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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11559 | |||||||||
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タイトル | mechanosensitive channel YnaI in a closed-like conformation | |||||||||
マップデータ | from Relion Post-process, sharpened with B-factor -138, without mask | |||||||||
試料 |
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生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Flegler VJ / Rasmussen A / Rao S / Wu N / Zenobi R / Sansom MSP / Hedrich R / Rasmussen T / Boettcher B | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020 タイトル: The MscS-like channel YnaI has a gating mechanism based on flexible pore helices. 著者: Vanessa Judith Flegler / Akiko Rasmussen / Shanlin Rao / Na Wu / Renato Zenobi / Mark S P Sansom / Rainer Hedrich / Tim Rasmussen / Bettina Böttcher / 要旨: The mechanosensitive channel of small conductance (MscS) is the prototype of an evolutionarily diversified large family that fine-tunes osmoregulation but is likely to fulfill additional functions. ...The mechanosensitive channel of small conductance (MscS) is the prototype of an evolutionarily diversified large family that fine-tunes osmoregulation but is likely to fulfill additional functions. has six osmoprotective paralogs with different numbers of transmembrane helices. These helices are important for gating and sensing in MscS but the role of the additional helices in the paralogs is not understood. The medium-sized channel YnaI was extracted and delivered in native nanodiscs in closed-like and open-like conformations using the copolymer diisobutylene/maleic acid (DIBMA) for structural studies. Here we show by electron cryomicroscopy that YnaI has an extended sensor paddle that during gating relocates relative to the pore concomitant with bending of a GGxGG motif in the pore helices. YnaI is the only one of the six paralogs that has this GGxGG motif allowing the sensor paddle to move outward. Access to the pore is through a vestibule on the cytosolic side that is fenestrated by side portals. In YnaI, these portals are obstructed by aromatic side chains but are still fully hydrated and thus support conductance. For comparison with large-sized channels, we determined the structure of YbiO, which showed larger portals and a wider pore with no GGxGG motif. Further in silico comparison of MscS, YnaI, and YbiO highlighted differences in the hydrophobicity and wettability of their pores and vestibule interiors. Thus, MscS-like channels of different sizes have a common core architecture but show different gating mechanisms and fine-tuned conductive properties. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11559.map.gz | 28.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11559-v30.xml emd-11559.xml | 19.6 KB 19.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_11559_fsc.xml | 10.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_11559.png | 46.6 KB | ||
マスクデータ | emd_11559_msk_1.map | 30.5 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_11559_additional_1.map.gz emd_11559_half_map_1.map.gz emd_11559_half_map_2.map.gz | 28.1 MB 28.2 MB 28.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11559 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11559 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_11559_validation.pdf.gz | 520.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_11559_full_validation.pdf.gz | 519.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_11559_validation.xml.gz | 14.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11559 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11559 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11559.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | from Relion Post-process, sharpened with B-factor -138, without mask | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0635 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_11559_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: rae map: from Relion Refine3D
ファイル | emd_11559_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | rae map: from Relion Refine3D | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_11559_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_11559_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : YnaI in a closed-like conformation
全体 | 名称: YnaI in a closed-like conformation |
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要素 |
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-超分子 #1: YnaI in a closed-like conformation
超分子 | 名称: YnaI in a closed-like conformation / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: YnaI was purified with the detergent DDM and reconstituted into liposomes. After addition of LPC it was extracted using DIBMA co-polymer. |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 実験値: 278 KDa |
-分子 #1: YnaI
分子 | 名称: YnaI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MIAELFTNNA LNLVIIFGSC AALILMSFWF RRGNRKRKGF LFHAVQFLIY TIIISAVGSI INYVIENYKL KFITPGVID FICTSLIAVI LTIKLFLLIN QFEKQQIKKG RDITSARIMS RIIKITIIVV LVLLYGEHFG M SLSGLLTF AGIAGLAVGM AGKDILSNFF ...文字列: MIAELFTNNA LNLVIIFGSC AALILMSFWF RRGNRKRKGF LFHAVQFLIY TIIISAVGSI INYVIENYKL KFITPGVID FICTSLIAVI LTIKLFLLIN QFEKQQIKKG RDITSARIMS RIIKITIIVV LVLLYGEHFG M SLSGLLTF AGIAGLAVGM AGKDILSNFF SGIMLYFDRP FSIGDWIRSP DRNIEGTVAE IGWRITKIKT FD NRPLYVP NSLFSSISVE NPGRMTNRRI TTTIGLRYED AAKVGVIVEA VREMLKNHPA IDQRQTLLVY FNQ FADSSL NIMVYCFTKT TVWAEWLAAQ QDVYLKIIDI VQSHGADFAF PSQTLYMDNI TPPDQGRLEH HHHHH |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.4 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4161 / 平均露光時間: 63.0 sec. / 平均電子線量: 70.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |