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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11083 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the Acinetobacter baumannii MlaBDEF complex | |||||||||
![]() | map of the Acinetobacter baumannii MlaBDEF complex to 4.2 A | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() phospholipid transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / phospholipid binding / extracellular region / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.24 Å | |||||||||
![]() | Mann D / Bergeron JRC | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure and lipid dynamics in the maintenance of lipid asymmetry inner membrane complex of A. baumannii. 著者: Daniel Mann / Junping Fan / Kamolrat Somboon / Daniel P Farrell / Andrew Muenks / Svetomir B Tzokov / Frank DiMaio / Syma Khalid / Samuel I Miller / Julien R C Bergeron / ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: Multi-resistant bacteria are a major threat in modern medicine. The gram-negative coccobacillus Acinetobacter baumannii currently leads the WHO list of pathogens in critical need for new therapeutic ...Multi-resistant bacteria are a major threat in modern medicine. The gram-negative coccobacillus Acinetobacter baumannii currently leads the WHO list of pathogens in critical need for new therapeutic development. The maintenance of lipid asymmetry (MLA) protein complex is one of the core machineries that transport lipids from/to the outer membrane in gram-negative bacteria. It also contributes to broad-range antibiotic resistance in several pathogens, most prominently in A. baumannii. Nonetheless, the molecular details of its role in lipid transport has remained largely elusive. Here, we report the cryo-EM maps of the core MLA complex, MlaBDEF, from the pathogen A. baumannii, in the apo-, ATP- and ADP-bound states, revealing multiple lipid binding sites in the cytosolic and periplasmic side of the complex. Molecular dynamics simulations suggest their potential trajectory across the membrane. Collectively with the recently-reported structures of the E. coli orthologue, this data also allows us to propose a molecular mechanism of lipid transport by the MLA system. #1: ![]() タイトル: Structure and lipid dynamics in the A. baumannii maintenance of lipid asymmetry (MLA) inner membrane complex 著者: Mann D / Fan J / Farrell DP / Somboon K / Muenks A / Tzokov SB / Khalid S / Dimaio F / Miller SI / Bergeron JRC | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 59.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 9.1 KB 9.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 113.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 230.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 229.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | map of the Acinetobacter baumannii MlaBDEF complex to 4.2 A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.82 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : MlaBDEF
全体 | 名称: MlaBDEF |
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要素 |
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-超分子 #1: MlaBDEF
超分子 | 名称: MlaBDEF / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.24 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 28699 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |