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- EMDB-10733: Structure of full-length CD20 in complex with Obinutuzumab Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10733
タイトルStructure of full-length CD20 in complex with Obinutuzumab Fab
マップデータSoft masked used for focused refinement
試料
  • 細胞: Full-length human antigen CD20 in complex with Obinutuzumab Fab
    • 細胞器官・細胞要素: Full-length human CD20
      • タンパク質・ペプチド: B-lymphocyte antigen CD20
    • 細胞器官・細胞要素: Obinutuzumab Fab
      • タンパク質・ペプチド: Obinutuzumab Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Obinutuzumab Fab light chain
キーワードCancer immunotherapy / Therapeutic antibody / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


store-operated calcium entry / calcium ion import into cytosol / positive regulation of calcium ion import across plasma membrane / epidermal growth factor receptor binding / B cell activation / B cell proliferation / humoral immune response / plasma membrane raft / immunoglobulin binding / B cell differentiation ...store-operated calcium entry / calcium ion import into cytosol / positive regulation of calcium ion import across plasma membrane / epidermal growth factor receptor binding / B cell activation / B cell proliferation / humoral immune response / plasma membrane raft / immunoglobulin binding / B cell differentiation / B cell receptor signaling pathway / protein tetramerization / response to bacterium / MHC class II protein complex binding / cell surface receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Membrane-spanning 4-domains subfamily A / CD20-like family / CD20-like family
類似検索 - ドメイン・相同性
B-lymphocyte antigen CD20
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.33 Å
データ登録者Kumar A / Fronzes R / Reyes N
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)309657 フランス
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Binding mechanisms of therapeutic antibodies to human CD20.
著者: Anand Kumar / Cyril Planchais / Rémi Fronzes / Hugo Mouquet / Nicolas Reyes /
要旨: Monoclonal antibodies (mAbs) targeting human antigen CD20 (cluster of differentiation 20) constitute important immunotherapies for the treatment of B cell malignancies and autoimmune diseases. Type I ...Monoclonal antibodies (mAbs) targeting human antigen CD20 (cluster of differentiation 20) constitute important immunotherapies for the treatment of B cell malignancies and autoimmune diseases. Type I and II therapeutic mAbs differ in B cell binding properties and cytotoxic effects, reflecting differential interaction mechanisms with CD20. Here we present 3.7- to 4.7-angstrom cryo-electron microscopy structures of full-length CD20 in complexes with prototypical type I rituximab and ofatumumab and type II obinutuzumab. The structures and binding thermodynamics demonstrate that upon binding to CD20, type II mAbs form terminal complexes that preclude recruitment of additional mAbs and complement components, whereas type I complexes act as molecular seeds to increase mAb local concentration for efficient complement activation. Among type I mAbs, ofatumumab complexes display optimal geometry for complement recruitment. The uncovered mechanisms should aid rational design of next-generation immunotherapies targeting CD20.
履歴
登録2020年3月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年8月26日-
マップ公開2020年8月26日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6y97
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6y97
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10733.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10733.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Soft masked used for focused refinement
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.81 Å/pix.
x 350 pix.
= 284.9 Å		0.81 Å/pix.
x 350 pix.
= 284.9 Å		0.81 Å/pix.
x 350 pix.
= 284.9 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.814 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2 / ムービー #1: 0.2
最小 - 最大-0.4478252 - 1.1896038
平均 (標準偏差)0.0002673224 (±0.025869563)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ350350350
Spacing350350350
セルA=B=C: 284.9 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8140.8140.814
M x/y/z350350350
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z284.900284.900284.900
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS350350350
D min/max/mean-0.4481.1900.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_10733_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Full-length human antigen CD20 in complex with Obinutuzumab Fab

全体名称: Full-length human antigen CD20 in complex with Obinutuzumab Fab
要素
  • 細胞: Full-length human antigen CD20 in complex with Obinutuzumab Fab
    • 細胞器官・細胞要素: Full-length human CD20
      • タンパク質・ペプチド: B-lymphocyte antigen CD20
    • 細胞器官・細胞要素: Obinutuzumab Fab
      • タンパク質・ペプチド: Obinutuzumab Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Obinutuzumab Fab light chain

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超分子 #1: Full-length human antigen CD20 in complex with Obinutuzumab Fab

超分子名称: Full-length human antigen CD20 in complex with Obinutuzumab Fab
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組織: B-lymphocyte

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超分子 #2: Full-length human CD20

超分子名称: Full-length human CD20 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞中の位置: Plasma membrane

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超分子 #3: Obinutuzumab Fab

超分子名称: Obinutuzumab Fab / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞中の位置: Extra cellular

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分子 #1: B-lymphocyte antigen CD20

分子名称: B-lymphocyte antigen CD20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Wt CD20 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: B-Lymphocyte
分子量理論値: 18.735373 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
FMRESKTLGA VQIMNGLFHI ALGGLLMIPA GIYAPICVTV WYPLWGGIMY IISGSLLAAT EKNSRKCLVK GKMIMNSLSL FAAISGMIL SIMDILNIKI SHFLKMESLN FIRAHTPYIN IYNCEPANPS EKNSPSTQYC YSIQSLFLGI LSVMLIFAFF Q ELVIAGIV E

UniProtKB: B-lymphocyte antigen CD20

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分子 #2: Obinutuzumab Fab heavy chain

分子名称: Obinutuzumab Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.855385 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
VQLVQSGAEV KKPGSSVKVS CKASGYAFSY SWINWVRQAP GQGLEWMGRI FPGDGDTDYN GKFKGRVTIT ADKSTSTAYM ELSSLRSED TAVYYCARNV FDGYWLVYWG QGTLVTV

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分子 #3: Obinutuzumab Fab light chain

分子名称: Obinutuzumab Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.962462 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DIVMTQTPLS LPVTPGEPAS ISCRSSKSLL HSNGITYLYW YLQKPGQSPQ LLIYQMSNLV SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRVEAEDVG VYYCAQNLEL PYTFGGGTKV E

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMHEPES(4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid)
100.0 mMNaClSodium Chloride
0.0084 PercentGDNGDN101
0.00168 PercentCHSCholesterol hemisuccinate
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Grids were blot for 3.5 Sec..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10545 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 42.84 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.8 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1316678
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3pp4

最終 再構成使用したクラス数: 3 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.33 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14.2) / 使用した粒子像数: 65203
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14.2)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14.2)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

3pp4

chain_id: H, residue_range: 2-117, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3pp4

chain_id: L, residue_range: 1-110, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6y97:
Structure of full-length CD20 in complex with Obinutuzumab Fab

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原子モデル構築 2

初期モデル
PDB IDChain

3pp4

chain_id: H, residue_range: 2-117, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3pp4

chain_id: L, residue_range: 1-110, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
得られたモデル

PDB-6y97:
Structure of full-length CD20 in complex with Obinutuzumab Fab

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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