an ATP-dependent manner. Here we demonstrate cooperative binding of Saccharomyces cerevisiae Cdc6 to ORC on DNA in an ATP-dependent manner, which induces a change in the pattern of origin binding that requires the Orc1 ATPase. The reaction is blocked by specific origin mutations that do not interfere with the interaction between ORC and DNA. Single-particle reconstruction of electron microscopic images shows that the ORC-Cdc6 complex forms a ring-shaped structure with dimensions similar to those of the ring-shaped MCM helicase. The ORC-Cdc6 structure is predicted to contain six AAA+ subunits, analogous to other ATP-dependent protein machines. We suggest that Cdc6 and origin DNA activate a molecular switch in ORC that contributes to pre-RC assembly. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1156.map.gz | 252.1 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1156-v30.xml emd-1156.xml | 15.9 KB 15.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1156.gif | 30.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1156 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1156 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1156_validation.pdf.gz | 193 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1156_full_validation.pdf.gz | 192.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1156_validation.xml.gz | 5.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1156 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1156 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1156.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 3D maps of the yeast (Saccharomyces cerevisiae) DNA origin recognition complex (ORC) and the ORC in complex with the replication initiator Cdc6. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.54 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Yeast Origin Recognition complex
全体 | 名称: Yeast Origin Recognition complex |
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要素 |
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-超分子 #1000: Yeast Origin Recognition complex
超分子 | 名称: Yeast Origin Recognition complex / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: highly purified, monodisperse preparation / 集合状態: hetero-hexamer / Number unique components: 6 |
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分子量 | 実験値: 420 KDa / 理論値: 420 KDa / 手法: Sedimentation |
-分子 #1: Orc1p
分子 | 名称: Orc1p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: ORC subunit 1 / 詳細: largest subunit, ATPase / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: baker's yeast / 細胞: yeast / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: Nucleus |
分子量 | 実験値: 120 KDa / 理論値: 120 KDa |
組換発現 | 生物種: Hi-5 cell / 組換プラスミド: baculoviruse bvORC1:6 |
配列 | GO: nuclear origin of replication recognition complex / InterPro: AAA+ ATPase domain |
-分子 #2: Orc2p
分子 | 名称: Orc2p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: ORC subunit 2 / 詳細: The second subunit / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: yeast / 別称: baker's yeast / 細胞: yeast / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: Nucleus |
分子量 | 実験値: 73 KDa / 理論値: 73 KDa |
組換発現 | 生物種: Hi-5 cell / 組換プラスミド: baculoviruse bvORC2:5 |
配列 | GO: nuclear origin of replication recognition complex / InterPro: Origin recognition complex, subunit 2 |
-分子 #3: Orc3p
分子 | 名称: Orc3p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: ORC subunit 3 / 詳細: third subunit / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: yeast / 別称: baker's yeast / 細胞: yeast / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: Nucleus |
分子量 | 実験値: 72 KDa / 理論値: 72 KDa |
組換発現 | 生物種: Hi-5 cell / 組換プラスミド: baculoviruse bvORC3:4 |
配列 | GO: nuclear origin of replication recognition complex |
-分子 #4: Orc4p
分子 | 名称: Orc4p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / Name.synonym: ORC subunit 4 / 詳細: forth subunit / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: baker's yeast / 細胞: yeast / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: Nucleus |
分子量 | 実験値: 61 KDa / 理論値: 61 KDa |
組換発現 | 生物種: Hi-5 cell / 組換プラスミド: baculoviruse bvORC3:4 |
配列 | GO: nuclear origin of replication recognition complex |
-分子 #5: Orc5p
分子 | 名称: Orc5p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / Name.synonym: ORC subunit 5 / 詳細: fifth subunit / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: baker's yeast / 細胞: yeast / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: Nucleus |
分子量 | 実験値: 53 KDa / 理論値: 53 KDa |
組換発現 | 生物種: Hi-5 cell / 組換プラスミド: baculoviruse bvORC2:5 |
配列 | GO: nuclear origin of replication recognition complex |
-分子 #6: Orc6p
分子 | 名称: Orc6p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / Name.synonym: ORC subunit 6 / 詳細: smallest subunit / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: yeast / 別称: baker's yeast / 細胞: yeast / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: Nucleus |
分子量 | 実験値: 50 KDa / 理論値: 50 KDa |
組換発現 | 生物種: Hi-5 Cell / 組換プラスミド: baculovirus bvORC1:6 |
配列 | GO: nuclear origin of replication recognition complex |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.02 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 50mM HEPES-KOH, 100mM KCl, 1mM EDTA, 1mM EGTA |
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: Grids with adsorbed protein floated on 2% w/v uranyl acetate for 30 seconds. |
グリッド | 詳細: 300 mesh copper grid |
凍結 | 凍結剤: NONE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 1200EX |
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アライメント法 | Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at |
日付 | 2004年10月1日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 12.7 µm / 実像数: 60 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / Od range: 1.5 / ビット/ピクセル: 14 |
Tilt angle min | 0 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 倍率(補正後): 50000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 5.6 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER / Tilt angle max: 45 |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: each film |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER, EMAN / 使用した粒子像数: 20000 |
最終 2次元分類 | クラス数: 50 |