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- EMDB-11517: Cryo-EM structure of a late human pre-40S ribosomal subunit - State F1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11517
タイトルCryo-EM structure of a late human pre-40S ribosomal subunit - State F1
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of a late human pre-40S ribosomal subunit - State F1
    • RNA: x 1種
    • タンパク質・ペプチド: x 36種
  • リガンド: x 1種
キーワードRibosome Biogenesis / Pre-40S / RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


methyltransferase complex / phenylalanyl-tRNA aminoacylation / phenylalanine-tRNA ligase activity / positive regulation of rRNA processing / negative regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / oxidized pyrimidine DNA binding / response to TNF agonist / positive regulation of base-excision repair / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / positive regulation of respiratory burst involved in inflammatory response ...methyltransferase complex / phenylalanyl-tRNA aminoacylation / phenylalanine-tRNA ligase activity / positive regulation of rRNA processing / negative regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / oxidized pyrimidine DNA binding / response to TNF agonist / positive regulation of base-excision repair / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / positive regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / positive regulation of gastrulation / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / protein tyrosine kinase inhibitor activity / IRE1-RACK1-PP2A complex / positive regulation of Golgi to plasma membrane protein transport / nucleolus organization / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / TNFR1-mediated ceramide production / negative regulation of RNA splicing / neural crest cell differentiation / supercoiled DNA binding / NF-kappaB complex / negative regulation of DNA repair / cytoplasmic translational initiation / preribosome, small subunit precursor / oxidized purine DNA binding / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / rRNA modification in the nucleus and cytosol / negative regulation of bicellular tight junction assembly / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / regulation of establishment of cell polarity / negative regulation of phagocytosis / erythrocyte homeostasis / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / ion channel inhibitor activity / laminin receptor activity / protein kinase A binding / pigmentation / Ribosomal scanning and start codon recognition / positive regulation of mitochondrial depolarization / Translation initiation complex formation / negative regulation of Wnt signaling pathway / fibroblast growth factor binding / monocyte chemotaxis / BH3 domain binding / Protein hydroxylation / negative regulation of translational frameshifting / regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / TOR signaling / positive regulation of GTPase activity / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / mTORC1-mediated signalling / iron-sulfur cluster binding / regulation of cell division / Peptide chain elongation / cellular response to ethanol / Selenocysteine synthesis / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Formation of a pool of free 40S subunits / negative regulation of protein binding / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / Eukaryotic Translation Termination / ubiquitin ligase inhibitor activity / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Viral mRNA Translation / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / regulation of translational fidelity / positive regulation of microtubule polymerization / phagocytic cup / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / spindle assembly / Protein methylation / translation regulator activity / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rough endoplasmic reticulum / ribosomal small subunit export from nucleus / positive regulation of cell cycle / laminin binding / RNA endonuclease activity / translation initiation factor binding / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / gastrulation / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / Maturation of protein E / Maturation of protein E / visual perception / signaling adaptor activity
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase Rio1 / : / Putative WW-binding domain and destruction box / Putative WW-binding domain and destruction box / Nin one binding (NOB1) Zn-ribbon-like / Ribonuclease Nob1, eukaryote / NOB1 zinc finger-like superfamily / Nin one binding (NOB1) Zn-ribbon like / Ribonuclease, PIN domain / RNA-binding protein NOB1 ...Serine/threonine-protein kinase Rio1 / : / Putative WW-binding domain and destruction box / Putative WW-binding domain and destruction box / Nin one binding (NOB1) Zn-ribbon-like / Ribonuclease Nob1, eukaryote / NOB1 zinc finger-like superfamily / Nin one binding (NOB1) Zn-ribbon like / Ribonuclease, PIN domain / RNA-binding protein NOB1 / PIN domain of ribonuclease / RIO kinase, conserved site / RIO1/ZK632.3/MJ0444 family signature. / Phenylalanine-tRNA ligase, class IIc, beta subunit / B3/B4 tRNA-binding domain / Phenylalanyl-tRNA synthetase-like, B3/B4 / B3/4 domain / RIO kinase / RIO-like kinase / : / RIO domain / Leucine rich repeat 4 / : / Leucine Rich repeats (2 copies) / : / Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I) / Large family of predicted nucleotide-binding domains / PIN domain / Leucine-rich repeats, bacterial type / K Homology domain, type 1 superfamily / 40S ribosomal protein SA / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Ubiquitin-like protein FUBI / Leucine rich repeat / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic / 40S Ribosomal protein S10 / S27a-like superfamily / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / : / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / Leucine-rich repeat profile. / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / : / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein eS10 ...Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein eS10 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein eS4, X isoform / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein eS24 / Small ribosomal subunit protein eS25 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS21 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Leucine-rich repeat-containing protein 47 / Serine/threonine-protein kinase RIO1 / RNA-binding protein PNO1 / RNA-binding protein NOB1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Ameismeier M / Zemp I
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)GRK1721 ドイツ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: Structural basis for the final steps of human 40S ribosome maturation.
著者: Michael Ameismeier / Ivo Zemp / Jasmin van den Heuvel / Matthias Thoms / Otto Berninghausen / Ulrike Kutay / Roland Beckmann /
要旨: Eukaryotic ribosomes consist of a small 40S and a large 60S subunit that are assembled in a highly coordinated manner. More than 200 factors ensure correct modification, processing and folding of ...Eukaryotic ribosomes consist of a small 40S and a large 60S subunit that are assembled in a highly coordinated manner. More than 200 factors ensure correct modification, processing and folding of ribosomal RNA and the timely incorporation of ribosomal proteins. Small subunit maturation ends in the cytosol, when the final rRNA precursor, 18S-E, is cleaved at site 3 by the endonuclease NOB1. Previous structures of human 40S precursors have shown that NOB1 is kept in an inactive state by its partner PNO1. The final maturation events, including the activation of NOB1 for the decisive rRNA-cleavage step and the mechanisms driving the dissociation of the last biogenesis factors have, however, remained unresolved. Here we report five cryo-electron microscopy structures of human 40S subunit precursors, which describe the compositional and conformational progression during the final steps of 40S assembly. Our structures explain the central role of RIOK1 in the displacement and dissociation of PNO1, which in turn allows conformational changes and activation of the endonuclease NOB1. In addition, we observe two factors, eukaryotic translation initiation factor 1A domain-containing protein (EIF1AD) and leucine-rich repeat-containing protein 47 (LRRC47), which bind to late pre-40S particles near RIOK1 and the central rRNA helix 44. Finally, functional data shows that EIF1AD is required for efficient assembly factor recycling and 18S-E processing. Our results thus enable a detailed understanding of the last steps in 40S formation in human cells and, in addition, provide evidence for principal differences in small ribosomal subunit formation between humans and the model organism Saccharomyces cerevisiae.
履歴
登録2020年7月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月2日-
マップ公開2020年12月2日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6zxd
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11517.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11517.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 360 pix.
= 381.24 Å		1.06 Å/pix.
x 360 pix.
= 381.24 Å		1.06 Å/pix.
x 360 pix.
= 381.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.059 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.30430186 - 0.590502
平均 (標準偏差)0.000088492285 (±0.011949398)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 381.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0591.0591.059
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z381.240381.240381.240
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ79740
NX/NY/NZ93103213
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-0.3040.5910.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_11517_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_11517_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_11517_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_11517_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of a late human pre-40S ribosomal subunit - State F1

