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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ux0 | ||||||
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Title | Isavuconazole bound complex of Acanthamoeba castellanii CYP51 | ||||||
![]() | Obtusifoliol 14alphademethylase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / cyp51 / ergosterol biosynthesis / Acanthamoeba / 14- alpha-demethylase / Isavuconazole | ||||||
Function / homology | ![]() steroid 7-alpha-hydroxylase activity / oxysterol 7-alpha-hydroxylase activity / bile acid biosynthetic process / methyltransferase activity / cholesterol homeostasis / methylation / iron ion binding / heme binding / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sharma, V. / Podust, L.M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Domain-Swap Dimerization of Acanthamoeba castellanii CYP51 and a Unique Mechanism of Inactivation by Isavuconazole. Authors: Sharma, V. / Shing, B. / Hernandez-Alvarez, L. / Debnath, A. / Podust, L.M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 410.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 5.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 28.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6q2cSC ![]() 6uw2C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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5 | ![]()
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6 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 52447.324 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: ACA1_372720 / Plasmid: pCW-LIC / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-HEM / #3: Chemical | ChemComp-QKM / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.92 Å3/Da / Density % sol: 57.84 % Description: single pyramid shaped red crystals of 0.05-0.1 mm size. |
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Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.6 / Details: 0.1 M tri-sodium citrate, pH 5.6; 12% w/v PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K / Ambient temp details: Liquid Nitrogen flow / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 22, 2019 / Details: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1159 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.93→107.35 Å / Num. obs: 74605 / % possible obs: 97.9 % / Redundancy: 3.397 % / Biso Wilson estimate: 83.087 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.193 / Rrim(I) all: 0.229 / Χ2: 0.942 / Net I/σ(I): 5.33 / Num. measured all: 253407 / Scaling rejects: 118 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6Q2C Resolution: 2.93→107.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 36.102 / SU ML: 0.595 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.509 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 212.62 Å2 / Biso mean: 98.861 Å2 / Biso min: 37.02 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.93→107.35 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.93→3.006 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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