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万見
- EMDB-10795: Negative stain map of S. cerevisiae Brf1 and TBP bound to the TFI... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10795
タイトルNegative stain map of S. cerevisiae Brf1 and TBP bound to the TFIIIC-subcomplex tauA
マップデータRefined map
試料
  • 複合体: Complex between Brf1, TBP, and the tauA subcomplex of TFIIIC
    • 複合体: Transcription factor tau 131 kDa subunit, Transcription factor tau 95 kDa subunit and Transcription factor tau 55 kDa subunit
      • タンパク質・ペプチド: Transcription factor tau 131 kDa subunit
      • タンパク質・ペプチド: Transcription factor tau 95 kDa subunit
      • タンパク質・ペプチド: Transcription factor tau 55 kDa subunit
    • 複合体: Transcription factor IIIB 70 kDa subunit and TATA-box-binding protein
      • タンパク質・ペプチド: Transcription factor IIIB 70 kDa subunit
      • タンパク質・ペプチド: TATA-box-binding protein
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 32.36 Å
データ登録者Vorlaender MK / Muller CW
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structure of the TFIIIC subcomplex τA provides insights into RNA polymerase III pre-initiation complex formation.
著者: Matthias K Vorländer / Anna Jungblut / Kai Karius / Florence Baudin / Helga Grötsch / Jan Kosinski / Christoph W Müller /
要旨: Transcription factor (TF) IIIC is a conserved eukaryotic six-subunit protein complex with dual function. It serves as a general TF for most RNA polymerase (Pol) III genes by recruiting TFIIIB, but it ...Transcription factor (TF) IIIC is a conserved eukaryotic six-subunit protein complex with dual function. It serves as a general TF for most RNA polymerase (Pol) III genes by recruiting TFIIIB, but it is also involved in chromatin organization and regulation of Pol II genes through interaction with CTCF and condensin II. Here, we report the structure of the S. cerevisiae TFIIIC subcomplex τA, which contains the most conserved subunits of TFIIIC and is responsible for recruitment of TFIIIB and transcription start site (TSS) selection at Pol III genes. We show that τA binding to its promoter is auto-inhibited by a disordered acidic tail of subunit τ95. We further provide a negative-stain reconstruction of τA bound to the TFIIIB subunits Brf1 and TBP. This shows that a ruler element in τA achieves positioning of TFIIIB upstream of the TSS, and suggests remodeling of the complex during assembly of TFIIIB by TFIIIC.
履歴
登録2020年3月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年4月1日-
マップ公開2020年9月23日-
更新2020年10月14日-
現状2020年10月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10795.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10795.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Refined map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.29 Å/pix.
x 200 pix.
= 458.4 Å		2.29 Å/pix.
x 200 pix.
= 458.4 Å		2.29 Å/pix.
x 200 pix.
= 458.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.292 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.06
最小 - 最大-0.063415006 - 0.20393701
平均 (標準偏差)-0.00061397516 (±0.009914577)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 458.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.2922.2922.292
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z458.400458.400458.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0630.204-0.001

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添付データ

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_10795_half_map_1.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_10795_half_map_2.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex between Brf1, TBP, and the tauA subcomplex of TFIIIC

全体名称: Complex between Brf1, TBP, and the tauA subcomplex of TFIIIC
要素
  • 複合体: Complex between Brf1, TBP, and the tauA subcomplex of TFIIIC
    • 複合体: Transcription factor tau 131 kDa subunit, Transcription factor tau 95 kDa subunit and Transcription factor tau 55 kDa subunit
      • タンパク質・ペプチド: Transcription factor tau 131 kDa subunit
      • タンパク質・ペプチド: Transcription factor tau 95 kDa subunit
      • タンパク質・ペプチド: Transcription factor tau 55 kDa subunit
    • 複合体: Transcription factor IIIB 70 kDa subunit and TATA-box-binding protein
      • タンパク質・ペプチド: Transcription factor IIIB 70 kDa subunit
      • タンパク質・ペプチド: TATA-box-binding protein

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超分子 #1: Complex between Brf1, TBP, and the tauA subcomplex of TFIIIC

超分子名称: Complex between Brf1, TBP, and the tauA subcomplex of TFIIIC
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Crosslinked with Glutaraldehyde in absence of DNA
分子量理論値: 300 KDa

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超分子 #2: Transcription factor tau 131 kDa subunit, Transcription factor ta...

超分子名称: Transcription factor tau 131 kDa subunit, Transcription factor tau 95 kDa subunit and Transcription factor tau 55 kDa subunit
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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超分子 #3: Transcription factor IIIB 70 kDa subunit and TATA-box-binding protein

超分子名称: Transcription factor IIIB 70 kDa subunit and TATA-box-binding protein
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#5
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Transcription factor tau 131 kDa subunit

分子名称: Transcription factor tau 131 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAAGKLKKEQ QNQSAERESA DTGKVNDEDE EHLYGNIDDY KHLIQDEEYD DEDVPHDLQL SEDEYNSER DSSLLAEFSD YGEISEDDEE DFMNAIREAS NFKVKKKKKN DKGKSYGRQR K ERVLDPEV AQLLSQANEA FVRNDLQVAE RLFNEVIKKD ARNFAAYETL ...文字列:
MAAGKLKKEQ QNQSAERESA DTGKVNDEDE EHLYGNIDDY KHLIQDEEYD DEDVPHDLQL SEDEYNSER DSSLLAEFSD YGEISEDDEE DFMNAIREAS NFKVKKKKKN DKGKSYGRQR K ERVLDPEV AQLLSQANEA FVRNDLQVAE RLFNEVIKKD ARNFAAYETL GDIYQLQGRL ND CCNSWFL AAHLNASDWE FWKIVAILSA DLDHVRQAIY CFSRVISLNP MEWESIYRRS MLY KKTGQL ARALDGFQRL YMYNPYDANI LRELAILYVD YDRIEDSIEL YMKVFNANVE RREA ILAAL ENALDSSDEE SAAEGEDADE KEPLEQDEDR QMFPDINWKK IDAKYKCIPF DWSSL NILA ELFLKLAVSE VDGIKTIKKC ARWIQRRESQ TFWDHVPDDS EFDNRRFKNS TFDSLL AAE KEKSYNIPID IRVRLGLLRL NTDNLVEALN HFQCLYDETF SDVADLYFEA ATALTRA EK YKEAIDFFTP LLSLEEWRTT DVFKPLARCY KEIESYETAK EFYELAIKSE PDDLDIRV S LAEVYYRLND PETFKHMLVD VVEMRKHQVD ETLHRISNEK SSNDTSDISS KPLLEDSKF RTFRKKKRTP YDAERERIER ERRITAKVVD KYEKMKKFEL NSGLNEAKQA SIWINTVSEL VDIFSSVKN FFMKSRSRKF VGILRRTKKF NTELDFQIER LSKLAEGDSV FEGPLMEERV T LTSATELR GLSYEQWFEL FMELSLVIAK YQSVEDGLSV VETAQEVNVF FQDPERVKMM KF VKLAIVL QMDDEEELAE NLRGLLNQFQ FNRKVLQVFM YSLCRGPSSL NILSSTIQQK FFL RQLKAF DSCRYNTEVN GQASITNKEV YNPNKKSSPY LYYIYAVLLY SSRGFLSALQ YLTR LEEDI PDDPMVNLLM GLSHIHRAMQ RLTAQRHFQI FHGLRYLYRY HKIRKSLYTD LEKQE ADYN LGRAFHLIGL VSIAIEYYNR VLENYDDGKL KKHAAYNSII IYQQSGNVEL ADHLME KYL SIRSGG

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分子 #2: Transcription factor tau 95 kDa subunit

分子名称: Transcription factor tau 95 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MHHHHHHENL YFQSMPVEEP LATLSSIPDS SADQAPPLIA DEFTLDLPRI PSLELPLNVS TKHSSIQKA IKMCGGIEKV KEAFKEHGPI ESQHGLQLYL NDDTDSDGSK SYFNEHPVIG K RVPFRDES VILKVTMPKG TLSKNNNSVK DSIKSLKDSN KLRVTPVSIV ...文字列:
MHHHHHHENL YFQSMPVEEP LATLSSIPDS SADQAPPLIA DEFTLDLPRI PSLELPLNVS TKHSSIQKA IKMCGGIEKV KEAFKEHGPI ESQHGLQLYL NDDTDSDGSK SYFNEHPVIG K RVPFRDES VILKVTMPKG TLSKNNNSVK DSIKSLKDSN KLRVTPVSIV DNTIKFREMS DF QIKLDNV PSAREFKSSF GSLEWNNFKS FVNSVPDNDS QPQENIGNLI LDRSVKIPST DFQ LPPPPK LSMVGFPLLY KYKANPFAKK KKNGVTEVKG TYIKNYQLFV HDLSDKTVIP SQAH EQVLY DFEVAKKTKV YPGTKSDSKF YESLEECLKI LRELFARRPI WVKRHLDGIV PKKIH HTMK IALALISYRF TMGPWRNTYI KFGIDPRSSV EYAQYQTEYF KIERKLLSSP IVKKNV PKP PPLVFESDTP GGIDSRFKFD GKRIPWYLML QIDLLIGEPN IAEVFHNVEY LDKANEL TG WFKELDLVKI RRIVKYELGC MVQGNYEYNK YKLKYFKTML FVKESMVPEN KNSEEGMG V NTNKDADGDI NMDAGSQMSS NAIEEDKGIA AGDDFDDNGA ITEEPDDAAL ENEEMDTDQ NLKVPASIDD DVDDVDADEE EQESFDVKTA SFQDIINKIA KLDPKTAETM KSELKGFVDE VDL