全体名称: Cryo-EM structure of a late human pre-40S ribosomal subunit - State F1
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of a late human pre-40S ribosomal subunit - State F1
    • RNA: pre-18S ribosomal RNA
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S17
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein SA
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S3a
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S2
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S4, X isoform
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S6
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S7
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S8
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S9
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S11
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S13
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S14
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S21
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S15a
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S23
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S24
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S27
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S30
    • タンパク質・ペプチド: RNA-binding protein PNO1
    • タンパク質・ペプチド: RNA-binding protein NOB1
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S29
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S3
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S5
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S10
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S12
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S15
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S16
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S18
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S19
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S20
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S25
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S28
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
    • タンパク質・ペプチド: Receptor of activated protein C kinase 1
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase RIO1
    • タンパク質・ペプチド: Leucine-rich repeat-containing protein 47
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Cryo-EM structure of a late human pre-40S ribosomal subunit - State F1

超分子名称: Cryo-EM structure of a late human pre-40S ribosomal subunit - State F1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#37 / 詳細: Map filtered at local resolution
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HEK293T

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分子 #1: pre-18S ribosomal RNA

分子名称: pre-18S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 604.10275 KDa
配列文字列: UACCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGCAUAUGC UUGUCUCAAA GAUUAAGCCA UGCAUGUCUA AGUACGCACG GCCGGUACAG UGAAACUGC GAAUGGCUCA UUAAAUCAGU UAUGGUUCCU UUGGUCGCUC GCUCCUCUCC UACUUGGAUA ACUGUGGUAA U UCUAGAGC ...文字列:
UACCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGCAUAUGC UUGUCUCAAA GAUUAAGCCA UGCAUGUCUA AGUACGCACG GCCGGUACAG UGAAACUGC GAAUGGCUCA UUAAAUCAGU UAUGGUUCCU UUGGUCGCUC GCUCCUCUCC UACUUGGAUA ACUGUGGUAA U UCUAGAGC UAAUACAUGC CGACGGGCGC UGACCCCCUU CGCGGGGGGG AUGCGUGCAU UUAUCAGAUC AAAACCAACC CG GUCAGCC CCUCUCCGGC CCCGGCCGGG GGGCGGGCGC CGGCGGCUUU GGUGACUCUA GAUAACCUCG GGCCGAUCGC ACG CCCCCC GUGGCGGCGA CGACCCAUUC GAACGUCUGC CCUAUCAACU UUCGAUGGUA GUCGCCGUGC CUACCAUGGU GACC ACGGG UGACGGGGAA UCAGGGUUCG AUUCCGGAGA GGGAGCCUGA GAAACGGCUA CCACAUCCAA GGAAGGCAGC AGGCG CGCA AAUUACCCAC UCCCGACCCG GGGAGGUAGU GACGAAAAAU AACAAUACAG GACUCUUUCG AGGCCCUGUA AUUGGA AUG AGUCCACUUU AAAUCCUUUA ACGAGGAUCC AUUGGAGGGC AAGUCUGGUG CCAGCAGCCG CGGUAAUUCC AGCUCCA AU AGCGUAUAUU AAAGUUGCUG CAGUUAAAAA GCUCGUAGUU GGAUCUUGGG AGCGGGCGGG CGGUCCGCCG CGAGGCGA G CCACCGCCCG UCCCCGCCCC UUGCCUCUCG GCGCCCCCUC GAUGCUCUUA GCUGAGUGUC CCGCGGGGCC CGAAGCGUU UACUUUGAAA AAAUUAGAGU GUUCAAAGCA GGCCCGAGCC GCCUGGAUAC CGCAGCUAGG AAUAAUGGAA UAGGACCGCG GUUCUAUUU UGUUGGUUUU CGGAACUGAG GCCAUGAUUA AGAGGGACGG CCGGGGGCAU UCGUAUUGCG CCGCUAGAGG U GAAAUUCU UGGACCGGCG CAAGACGGAC CAGAGCGAAA GCAUUUGCCA AGAAUGUUUU CAUUAAUCAA GAACGAAAGU CG GAGGUUC GAAGACGAUC AGAUACCGUC GUAGUUCCGA CCAUAAACGA UGCCGACCGG CGAUGCGGCG GCGUUAUUCC CAU GACCCG CCGGGCAGCU UCCGGGAAAC CAAAGUCUUU GGGUUCCGGG GGGAGUAUGG UUGCAAAGCU GAAACUUAAA GGAA UUGAC GGAAGGGCAC CACCAGGAGU GGAGCCUGCG GCUUAAUUUG ACUCAACACG GGAAACCUCA CCCGGCCCGG ACACG GACA GGAUUGACAG AUUGAUAGCU CUUUCUCGAU UCCGUGGGUG GUGGUGCAUG GCCGUUCUUA GUUGGUGGAG CGAUUU GUC UGGUUAAUUC CGAUAACGAA CGAGACUCUG GCAUGCUAAC UAGUUACGCG ACCCCCGAGC GGUCGGCGUC CCCCAAC UU CUUAGAGGGA CAAGUGGCGU UCAGCCACCC GAGAUUGAGC AAUAACAGGU CUGUGAUGCC CUUAGAUGUC CGGGGCUG C ACGCGCGCUA CACUGACUGG CUCAGCGUGU GCCUACCCUA CGCCGGCAGG CGCGGGUAAC CCGUUGAACC CCAUUCGUG AUGGGGAUCG GGGAUUGCAA UUAUUCCCCA UGAACGAGGA AUUCCCAGUA AGUGCGGGUC AUAAGCUUGC GUUGAUUAAG UCCCUGCCC UUUGUACACA CCGCCCGUCG CUACUACCGA UUGGAUGGUU UAGUGAGGCC CUCGGAUCGG CCCCGCCGGG G UCGGCCCA CGGCCCUGGC GGAGCGCUGA GAAGACGGUC GAACUUGACU AUCUAGAGGA AGUAAAAGUC GUAACAAGGU UU CCGUAGG UGAACCUGCG GAAGGAUCAU UAACGG

GENBANK: GENBANK: AL353644.34

+
分子 #2: 40S ribosomal protein S17

分子名称: 40S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.578156 KDa
配列文字列:
MGRVRTKTVK KAARVIIEKY YTRLGNDFHT NKRVCEEIAI IPSKKLRNKI AGYVTHLMKR IQRGPVRGIS IKLQEEERER RDNYVPEVS ALDQEIIEVD PDTKEMLKLL DFGSLSNLQV TQPTVGMNFK TPRGPV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS17

+
分子 #3: 40S ribosomal protein SA

分子名称: 40S ribosomal protein SA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 32.883938 KDa
配列文字列: MSGALDVLQM KEEDVLKFLA AGTHLGGTNL DFQMEQYIYK RKSDGIYIIN LKRTWEKLLL AARAIVAIEN PADVSVISSR NTGQRAVLK FAAATGATPI AGRFTPGTFT NQIQAAFREP RLLVVTDPRA DHQPLTEASY VNLPTIALCN TDSPLRYVDI A IPCNNKGA ...文字列:
MSGALDVLQM KEEDVLKFLA AGTHLGGTNL DFQMEQYIYK RKSDGIYIIN LKRTWEKLLL AARAIVAIEN PADVSVISSR NTGQRAVLK FAAATGATPI AGRFTPGTFT NQIQAAFREP RLLVVTDPRA DHQPLTEASY VNLPTIALCN TDSPLRYVDI A IPCNNKGA HSVGLMWWML AREVLRMRGT ISREHPWEVM PDLYFYRDPE EIEKEEQAAA EKAVTKEEFQ GEWTAPAPEF TA TQPEVAD WSEGVQVPSV PIQQFPTEDW SAQPATEDWS AAPTAQATEW VGATTDWS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2

+
分子 #4: 40S ribosomal protein S3a

分子名称: 40S ribosomal protein S3a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 30.002061 KDa
配列文字列: MAVGKNKRLT KGGKKGAKKK VVDPFSKKDW YDVKAPAMFN IRNIGKTLVT RTQGTKIASD GLKGRVFEVS LADLQNDEVA FRKFKLITE DVQGKNCLTN FHGMDLTRDK MCSMVKKWQT MIEAHVDVKT TDGYLLRLFC VGFTKKRNNQ IRKTSYAQHQ Q VRQIRKKM ...文字列:
MAVGKNKRLT KGGKKGAKKK VVDPFSKKDW YDVKAPAMFN IRNIGKTLVT RTQGTKIASD GLKGRVFEVS LADLQNDEVA FRKFKLITE DVQGKNCLTN FHGMDLTRDK MCSMVKKWQT MIEAHVDVKT TDGYLLRLFC VGFTKKRNNQ IRKTSYAQHQ Q VRQIRKKM MEIMTREVQT NDLKEVVNKL IPDSIGKDIE KACQSIYPLH DVFVRKVKML KKPKFELGKL MELHGEGSSS GK ATGDETG AKVERADGYE PPVQESV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS1

