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- PDB-6ux0: Isavuconazole bound complex of Acanthamoeba castellanii CYP51 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ux0
タイトルIsavuconazole bound complex of Acanthamoeba castellanii CYP51
要素Obtusifoliol 14alphademethylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / cyp51 / ergosterol biosynthesis / Acanthamoeba / 14- alpha-demethylase / Isavuconazole
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / methyltransferase activity / monooxygenase activity / methylation / iron ion binding / heme binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Cytochrome P450, E-class, group IV / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-QKM / Obtusifoliol 14alphademethylase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Acanthamoeba castellanii str. Neff (カステラーニアメーバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.93 Å
データ登録者Sharma, V. / Podust, L.M.
引用ジャーナル: Mol.Pharmacol. / 年: 2020
タイトル: Domain-Swap Dimerization of Acanthamoeba castellanii CYP51 and a Unique Mechanism of Inactivation by Isavuconazole.
著者: Sharma, V. / Shing, B. / Hernandez-Alvarez, L. / Debnath, A. / Podust, L.M.
履歴
登録2019年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年7月6日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Obtusifoliol 14alphademethylase
B: Obtusifoliol 14alphademethylase
C: Obtusifoliol 14alphademethylase
D: Obtusifoliol 14alphademethylase
E: Obtusifoliol 14alphademethylase
F: Obtusifoliol 14alphademethylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)321,11920
ポリマ－314,6846
非ポリマー6,43514
水181
1
A: Obtusifoliol 14alphademethylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5013
ポリマ－52,4471
非ポリマー1,0542
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Obtusifoliol 14alphademethylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5574
ポリマ－52,4471
非ポリマー1,1103
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Obtusifoliol 14alphademethylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5013
ポリマ－52,4471
非ポリマー1,0542
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Obtusifoliol 14alphademethylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5013
ポリマ－52,4471
非ポリマー1,0542
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Obtusifoliol 14alphademethylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5013
ポリマ－52,4471
非ポリマー1,0542
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Obtusifoliol 14alphademethylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5574
ポリマ－52,4471
非ポリマー1,1103
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)99.450, 99.060, 108.710
Angle α, β, γ (deg.)92.610, 96.200, 120.090
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Obtusifoliol 14alphademethylase


分子量: 52447.324 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acanthamoeba castellanii str. Neff (カステラーニアメーバ)
遺伝子: ACA1_372720 / プラスミド: pCW-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS 174 / 参照: UniProt: L8GJB3
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-QKM / 4-{2-[(2R,3R)-3-(2,5-difluorophenyl)-3-hydroxy-4-(1H-1,2,4-triazol-1-yl)butan-2-yl]-1,3-thiazol-4-yl}benzonitrile / Isavuconazole / イサブコナゾ-ル


分子量: 437.465 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H17F2N5OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 抗真菌剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.84 %
解説: single pyramid shaped red crystals of 0.05-0.1 mm size.
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 0.1 M tri-sodium citrate, pH 5.6; 12% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Ambient temp details: Liquid Nitrogen flow / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月22日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.93→107.35 Å / Num. obs: 74605 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.397 % / Biso Wilson estimate: 83.087 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.193 / Rrim(I) all: 0.229 / Χ2: 0.942 / Net I/σ(I): 5.33 / Num. measured all: 253407 / Scaling rejects: 118
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.93-3.013.4493.4270.319161567355560.134.06197.9
3.01-3.093.4222.4420.4318408548053800.1952.89698.2
3.09-3.183.2171.9040.5416653529751760.2592.29497.7
3.18-3.283.311.4270.7516771517350670.411.70898
3.28-3.383.5651.0261.1217659506049540.6071.20897.9
3.38-3.53.5110.8621.3716882489848090.671.01798.2
3.5-3.633.4880.6341.8815864464845480.8180.74997.8
3.63-3.783.4180.4452.7115065452144070.8770.52997.5
3.78-3.953.3340.3093.6814041435242120.9370.36996.8
3.95-4.143.1210.2314.7612470413839960.9460.28196.6
4.14-4.373.2820.1886.0912677394038620.9660.22598
4.37-4.633.5660.1388.5313014370936490.9860.16298.4
4.63-4.953.5260.1179.712352354935030.9870.13898.7
4.95-5.353.4870.129.5711084322431790.9850.14298.6
5.35-5.863.3570.1268.969977301029720.9820.1598.7
5.86-6.553.1380.10310.388391269126740.9840.12599.4
6.55-7.573.5750.06815.048398239423490.9960.0898.1
7.57-9.273.4430.04222.646742200619580.9970.0597.6
9.27-13.13.1420.031274772156515190.9980.03897.1
13.1-107.353.6240.03131.1730268568350.9980.03697.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6Q2C

6q2c


解像度: 2.93→107.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 36.102 / SU ML: 0.595 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.509 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3081 3621 5.1 %RANDOM
Rwork0.2128 ---
obs0.2176 67944 93.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 212.62 Å2 / Biso mean: 98.861 Å2 / Biso min: 37.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3 Å20.81 Å20.36 Å2
2---2.84 Å2-0.57 Å2
3---3.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.93→107.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19552 0 446 1 19999
Biso mean--72.3 41.37 -
残基数----2481
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01920536
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0219059
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6431.99527953
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0653.00343644
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.33452475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.79123.712951
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.474153252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.13415134
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.22996
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02123369
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.024911
LS精密化 シェル解像度: 2.93→3.006 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.49 164 -
Rwork0.422 3341 -
all-3505 -
obs--61.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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