PDB-6uw2: Clotrimazole bound complex of Acanthamoeba castellanii CYP51

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6uw2

タイトル

Clotrimazole bound complex of Acanthamoeba castellanii CYP51

要素

Obtusifoliol 14alphademethylase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / cyp51 / ergosterol biosynthesis / Acanthamoeba / 14- alpha-demethylase / Clotrimazole

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / methyltransferase activity / monooxygenase activity / methylation / iron ion binding / heme binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Acanthamoeba castellanii str. Neff (カステラーニアメーバ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.92 Å

データ登録者

Sharma, V. / Podust, L.M.

引用

ジャーナル: Mol.Pharmacol. / 年: 2020
タイトル: Domain-Swap Dimerization of Acanthamoeba castellanii CYP51 and a Unique Mechanism of Inactivation by Isavuconazole.
著者: Sharma, V. / Shing, B. / Hernandez-Alvarez, L. / Debnath, A. / Podust, L.M.

履歴

登録	2019年11月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年10月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2022年7月6日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6uw2.cif.gz	540.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6uw2.ent.gz	439.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6uw2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6uw2_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6uw2_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6uw2_validation.xml.gz	4.8 KB	表示
CIF形式データ	6uw2_validation.cif.gz	29.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/6uw2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/6uw2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6q2cSC 6ux0C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5te8-1 2wsx-d 3hfx-1 21978 6xz9-d 7kq6-d 4m8j-1 9374 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Obtusifoliol 14alphademethylase

B: Obtusifoliol 14alphademethylase

C: Obtusifoliol 14alphademethylase

D: Obtusifoliol 14alphademethylase

E: Obtusifoliol 14alphademethylase

F: Obtusifoliol 14alphademethylase

ヘテロ分子

321 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Obtusifoliol 14alphademethylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Obtusifoliol 14alphademethylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Obtusifoliol 14alphademethylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.5 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Obtusifoliol 14alphademethylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.4 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Obtusifoliol 14alphademethylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.4 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Obtusifoliol 14alphademethylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	117.980, 177.220, 181.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Obtusifoliol 14alphademethylase 分子量: 52447.324 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acanthamoeba castellanii str. Neff (カステラーニアメーバ) 遺伝子: ACA1_372720 / プラスミド: pCW-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS 174 / 参照: UniProt: L8GJB3
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-CL6 / 1-[(2-CHLOROPHENYL)(DIPHENYL)METHYL]-1H-IMIDAZOLE / CLOTRIMAZOLE 分子量: 344.837 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₁₇ClN₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GAI / GUANIDINE 分子量: 59.070 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₅N₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.34 % 解説: single pyramid shaped red crystals of 0.05-0.1 mm size.
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M sodium-cocydylate; 0.12 M Guanidine hydrochloride; 2% Jefframine M-600, pH 7.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 110 K / Ambient temp details: Liquid Nitrogen flow / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月15日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.1159 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.92→127.13 Å / Num. obs: 83269 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.53 % / B_iso Wilson estimate: 70.545 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.401 / R_rim(I) all: 0.417 / Χ²: 0.849 / Net I/σ(I): 7.12 / Num. measured all: 1126634 / Scaling rejects: 190

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.92-3	13.607	4.694	0.64	82306	6053	6049	0.264	4.876	99.9
3-3.08	14.093	3.578	0.89	83995	5960	5960	0.38	3.71	100
3.08-3.17	14.021	2.581	1.26	80745	5760	5759	0.545	2.677	100
3.17-3.26	13.84	2.093	1.59	77711	5617	5615	0.623	2.172	100
3.26-3.37	13.607	1.756	1.9	74350	5465	5464	0.712	1.824	100
3.37-3.49	13.042	1.437	2.31	68770	5275	5273	0.757	1.496	100
3.49-3.62	12.693	1.096	3.07	64364	5072	5071	0.851	1.142	100
3.62-3.77	13.721	0.844	4.29	67080	4891	4889	0.924	0.877	100
3.77-3.94	13.821	0.593	5.96	65637	4752	4749	0.964	0.615	99.9
3.94-4.13	13.827	0.412	7.87	61929	4479	4479	0.981	0.427	100
4.13-4.35	13.708	0.327	9.3	58864	4294	4294	0.988	0.34	100
4.35-4.62	12.872	0.248	11.02	52595	4086	4086	0.989	0.259	100
4.62-4.94	13.329	0.21	12.47	51143	3837	3837	0.993	0.218	100
4.94-5.33	14.15	0.22	12.54	50813	3591	3591	0.992	0.228	100
5.33-5.84	13.848	0.243	11.35	45754	3304	3304	0.991	0.252	100
5.84-6.53	13.27	0.215	12.04	40023	3016	3016	0.991	0.223	100
6.53-7.54	12.583	0.136	16.56	33583	2669	2669	0.995	0.142	100
7.54-9.23	13.737	0.079	25.88	31471	2291	2291	0.999	0.082	100
9.23-13.06	12.499	0.06	31.27	22548	1804	1804	0.999	0.063	100
13.06-127.13	12.117	0.065	31.36	12953	1073	1069	0.999	0.068	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6Q2C

6q2c

解像度: 2.92→127.13 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.875 / SU B: 27.55 / SU ML: 0.457 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.451
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2905	4043	4.9 %	RANDOM
R_work	0.209	-	-	-
obs	0.2129	79148	99.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 191.07 Å² / B_iso mean: 79.017 Å² / B_iso min: 20.84 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.64 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.32 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.92→127.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21135	0	420	46	21601
B_iso mean	-	-	63.85	45.59	-
残基数	-	-	-	-	2685

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	22138
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	20822
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.577	1.995	30098
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.02	3	47770
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.102	5	2679
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.229	23.645	985
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.56	15	3583
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.095	15	137
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	3230
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	25055
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	5277

LS精密化シェル

解像度: 2.92→2.996 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.388	282	-
R_work	0.389	5762	-
all	-	6044	-
obs	-	-	99.93 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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