+
分子 #5: 40S ribosomal protein S2

分子名称: 40S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 31.376516 KDa
配列文字列: MADDAGAAGG PGGPGGPGMG NRGGFRGGFG SGIRGRGRGR GRGRGRGRGA RGGKAEDKEW MPVTKLGRLV KDMKIKSLEE IYLFSLPIK ESEIIDFFLG ASLKDEVLKI MPVQKQTRAG QRTRFKAFVA IGDYNGHVGL GVKCSKEVAT AIRGAIILAK L SIVPVRRG ...文字列:
MADDAGAAGG PGGPGGPGMG NRGGFRGGFG SGIRGRGRGR GRGRGRGRGA RGGKAEDKEW MPVTKLGRLV KDMKIKSLEE IYLFSLPIK ESEIIDFFLG ASLKDEVLKI MPVQKQTRAG QRTRFKAFVA IGDYNGHVGL GVKCSKEVAT AIRGAIILAK L SIVPVRRG YWGNKIGKPH TVPCKVTGRC GSVLVRLIPA PRGTGIVSAP VPKKLLMMAG IDDCYTSARG CTATLGNFAK AT FDAISKT YSYLTPDLWK ETVFTKSPYQ EFTDHLVKTH TRVSVQRTQA PAVATT

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

+
分子 #6: 40S ribosomal protein S4, X isoform

分子名称: 40S ribosomal protein S4, X isoform / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.654869 KDa
配列文字列: MARGPKKHLK RVAAPKHWML DKLTGVFAPR PSTGPHKLRE CLPLIIFLRN RLKYALTGDE VKKICMQRFI KIDGKVRTDI TYPAGFMDV ISIDKTGENF RLIYDTKGRF AVHRITPEEA KYKLCKVRKI FVGTKGIPHL VTHDARTIRY PDPLIKVNDT I QIDLETGK ...文字列:
MARGPKKHLK RVAAPKHWML DKLTGVFAPR PSTGPHKLRE CLPLIIFLRN RLKYALTGDE VKKICMQRFI KIDGKVRTDI TYPAGFMDV ISIDKTGENF RLIYDTKGRF AVHRITPEEA KYKLCKVRKI FVGTKGIPHL VTHDARTIRY PDPLIKVNDT I QIDLETGK ITDFIKFDTG NLCMVTGGAN LGRIGVITNR ERHPGSFDVV HVKDANGNSF ATRLSNIFVI GKGNKPWISL PR GKGIRLT IAEERDKRLA AKQSSG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS4, X isoform

+
分子 #7: 40S ribosomal protein S6

分子名称: 40S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.751906 KDa
配列文字列: MKLNISFPAT GCQKLIEVDD ERKLRTFYEK RMATEVAADA LGEEWKGYVV RISGGNDKQG FPMKQGVLTH GRVRLLLSKG HSCYRPRRT GERKRKSVRG CIVDANLSVL NLVIVKKGEK DIPGLTDTTV PRRLGPKRAS RIRKLFNLSK EDDVRQYVVR K PLNKEGKK ...文字列:
MKLNISFPAT GCQKLIEVDD ERKLRTFYEK RMATEVAADA LGEEWKGYVV RISGGNDKQG FPMKQGVLTH GRVRLLLSKG HSCYRPRRT GERKRKSVRG CIVDANLSVL NLVIVKKGEK DIPGLTDTTV PRRLGPKRAS RIRKLFNLSK EDDVRQYVVR K PLNKEGKK PRTKAPKIQR LVTPRVLQHK RRRIALKKQR TKKNKEEAAE YAKLLAKRMK EAKEKRQEQI AKRRRLSSLR AS TSKSESS QK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS6

+
分子 #8: 40S ribosomal protein S7

分子名称: 40S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.168914 KDa
配列文字列: MFSSSAKIVK PNGEKPDEFE SGISQALLEL EMNSDLKAQL RELNITAAKE IEVGGGRKAI IIFVPVPQLK SFQKIQVRLV RELEKKFSG KHVVFIAQRR ILPKPTRKSR TKNKQKRPRS RTLTAVHDAI LEDLVFPSEI VGKRIRVKLD GSRLIKVHLD K AQQNNVEH ...文字列:
MFSSSAKIVK PNGEKPDEFE SGISQALLEL EMNSDLKAQL RELNITAAKE IEVGGGRKAI IIFVPVPQLK SFQKIQVRLV RELEKKFSG KHVVFIAQRR ILPKPTRKSR TKNKQKRPRS RTLTAVHDAI LEDLVFPSEI VGKRIRVKLD GSRLIKVHLD K AQQNNVEH KVETFSGVYK KLTGKDVNFE FPEFQL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS7

+
分子 #9: 40S ribosomal protein S8

分子名称: 40S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.263387 KDa
配列文字列: MGISRDNWHK RRKTGGKRKP YHKKRKYELG RPAANTKIGP RRIHTVRVRG GNKKYRALRL DVGNFSWGSE CCTRKTRIID VVYNASNNE LVRTKTLVKN CIVLIDSTPY RQWYESHYAL PLGRKKGAKL TPEEEEILNK KRSKKIQKKY DERKKNAKIS S LLEEQFQQ ...文字列:
MGISRDNWHK RRKTGGKRKP YHKKRKYELG RPAANTKIGP RRIHTVRVRG GNKKYRALRL DVGNFSWGSE CCTRKTRIID VVYNASNNE LVRTKTLVKN CIVLIDSTPY RQWYESHYAL PLGRKKGAKL TPEEEEILNK KRSKKIQKKY DERKKNAKIS S LLEEQFQQ GKLLACIASR PGQCGRADGY VLEGKELEFY LRKIKARKGK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS8

+
分子 #10: 40S ribosomal protein S9

分子名称: 40S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.641564 KDa
配列文字列: MPVARSWVCR KTYVTPRRPF EKSRLDQELK LIGEYGLRNK REVWRVKFTL AKIRKAAREL LTLDEKDPRR LFEGNALLRR LVRIGVLDE GKMKLDYILG LKIEDFLERR LQTQVFKLGL AKSIHHARVL IRQRHIRVRK QVVNIPSFIV RLDSQKHIDF S LRSPYGGG ...文字列:
MPVARSWVCR KTYVTPRRPF EKSRLDQELK LIGEYGLRNK REVWRVKFTL AKIRKAAREL LTLDEKDPRR LFEGNALLRR LVRIGVLDE GKMKLDYILG LKIEDFLERR LQTQVFKLGL AKSIHHARVL IRQRHIRVRK QVVNIPSFIV RLDSQKHIDF S LRSPYGGG RPGRVKRKNA KKGQGGAGAG DDEEED

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4

+
分子 #11: 40S ribosomal protein S11

分子名称: 40S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 18.468826 KDa
配列文字列:
MADIQTERAY QKQPTIFQNK KRVLLGETGK EKLPRYYKNI GLGFKTPKEA IEGTYIDKKC PFTGNVSIRG RILSGVVTKM KMQRTIVIR RDYLHYIRKY NRFEKRHKNM SVHLSPCFRD VQIGDIVTVG ECRPLSKTVR FNVLKVTKAA GTKKQFQKF

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17

+
分子 #12: 40S ribosomal protein S13

分子名称: 40S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.259389 KDa
配列文字列:
MGRMHAPGKG LSQSALPYRR SVPTWLKLTS DDVKEQIYKL AKKGLTPSQI GVILRDSHGV AQVRFVTGNK ILRILKSKGL APDLPEDLY HLIKKAVAVR KHLERNRKDK DAKFRLILIE SRIHRLARYY KTKRVLPPNW KYESSTASAL VA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #13: 40S ribosomal protein S14

分子名称: 40S ribosomal protein S14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 16.302772 KDa
配列文字列:
MAPRKGKEKK EEQVISLGPQ VAEGENVFGV CHIFASFNDT FVHVTDLSGK ETICRVTGGM KVKADRDESS PYAAMLAAQD VAQRCKELG ITALHIKLRA TGGNRTKTPG PGAQSALRAL ARSGMKIGRI EDVTPIPSDS TRRKGGRRGR RL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11

+
分子 #14: 40S ribosomal protein S21

分子名称: 40S ribosomal protein S21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.124389 KDa
配列文字列:
MQNDAGEFVD LYVPRKCSAS NRIIGAKDHA SIQMNVAEVD KVTGRFNGQF KTYAICGAIR RMGESDDSIL RLAKADGIVS KNF

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS21

+
分子 #15: 40S ribosomal protein S15a

分子名称: 40S ribosomal protein S15a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.865555 KDa
配列文字列:
MVRMNVLADA LKSINNAEKR GKRQVLIRPC SKVIVRFLTV MMKHGYIGEF EIIDDHRAGK IVVNLTGRLN KCGVISPRFD VQLKDLEKW QNNLLPSRQF GFIVLTTSAG IMDHEEARRK HTGGKILGFF F

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8

+
分子 #16: 40S ribosomal protein S23

分子名称: 40S ribosomal protein S23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.844666 KDa
配列文字列:
MGKCRGLRTA RKLRSHRRDQ KWHDKQYKKA HLGTALKANP FGGASHAKGI VLEKVGVEAK QPNSAIRKCV RVQLIKNGKK ITAFVPNDG CLNFIEENDE VLVAGFGRKG HAVGDIPGVR FKVVKVANVS LLALYKGKKE RPRS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12

+
分子 #17: 40S ribosomal protein S24

分子名称: 40S ribosomal protein S24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.463333 KDa
配列文字列:
MNDTVTIRTR KFMTNRLLQR KQMVIDVLHP GKATVPKTEI REKLAKMYKT TPDVIFVFGF RTHFGGGKTT GFGMIYDSLD YAKKNEPKH RLARHGLYEK KKTSRKQRKE RKNRMKKVRG TAKANVGAGK KPKE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS24

