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- EMDB-10695: Structure of human cGAS (K394E) bound to the nucleosome (focused ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10695
タイトルStructure of human cGAS (K394E) bound to the nucleosome (focused refinement of cGAS-NCP subcomplex)
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo EM structure of cGAS-NCP1 complex
    • 複合体: Protein
      • タンパク質・ペプチド: x 8種
    • 複合体: DNA
      • DNA: x 2種
    • 複合体: Histone H4
  • リガンド: x 2種
キーワードcGAS / STING / Nucleosome / Innate Immunity / cGMP-AMP / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / cyclic GMP-AMP synthase / STING mediated induction of host immune responses / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / regulation of immunoglobulin production / cGAS/STING signaling pathway / regulation of T cell activation / pattern recognition receptor signaling pathway / cGMP-mediated signaling ...2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / cyclic GMP-AMP synthase / STING mediated induction of host immune responses / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / regulation of immunoglobulin production / cGAS/STING signaling pathway / regulation of T cell activation / pattern recognition receptor signaling pathway / cGMP-mediated signaling / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / positive regulation of type I interferon production / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / cAMP-mediated signaling / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Chromatin modifying enzymes / nucleosome binding / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / positive regulation of defense response to virus by host / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / telomere organization / Interleukin-7 signaling / Inhibition of DNA recombination at telomere / RNA Polymerase I Promoter Opening / Meiotic synapsis / activation of innate immune response / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / SUMOylation of chromatin organization proteins / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / innate immune response in mucosa / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / determination of adult lifespan / HDMs demethylate histones / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Transcriptional regulation by small RNAs / molecular condensate scaffold activity / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / G2/M DNA damage checkpoint / Metalloprotease DUBs / NoRC negatively regulates rRNA expression / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / UCH proteinases / HCMV Early Events / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / structural constituent of chromatin / antibacterial humoral response / positive regulation of cellular senescence / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / nucleosome / site of double-strand break / heterochromatin formation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / nucleosome assembly / Processing of DNA double-strand break ends / HATs acetylate histones / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / chromatin organization / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / double-stranded DNA binding / Oxidative Stress Induced Senescence / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to virus / gene expression / Estrogen-dependent gene expression / killing of cells of another organism / chromosome, telomeric region / Ub-specific processing proteases / defense response to Gram-positive bacterium
類似検索 - 分子機能
Mab-21-like, nucleotidyltransferase domain / Mab-21 protein nucleotidyltransferase domain / Mab-21-like / Mab-21-like, HhH/H2TH-like domain / Mab-21 protein HhH/H2TH-like domain / Mab-21 / : / Histone H2B signature. / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. ...Mab-21-like, nucleotidyltransferase domain / Mab-21 protein nucleotidyltransferase domain / Mab-21-like / Mab-21-like, HhH/H2TH-like domain / Mab-21 protein HhH/H2TH-like domain / Mab-21 / : / Histone H2B signature. / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone 2A / Histone H2A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H2B type 1-K / Histone H4 / Histone H2A type 2-C / Histone H3.2 / Cyclic GMP-AMP synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Pathare GR / Cavadini S
資金援助 スイス, 5件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science FoundationBSSGI0-155984 スイス
European Research Council (ERC)804933 スイス
European Research Council (ERC)666068 スイス
European Research Council (ERC)724022 スイス
Swiss National Science Foundation31003A_179541 スイス
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: Structural mechanism of cGAS inhibition by the nucleosome.
著者: Ganesh R Pathare / Alexiane Decout / Selene Glück / Simone Cavadini / Kristina Makasheva / Ruud Hovius / Georg Kempf / Joscha Weiss / Zuzanna Kozicka / Baptiste Guey / Pauline Melenec / Beat ...著者: Ganesh R Pathare / Alexiane Decout / Selene Glück / Simone Cavadini / Kristina Makasheva / Ruud Hovius / Georg Kempf / Joscha Weiss / Zuzanna Kozicka / Baptiste Guey / Pauline Melenec / Beat Fierz / Nicolas H Thomä / Andrea Ablasser /
要旨: The DNA sensor cyclic GMP-AMP synthase (cGAS) initiates innate immune responses following microbial infection, cellular stress and cancer. Upon activation by double-stranded DNA, cytosolic cGAS ...The DNA sensor cyclic GMP-AMP synthase (cGAS) initiates innate immune responses following microbial infection, cellular stress and cancer. Upon activation by double-stranded DNA, cytosolic cGAS produces 2'3' cGMP-AMP, which triggers the induction of inflammatory cytokines and type I interferons . cGAS is also present inside the cell nucleus, which is replete with genomic DNA, where chromatin has been implicated in restricting its enzymatic activity. However, the structural basis for inhibition of cGAS by chromatin remains unknown. Here we present the cryo-electron microscopy structure of human cGAS bound to nucleosomes. cGAS makes extensive contacts with both the acidic patch of the histone H2A-H2B heterodimer and nucleosomal DNA. The structural and complementary biochemical analysis also find cGAS engaged to a second nucleosome in trans. Mechanistically, binding of the nucleosome locks cGAS into a monomeric state, in which steric hindrance suppresses spurious activation by genomic DNA. We find that mutations to the cGAS-acidic patch interface are sufficient to abolish the inhibitory effect of nucleosomes in vitro and to unleash the activity of cGAS on genomic DNA in living cells. Our work uncovers the structural basis of the interaction between cGAS and chromatin and details a mechanism that permits self-non-self discrimination of genomic DNA by cGAS.
履歴
登録2020年2月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年9月23日-
マップ公開2020年9月23日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.18
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.18
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6y5e
  • 表面レベル: 0.18
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10695.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10695.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 320 pix.
= 275.2 Å		0.86 Å/pix.
x 320 pix.
= 275.2 Å		0.86 Å/pix.
x 320 pix.
= 275.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.139 / ムービー #1: 0.18
最小 - 最大-0.4326647 - 1.1770799
平均 (標準偏差)0.0045161755 (±0.040647335)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 275.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.860.860.86
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z275.200275.200275.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ138139230
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.4331.1770.005

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添付データ

-
追加マップ: Local resolution-filtered and sharpened map.

ファイルemd_10695_additional.map
注釈Local resolution-filtered and sharpened map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo EM structure of cGAS-NCP1 complex

全体名称: Cryo EM structure of cGAS-NCP1 complex
要素
  • 複合体: Cryo EM structure of cGAS-NCP1 complex
    • 複合体: Protein
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3.2
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 2-C
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-K
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 2-C
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-K
      • タンパク質・ペプチド: Cyclic GMP-AMP synthase
    • 複合体: DNA
      • DNA: DNA (153-MER)
      • DNA: DNA (153-MER)
    • 複合体: Histone H4
  • リガンド: PENTANEDIAL
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: Cryo EM structure of cGAS-NCP1 complex

超分子名称: Cryo EM structure of cGAS-NCP1 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#10
分子量理論値: 240 KDa

+
超分子 #2: Protein

超分子名称: Protein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#7, #10
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: DNA

超分子名称: DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #8-#9
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #4: Histone H4

超分子名称: Histone H4 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Histone H3.2

分子名称: Histone H3.2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.228073 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列:
PHRYRPGTVA LREIRRYQKS TELLIRKLPF QRLVREIAQD FKTDLRFQSS AVMALQEASE AYLVGLFEDT NLAAIHAKRV TIMPKDIQL ARRIRGE

UniProtKB: Histone H3.2

+
分子 #2: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.180745 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列:
LRDNIQGITK PAIRRLARRG GVKRISGLIY EETRGVLKVF LENVIRDAVT YTEHAKRKTV TAMDVVYALK RQGRTLYGFG G

UniProtKB: Histone H4

+
分子 #3: Histone H2A type 2-C

分子名称: Histone H2A type 2-C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.696688 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列:
RAKAKSRSSR AGLQFPVGRV HRLLRKGNYA ERVGAGAPVY MAAVLEYLTA EILELAGNAA RDNKKTRIIP RHLQLAIRND EELNKLLGK VTIAQGGVLP NIQAVLLP

UniProtKB: Histone H2A type 2-C

+
分子 #4: Histone H2B type 1-K

分子名称: Histone H2B type 1-K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.3208 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列:
SRKESYSVYV YKVLKQVHPD TGISSKAMGI MNSFVNDIFE RIAGEASRLA HYNKRSTITS REIQTAVRLL LPGELAKHAV SEGTKAVTK YTSA