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分子 #3: Transcription factor tau 55 kDa subunit

分子名称: Transcription factor tau 55 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MVVNTIYIAR HGYRSNWLPE GPYPDPLTGI DSDVPLAEHG VQQAKELAHY LLSLDNQPEA AFASPFYRC LETVQPIAKL LEIPVYLERG IGEWYRPDRK PVIPVPAGYE ILSKFFPGVI S QEWDSTLT PNEKGETEQE MYMRFKKFWP LFIERVEKEY PNVECILLVT ...文字列:
MVVNTIYIAR HGYRSNWLPE GPYPDPLTGI DSDVPLAEHG VQQAKELAHY LLSLDNQPEA AFASPFYRC LETVQPIAKL LEIPVYLERG IGEWYRPDRK PVIPVPAGYE ILSKFFPGVI S QEWDSTLT PNEKGETEQE MYMRFKKFWP LFIERVEKEY PNVECILLVT HAASKIALGM SL LGYDNPR MSLNENGDKI RSGSCSLDKY EILKKSYDTI DETDDQTSFT YIPFSDRKWV LTM NGNTEF LSSGEEMNWN FDCVAEAGSD ADIKKRQMTK KTSSPIPEAD DQTEVETVYI SVDI PSGNY KERTEIAKSA ILQYSGLETD APLFRIGNRL YEGSWERLVG TELAFPNAAH VHKKT AGLL SPTEENETTN AGQSKGSSTA NDPNIQIQEE DVGLPDSTNT SRDHTGDKEE VQSEKI YRI KERIVLSNVR PM

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分子 #4: Transcription factor IIIB 70 kDa subunit

分子名称: Transcription factor IIIB 70 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSALESREAT LNNARRKLRA VSYALHIPEY ITDAAFQWYK LALANNFVQG R RSQNVIAS CLYVACRKEK THHMLIDFSS RLQVSVYSIG ATFLKMVKKL HITELPLADP SL FIQHFAE KLDLADKKIK VVKDAVKLAQ RMSKDWMFEG RRPAGIAGAC ILLACRMNNL ...文字列:
MSALESREAT LNNARRKLRA VSYALHIPEY ITDAAFQWYK LALANNFVQG R RSQNVIAS CLYVACRKEK THHMLIDFSS RLQVSVYSIG ATFLKMVKKL HITELPLADP SL FIQHFAE KLDLADKKIK VVKDAVKLAQ RMSKDWMFEG RRPAGIAGAC ILLACRMNNL RRT HTEIVA VSHVAEETLQ QRLNEFKNTK AAKLSVQKFR ENDVEDGEAR PPSFVKNRKK ERKI KDSLD KEEMFQTSEE ALNKNPILTQ VLGEQELSSK EVLFYLKQFS ERRARVVERI KATNG IDGE NIYHEGSENE TRKRKLSEVS IQNEHVEGED KETEGTEEKV KKVKTKTSEE KKENES GHF QDAIDGYSLE TDPYCPRNLH LLPTTDTYLS KVSDDPDNLE DVDDEELNAH LLNEEAS KL KERIWIGLNA DFLLEQESKR LKQEADIATG NTSVKKKRTR RRNNTRSDEP TKTVDAAA A IGLMSDLQDK SGLHAALKAA EESGDFTTAD SVKNMLQKAS FSKKINYDAI DGLFRLEHHH HHH

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分子 #5: TATA-box-binding protein

分子名称: TATA-box-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SGIVPTLQNI VATVTLGCRL DLKTVALHAR NAEYNPKRFA AVIMRIREPK TTALIFASGK MVVTGAKSE DDSKLASRKY ARIIQKIGFA AKFTDFKIQN IVGSCDVKFP IRLEGLAFSH G TFSSYEPE LFPGLIYRMV KPKIVLLIFV SGKIVLTGAK QREEIYQAFE AIYPVLSEFR KM

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate
詳細Crosslinked sample

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均電子線量: 20.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Ab initio model generated in CryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 32.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 10731
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Envelope score

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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