+
分子 #18: 40S ribosomal protein S27

分子名称: 40S ribosomal protein S27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.480186 KDa
配列文字列:
MPLAKDLLHP SPEEEKRKHK KKRLVQSPNS YFMDVKCPGC YKITTVFSHA QTVVLCVGCS TVLCQPTGGK ARLTEGCSFR RKQH

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS27

+
分子 #19: 40S ribosomal protein S30

分子名称: 40S ribosomal protein S30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 6.668938 KDa
配列文字列:
KVHGSLARAG KVRGQTPKVA KQEKKKKKTG RAKRRMQYNR RFVNVVPTFG KKKGPNANS

UniProtKB: Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein

+
分子 #20: RNA-binding protein PNO1

分子名称: RNA-binding protein PNO1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.970355 KDa
配列文字列: MESEMETQSA RAEEGFTQVT RKGGRRAKKR QAEQLSAAGE GGDAGRMDTE EARPAKRPVF PPLCGDGLLS GKEETRKIPV PANRYTPLK ENWMKIFTPI VEHLGLQIRF NLKSRNVEIR TCKETKDVSA LTKAADFVKA FILGFQVEDA LALIRLDDLF L ESFEITDV ...文字列:
MESEMETQSA RAEEGFTQVT RKGGRRAKKR QAEQLSAAGE GGDAGRMDTE EARPAKRPVF PPLCGDGLLS GKEETRKIPV PANRYTPLK ENWMKIFTPI VEHLGLQIRF NLKSRNVEIR TCKETKDVSA LTKAADFVKA FILGFQVEDA LALIRLDDLF L ESFEITDV KPLKGDHLSR AIGRIAGKGG KTKFTIENVT RTRIVLADVK VHILGSFQNI KMARTAICNL ILGNPPSKVY GN IRAVASR SADRF

UniProtKB: RNA-binding protein PNO1

+
分子 #21: RNA-binding protein NOB1

分子名称: RNA-binding protein NOB1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 46.743914 KDa
配列文字列: MAPVEHVVAD AGAFLRHAAL QDIGKNIYTI REVVTEIRDK ATRRRLAVLP YELRFKEPLP EYVRLVTEFS KKTGDYPSLS ATDIQVLAL TYQLEAEFVG VSHLKQEPQK VKVSSSIQHP ETPLHISGFH LPYKPKPPQE TEKGHSACEP ENLEFSSFMF W RNPLPNID ...文字列:
MAPVEHVVAD AGAFLRHAAL QDIGKNIYTI REVVTEIRDK ATRRRLAVLP YELRFKEPLP EYVRLVTEFS KKTGDYPSLS ATDIQVLAL TYQLEAEFVG VSHLKQEPQK VKVSSSIQHP ETPLHISGFH LPYKPKPPQE TEKGHSACEP ENLEFSSFMF W RNPLPNID HELQELLIDR GEDVPSEEEE EEENGFEDRK DDSDDDGGGW ITPSNIKQIQ QELEQCDVPE DVRVGCLTTD FA MQNVLLQ MGLHVLAVNG MLIREARSYI LRCHGCFKTT SDMSRVFCSH CGNKTLKKVS VTVSDDGTLH MHFSRNPKVL NPR GLRYSL PTPKGGKYAI NPHLTEDQRF PQLRLSQKAR QKTNVFAPDY IAGVSPFVEN DISSRSATLQ VRDSTLGAGR RRLN PNASR KKFVKKR

UniProtKB: RNA-binding protein NOB1

+
分子 #22: 40S ribosomal protein S29

分子名称: 40S ribosomal protein S29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 6.690821 KDa
配列文字列:
MGHQQLYWSH PRKFGQGSRS CRVCSNRHGL IRKYGLNMCR QCFRQYAKDI GFIKLD

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14

+
分子 #23: 40S ribosomal protein S3

分子名称: 40S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.729369 KDa
配列文字列: MAVQISKKRK FVADGIFKAE LNEFLTRELA EDGYSGVEVR VTPTRTEIII LATRTQNVLG EKGRRIRELT AVVQKRFGFP EGSVELYAE KVATRGLCAI AQAESLRYKL LGGLAVRRAC YGVLRFIMES GAKGCEVVVS GKLRGQRAKS MKFVDGLMIH S GDPVNYYV ...文字列:
MAVQISKKRK FVADGIFKAE LNEFLTRELA EDGYSGVEVR VTPTRTEIII LATRTQNVLG EKGRRIRELT AVVQKRFGFP EGSVELYAE KVATRGLCAI AQAESLRYKL LGGLAVRRAC YGVLRFIMES GAKGCEVVVS GKLRGQRAKS MKFVDGLMIH S GDPVNYYV DTAVRHVLLR QGVLGIKVKI MLPWDPTGKI GPKKPLPDHV SIVEPKDEIL PTTPISEQKG GKPEPPAMPQ PV PTA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3

+
分子 #24: 40S ribosomal protein S5

分子名称: 40S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.913453 KDa
配列文字列: MTEWETAAPA VAETPDIKLF GKWSTDDVQI NDISLQDYIA VKEKYAKYLP HSAGRYAAKR FRKAQCPIVE RLTNSMMMHG RNNGKKLMT VRIVKHAFEI IHLLTGENPL QVLVNAIINS GPREDSTRIG RAGTVRRQAV DVSPLRRVNQ AIWLLCTGAR E AAFRNIKT ...文字列:
MTEWETAAPA VAETPDIKLF GKWSTDDVQI NDISLQDYIA VKEKYAKYLP HSAGRYAAKR FRKAQCPIVE RLTNSMMMHG RNNGKKLMT VRIVKHAFEI IHLLTGENPL QVLVNAIINS GPREDSTRIG RAGTVRRQAV DVSPLRRVNQ AIWLLCTGAR E AAFRNIKT IAECLADELI NAAKGSSNSY AIKKKDELER VAKSNR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7

