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万見
- EMDB-1094: Electron microscopic analysis of KvAP voltage-dependent K+ channe... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1094
タイトルElectron microscopic analysis of KvAP voltage-dependent K+ channels in an open conformation.
マップデータA map of the KvAP/33H1Fab complex at 10.5 angstrom resolution. A threshold at 1.0 gives 340 kDa.
試料
  • 試料: KvAP complexed with 33H1 Fab fragments
  • タンパク質・ペプチド: KvAP potassium channel
  • タンパク質・ペプチド: 33H1 Fab fragments
生物種Aeropyrum pernix (古細菌) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 10.5 Å
データ登録者Jiang QX / Wang DN / MacKinnon R
引用ジャーナル: Nature / 年: 2004
タイトル: Electron microscopic analysis of KvAP voltage-dependent K+ channels in an open conformation.
著者: Qiu-Xing Jiang / Da-Neng Wang / Roderick MacKinnon /
要旨: Voltage-dependent ion channels serve as field-effect transistors by opening a gate in response to membrane voltage changes. The gate's response to voltage is mediated by voltage sensors, which are ...Voltage-dependent ion channels serve as field-effect transistors by opening a gate in response to membrane voltage changes. The gate's response to voltage is mediated by voltage sensors, which are arginine-containing structures that must move with respect to the membrane electric field. We have analysed by electron microscopy a voltage-dependent K(+) channel from Aeropyrum pernix (KvAP). Fab fragments were attached to 'voltage sensor paddles' and identified in the electron microscopy map at 10.5 A resolution. The extracellular surface location of the Fab fragments in the map is consistent with the membrane-depolarized, open conformation of the channel in electrophysiological experiments. Comparison of the map with a crystal structure demonstrates that the voltage sensor paddles are 'up' (that is, near the channel's extracellular surface) and situated at the protein-lipid interface. This finding supports the hypothesis that in response to changes in voltage the sensors move at the protein-lipid interface rather than in a gating pore surrounded by protein.
履歴
登録2004年5月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2004年8月24日-
マップ公開2004年9月24日-
更新2012年10月17日-
現状2012年10月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.45
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.45
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1094.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1094.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 825.2 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈A map of the KvAP/33H1Fab complex at 10.5 angstrom resolution. A threshold at 1.0 gives 340 kDa.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.8 Å/pix.
x 60 pix.
= 168. Å		2.8 Å/pix.
x 60 pix.
= 168. Å		2.8 Å/pix.
x 60 pix.
= 168. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 2.12 / ムービー #1: 1.45
最小 - 最大-10.7372 - 8.15827
平均 (標準偏差)0.0763837 (±1.00394)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-30-30-30
サイズ606060
Spacing606060
セルA=B=C: 168 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.82.82.8
M x/y/z606060
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z168.000168.000168.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-96-56-288
NX/NY/NZ192112576
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-30-30-30
NC/NR/NS606060
D min/max/mean-10.7378.1580.076

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : KvAP complexed with 33H1 Fab fragments

全体名称: KvAP complexed with 33H1 Fab fragments
要素
  • 試料: KvAP complexed with 33H1 Fab fragments
  • タンパク質・ペプチド: KvAP potassium channel
  • タンパク質・ペプチド: 33H1 Fab fragments

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超分子 #1000: KvAP complexed with 33H1 Fab fragments

超分子名称: KvAP complexed with 33H1 Fab fragments / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: none / 集合状態: one / Number unique components: 2
分子量実験値: 340 KDa / 理論値: 300 KDa
手法: the sequence and the estimate of detergent micelle size

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分子 #1: KvAP potassium channel

分子名称: KvAP potassium channel / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: KvAP / 詳細: one channel / コピー数: 1 / 集合状態: tetramer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Aeropyrum pernix (古細菌) / 別称: A. pernix / 細胞中の位置: plasma membrane
分子量実験値: 120 KDa / 理論値: 120 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pQE60

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分子 #2: 33H1 Fab fragments

分子名称: 33H1 Fab fragments / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: 33H1Fab / 詳細: four Fab fragments / コピー数: 4 / 集合状態: monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: House Mouse
分子量実験値: 180 KDa / 理論値: 180 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
詳細: 40 mM KCl, 60 mM NaCl, 20 mM Tris-HCl pH 7.4, 5.0 mM DM
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: mix with equal volume of 65% ammonium molybdate
グリッド詳細: 400 mesh grids with holey carbon film
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 60 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: home-made / 手法: 8

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200T
温度平均: 100 K
アライメント法Legacy - 非点収差: corrected at 200000
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 37 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / Od range: 1.2 / ビット/ピクセル: 8
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Oxford / 試料ホルダーモデル: OTHER

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画像解析

詳細the holes in the carbon film were covered with a thin-layer of carbon film.
CTF補正詳細: each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMAGIC SPIDER / 使用した粒子像数: 21379
最終 2次元分類クラス数: 496

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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