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万見
- EMDB-1124: Membrane proteins modulate the bilayer curvature in the bacterial... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1124
タイトルMembrane proteins modulate the bilayer curvature in the bacterial virus Bam35.
マップデータBam35 empty virion
試料
  • 試料: Bam35c empty virion
  • ウイルス: Bam35
生物種Bam35
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 18.0 Å
データ登録者Laurinmaki PA / Huiskonen JT / Bamford DH / Butcher SJ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2005
タイトル: Membrane proteins modulate the bilayer curvature in the bacterial virus Bam35.
著者: Pasi Antero Laurinmäki / Juha Tapio Huiskonen / Dennis Henry Bamford / Sarah Jane Butcher /
要旨: Biological membranes control the flow of molecules into and out of cells, and they transmit information about the milieu. Structural studies of membrane-containing viruses provide one way to study ...Biological membranes control the flow of molecules into and out of cells, and they transmit information about the milieu. Structural studies of membrane-containing viruses provide one way to study these membranes in situ. Cryo-electron microscopy and image reconstruction of bacteriophage Bam35 to 7.3 A resolution revealed a membrane bilayer constrained within an icosahedrally symmetric pseudo T = 25 capsid. A total of 60 large transmembrane protein complexes affect the curvature and thickness of the membrane. Here, we describe these membrane parameters quantitatively. Furthermore, we show that Bam35 differs from bacteriophage PRD1 in these parameters, even though the two viruses share the same principles of capsid architecture. Most notably, each virus possesses a tape measure protein suggesting a general mechanism for capsid size determination in icosahedral viruses.
履歴
登録2005年4月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2005年4月27日-
マップ公開2005年12月21日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1300
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1300
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1124.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1124.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 63.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈Bam35 empty virion
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.84 Å/pix.
x 325 pix.
= 923. Å		2.84 Å/pix.
x 325 pix.
= 923. Å		2.84 Å/pix.
x 325 pix.
= 923. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.84 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 1380.0 / ムービー #1: 1300
最小 - 最大-3595.0 - 6170.0
平均 (標準偏差)0.272464 (±679.730000000000018)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ325325325
Spacing325325325
セルA=B=C: 923 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z2.842.842.84
M x/y/z325325325
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z923.000923.000923.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-220-220-220
NX/NY/NZ441441441
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS325325325
D min/max/mean-3595.0006170.0000.272

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bam35c empty virion

全体名称: Bam35c empty virion
要素
  • 試料: Bam35c empty virion
  • ウイルス: Bam35

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超分子 #1000: Bam35c empty virion

超分子名称: Bam35c empty virion / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Bam35

超分子名称: Bam35 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Bam35c / 生物種: Bam35 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes / Syn species name: Bam35c
宿主生物種: Bacillus thuringiensis (バクテリア) / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Outer layer / 直径: 650 Å / T番号(三角分割数): 25

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.2 / 詳細: 10mM KPO4
グリッド詳細: 400 mesh copper grid, Quantifoil R2/2 holey
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 90 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: EMBL design
手法: A small vial of ethane is placed inside a larger liquid nitrogen reservoir. The grid holding 3 microliters of the sample is held in place at the bottom of a plunger by the means of fine ...手法: A small vial of ethane is placed inside a larger liquid nitrogen reservoir. The grid holding 3 microliters of the sample is held in place at the bottom of a plunger by the means of fine tweezers. When the liquid ethane is ready, a piece of filter paper is then pressed against the sample to blot off excess buffer, sufficient to leave a thin layer on the grid. The filter is removed, and the plunger is allowed to drop into the liquid ethane. Once the grid enters the liquid ethane, the sample is rapidly frozen, and the grid is transferred under liquid nitrogen to a storage box immersed in liquid nitrogen for later use in the microscope.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度最低: 90 K / 最高: 94 K / 平均: 93 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 50,000
詳細Low Dose Conditions
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7.0 µm / 実像数: 32 / ビット/ピクセル: 12
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 49300 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particles selected using program ETHAN and windowed manually in EMAN. Only particles without DNA were selected.
CTF補正詳細: Each particle, wiener factor 0.1
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EM3DR2, P3DR / 使用した粒子像数: 379

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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