+
分子 #25: 40S ribosomal protein S10

分子名称: 40S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 18.933846 KDa
配列文字列:
MLMPKKNRIA IYELLFKEGV MVAKKDVHMP KHPELADKNV PNLHVMKAMQ SLKSRGYVKE QFAWRHFYWY LTNEGIQYLR DYLHLPPEI VPATLRRSRP ETGRPRPKGL EGERPARLTR GEADRDTYRR SAVPPGADKK AEAGAGSATE FQFRGGFGRG R GQPPQ

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS10

+
分子 #26: 40S ribosomal protein S12

分子名称: 40S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.538987 KDa
配列文字列:
MAEEGIAAGG VMDVNTALQE VLKTALIHDG LARGIREAAK ALDKRQAHLC VLASNCDEPM YVKLVEALCA EHQINLIKVD DNKKLGEWV GLCKIDREGK PRKVVGCSCV VVKDYGKESQ AKDVIEEYFK CKK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS12

+
分子 #27: 40S ribosomal protein S15

分子名称: 40S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.076207 KDa
配列文字列:
MAEVEQKKKR TFRKFTYRGV DLDQLLDMSY EQLMQLYSAR QRRRLNRGLR RKQHSLLKRL RKAKKEAPPM EKPEVVKTHL RDMIILPEM VGSMVGVYNG KTFNQVEIKP EMIGHYLGEF SITYKPVKHG RPGIGATHSS RFIPLK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS19

+
分子 #28: 40S ribosomal protein S16

分子名称: 40S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 16.477377 KDa
配列文字列:
MPSKGPLQSV QVFGRKKTAT AVAHCKRGNG LIKVNGRPLE MIEPRTLQYK LLEPVLLLGK ERFAGVDIRV RVKGGGHVAQ IYAIRQSIS KALVAYYQKY VDEASKKEIK DILIQYDRTL LVADPRRCES KKFGGPGARA RYQKSYR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9

+
分子 #29: 40S ribosomal protein S18

分子名称: 40S ribosomal protein S18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.759777 KDa
配列文字列:
MSLVIPEKFQ HILRVLNTNI DGRRKIAFAI TAIKGVGRRY AHVVLRKADI DLTKRAGELT EDEVERVITI MQNPRQYKIP DWFLNRQKD VKDGKYSQVL ANGLDNKLRE DLERLKKIRA HRGLRHFWGL RVRGQHTKTT GRRGRTVGVS KKK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS13

+
分子 #30: 40S ribosomal protein S19

分子名称: 40S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 16.091562 KDa
配列文字列:
MPGVTVKDVN QQEFVRALAA FLKKSGKLKV PEWVDTVKLA KHKELAPYDE NWFYTRAAST ARHLYLRGGA GVGSMTKIYG GRQRNGVMP SHFSRGSKSV ARRVLQALEG LKMVEKDQDG GRKLTPQGQR DLDRIAGQVA AANKKH

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS19

+
分子 #31: 40S ribosomal protein S20

分子名称: 40S ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.398763 KDa
配列文字列:
MAFKDTGKTP VEPEVAIHRI RITLTSRNVK SLEKVCADLI RGAKEKNLKV KGPVRMPTKT LRITTRKTPC GEGSKTWDRF QMRIHKRLI DLHSPSEIVK QITSISIEPG VEVEVTIADA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10

+
分子 #32: 40S ribosomal protein S25

分子名称: 40S ribosomal protein S25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.776224 KDa
配列文字列:
MPPKDDKKKK DAGKSAKKDK DPVNKSGGKA KKKKWSKGKV RDKLNNLVLF DKATYDKLCK EVPNYKLITP AVVSERLKIR GSLARAALQ ELLSKGLIKL VSKHRAQVIY TRNTKGGDAP AAGEDA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS25

+
分子 #33: 40S ribosomal protein S28

分子名称: 40S ribosomal protein S28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.855052 KDa
配列文字列:
MDTSRVQPIK LARVTKVLGR TGSQGQCTQV RVEFMDDTSR SIIRNVKGPV REGDVLTLLE SEREARRLR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS28

+
分子 #34: Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a

分子名称: Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 18.004041 KDa
配列文字列:
MQIFVKTLTG KTITLEVEPS DTIENVKAKI QDKEGIPPDQ QRLIFAGKQL EDGRTLSDYN IQKESTLHLV LRLRGGAKKR KKKSYTTPK KNKHKRKKVK LAVLKYYKVD ENGKISRLRR ECPSDECGAG VFMASHFDRH YCGKCCLTYC FNKPEDK