UniProtKB: Histone H2B type 1-K

+
分子 #5: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.409056 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列:
KVLRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEETRGVLK VFLENVIRDA VTYTEHAKRK TVTAMDVVYA LKRQGRTLYG FGG

UniProtKB: Histone H4

+
分子 #6: Histone H2A type 2-C

分子名称: Histone H2A type 2-C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.825869 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列:
RAKAKSRSSR AGLQFPVGRV HRLLRKGNYA ERVGAGAPVY MAAVLEYLTA EILELAGNAA RDNKKTRIIP RHLQLAIRND EELNKLLGK VTIAQGGVLP NIQAVLLPK

UniProtKB: Histone H2A type 2-C

+
分子 #7: Histone H2B type 1-K

分子名称: Histone H2B type 1-K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.477994 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列:
RSRKESYSVY VYKVLKQVHP DTGISSKAMG IMNSFVNDIF ERIAGEASRL AHYNKRSTIT SREIQTAVRL LLPGELAKHA VSEGTKAVT KYTSA

UniProtKB: Histone H2B type 1-K

+
分子 #10: Cyclic GMP-AMP synthase

分子名称: Cyclic GMP-AMP synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cyclic GMP-AMP synthase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 42.40484 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列: GASKLRAVLE KLKLSRDDIS TAAGMVKGVV DHLLLRLKCD SAFRGVGLLN TGSYYEHVKI SAPNEFDVMF KLEVPRIQLE EYSNTRAYY FVKFKRNPKE NPLSQFLEGE ILSASKMLSK FRKIIKEEIN DIKDTDVIMK RKRGGSPAVT LLISEKISVD I TLALESKS ...文字列:
GASKLRAVLE KLKLSRDDIS TAAGMVKGVV DHLLLRLKCD SAFRGVGLLN TGSYYEHVKI SAPNEFDVMF KLEVPRIQLE EYSNTRAYY FVKFKRNPKE NPLSQFLEGE ILSASKMLSK FRKIIKEEIN DIKDTDVIMK RKRGGSPAVT LLISEKISVD I TLALESKS SWPASTQEGL RIQNWLSAKV RKQLRLKPFY LVPKHAKEGN GFQEETWRLS FSHIEKEILN NHGKSETCCE NK EEKCCRK DCLKLMKYLL EQLKERFKDK KHLDKFSSYH VKTAFFHVCT QNPQDSQWDR KDLGLCFDNC VTYFLQCLRT EKL ENYFIP EFNLFSSNLI DKRSKEFLTK QIEYERNNEF PVFDEF

UniProtKB: Cyclic GMP-AMP synthase

+
分子 #8: DNA (153-MER)

分子名称: DNA (153-MER) / タイプ: dna / ID: 8 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 46.998945 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA) (DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC) (DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC) (DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC) (DG) (DT)(DA)(DG)(DA)(DC) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA) (DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC) (DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC) (DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC) (DG) (DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC) (DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG) (DC)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC) (DT)(DG)(DT) (DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG) (DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC) (DG)(DC)(DC)(DA) (DA)(DG)(DG)(DG)(DG) (DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT) (DA)(DG)(DT)(DC)(DT) (DC)(DC)(DA)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA) (DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT)

+
分子 #9: DNA (153-MER)

分子名称: DNA (153-MER) / タイプ: dna / ID: 9 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 47.457234 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT) (DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT) (DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC) (DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA) (DG) (DG)(DG)(DA)(DG)(DT) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT) (DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT) (DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC) (DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA) (DG) (DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT) (DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG) (DG)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG) (DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG) (DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT) (DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC) (DG)(DG)(DT)(DG) (DC)(DT)(DA)(DG)(DA) (DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG) (DA)(DC)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DA) (DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG) (DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)

+
分子 #11: PENTANEDIAL

分子名称: PENTANEDIAL / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 8 / 式: PTD
分子量理論値: 100.116 Da
Chemical component information

ChemComp-PTD:
PENTANEDIAL / グルタルアルデヒド

+
分子 #12: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio model
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 62036
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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