UniProtKB: Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein

+
分子 #35: Receptor of activated protein C kinase 1

分子名称: Receptor of activated protein C kinase 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 35.115652 KDa
配列文字列: MTEQMTLRGT LKGHNGWVTQ IATTPQFPDM ILSASRDKTI IMWKLTRDET NYGIPQRALR GHSHFVSDVV ISSDGQFALS GSWDGTLRL WDLTTGTTTR RFVGHTKDVL SVAFSSDNRQ IVSGSRDKTI KLWNTLGVCK YTVQDESHSE WVSCVRFSPN S SNPIIVSC ...文字列:
MTEQMTLRGT LKGHNGWVTQ IATTPQFPDM ILSASRDKTI IMWKLTRDET NYGIPQRALR GHSHFVSDVV ISSDGQFALS GSWDGTLRL WDLTTGTTTR RFVGHTKDVL SVAFSSDNRQ IVSGSRDKTI KLWNTLGVCK YTVQDESHSE WVSCVRFSPN S SNPIIVSC GWDKLVKVWN LANCKLKTNH IGHTGYLNTV TVSPDGSLCA SGGKDGQAML WDLNEGKHLY TLDGGDIINA LC FSPNRYW LCAATGPSIK IWDLEGKIIV DELKQEVIST SSKAEPPQCT SLAWSADGQT LFAGYTDNLV RVWQVTIGTR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein RACK1

+
分子 #36: Serine/threonine-protein kinase RIO1

分子名称: Serine/threonine-protein kinase RIO1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 65.692094 KDa
配列文字列: MDYRRLLMSR VVPGQFDDAD SSDSENRDLK TVKEKDDILF EDLQDNVNEN GEGEIEDEEE EGYDDDDDDW DWDEGVGKLA KGYVWNGGS NPQANRQTSD SSSAKMSTPA DKVLRKFENK INLDKLNVTD SVINKVTEKS RQKEADMYRI KDKADRATVE Q VLDPRTRM ...文字列:
MDYRRLLMSR VVPGQFDDAD SSDSENRDLK TVKEKDDILF EDLQDNVNEN GEGEIEDEEE EGYDDDDDDW DWDEGVGKLA KGYVWNGGS NPQANRQTSD SSSAKMSTPA DKVLRKFENK INLDKLNVTD SVINKVTEKS RQKEADMYRI KDKADRATVE Q VLDPRTRM ILFKMLTRGI ITEINGCIST GKEANVYHAS TANGESRAIK IYKTSILVFK DRDKYVSGEF RFRHGYCKGN PR KMVKTWA EKEMRNLIRL NTAEIPCPEP IMLRSHVLVM SFIGKDDMPA PLLKNVQLSE SKARELYLQV IQYMRRMYQD ARL VHADLS EFNMLYHGGG VYIIDVSQSV EHDHPHALEF LRKDCANVND FFMRHSVAVM TVRELFEFVT DPSITHENMD AYLS KAMEI ASQRTKEERS SQDHVDEEVF KRAYIPRTLN EVKNYERDMD IIMKLKEEDM AMNAQQDNIL YQTVTGLKKD LSGVQ KVPA LLENQVEERT CSDSEDIGSS ECSDTDSEEQ GDHARPKKHT TDPDIDKKER KKMVKEAQRE KRKNKIPKHV KKRKEK TAK TKKGK

UniProtKB: Serine/threonine-protein kinase RIO1

+
分子 #37: Leucine-rich repeat-containing protein 47

分子名称: Leucine-rich repeat-containing protein 47 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 63.563941 KDa
配列文字列: MAAAAVSESW PELELAERER RRELLLTGPG LEERVRAAGG QLPPRLFTLP LLHYLEVSGC GSLRAPGPGL AQGLPQLHSL VLRRNALGP GLSPELGPLP ALRVLDLSGN ALEALPPGQG LGPAEPPGLP QLQSLNLSGN RLRELPADLA RCAPRLQSLN L TGNCLDSF ...文字列:
MAAAAVSESW PELELAERER RRELLLTGPG LEERVRAAGG QLPPRLFTLP LLHYLEVSGC GSLRAPGPGL AQGLPQLHSL VLRRNALGP GLSPELGPLP ALRVLDLSGN ALEALPPGQG LGPAEPPGLP QLQSLNLSGN RLRELPADLA RCAPRLQSLN L TGNCLDSF PAELFRPGAL PLLSELAAAD NCLRELSPDI AHLASLKTLD LSNNQLSEIP AELADCPKLK EINFRGNKLR DK RLEKMVS GCQTRSILEY LRVGGRGGGK GKGRAEGSEK EESRRKRRER KQRREGGDGE EQDVGDAGRL LLRVLHVSEN PVP LTVRVS PEVRDVRPYI VGAVVRGMDL QPGNALKRFL TSQTKLHEDL CEKRTAATLA THELRAVKGP LLYCARPPQD LKIV PLGRK EAKAKELVRQ LQLEAEEQRK QKKRQSVSGL HRYLHLLDGN ENYPCLVDAD GDVISFPPIT NSEKTKVKKT TSDLF LEVT SATSLQICKD VMDALILKMA EMKKYTLENK EEGSLSDTEA DAVSGQLPDP TTNPSAGKDG PSLLVVEQVR VVDLEG SLK VVYPSKADLA TAPPHVTVVR

UniProtKB: Leucine-rich repeat-containing protein 47

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分子 #38: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 48.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデル#0 - モデルのタイプ: PDB ENTRY
#0 - PDBモデル - PDB ID:

6g18


#1 - モデルのタイプ: PDB ENTRY
#1 - PDBモデル - PDB ID:

6g5h

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 16876
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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